Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001243177.4
Sequence Length
1640 nt
GC Content
0.6055
GCCCGCCUCCUGCGCCGCCCCUUCCGAGGCUAAAUCGGCUGCGUUCCUCUCGGAACGCGCCGCAGAAGGGGUCCUGGUGACGAGUCCCGCGUUCUCUCCUUGAAUCCACUCGCCAGCCCGCCGCCCUCUGCCGCCGCACCCUGCACACCCGCCCCUCUCCUGUGCCAGGCAAGGUGACCCCAUGGCAAGGCGCAAGCCAGAAGGGUCCAGCUUCAACAUGACCCACCUGUCCAUGGCUAUGGCCUUUUCCUUUCCCCCAGUUGCCAGUGGGCAACUCCACCCUCAGCUGGGCAACACCCAGCACCAGACAGAGUUAGGAAAGGAACUUGCUACUACCAGCACCAUGCCCUACCAAUAUCCAGCACUGACCCCGGAGCAGAAGAAGGAGCUGUCUGACAUCGCUCACCGCAUCGUGGCACCUGGCAAGGGCAUCCUGGCUGCAGAUGAGUCCACUGGGAGCAUUGCCAAGCGGCUGCAGUCCAUUGGCACCGAGAACACCGAGGAGAACCGGCGCUUCUACCGCCAGCUGCUGCUGACAGCUGACGACCGCGUGAACCCCUGCAUUGGGGGUGUCAUCCUCUUCCAUGAGACACUCUACCAGAAGGCGGAUGAUGGGCGUCCCUUCCCCCAAGUUAUCAAAUCCAAGGGCGGUGUUGUGGGCAUCAAGGUAGACAAGGGCGUGGUCCCCCUGGCAGGGACAAAUGGCGAGACUACCACCCAAGGGUUGGAUGGGCUGUCUGAGCGCUGUGCCCAGUACAAGAAGGACGGAGCUGACUUCGCCAAGUGGCGUUGUGUGCUGAAGAUUGGGGAACACACCCCCUCAGCCCUCGCCAUCAUGGAAAAUGCCAAUGUUCUGGCCCGUUAUGCCAGUAUCUGCCAGCAGAAUGGCAUUGUGCCCAUCGUGGAGCCUGAGAUCCUCCCUGAUGGGGACCAUGACUUGAAGCGCUGCCAGUAUGUGACCGAGAAGGUGCUGGCUGCUGUCUACAAGGCUCUGAGUGACCACCACAUCUACCUGGAAGGCACCUUGCUGAAGCCCAACAUGGUCACCCCAGGCCAUGCUUGCACUCAGAAGUUUUCUCAUGAGGAGAUUGCCAUGGCGACCGUCACAGCGCUGCGCCGCACAGUGCCCCCCGCUGUCACUGGGAUCACCUUCCUGUCUGGAGGCCAGAGUGAGGAGGAGGCGUCCAUCAACCUCAAUGCCAUUAACAAGUGCCCCCUGCUGAAGCCCUGGGCCCUGACCUUCUCCUACGGCCGAGCCCUGCAGGCCUCUGCCCUGAAGGCCUGGGGCGGGAAGAAGGAGAACCUGAAGGCUGCGCAGGAGGAGUAUGUCAAGCGAGCCCUGGCCAACAGCCUUGCCUGUCAAGGAAAGUACACUCCGAGCGGUCAGGCUGGGGCUGCUGCCAGCGAGUCCCUCUUCGUCUCUAACCACGCCUAUUAAGCGGAGGUGUUCCCAGGCUGCCCCCAACACUCCAGGCCCUGCCCCCUCCCACUCUUGAAGAGGAGGCCGCCUCCUCGGGGCUCCAGGCUGGCUUGCCCGCGCUCUUUCUUCCCUCGUGACAGUGGUGUGUGGUGUCGUCUGUGAAUGCUAAGUCCAUCACCCUUUCCGGCACACUGCCAAAUAAACAGCUAUUUAAGGGGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-640.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -668.65
Frequency: 0.0000
Diversity: 344.13
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((.(.((((((((((((.(.........((((.(((((((....)))))))))))).))))))))...))))).)))....)))...(((((((((((...(((((((...(((.((((((((((.......((((((((((.(((((((..((((((((((.(((((.(..((((((((.(((....)))....(((((..(......)..)))))...)).))))))...).)))))(((((((((...(((((((....))))))).........((((((.....))))))..............)))))))))..((((......))))..(((((((.(((....(((....((......((((.((.(..(((....)))..).))))))....))...)))....)))..))))))))))))).))))..)))......(((..(((.((...(((((((((((.(((((((....(((((.(((.(.....)))).).))))...))))).))..)))).)))))).)....)))))..)))..((.(((((((.((((((((((((....(((...)))....))))).)))))))(((...)))..)))))))))............)))))))).))))))......))))))...)))))))(((((.......)))))...))))))).((((((((....)).))).)))(((((.((.(((.((((((........((.((((..(((..((..((((....))))..))..(((((.....((((.......)))))))))..((((((...(((..(((((((.(.(.(((((....(((....)))...))))).).).)))))))((.(((((((.((((.........)))).))))))).)).....((((.(((((.((((((((.(........).)))))))).)).).)).))))..((((((((....(((........)))..(((..(.....)..)))((((((((((......))))))).)))))))))))((((((((....)))))))).)))))))))...((((((.((.((((((((((.......((((((((((.((.....)).(((.....)))((((..((.(((((((.(((((............))))).......((.((((...((....))...)))).))..)))))))))..))))..((((..((((((((......).)))))))))))((((((((((((..((....((((.(((..((........))..)))))))..))....((((((.(((..((..(((........)))))..))).))))))((((....(((((((((((((....(((........)))....(((((.(((((.(....((((..(((............)))))))..))))))....))))).(((((((...))))))))))))))...))))))..))))...))))))))))))..)))))))))))))))))))).))))))))..)))..)))).)).........)))))).))))).....))))).))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,.{({(((.,.((((((((((((.{.........((((.(((((((....)))))))))))}.))))))))...)))),.)))....))}.,{{((((((((((...(((((((..{(({{((((((((((......,(({(((((((((((((((..((((((((((.(((((.{..((((((((.(((....)))....(((((..{......}..)))))...)).))))))...}.)))))(((((((((...(((((((....))))))).........((((((.....))))))....,...,.}...)))))))))..((((......))))..(((((((.(((....(((,,..((....,{((((.((.{..(((....)))..}.)))))).,.}}.,,})))....)))..))))))))))))).))))..)))..{,.{(((.{{{.,(({..,{((({(((({.||{((((....(((((.(((.{.....}))).).))))...))))}||},.)))).)))))).},...}}))}.{(((({....,})))}}((((((((((((...,((,...))}....))))).)))))))(((.|.,,,..)}))),,,.............))))))))}})))))......)))))}..,)))))))|{{{(,,,....)))},...))))))).,,,(((((....))}})).}}|(((((.((.(((.((((((........((.((((..(((..{(..((((....|||}..}}{.(((((.{...((((......)))))))))).,{({(({((((((..(((((((.{.{.(((((..,.{((....)}}.,.))))).).}.))))))}((.(((((((.((((.........)))).))))))).))}}}}.((((.(((((.((((((((.(........).)))))))).)).).)).)))),,((((((((....{({........)))..(((..{.....}..)))((((((((((......))))))).))))))))))),||||(((|...,})))).,,)}}))))))...((((((,({.((((((((((.......((((((((((.(((,...}}.{((.....|}}((((.,((,(((((((.(((((............}})}}.......,{.((((..,((....||...}}}}.}}..}}|||||||.,}}||..((((..((((((((......),})))))))))){||{{|{|||||..||,...|||{.{||,,|{,{.,,.,.}}..|}}}|}|,,||,...((((((.(((,{{(..(((........))),,..))},))))})||||,,..|||||((((((((....{{,........,||,......,|,{{{{(,{....{{((,.{{{............)))}})),},))))),,,.}},,..(((((((...))))))))))))))..,))))))..))}}...))))}}}}))))..)))))))))))))))))))),)}))))))..)))..)))).)).........)))))).))))}.....))))),))))))))))).
Back