Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001250.6
Sequence Length
1682 nt
GC Content
0.5071
AGUGGUCCUGCCGCCUGGUCUCACCUCGCUAUGGUUCGUCUGCCUCUGCAGUGCGUCCUCUGGGGCUGCUUGCUGACCGCUGUCCAUCCAGAACCACCCACUGCAUGCAGAGAAAAACAGUACCUAAUAAACAGUCAGUGCUGUUCUUUGUGCCAGCCAGGACAGAAACUGGUGAGUGACUGCACAGAGUUCACUGAAACGGAAUGCCUUCCUUGCGGUGAAAGCGAAUUCCUAGACACCUGGAACAGAGAGACACACUGCCACCAGCACAAAUACUGCGACCCCAACCUAGGGCUUCGGGUCCAGCAGAAGGGCACCUCAGAAACAGACACCAUCUGCACCUGUGAAGAAGGCUGGCACUGUACGAGUGAGGCCUGUGAGAGCUGUGUCCUGCACCGCUCAUGCUCGCCCGGCUUUGGGGUCAAGCAGAUUGCUACAGGGGUUUCUGAUACCAUCUGCGAGCCCUGCCCAGUCGGCUUCUUCUCCAAUGUGUCAUCUGCUUUCGAAAAAUGUCACCCUUGGACAAGCUGUGAGACCAAAGACCUGGUUGUGCAACAGGCAGGCACAAACAAGACUGAUGUUGUCUGUGGUCCCCAGGAUCGGCUGAGAGCCCUGGUGGUGAUCCCCAUCAUCUUCGGGAUCCUGUUUGCCAUCCUCUUGGUGCUGGUCUUUAUCAAAAAGGUGGCCAAGAAGCCAACCAAUAAGGCCCCCCACCCCAAGCAGGAACCCCAGGAGAUCAAUUUUCCCGACGAUCUUCCUGGCUCCAACACUGCUGCUCCAGUGCAGGAGACUUUACAUGGAUGCCAACCGGUCACCCAGGAGGAUGGCAAAGAGAGUCGCAUCUCAGUGCAGGAGAGACAGUGAGGCUGCACCCACCCAGGAGUGUGGCCACGUGGGCAAACAGGCAGUUGGCCAGAGAGCCUGGUGCUGCUGCUGCUGUGGCGUGAGGGUGAGGGGCUGGCACUGACUGGGCAUAGCUCCCCGCUUCUGCCUGCACCCCUGCAGUUUGAGACAGGAGACCUGGCACUGGAUGCAGAAACAGUUCACCUUGAAGAACCUCUCACUUCACCCUGGAGCCCAUCCAGUCUCCCAACUUGUAUUAAAGACAGAGGCAGAAGUUUGGUGGUGGUGGUGUUGGGGUAUGGUUUAGUAAUAUCCACCAGACCUUCCGAUCCAGCAGUUUGGUGCCCAGAGAGGCAUCAUGGUGGCUUCCCUGCGCCCAGGAAGCCAUAUACACAGAUGCCCAUUGCAGCAUUGUUUGUGAUAGUGAACAACUGGAAGCUGCUUAACUGUCCAUCAGCAGGAGACUGGCUAAAUAAAAUUAGAAUAUAUUUAUACAACAGAAUCUCAAAAACACUGUUGAGUAAGGAAAAAAAGGCAUGCUGCUGAAUGAUGGGUAUGGAACUUUUUAAAAAAGUACAUGCUUUUAUGUAUGUAUAUUGCCUAUGGAUAUAUGUAUAAAUACAAUAUGCAUCAUAUAUUGAUAUAACAAGGGUUCUGGAAGGGUACACAGAAAACCCACAGCUCGAAGAGUGGUGACGUCUGGGGUGGGGAAGAAGGGUCUGGGGGAGGGUUGGUUAAAGGGAGAUUUGGCUUUCCCAUAAUGCUUCAUCAUUUUUCCCAAAAGGAGAGUGAAUUCACAUAAUGCUUAUGUAAUUAAAAAAUCAUCAAACAUGUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-583.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -615.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 421.10
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((....((((...((((((.((((((.((((((((...((((((((((((.((((((((((((.((.........)).)))).............(((((((.(((((((...(((((((..............))))))))))))))....(((((........))))).(((((((......)).))))).....((((....)))).)))))))........((((.((....))))))))))).))).))))))....((((...((.((((((((((((....((((..(((((...(((((.((..................)).))))))))))......(((((..((((.....)))).)))))(((.((((.((((...)))).)))).)))..))))....))))))))..))))))))))..))))))...))).)))))..)))((((((.(((((.(..(((((((((((..((((((((.((((((((....((((.......)))).((((((.(((((......)))))..((((((..(((............))).))))))(((((..((((((......)))((((((((.((...((((((..........))))))((.(((((((((((((((((((((((...((((.....(((((....(..(((.........)))..))))))((.....))....((((((((((............)))).))))))((((..(((((......)))))..))))..........))))...))))).)).)))))))))))))))).))(((((..((((..(((..((..((((((..((((((((((.....)).))))))))..(((((((....((((((..(((((.....)))))))))))(((((((.((((.((((((..(((((((((.((....)))).)))))))((((((((((((.......(((((((.((((((((.((.(((...(((....)))...))).)).)))(((((.........)))))...((((.....)))))))))..))).))))..........))))))))))..))...(((((((((((.............))))).)))))).)))))))).))))))))).(((((((......)))))))..(((((((((.((....))))))))))).........))))))).(((((.((..((((........))))...)).)))))...))))))..)).))).)))).)))))..................(((((.((((((.............)))))).))))).....(((((((((.((((...(((.((((.....)))).)))....))))))))))))).((((((((((((.......)))))))))))).((((((((((.....))))))).))).)).))))))))....)))..)))))......))))))))).)))))))))))).).....))))))))))).).)))))..))))))......)))))))))))))....)))).........(((((((((......)))))))))....((((((...))))))............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((,...|||({,.((((((.((((((.((((((((...((((((((((((.((((((((({{(,({.,{..,...}}.)))}...}}|.......{{{{({|.{{{|{{{..,(((((((..............))))))))|||||||{,,(((((........))))).{{{{{{{,,,,,,))||||||,....((({....}))).},))))),,......,{((.{(....))))),))))).))).)))))}....((((...((.((((((((((((....((((..(((((...(((((.((..............,...)).)))))))))).,....(((((..((((.....)))).)))))(((.((((.((((...)))).)))).)))..)))).,..))))))))..)))))))))).,))))))...))).)))))..))){(((((.(((((.(..(((((((((((..(((((({(,(((((((,....((((.......)))),((((((.{{({{....,,||}||{{{{.|||,.|||}},,...,....,,,.,|}}}|(((((..((((((((((((((...})))((((.((((({....)))))).}))))))))))(((((((((((((((((((((((...,.,......((((((......))),,)).....({|..,||,.,{,.....|}....((((((((((............))))}}))))){{{{..{{(({,.....}}}})..))))........,}),.)}}.))))).))}))))))))))))))))(((((,,(((((.(((((((((.....{{,{,.((((((((((.....)).)))))))).}|||((({..,.((((((..(((((.....)))))))))))}|}|}|||((((.(((((((.(((((((((.({....)})).))))))),)})))}})))|||,..{{((|,......}.}}||.,.)))}})))))))))).}.....((((........)))))))))........(((((((((..(((((((((.....(({......((((({(((({.,,,{(({{(((((,((({((({({,,,.......,,))),))}))).)))..))).,}}}|}}||,{((((((......)))))),..((((((((({((....)))))))))))...,,{{|||||},.,.{,,|||||.,||||,.,,.,,.})}}}}}}}.,))))},..)))))...,.))))))))))))((({......})))......{((((.((((((.............)))))).)))),.....,,((((({{.((({...{{{.{((({{,..||||,|,...,,)))})))))))}}||{|{{|||{{{||,,|{{,|{{|||||||||.,,,|||}))}}}},}))}}}}},},......)))))))))..)))..)))))}...,.)))))))))}}))))))))))).).....))))))))))).).)))))}.)))))}......})))))))},)))....))}}.........(((((((((,.....))))))))),,,.((((({...,))))),,,.........................
Back