Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001244572.1
Sequence Length
2254 nt
GC Content
0.4836
GAGGGGCCGAGGCCAGCCCCGGAGAGGAGAAAACCCGCGGGCCUGGCCGGGUGCAGGCCACCCUUGCCGGCGGAUCGGAAUCCCCGCCCACACCGUGGUCUUUCCAGCACCGCAGACACCUGCCGGCUCCUCCCGAGCGGAGCUCAGGGCUGACAAAGCGCGGUCAGAGCGGCCGCUUACUGGGGCUCGCCCGCUCCUUAGAGCACUGGCAAUGAUGUGCGGAUCCUCGCUGCUGCUGCUGGGAAACUGUUGAGUGGCUGAAUGACCCCAGGGGACCCUGGGAGAGCUCUGAAGCCCUCAGCCACCAAGUGGCUGGGCUGGCAAGGGUUCAUUCAUUCAUUCAACAAAUACGAAUGUGCAGCGGUGCUGGGGUCAUGAUGGCUCGGUGGGCAGCGAGGGGCCGGGCCGGCUGGAGGAGCACAGUGCGGAUUCUAUUCUGAAAGUCAAGAAGACAUCAUCCGGAAUAUUGCCAGGCACCUCGCCCAGGUCGGGGACAGCAUGGACCGUAGCAUCCCUCCGGGCCUGGUGAACGGCCUGGCCCUGCAGCUCAGGAACACCAGCCGGUCGGAGGAGGACCGGAACAGGGACCUGGCCACUGCCCUGGAGCAGCUGCUGCAGGCCUACCCUAGAGACAUGGAGAAGGAGAAGACCAUGCUGGUGCUGGCCCUGCUGCUGGCCAAGAAGGUGGCCAGUCACACGCCGUCCUUGCUCCGUGAUGUCUUUCACACAACAGUGAAUUUUAUUAACCAGAACCUACGCACCUACGUGAGGAGCUUAGCCAGAAAUGGGAUGGACUGAACGGACAGUUCCAGAAGUGUGACUGGCUAAAGCUCGAUGUGGUCACAGCUGUAUAGCUGCUUCCAGUGUAGACGGAGCCCUGGCAUGUCAACAGCGUUCCUAGAGAAGACAGGCUGGAAGAUAGCUGUGACUUCUAUUUUAAAGACAAUGUUAAACUUAUAACCCACUUUAAAAUAUCUACAUUAAUAUACUUGAAUGAAAAUGUCCAUUUACACGUAUUUGAAUGGCCUUCAUAUCAUCCACACAUGAAUCUGCACAUCUGUAAAUCUACACACGGUGCCUUUAUUUCCACUGUGCAGGUUCCCACUUAAAAAUUAAAUUGGAAAGCAGGUUUCAAGGAAGUAGAAACAAAAUACAAUUUUUUUGGUAAAAAAAAAUUACUGUUUAUUAAAGUACAACCAUAGAGGAUGGUCUUACAGCAGGCAGUAUCCUGUUUGAGGAAAGCAAGAAUCAGAGAAGGAACAUACCCCUUACAAAUGAAAAAUUCCACUCAAAAUAGGGACUAUCUAUCUUAAUACUAAGGAACCAACAAUCUUCCUGUUUAAAAAACCACAUGGCACAGAGAUUCUGAACUAAAGUGCUGCACUCAAAUGAUGGGAAGUCCGGCCCCAGUACACAGGGGCUUGACUUUUUCAACUUCGUUUCCUUUGUUGGAGUCAAAAAGAACCACUUGUGGUUCUAAAAGGUGUGAAGGUGAUUUAAGGGCCCAGGUCAGCCACUGUUUGUUUACAAAAUCAGGUAACUAACUGCAUACACUUUUUCUCUUUCCAUGACAUCAAGACUUUGCUAAAGACAUGAAGCCACGGGUGCCAGAAGCUACUGCGAUGCCCCGGGAGUUAGCCCCCUGGUAAUAGCUGUAAACUUCCAAUUUCUAGCCAUACGCUCAGCUCAUCCAUGCCUCAGAAGUGCAUCUGGAGAGAACAGGUUUCUAAGCAUAAAAGAUGAAAGAGCAGUUGGACUUUUUAAAAAUUCAGCAAAGUGGUUCCCUCUCUUAGGGACAGUCAAAACCAAGUCACUUAGGUAGUACCAAAAUAAAUAAGGAAAAGCUUAGCUUUAGAAACAGUGCAACACUGGUCUGCUGUUCCAGUGGUAAGCUAUGUCCCAGGAAUCAGUUUAAAAGCACGACAGUGGAUGCUGGGUCCAUAUCACACACAUUGCUGUGAACAGGAAACUCCUGUGACCACAACAUGAGGCCACUGGAGACGCAUAUGAGUAAGGGCACUGACGGACUCAUGAUUUCUUCUUACCAGAUGCUUUCCUGUUCUUUAAGAGUUUAAAAUCAUCAGAAAGGAAAAACAAACUCUAUAUUGUUCAGCAUGCAAUACAUACCACGCUAGGGCUGGCUCAAUUGAAAGUGGGCAAAAGCUUACAAAUACUAAAAAGAAGUGCUGCCGCGCAGUGUGGAGGCCACUGUUUGGAAAUAAAUCUUCCUAACACUACAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-748.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -789.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 562.39
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((.((((((((((((............))).))).)))))).((((((((((((...((..(((((..........)))))..))..))))))).....)))))((((....)))))))))))))((((((((.((((..(((((........))))).))))((((((((...(((((......)))))...))))...(((((((.((((.(((((((.((.((((((((........((((((((((.(((((((.((((((....))))))...(((((...((((((((((((...)))))))))..))).)))))))))))).))))))))))...........)))))))))).)))))).......(((((((((..((((((..(.(((((((((((..((((....(((((....(((((((...(((.....)))......)))))))..(((((((...(((((.((((((((((..(((((...))).)).)))))...))))))))))...))))))).))))))))).......)))))))))(((((((((((.((......(((.((((((((..(.(((..((((.((....((((..(.((((...(((((............))))))))).)..))))..)).)))).))).)..))))))))))).....)))))))).)))))(((((...(((((......)))))...))))).)).)..))).))).))))).))))((((((((((((..(((...(((((((......))).))))....)))..)))))).))))))...(.((((((((((((.......((((((((......(((((.(((.........))).)))))............)))))))))))))))))))).)((((((((((.....((((......))))...))))))))))...........((((.((((((........))))))...))))((((((.(((((((((((..........(((((((((((...(((((..(((.....)))..)))))......)))))))))))(((.((........)).)))......((((((((.((((..(((((.(((((.(((((((((.....)))))))))..)))))......(((..(((((.....)))))..))).(((((......)))))(((((...((((((((((.((((.(((......((((......(((..........)))....))))....))).)))).......(((((.........)))))..........((....))......)))))).........))))...))))).(((..(((((((.((((((........)))))).)))))))))).....))))))))).))))))))....(((((((....)))))))....))))))))))).))))))((((((((.....(((((((((((((.....((((((...((((((.......((((...(((((.((..............))..)))))...))))((.((((.((.....((....))...))))))))))))))...))))))....((((.............((((((.....((((...(((((.((((...((((....(((((.......)))))))))..))))....)))))..)))).)))))).............))))(((.(((((((........((((((......((((.........(((...)))...........((((.(((........(((..(((((...))))).)))))).))))..))))......)))))).))))))).)))..))))).))))))))...))))))))....).)))))))))))..((((((((((((((.(((.((.((...)).)).))).))))..((((.((.(((((((((.(((.....))))).....))))))))).))))))))))))))....(((((((.......((......)).....))))))).((((((.......))))))....(((((((.(.((.(((..........((((((....))))))...((((.......))))..))))).)))))))).)))).))))))))......................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((.((((((((((((.,.........,))).))),}))))).((((((((((((...((..(((((...,....,,)))))..))..))))))).....)))))((((....))))))))))))){,(((({{.||||.,(((({.{,..,,{|||}|,|}||{{||||||...|{|||.,||,.((({....))))...(((((((.(((((((,{((((((((((((((({{.,....((((((((((.((((((,.((((((....)))))).,{(((((..{((((,{((((((...)))))))))}},,}.)))))))))))).))))))))))....,.....}})))))))|{{||||(({...}}})})}||,|}))))))))..}}}((((((((((.,((((....({(((,,..{{(((((...{{{.....))}...,,,))})}},..(((((((...((({((((((((((({..(((((...}}}.)).))))),,.))))))))))...))))))).)))}})))).....,.)))))))))}(((((((((,{((......((,{((((((((..(.(((..((((.{,.{{{((((..({(,{{,,.(((((............))))))))).)..)))),})).)))).))).)..))))))))))).,...)))))))).))))|(((((...(((((......)))))...))))}.,,.,..,||.|||.,,,,}}))})((((((((((((..(((...(((((((......)))}})))....)))..))))))}}})))),,,(,((((((((((((.......((((((((.(....(((((.(((.........))).))))).........}}.)))))))))))))))))))).,((((((((((.....((((......))))...))))))))))....,,,,...{({{.((((((........))))))...)))}{(((((.(((((((((((..........(((((((((({..,((({{..||||,..,|||..,,,}}...}},)))))))))))(((.{(,.....,,},.})).,,{{,{{{{({,{.{{{{,.|||||.......,((((((((.....))))))))|{{|||||.....,({{,,{(({{...,,}))}},,)}},,,|||}}}},.|||||(((((...((((....(({{{,((((........)))).....||,.....,,,.,|,.,,,||||},...,,..|{{{,....,,|||{,.........}}))}|||,......,,....}}..,,||},,)))),.,,...,))))...))}}}|||,,||((((((.((((((........)))))).))))))}}},,,,}||}||||,,,.}})))},}....(((((((....)))))))....))))))))))).)))))}((((((((..,,.(((((((((((((.....{{((({...{{{{{{|,.....{{{,.,.({,{,.,..|.....,,|....|},.,,}},,.,||,}{{.{(((.((,{...((....))..})))))||||}}|||,.,|||||},,,,(({{.............,,{{{{.....((((...(((((.((((,{.((((....{((((.......))))))))).,))))....)))))..)))).||||}|.,|,.......,,}}}},((,({{((((.,..,,,,(((((,......{{{,.}},.}}}}||,},.,,,...........|}||.{||}}.}}},,{{{..(((((...))))).}}})}}}}}))}}}))}..}}},}})))).))))))).))}..))))).)))))))).,,))))))))..,,},)))))))))))},((((((((({((((.(((.((.{{...,).)).))).))))..((({.((.(((((({,,.{{,.....}}}})....,))))))))).})))))))))))))....(((((((....,,.,,......)}.....))))))).((((((.......))))))....{{{,{{{.|.||,|||,|........((((((....))))))...,{{{.......)))},,)))))})}}))))}.)))).}||||.((({.......}))).,}},....................
Back