Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001243429.1
Sequence Length
4703 nt
GC Content
0.4555
GUUAUUCCAGGAUCUUUGGAGACCCGAGGAAAGCCGUGUUGACCAAAAGCAAGACAAAUGACUCACAGAGAAAAAAGAUGGCAGAACCAAGGGCAACUAAAGCCGUCAGGUUCUGAACAGCUGGUAGAUGGGCUGGCUUACUGAAGGACAUGAUUCAGACUGUCCCGGACCCAGCAGCUCAUAUCAAGGAACUCUCCUGAUGAAUGCAGUGUGGCCAAAGGCGGGAAGAUGGUGGGCAGCCCAGACACCGUUGGGAUGAACUACGGCAGCUACAUGGAGGAGAAGCACAUGCCACCCCCAAACAUGACCACGAACGAGCGCAGAGUUAUCGUGCCAGCAGAUCCUACGCUAUGGAGUACAGACCAUGUGCGGCAGUGGCUGGAGUGGGCGGUGAAAGAAUAUGGCCUUCCAGACGUCAACAUCUUGUUAUUCCAGAACAUCGAUGGGAAGGAACUGUGCAAGAUGACCAAGGACGACUUCCAGAGGCUCACCCCCAGCUACAACGCCGACAUCCUUCUCUCACAUCUCCACUACCUCAGAGAGACUCCUCUUCCACAUUUGACUUCAGAUGAUGUUGAUAAAGCCUUACAAAACUCUCCACGGUUAAUGCAUGCUAGAAACACAGAUUUACCAUAUGAGCCCCCCAGGAGAUCAGCCUGGACCGGUCACGGCCACCCCACGCCCCAGUCGAAAGCUGCUCAACCAUCUCCUUCCACAGUGCCCAAAACUGAAGACCAGCGUCCUCAGUUAGAUCCUUAUCAGAUUCUUGGACCAACAAGUAGCCGCCUUGCAAAUCCAGGCAGUGGCCAGAUCCAGCUUUGGCAGUUCCUCCUGGAGCUCCUGUCGGACAGCUCCAACUCCAGCUGCAUCACCUGGGAAGGCACCAACGGGGAGUUCAAGAUGACGGAUCCCGACGAGGUGGCCCGGCGCUGGGGAGAGCGGAAGAGCAAACCCAACAUGAACUACGAUAAGCUCAGCCGCGCCCUCCGUUACUACUAUGACAAGAACAUCAUGACCAAGGUCCAUGGGAAGCGCUACGCCUACAAGUUCGACUUCCACGGGAUCGCCCAGGCCCUCCAGCCCCACCCCCCGGAGUCAUCUCUGUACAAGUACCCCUCAGACCUCCCGUACAUGGGCUCCUAUCACGCCCACCCACAGAAGAUGAACUUUGUGGCGCCCCACCCUCCAGCCCUCCCCGUGACAUCUUCCAGUUUUUUUGCUGCCCCAAACCCAUACUGGAAUUCACCAACUGGGGGUAUAUACCCCAACACUAGGCUCCCCACCAGCCAUAUGCCUUCUCAUCUGGGCACUUACUACUAAAGACCUGGCGGAGGCUUUUCCCAUCAGCGUGCAUUCACCAGCCCAUCGCCACAAACUCUAUCGGAGAACAUGAAUCAAAAGUGCCUCAAGAGGAAUGAAAAAAGCUUUACUGGGGCUGGGGAAGGAAGCCGGGGAAGAGAUCCAAAGACUCUUGGGAGGGAGUUACUGAAGUCUUACUACAGAAAUGAGGAGGAUGCUAAAAAUGUCACGAAUAUGGACAUAUCAUCUGUGGACUGACCUUGUAAAAGACAGUGUAUGUAGAAGCAUGAAGUCUUAAGGACAAAGUGCCAAAGAAAGUGGUCUUAAGAAAUGUAUAAACUUUAGAGUAGAGUUUGGAAUCCCACUAAUGCAAACUGGGAUGAAACUAAAGCAAUAGAAACAACACAGUUUUGACCUAACAUACCGUUUAUAAUGCCAUUUUAAGGAAAACUACCUGUAUUUAAAAAUAGAAACAUAUCAAAAACAAGAGAAAAGACACGAGAGAGACUGUGGCCCAUCAACAGACGUUGAUAUGCAACUGCAUGGCAUGUGCUGUUUUGGUUGAAAUCAAAUACAUUCCGUUUGAUGGACAGCUGUCAGCUUUCUCAAACUGUGAAGAUGACCCAAAGUUUCCAACUCCUUUACAGUAUUACCGGGACUAUGAACUAAAAGGUGGGACUGAGGAUGUGUAUAGAGUGAGCGUGUGAUUGUAGACAGAGGGGUGAAGAAGGAGGAGGAAGAGGCAGAGAAGGAGGAGACCAGGGCUGGGAAAGAAACUUCUCAAGCAAUGAAGACUGGACUCAGGACAUUUGGGGACUGUGUACAAUGAGUUAUGGAGACUCGAGGGUUCAUGCAGUCAGUGUUAUACCAAACCCAGUGUUAGGAGAAAGGACACAGCGUAAUGGAGAAAGGGGAAGUAGUAGAAUUCAGAAACAAAAAUGCGCAUCUCUUUCUUUGUUUGUCAAAUGAAAAUUUUAACUGGAAUUGUCUGAUAUUUAAGAGAAACAUUCAGGACCUCAUCAUUAUGUGGGGGCUUUGUUCUCCACAGGGUCAGGUAAGAGAUGGCCUUCUUGGCUGCCACAAUCAGAAAUCACGCAGGCAUUUUGGGUAGGCGGCCUCCAGUUUUCCUUUGAGUCGCGAACGCUGUGCGUUUGUCAGAAUGAAGUAUACAAGUCAAUGUUUUUCCCCCUUUUUAUAUAAUAAUUAUAUAACUUAUGCAUUUAUACACUACGAGUUGAUCUCGGCCAGCCAAAGACACACGACAAAAGAGACAAUCGAUAUAAUGUGGCCUUGAAUUUUAACUCUGUAUGCUUAAUGUUUACAAUAUGAAGUUAUUAGUUCUUAGAAUGCAGAAUGUAUGUAAUAAAAUAAGCUUGGCCUAGCAUGGCAAAUCAGAUUUAUACAGGAGUCUGCAUUUGCACUUUUUUUAGUGACUAAAGUUGCUUAAUGAAAACAUGUGCUGAAUGUUGUGGAUUUUGUGUUAUAAUUUACUUUGUCCAGGAACUUGUGCAAGGGAGAGCCAAGGAAAUAGGAUGUUUGGCACCCAAAUGGCGUCAGCCUCUCCAGGUCCUUCUUGCCUCCCCUCCUGUCUUUUAUUUCUAGCCCCUUUUGGAACAGAAGGACCCCGGGUUUCACAUUGGAGCCUCCAUAUUUAUGCCUGGAAUGGAAAGAGGCCUAUGAAGCUGGGGUUGUCAUUGAGAAAUUCUAGUUCAGCACCUGGUCACAAAUCACCCUUAAUUCCUGCUAUGAUUAAAAUACAUUUGUUGAACAGUGAACAAGCUACCACUCGUAAGGCAAACUGUAUUAUUACUGGCAAAUAAAGCGUCAUGGAUAGCUGCAAUUUCUCACUUUACAGAAACAAGGGAUAACGUCUAGAUUUGCUGCGGGGUUUCUCUUUCAGGAGCUCUCACUAGGUAGACAGCUUUAGUCCUGCUACAUCAGAGUUACCUGGGCACUGUGGCUUGGGAUUCACUAGCCCUGAGCCUGAUGUUGCUGGCUAUCCCUUGAAGACAAUGUUUAUUUCCAUAAUCUAGAGUCAGUUUCCCUGGGCAUCUUUUCUUUGAAUCACAAAUGCUGCCAACCUUGGUCCAGGUGAAGGCAACUCAAAAGGUGAAAAUACAAGGUGACCGUGCGAAGGCGCUAGCCGAAACAUCUUAGCUGAAUAGGUUUCUGAACUGGCCCUUUUCAUAGCUGUUUCAGGGCCUGUUUUUUUCACGUUGCAGUCCUUUUGCUAUGAUUAUGUGAAGUUGCCAAACCUCUGUGCUGUGGAUGUUUUGGCAGUGGGCUUUGAAGUCGGCAGGACACGAUUACCAAUGCUCCUGACACCCCGUGUCAUUUGGAUUAGACGGAGCCCAACCAUCCAUCAUUUUGCAGCAGCCUGGGAAGGCCCACAAAGUGCCCGUAUCUCCUUAGGGAAAAUAAAUAAAUACAAUCAUGAAAGCUGGCAGUUAGGCUGACCCAAACUGUGCUAAUGGAAAAGAUCAGUCAUUUUUAUUUUGGAAUGCAAAGUCAAGACACACCUACAUUCUUCAUAGAAAUACACAUUUACUUGGAUAAUCACUCAGUUCUCUCUUCAAGACUGUCUCAUGAGCAAGAUCAUAAAAACAAGACAUGAUUAUCAUAUUCAAUUUUAACAGAUGUUUUCCAUUAGAUCCCUCAACCCUCCACCCCCAGUCCAGGUUAUUAGCAAGUCUUAUGAGCAACUGGGAUAAUUUUGGAUAACAUGAUAAUACUGAGUUCCUUCAAAUACAUAAUUCUUAAAUUGUUUCAAAAUGGCAUUAACUCUCUGUUACUGUUGUAAUCUAAUUCCAAAGCCCCCUCCAGGUCAUAUUCAUAAUUGCAUGAACCUUUUCUCUCUGUUUGUCCCUGUCUCUUGGCUUGCCCUGAUGUAUACUCAGACUCCUGUACAAUCUUACUCCUGCUGGCAAGAGAUUUGUCUUCUUUUCUUGUCUUCAAUUGGCUUUCGGGCCUUGUAUGUGGUAAAAUCACCAAAUCACAGUCAAGACUGUGUUUUUGUUCCUAGUUUGAUGCCCUUAUGUCCCGGAGGGGUUCACAAAGUGCUUUGUCAGGACUGCUGCAGUUAGAAGGCUCACUGCUUCUCCUAAGCCUUCUGCACAGAUGUGGCACCUGCAACCCAGGAGCAGGAGCCGGAGGAGCUGCCCUCUGACAGCAGGUGCAGCAGAGAUGGCUACAGCUCAGGAGCUGGGAAGGUGAUGGGGCACAGGGAAAGCACAGAUGUUCUGCAGCGCCCCAAAGUGACCCAUUGCCUGGAGAAAGAGAAGAAAAUAUUUUUUAAAAAGCUAGUUUAUUUAGCUUCUCAUUAAUUCAUUCAAAUAAAGUCGUGAGGUGACUAAUUAGAGAAUAAAAAUUACUUUGGACUACUCAAAAAUACACCAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1355.05 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1445.10
Frequency: 0.0000
Diversity: 1114.66
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((.....)))))..(((((...((((((((..(((.(((((.(((((((..(((..(((((((.(((((....(((((((.(.(((.......))).)..)))))))....(((((....((((...((...(((((........)))))...))))))...))))).((...(((((.(((....))))))))...)).((((((((..(((.(((...((((((...........))))))((((((....((((((((..(((.((((..((......(((((.....(((((((.....(((.((((.(((.(((((((((((((...((((((((((((((........))))).)))((((((((((((.((((.((((.........((((((((.........((((.((((.......))))..)))))))))).....((((((((((....((((((((((..(((((((((...((((((((.......((((((((((.............((.((((...((((((.(((((.((((((....))))))..(((.....))).........(((.....(((.(((...((.......))...))).)))....)))(((((((((.......))))).(((....)))((.(((((.((((((((..((((((.......(((.(((((....((((((((.((((((.(((....))).)))))).((((.......))))((((......))))..(((((..(((........))))))))..(((.(((((..((.(((......(((((((((....)))..)))))))))))))))).)))...((((((((((...((((((((..........(((...)))..(((((((...((((((((((.(.((((..((((.......................))))..)))).).))))((((......))))........((((((....)).))))(((((((..((........)).)).)))))..(((....))).(((......)))........(((((((((((((((....((((..............)))).(((((.........)))))...)))).))))).)))))).))))))))).)))).....))))))))......(((((((...((((......)))).....))))))).........(((((.......)))))......((((.......))))...))))))))))..))))))))..............((((((.((((..........(.(((....))))))))..))))))....((((...))))....(((..((....))..))).)))))))).....)))))))))))))))))))..)).....))))(((((.((....)))))))))))))))))).)))).))..............))))))))))......(((((.(......))))))......))))).)))((((((((....(((.....)))....((((...((((...))))...)))).....((((((((.(((..(((((..(((((((((...)))))))))..((((((...........))))))...............(((((......)))))............))))).))).)))))))).(((.......)))((.((((....)))).))............((((((((((...(((((((.(((((((((((((((((((((...(((((....)))))..)))).))))((((((....))))))...........))))))...)))).))))))))))..(((((((((.....................)))))))))....(((((..............(((((((((((((.(((.(((..(((((((.(.(((.(((....((((((((((((((((((((((..((((((.((((((((((((.((..((((((((......))))).)))..))....(((....)))...(((((((((((((((((.............((((((((((.....((.((((.(.((.((((..((((.(((..((((.((((((((......((((((((((((((..(((....................)))...))))))))))))))))))...............(((((.((.(((........))).))...)))))..((((((......)))))).)))).)))).))).))))..)))).)).)))))......(((((((....((((((..(......)..))))))...)))))))....))...))))))))))((((((((...)))))))).........)))))).))))......((((((...............((((((((.....(((((((.........(((((((((..(((((......................................)))))..))...)))))))((((.((.....)).))))....(((.(....).)))...))))))).....)))))))).......(((......)))...(((((((((((((......))))))).))))))..(((((..((((((....))))))....)))))..(((((......((.(((((...(((........)))...))))).))....))))).))))))((((((.(.......).)))))).)))))))(((....))))))))...))))))))))))).)))))).)))))...)))..))))))))....)))((..((((((((.(((((...(((.(((((..(((((.......)))))....))))))))))))))))))))).))...((((((((((....(((((.((((.(........(((((......(((((((((...((((((((((((..((((((..........)))).))..)))))).)))))))))).))))).....((((((...))).)))....(((((........))))).))))).....).))))...))))).))))))))))..))).).))..)))))..))).))).)))))))))))))(((((((.(((....((((...((((........))))..))))..)))))))))).(((((((....((...(((..(((........)))..))))))))))))...)))))...))))))))))...((((...((.((((.((((......))))...))))...))....))))...))))))))....((((....))))..((((((((((((((((.....((((((...((((........(((((((......(((((.(((............))))))))...)))))))........))))...))))))....)))).)))))))))))).))))))))))))))))...((.........))...(((((((((((...))))))............))))).......))).))))))))))((((..((((..((((....((.((((.((.(((((....)))....................))..)).)))).)).))))..))))..)))).(((((((((((.(((.((.((((((((...((((((....((........))...))))))..)))))))))).((......))((((((((..(((((..........)))))....((((......))))............))))))))................))).)))))))))))...)).........)))))))).)))).)))))).))...((....)).....))))))....))))....))))))))).))).)))).))).....))............))))).....)))))))..)))).)))..)))))))).....))))))...))))))...))))))))((((......))))..))))).)))))))..)))...((((((((.(..((...((.(((.......((....)).......)))))..)).).))))))))))))))))))))...)))..))..))))))))))).((((..((((((...........))))))..))))..((((((((((.(((((((((((..(((((........)))))..)).....(.(((..((((...((((((((((((((.(((.....((((((((...((.....))........(((.(((((.........))))).))))))))))).))).))))))......))))))))...))))...))).)..)))))))))((((((((((.(((.(((...((.((((...))))..))..)))...))).)))))))))).((((.((((((.......))))))....((((((.....))))))))))..................((((..(((((((....(((.....)))...))))))).))))...))))))))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((,...,)))))|.(((((...((((((((..(((.(((((.(((((((,,(((..(((((((.(((((..,.(((((((.{.(((.......))).}..)))))))..,|(((({,...(((({(((,...(((((........)))))...).})))}.})))})}||}..{(((,{(((....)))))))).{{||(((((((((..{((.(((..,((((((,,....,,...))))))|(((((....((((((((..(((.((((..(,.....{(((((.....{((({,,.....(((.((((.(((.(((((((((((((...((((((((((((((........))))).))}((((((((((((.((((.((((.........((((((((.,.,,,,..({((.(({{...,,,.}}}}..))))}))|||..{{(((((((((((....{{,(((((((..(((((((((...({((((({..,,.{.((((((((((.....{{{,....,{.{{{{,,,((((((.(((((.((((((....))))))..{({.....,,,....,....{{(,,...(((,,{{...{(.,.....,,...,}},)})....}}}{{{{(((((.......))))).(((....)))({.(((((.((((((((..((((((..,,...({(,((({{....((((((((.((((((.(((....))).)))))).((({.......}}}}((((......))))..(((((..(((........))))))))..(((.((((,.,((.(((......(((((((((....))}.,)))))))))))))))).)))...((((((((((...((((((((..{.....|.(((...)))..(((((((...((((((((((.(.((((..((((.......................))))..)))).}.))))(({,......|||}.......,|||{{{...,||||}}}(((((((..((........)).)).)))))..{||,,,.}}}.(((......)))........(((((((((((((((....((((..............)))).(((((.........)))))...))))},)))),,))))).)))))))))}}})).....)))))))),.....(((((((...((((......)))).....))))))).........{((((.......))))}......((((.......))))...))))))))))..))))))))..............((((((.((((..........,.{||....,},.))))..))))))....((({...))))....{,,..,....,))..}}..))))}})).....)))))))))))))))))))..)}..,}})))){((((.((....)))))))))))))))))).|||}{||....,,.,}}....)))))))))),.....(((((.(......)))))).....,|}||},||},(((({{,.{{{((.,,,({{{{....||||,..||||},,|},}..,})})|....{(((((((.(((..(({(({{(((((((((...})))))))}..((((((...........))))))....,{,........|{{{{......))))}........,}},,}))).))).)))))))).,{{....,|,|||((,{{{.....}}},..,...,........{{((((((({...(((((((.((((((((((((((({((((({(.{{({(..,.}}}}|,|}}}},)))){{{|||,,..))))),........},,))))))...)))).))))))))))..(((((((((..,...............,..)))))))))....((((({...,,........(((((((((((((.(((.(((..(((((({,{,(({,{({.,.{((((((((((((((((((((((..(((((({((((((((((((.((..((((((((......}))))||}}..}),,,.(((,.,,|}},.{(((((((((((((((((..{(({((.....||||},.{({||.,||{|,||,.}}|,.|||,..||||.,|{||.,((,(((.(,((,((({,{{{(((((((((((..((,{{,.................))),,.)))))))))))))},,||{{{.{{,.,......(((((.((.(((........))).))...})))){,(((,,,.....{||||||{},.,.})))))))}))))}{|||,.||.,,,)),},...(((((((,,..((((((.,{......)..))))))}}.)))))))}})))))))),))))),,,{{{{||||,,,))})))})}..},},..)))))),,)))......||{{|(,,,...,,,,,,...{(({((({.....(((((((....,.,..(((((((((..(((((............,,.............}},........)))))..))...))))))){|||.((...,,)).}}}}.||,{{|,|...,},}}}...}}}}}}}.,...)))}}}}}.......{{{..,,,.,}}..|(((((((((((((......))))))).)))))).,{(({{{,((((((....)))))).,,.)))},..,||||.....,((.(((((...(((........)))...))))).)).,..}}))).))),}}((((((.{.......}.)))))).)))))}}|((....))))))))...))))))))))))).)))))).))))),..})}..)))))))}}}..}}}|,{.(((((({({(((((...(((.(((((..{,(((,......}})))},..))))))))))))))))))))).)}...((((((((({.,..(((((.((((.{,,...,,.(((({..,,..(((((((((...((((((((((((..((((((..........)))).))..)))))).))))))}))).))))).....{(({{{..,}||.)}},...{{(({........}))},.}}))},....},}}}}...))))),))})))))))..}}),|.))|}}}}))..))).))}.))))))))))))){({((((,(({.|,,{(((...((((,,.,,...}}}}..)))).}))))}))})).||{||||.,,,,,,,.{{{..{{{.....,,.))}..}}}.|)))))}}.||))}))|..}))))))))),..{(((...{{.((((.((((......))))...)))).,.},....)))).,,)))))))),...((((....))))..((((((((((((((((.....((((((...((((.{{,.,..(((((((......((((||(((............))))})))...)))))))..,.},,,))))...))))))....)))).)))))))))))).)))))))))))))))),{{{{,,.......,,..,}|||||(((((...)))))}..,||||.....||,,.,,.....))).))))))))))|))},}|{||}}||||,,,..,,||{(,,{...,,,...,))}....................,...,,.}|||{||.||,,..,)),,})))).(((((((((((.(((.((.((((((((...((((((....{{.............))))))..}))))))),}.{{......}}((((((((..{{(,{,{.......}))}}|,,,.((((......)))).......,,,..))))))))................))).)))))))))))..............)))))))).))))}}))))).))...{{....,},}...))))))....))))....))))))))).))).)))).))).....,|,.,,........))))}.....))))))}..)))).)))..)))))))).....)))))}...}))))}...)))))))),,,,...,}})),...))))).)))))))..)))...,{((((({,({.((...((.(((....,,{,,..,})},......}}},,..)).)}))))))))))))))))))))...)))..))..))))))))))).((((..((((((...........))))))..))))..{(((((((((,(((((((((((..(((((........})))),.))},,,,{,{,{,{((((.,.((((((((((((((.(((,....({((((((..,{|||{{{|{.{....}}|({.{{{||..,.,.,|.))))),}}|}}}))}}),))),))))}}...,,,))))))))...))))..,|))|}..,)))))))}((((((((((.(((.(((...((.((((...))))..))..)))...))).)))))))))),{{,,{,((((({,,,...,})))}...,((((((.....)))))))))).,,..,}}..........((((.,{{{{{||,,.,|||,.,,,)}}.,.}))))))}))))...)))))))))}............
Back