Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001243281.2
Sequence Length
2750 nt
GC Content
0.4469
AGAGCAGCCCGGAGACCGCUGCCGCCGCUGCCGCUGCUACCACCGCUGCCACCUGAGGAGACCCGCCGCCCCCCCGUCGCCGCCUCCUGCGAGUCCUUCUUAGCACCUGGCGUUUCAUGCACAUUGCCACUGCCAUUAUUAUUAUCAUUCCAAUACAAGGAAAAUAAAAGAAGAUACCAGCGAAAAGAACCGCUUACACCUUUCCGAAUUACUCAAGUGUCUCCUGGAAACAGAGGGUCGUUGUCCCCGGAGGAGCAGCCGAAGGGCCCGUGGGCUGGUGUUGACCGGGAGGGAGGAGGAGUUGGGGGCAUUGCGUGGUGGAAAGUUGCGUGCGGCAGAGAACCGAAGGUGCAGCGCCACAGCCCAGGGGACGGUGUGUCUGGGAGAAGACGCUGCCCCUGCGUCGGGACCCGCCAGCGCGCGGGCACCGCGGGGCCCGGGACGACGCCCCCUCCUGCGGCGUGGACUCCGUCAGUGGCCCACCAAGAAGGAGGAGGAAUAUGGAAUCCAAGGGGGCCAGUUCCUGCCGUCUGCUCUUCUGCCUCUUGAUCUCCGCCACCGUCUUCAGGCCAGGCCUUGGAUGGUAUACUGUAAAUUCAGCAUAUGGAGAUACCAUUAUCAUACCUUGCCGACUUGACGUACCUCAGAAUCUCAUGUUUGGCAAAUGGAAAUAUGAAAAGCCCGAUGGCUCCCCAGUAUUUAUUGCCUUCAGAUCCUCUACAAAGAAAAGUGUGCAGUACGACGAUGUACCAGAAUACAAAGACAGAUUGAACCUCUCAGAAAACUACACUUUGUCUAUCAGUAAUGCAAGGAUCAGUGAUGAAAAGAGAUUUGUGUGCAUGCUAGUAACUGAGGACAACGUGUUUGAGGCACCUACAAUAGUCAAGGUGUUCAAGCAACCAUCUAAACCUGAAAUUGUAAGCAAAGCACUGUUUCUCGAAACAGAGCAGCUAAAAAAGUUGGGUGACUGCAUUUCAGAAGACAGUUAUCCAGAUGGCAAUAUCACAUGGUACAGGAAUGGAAAAGUGCUACAUCCCCUUGAAGGAGCGGUGGUCAUAAUUUUUAAAAAGGAAAUGGACCCAGUGACUCAGCUCUAUACCAUGACUUCCACCCUGGAGUACAAGACAACCAAGGCUGACAUACAAAUGCCAUUCACCUGCUCGGUGACAUAUUAUGGACCAUCUGGCCAGAAAACAAUUCAUUCUGAACAGGCAGUAUUUGAUAUUUACUAUCCUACAGAGCAGGUGACAAUACAAGUGCUGCCACCAAAAAAUGCCAUCAAAGAAGGGGAUAACAUCACUCUUAAAUGCUUAGGGAAUGGCAACCCUCCCCCAGAGGAAUUUUUGUUUUACUUACCAGGACAGCCCGAAGGAAUAAGAAGCUCAAAUACUUACACACUGACGGAUGUGAGGCGCAAUGCAACAGGAGACUACAAGUGUUCCCUGAUAGACAAAAAAAGCAUGAUUGCUUCAACAGCUAUCACAGUUCACUAUUUGGAUUUGUCCUUAAACCCAAGUGGAGAAGUGACUAGACAGAUUGGUGAUGCCCUACCCGUGUCAUGCACAAUAUCUGCUAGCAGGAAUGCAACUGUGGUAUGGAUGAAAGAUAACAUCAGGCUUCGAUCUAGCCCGUCAUUUUCUAGUCUUCAUUAUCAGGAUGCUGGAAACUAUGUCUGCGAAACUGCUCUGCAGGAGGUUGAAGGACUAAAGAAAAGAGAGUCAUUGACUCUCAUUGUAGAAGGCAAACCUCAAAUAAAAAUGACAAAGAAAACUGAUCCCAGUGGACUAUCUAAAACAAUAAUCUGCCAUGUGGAAGGUUUUCCAAAGCCAGCCAUUCAAUGGACAAUUACUGGCAGUGGAAGCGUCAUAAACCAAACAGAGGAAUCUCCUUAUAUUAAUGGCAGGUAUUAUAGUAAAAUUAUCAUUUCCCCUGAAGAGAAUGUUACAUUAACUUGCACAGCAGAAAACCAACUGGAGAGAACAGUAAACUCCUUGAAUGUCUCUGCUAUAAGUAUUCCAGAACACGAUGAGGCAGACGAGAUAAGUGAUGAAAACAGAGAAAAGGUGAAUGACCAGGCAAAACUAAUUGUGGGAAUCGUUGUUGGUCUCCUCCUUGCUGCCCUUGUUGCUGGUGUCGUCUACUGGCUGUACAUGAAGAAGUCAAAGUGAGUUGUGGAAAAAAGAUCUUCAUCGUUCAUUGACUUUCACUGGGAGAAAAUACAAUGUGCUAAUUUUGCUCACUCCAGUCGUGCAUAUAAUUUAUACAAUAAGGAAGAUGUAUCCCCAAAUCAGGUUGAUUAUAUAUUUUGUUUCAACUAAUUUUGACUACACUGCCUUUGUCAGGGACAUGGCUUGGGAUACUGUUUCACAUGUGUCCGUUUAUUUGUCUCAAUCAAUAGCCUGAAUUCAAUUAUUUGAUUUUUUCAGUGCUUGAGUGAAUUUUUUAAAGCGUAUACUUCCUAAAGGUCAACAACCAUAGACUUUUUGGUUGAAGUUGGAGAAGAUUCAUUAAAAGUACCUAGUACAUCUUGUAGGGACUGCCAGGUGUCUUUGCAGUGACACAUCUGGCCAGCAAUGAAACUGCUGCUGAGGUAGGAAUAUCUUAUUGUUAUUACUCCCAUAUUCUAGUUAGUUGACUUUGAUCCAUAUAAGAGUCUAUAUCAGAGAAAAUCAUGUCAUUAUGUCAACUUGAGUUUUUAAAAAUGGAUUAAAGUACCAACACUACAUUAAAAAUGCUUUAGAGAUGUUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-803.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -857.05
Frequency: 0.0000
Diversity: 575.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((..(((....((((((.((((((((.(((.(((((((((.((((.(((.....(((((.((.((((((.((((.((((.((((((.(((((((...(((..(((((............))))).)))..............((((.......)))).......((((.....((((........)))).....))))...............(.((((((....))).))).)(((((.((....)).))))).))))))).))))))..)))).)))).))).))).)).)).)))))))))).)).)))))))..))).))).))))).....(((...)))))))))((((.(((((((((..(((((((((.((.(....((((((((.(((((.((......)).))))).)))))..)))...))).)))).)))))..)))))).))))))).((((.((..(((....))).)).)))).((((((.(((..((....))..))))))))).))).)))))))((((((((...(((((((..(((((((..((((...)))).)))))))...(((......)))....))))))).......(((((((((((((((.(((.((........)).))).).)))))))..))...)))))..((((....))))...(((((((((((((....((.(((.((((((.((....(((((.(((((((...((..((((((....((.((.((((...(((((((.........((((...(((((.(.((......)).).)))))...)))).((((((((((.(((((((...((.((((...((((((((.(((((((....))..)))))))))))))..........((((.....(((((.((((((..(((((((......((((((((.....)))((((((((((..((....))..))))))))))(((((((......(((((((((((...(((...........))).))))..(((((...((((((.........................))))))..))))).)))))))..........((((((((...........(((............)))..(((((((((((((((.((((((...((..((((..(((((.........)))))..))))..))...)))))))))))........))))))))))........))))).)))........)))))))....((((((((...))).)))))...))))).((((..((....))))))...)))))))...)))))).))))))))).((((...((((.................((((((..(....)..))))))..(((..((((.((((((((((((..((((((((((((.......(((((....)))))......))))))((.(((.((((((((.((((....)))).)))))))).))).)).....((((.(((((..((((......((((...))))......(((((.(((........))))))))..((((........)))).((((.......))))(((((((((((.((((.(.(((((.(....(((((((((......(((....)))...((((((.(((.(((((..........(((((((...)))))))........(((....))).....................((((.(((((((((................(((((((((......(((((((((..(((((((((...)))).......)))))..))))........))))).....(((((...)))))......)))))))))......((((.....((.((((....)))).))...))))......((((...))))....)).))))).))...))))....))))).))).)).))))....))).))))))....)))))).).)))).))).)))))))).............(((.....))).))))..)))))))))))))))..))).)))))))))..)))))))))))...)))).)))).)))))))))))))))))))(((((((..(((((..(((((.........)))))..))))))))))))..)))))))......)))).)))).))))))...))....)))))))...........((((..(((.((.((((....((((...((((((..(((.....))).))))))...))))..)))))).)))))))..((((((.......(((((((((...))).)))))).......))))))((((((.....((....)).....))))))......((((((.((((((((((((..(((.....(..((.(((((((..........))))))).))..)..)))..))))))))))))..))))))...))))))))))))))))))((((((((((........)))))..)))))..))))))))..)))))..))))))))((((((((.....................((((..((((((((((((((((.((((((.((......((.(.(((......))).).))......))))))))...))))))))))))..))))))))((((...)))).....))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((((..(((....((((((.((((((((,(({,(({(((((((((((.(((.....(((((.((.((({((,((((.((((.((((((.(((((((...(((..(((((............))))).)))........,{....((((.......)))).}}},..{{{{.....((((........)))).....}}}|,.,.......,..,,|,((((((....))).))).}{{{{{.{{....)).))))).))))))).))))))..)))).)))).))).))).)).)).))))))))))..},)))))))..))).))).))))).....,{{...)))))))))((((.(((((((((..(((((((((.((.,....(({{((((.(((((.((......)).))))).))))}.,)))...))).)))),}))))..)))))).))))))).((((.,{..(((....))).}}.)))).((((((.(((..(({...))}.))))))))).))).))))))){(((((((..,(((((({..(((((((..((((...)))).))))))),,.(((......)))....})))))).......((((((({(((((((.(((.((........)}.))).)}}}))))}..))...)))))..((((....))))...(((({((((((((....{(.(((.((((({{({...,(((((.(((((((,..((,.((((((....((.((.((((...(((((((.........((((,{,{{(((.{.{{,...,,}}.).))}))...}}}}.((((((((((.(((((((...((.((({.,.((((((({{((((({{....}}..))))))))))))).,........((((.....(((((,(((((,{{((((,,,.,}}}}|,||{{{{.....}}}((((((((((..{,....,,,.))))))))))(((((((......{,(((({,,{{.,|{{,...,,|,,.,,}||{|{|,..{{{({{{{((((,{,,({(({.....}}}}||,|},}..|||.,||{|||}}.,,,},||{{{{({,...}))))}.},..........|||}},..,,,....|))||((((({{,,,|||||.{{,||||||||,.||((..(((((.........)))))..))|((((((((((,{||{||||..,,....}}}.,)))))..}},))))))))))).,.......)))))))....((((((({...})).)))))...||||}.|||,..||},.,||||,,...)))),,,..,)))))).)}}}})))).((((...((((.....,...........((((((..(....)..)))))),.(((..((((.((((((((((((..((((((((((((.,.....(((((....))))).....,))))))((.(((.((((((((.((((....)))).)))))))).))).)).....((({{(((((..((((......{.(((({.(((....((((({,,(((........))))})}...((((........)))).((((.......))))(((((((((((.((((.{.(((((.{....(((((((((.,,...(({....|}}...((((((.(((.(((((..........(((((((...))))))).|{,{.,.,{{....)))|....................((((.(((((((((..,.,.......,{{,{((((((((,{{,..{((((((((..(((((((((...}))).......)))))..)))))},.,,,,..,,,.....(((((...)))))......))))))))),}},,.{{{,.,,..{(.((({....))}),}}}},}}}}..,.,,|{{{...))))....)),,)))).}}...))))....))))).))).)).)))).,,.))).))))))....}))))).}.)))).))).))))))))....,,,}......))).}))))).))))..)))))))))))))))..)))},))))))))..)))))))))))...))))})))).)))))))))))))))))))(((((((..(((((,.(((((.........))))).,))))))))))))..)))))))......)))).)))).))))))...)}....))))))),,,........{{{,.{(((.{(.((((....((((...((((((..({{.....))}.))))))...))))..)))))}.)))}}}}..((((((.,.....(((((((({...})).)))))).....,.))))))..,{{..,{{{((({.((((....))))....,}}}|,||||.{(((((((((((..(((.....(..((.{((((((..........))))))}.))..)..)))..))))))))))))..,}}}}}...))))))))))))))))}}((((((((((........))))),,)))))..))))))))..)))))..)))))))}((((((((...{,................((((..((((((((((((((((.((((({,{,...,,,({{,....{{{{....)})),...}}}})})))))}...))))))))))))..)))))))),,,,...,}})...,.)))))))}...
Back