Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001253909.2

Sequence Length

1026 nt

GC Content

0.4035

AAACAUUUGCUAGUCAGACAAGUGACAGGGAAUGGAUUCCAAACACCAGUGUGUAAAGCUAAAUGAUGGCCACUUCAUGCCUGUAUUGGGAUUUGGCACCUAUGCACCUCCAGAGGUUCCGAGAAGUAAAGCUUUGGAGGUCACAAAAUUAGCAAUAGAAGCUGGGUUCCGCCAUAUAGAUUCUGCUCAUUUAUACAAUAAUGAGGAGCAGGUUGGACUGGCCAUCCGAAGCAAGAUUGCAGAUGGCAGUGUGAAGAGAGAAGACAUAUUCUACACUUCAAAGCUUUGGUCCACUUUUCAUCGACCAGAGUUGGUCCGACCAGCCUUGGAAAACUCACUGAAGAAAGCUCAAUUGGACUAUGUUGACCUCUAUCUUAUUCAUUCUCCAAUGUCUCUAAAGGUAUGCAGUUUGUAUGAGCAUAAAAUUGCGCUUCUGCUGUCAUUAUAAACAUUGUUUAUCUGGAUAGUUGAACAGAGCUUUUUAUUAGGAGGAUGUAGGGAUUAUCACACAGAAGAAGAACCGUAAGUGGAACACCUAAUUUCCUUUCUUUCGAGUAAAUUUUGAAUCCUACUUCUCUAAUGCACACCUACAAGAGAAGAGAGUACAGCAACCUCAAAGCCUCUUCCUCAAAAACUUGAAAUUACAAUAGUCUCUUUCAAGGCACUGUCUUAGUUGUGGCUUUUGAGUCCAUCUCUUGGGAUGUUCCCAGACACAGAGUUUCAUGCAGUUGUGGUGCCCAAUAAAACUGCUGCACAUGUGAUGCACAAUGAGUUUCCACCAUCUCUCCCCAUUUCAAGCUGAAGCAGAUUUGGUGGAAGCCACUAUGCAUGGUUCUUAAAUUAGAAACCCUUAAUGUGGACUUGCAAAGCUUUAUUAUUCUGCUGCCUCUUCUUUCACAAUAGAGUUUGAAGCUGUAUUUAGCCAGGAAUUACUGUGUAGUGUAUAACUUUUGAUUUAAAGUUACAGAAAACUACUCAGGCUAGUUAAUGCAAAAGAGUUUACUGAGUUAUGUAAAAUGGGAAGUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-279.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -301.52

Frequency: 0.0000

Diversity: 263.49

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...(((((.((.((((......)))))).)))))..(((((.((((....))))...((((((((..((((((..(....(((((((((((((((((..((((((((((((((((.((..........)).))))))))))..........)).))))..)))))))))))..))))))...((.((((((........)))))).))..(((((((((.((((((....(((....))).))))))....(((((.(((((......)))).).))))).((((((((((...........))))))))))))))))))).(((((((((.(((..(((((((((((((.((((((..(((.(((........)))..)))..))))))..............(((((((...........)))))))..(((.((((((...((((((...))))))...)))))).)))..))))))))).))))(((((..((((..((.((((..................))))))..))))...)))))..((((((((...((((((......(((((((..((........)))))))))((((....((.........))))))...)))))))))))))).......)))...))))))))).........)..))))))...((((((((...((((((...)))))).((((..((..((.((((((.(((...)))....)))))))).)).))))(((((...((.((((((((((..((((..((........))..).)))..))))))))))))...)))))((((((......)).))))......))))))))....(((((((..((((((.((............)).)))))).))))))).)))))))).........(((.(((((...(((((((......)))))))......))))).)))((........)).......(((((........))))).)))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

...(((((.((.((((......)))))).)))))..((((,.((((....))))...(((....((((((((.((((.{{(((({{(((((((((((..((((((((((((((((.((.,.....}..}).))))))))))..........)),,)))..))))))))))}..}}}}}}...(({(((,(({{,.....,)))))}))))))})))).))))))))...}|},.{,..({(({.(((((({({{{(,(((((,,,.,,||}}.,.}||||,{(((((((((...........)))))))))|{{{||{|}}.{{,|||||...(((.(((((((((((((.((((((..(((.,((........,,,..)))..))))))..,,....,},,.{(((((((||,,..,,|..}}}))))|.(((.((((((...((((((...))))))...)))))).)))..))))))))).))))}}|,,,{((((,.{{.,,....,{{,{.,{...,,..,|,({{{..,,,...}))),,.,|{((((({...,|||||,..}}.|||||{{..{{.....,,,}}}|}||||((,(,...,..........}}})))},.)}|,,,,,))))},..,.,}}}))}}})))),}}))}}}))}.,|||,,.((((({{((((((({.{{{(((((...)))))),((((..{{..((.((((((.{{{...,,,.}..}))))))).)}.))))(((((...((.((((((((((..(((...,..{{{,...})}}).)))..))))))))))))...)))))((((((......))}}}))......))))))))}.)))))).,},,,.}}}))}}}}))}||,,},.,,,{|,{{{{|,,,|||{,},,}})},,,,,,,,.|||.(((((...(((((((......)))))))......))))),)))||,.......))...,,,,|{{{|,.......))}},.}})))....