Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001254.4
Sequence Length
4564 nt
GC Content
0.4479
AUUCGGAUUUGGCGCGAGCGCGGCUGGAGUUUGCUGCUGCCGCUGUGCAGUUUGUUCAGGGGCUUGUGGUGGUGAGUCCGAGAGGCUGCGUGUGAGAGACGUGAGAAGGAUCCUGCACUGAGGAGGUGGAAAGAAGAGGAUUGCUCGAGGAGGCCUGGGGUCUGUGAGGCAGCGGAGCUGGGUGAAGGCUGCGGGUUCCGGCGAGGCCUGAGCUGUGCUGUCGUCAUGCCUCAAACCCGAUCCCAGGCACAGGCUACAAUCAGUUUUCCAAAAAGGAAGCUGUCUCGGGCAUUGAACAAAGCUAAAAACUCCAGUGAUGCCAAACUAGAACCAACAAAUGUCCAAACCGUAACCUGUUCUCCUCGUGUAAAAGCCCUGCCUCUCAGCCCCAGGAAACGUCUGGGCGAUGACAACCUAUGCAACACUCCCCAUUUACCUCCUUGUUCUCCACCAAAGCAAGGCAAGAAAGAGAAUGGUCCCCCUCACUCACAUACACUUAAGGGACGAAGAUUGGUAUUUGACAAUCAGCUGACAAUUAAGUCUCCUAGCAAAAGAGAACUAGCCAAAGUUCACCAAAACAAAAUACUUUCUUCAGUUAGAAAAAGUCAAGAGAUCACAACAAAUUCUGAGCAGAGAUGUCCACUGAAGAAAGAAUCUGCAUGUGUGAGACUAUUCAAGCAAGAAGGCACUUGCUACCAGCAAGCAAAGCUGGUCCUGAACACAGCUGUCCCAGAUCGGCUGCCUGCCAGGGAAAGGGAGAUGGAUGUCAUCAGGAAUUUCUUGAGGGAACACAUCUGUGGGAAAAAAGCUGGAAGCCUUUACCUUUCUGGUGCUCCUGGAACUGGAAAAACUGCCUGCUUAAGCCGGAUUCUGCAAGACCUCAAGAAGGAACUGAAAGGCUUUAAAACUAUCAUGCUGAAUUGCAUGUCCUUGAGGACUGCCCAGGCUGUAUUCCCAGCUAUUGCUCAGGAGAUUUGUCAGGAAGAGGUAUCCAGGCCAGCUGGGAAGGACAUGAUGAGGAAAUUGGAAAAACAUAUGACUGCAGAGAAGGGCCCCAUGAUUGUGUUGGUAUUGGACGAGAUGGAUCAACUGGACAGCAAAGGCCAGGAUGUAUUGUACACGCUAUUUGAAUGGCCAUGGCUAAGCAAUUCUCACUUGGUGCUGAUUGGUAUUGCUAAUACCCUGGAUCUCACAGAUAGAAUUCUACCUAGGCUUCAAGCUAGAGAAAAAUGUAAGCCACAGCUGUUGAACUUCCCACCUUAUACCAGAAAUCAGAUAGUCACUAUUUUGCAAGAUCGACUUAAUCAGGUAUCUAGAGAUCAGGUUCUGGACAAUGCUGCAGUUCAAUUCUGUGCCCGCAAAGUCUCUGCUGUUUCAGGAGAUGUUCGCAAAGCACUGGAUGUUUGCAGGAGAGCUAUUGAAAUUGUAGAGUCAGAUGUCAAAAGCCAGACUAUUCUCAAACCACUGUCUGAAUGUAAAUCACCUUCUGAGCCUCUGAUUCCCAAGAGGGUUGGUCUUAUUCACAUAUCCCAAGUCAUCUCAGAAGUUGAUGGUAACAGGAUGACCUUGAGCCAAGAAGGAGCACAAGAUUCCUUCCCUCUUCAGCAGAAGAUCUUGGUUUGCUCUUUGAUGCUCUUGAUCAGGCAGUUGAAAAUCAAAGAGGUCACUCUGGGGAAGUUAUAUGAAGCCUACAGUAAAGUCUGUCGCAAACAGCAGGUGGCGGCUGUGGACCAGUCAGAGUGUUUGUCACUUUCAGGGCUCUUGGAAGCCAGGGGCAUUUUAGGAUUAAAGAGAAACAAGGAAACCCGUUUGACAAAGGUGUUUUUCAAGAUUGAAGAGAAAGAAAUAGAACAUGCUCUGAAAGAUAAAGCUUUAAUUGGAAAUAUCUUAGCUACUGGAUUGCCUUAAAUUCUUCUCUUACACCCCACCCGAAAGUAUUCAGCUGGCAUUUAGAGAGCUACAGUCUUCAUUUUAGUGCUUUACACAUUCGGGCCUGAAAACAAAUAUGACCUUUUUUACUUGAAGCCAAUGAAUUUUAAUCUAUAGAUUCUUUAAUAUUAGCACAGAAUAAUAUCUUUGGGUCUUACUAUUUUUACCCAUAAAAGUGACCAGGUAGACCCUUUUUAAUUACAUUCACUACUUCUACCACUUGUGUAUCUCUAGCCAAUGUGCUUGCAAGUGUACAGAUCUGUGUAGAGGAAUGUGUGUAUAUUUACCUCUUCGUUUGCUCAAACAUGAGUGGGUAUUUUUUUGUUUGUUUUUUUUGUUGUUGUUGUUUUUGAGGCGCGUCUCACCCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCGCGUUCUCUGCUCACUACAGCACCCGCUUCCCAGGUUGAAGUGAUUCUCUUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGAUUACAGGUGCCCACCACCGCGCCCAGCUAAUUUUUUAAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUUACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGACCCUCAAGUGAUCUGCCCACCUUGGCCUCCCUAAGUGCUGGGAUUAUAGGCGUGAGCCACCAUGCUCAGCCAUUAAGGUAUUUUGUUAAGAACUUUAAGUUUAGGGUAAGAAGAAUGAAAAUGAUCCAGAAAAAUGCAAGCAAGUCCACAUGGAGAUUUGGAGGACACUGGUUAAAGAAUUUAUUUCUUUGUAUAGUAUACUAUGUUCAUGGUGCAGAUACUACAACAUUGUGGCAUUUUAGACUCGUUGAGUUUCUUGGGCACUCCCAAGGGCGUUGGGGUCAUAAGGAGACUAUAACUCUACAGAUUGUGAAUAUAUUUAUUUUCAAGUUGCAUUCUUUGUCUUUUUAAGCAAUCAGAUUUCAAGAGAGCUCAAGCUUUCAGAAGUCAAUGUGAAAAUUCCUUCCUAGGCUGUCCCACAGUCUUUGCUGCCCUUAGAUGAAGCCACUUGUUUCAAGAUGACUACUUUGGGGUUGGGUUUUCAUCUAAACACAUUUUUCCAGUCUUAUUAGAUAAAUUAGUCCAUAUGGUUGGUUAAUCAAGAGCCUUCUGGGUUUGGUUUGGUGGCAUUAAAUGGCAAUUUGUGACUGAGACACCAGAGGGCACCCUUAUAACAUUGACUACUUUGAAAGGGGAUGCUUGAGGCUGAGGUAGUUUUGAGGGAAAGGGGGAAGUUCUAGUUUGAUUUGUUUGGGAGAUUGCUGUCCUUUCAUAACUGAAGCAAAUGCUUGAAAUGUAAACCAUGUGUGAUACGAAUGAUCUGAGAGCCAGUGACCAAGUCUGCUUUUCCCUGAGCUCUCCUGCUGCCGCCUCUACCUUUCUGACAUGGCCUUCCAUUUGGAACUUGAUAUGUGUACAAGUGAUCUGUUGGCCACUGUUUCAUUCAUCCUGACCACUGUAUCCGUGUAAUGUGAUCUGAGCUACAACAGGUGGUAUGGGAUAGAGGCAAGGAAAGCAGAGAGAGCCCUCUGAAAUGAACACUACCCACUGGUGUGUGUAGCACAUGAUAGUCUGUAGGCAUGAGUCUGAAUGUUGUUCUCACACUCCUUUACUAGAGUAUUCGUUCCCUCUGAAGGUAGUUUGAACAUGGAAACACAGUUCUAUACCUAGAAGGUUGGAAAGUGUCUGGGACUAUAAGGGUUAACAUGCAUAAUUGCAAAGAUUGUCCGAAGGCUGAUGGAAAGCAGAGACUGAAUGGGAUUGAGAACAGAUGCGAAGCUUGAUUUAAAUUACAUUUUAUUGGAUGCUGCAGCCUUAAGAGACGUGACUGCUUUACAGUUUGUUUCCACACUGUGGGCAGCUGCUGUCUGUUCUGUGUCCACAGUAGGAUCCUGCCCAAUAAGGAGCAGCCUCCCCACCUCAUUGUGUUUGAGGCUUGGCGCCUUCCUCUUAACUGUAGGGCUUGAGUCAGGAACAUGGCUUGACUCGCAGUGGGGCUGCUAUGUAUCCUCCCUGGCUUCCAGCCAAAAUCACAUUGGUAGAUUCAAAGGGGCCAAAUUUCUUUCCCCUCUAUCUUUCCCUUUCCCCUGGUUUUGGAAAUAGAGUUUUCUGUCUACUGAUUUGUUAGUUUCCUUUUCUUCUCCCCUCACUGUCAAUUUCUAGGUCAUUGCUGCUCUUAAGACUUUAGCAGUUGGAACAGGGUUGGUUCUGUCAAUGAUGCAUGAAGCAGACUUAGUGUCCCUGCUUGGCUUCUGCUGCCCUUGUGGGAGCAAAAGCUGAUAUAUGUUUGUCAGUAAAGUCUUAAGUGUAAUUCAGACUGCUGAGGAAGAAAGCCCUUUCCUUGCUGGCUUUUCUCCCUGAAGCUGAGAGCUUCAGGAAGGUGGUAGGAGUUUUAGUGGGAUGGGAUGGGAUGGGCUUGUGGUUAGCAGUUUUUGCCAGGAUCAUAGGCUGCUUCACUUAGAGUAGUGGCAAAGAUGCUGACCUACAUUCUUCCUUUUGAAGGUGAUGGAGUGUGUGUCUAUAUCCUGGUUUAUCUCUCUCCCCCACCCCAAGGAAGCUGAUUAAGCUUCCAUAGAGUGUUGGGUGUUGCCAUGGAAAGAGCAUAGACAAAAUAAAUUGUGUGUUUCAACCCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1413.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1502.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 1003.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((..(((.((((((((.(...((((.((((((((((((.(((.(((...))).))).)))....)))))))))))))...)))).))))).)))..))..(((.(..(((((..(((((.((((((........((.((((.(((((((((((((((((..((((((((((((((..(((..(((((.((........)).)))))..)))..))).))))..))))))).....))))))))))(((((.(((...((((((((......))))))))....(((((((........(((.......((....))......)))........))))))).....))).))))).))))))).))))...)))))))))))))...)))))..).)))((((.(((.((((..((.((((((((((((((...(((((......(((((..((((((((.((((((((...((....))...)))....(((.....((((.(((((..((...(((((((((((..((((....((((((...(((..((((((((......)))))..............(((((((((((..((.....((...(((...........))).....))....)).)))))))))))..)))...)))..)))))).....((((((......))))))((((((.......))))))........((((((........))))))...((((((((((((((((((((.((((((((((...))))))((((.((((((((((((..........(((((((((..(((((((((.((..(((((((((..................)))).)))))..)))))...)))))).....))))))))).........((((......))))(((((((.(((.((((((((.((((.((((((((...((((.((((..(((..(((((((((.(((....(.(.((((((((....((.((((((...((......)).......((((((((.((((.(((..(.((.(.((((..((..((((((..((((...((((((((((((.((((.(((.(((((((((....((((((((((..((((((.........))))))......))))..((((((((....((((((...(((((((((((......(((((((((.(((((((........(((((.((((((.((((((((......((((.....(((((((((............((((..((((....)))))))).((((((.((((...((((.((((((((((((((.((.(.((.(((((((((.((((......(((....)))....))))..)))).))))).))).))..)))).))))))))...))..))))...)))).))....)))).....)))))))))......((((.(((((((((((((........))))).((((...............)))).....)))))))).)))))))).((((.(((((((((((....(((((((((((((.........(((((....))))))))))...))))))))...))))((((((((....))))...)))).))))))).)))))))))))).......((..((((......)))).)).))))))..)))))(((((.....)))))...((((((((...(((((((((((((((...))))))))......((....(((((((..((((((.((.((..(.(.(((((((((((...((((((((.........((((......))))..........))))))))))))))))))).)).)).)).)).))))......)))))))....))..((((((.(((....(((((.((..(((.........)))..)).)))))....)))...)))))))))))))))))))))....))))))))))))))))...))))))).))))..)))))).....)))))))).(((......)))..((((((..(((((((((....)))))))....))..))))))..........))))))...(((((((((..(.(((((((..(((......)))....)).))))).)..)).)))))))...)))))))))..))).)))).))))...((((((.(((........))).)))))).........))))))))....))))....))))))..))...)))).).)).)..)))....))).).)))))))))).)).)).))....)))))))).).)....))))))))).)))))).)))).)))))))))))).))))(((((........)))))..(((((...........))))).(((.((((((((.((((.(((.....)))))))...)))).))))...))).....(((((((((.((((.((((((........)))).....(((.(((((......)))))))).(((((((.(((....))).))))))).....)).))))...............((((.....(.((((....(((....)))..)))).).....)))).(((((((.....)))))))(((((....)))))....))).)))))).(((((....)))))......((((((...)))))))))))))).))))))))))((((.((((.......)))).)))))))))))).)))).....(((((...((((((((((((..((.((..............((((((..((((((....)))))).))))))............(((....)))..(((((((((((((((((..((((((((((((((.....(((((((........)))))))...)).))))))))))...........(((((((....((((((((((.(((......)))))))).....(((((((((((((((((...((.(((...))).))......)))).)))).)))))))))(((((((((.....(((((((((.(.((((((((((((((((((...)))))))))).((((((((.((.((((((..........))))))..)).))..)))))).....(.((((....)))).).........(((((((.((((.............(((((((....(((...(.((((...(.(((((((((((.((((((((........(((((((((..(((((((..((.......))...))))))....)..))))).))))......(((((.((((((.......(((..((((........)))))))))))))..)))))))))))..))..))))).)))))).)...)))).)...)))...)))))))..)))).)))))))(((.((((((((...((((.(((.........))).)))).))))).))).))).)))))))).).))))))))).((((.((......))))))....((((((.(.((...)).).))))))..))))))))).....((((....))))....)))))..)))))))..))..)))))))))))..)))))).)).))..))))))..))))))..)))))...........((((((.(((((((((.((((((.(((((.....)))))))))))...((((((((((...((.....))....)))))))))).(((..((((((.....)).))))..)))((((((((.......)))))..))).(((((.(........).))))).(((((((((.......)))))))))...)))))))))...)))))))))))))).))))(((((.......))))).(((....(((((............)))))..)))))))))))).)))))))...((((((...))))))))))..)))).)))))))...))...))))))))).....)))...)))))..))).)))))((.((((((((((((((((..((((((((..((.((((((.......))).))).))..))).)).)))))))..(((((.((((.(((....))))))).)))))((((......))))..)))))))))))).))..(((((....)))))((.(((((((...........))))))).))(((((((((...)))))))))..))))).)))))....))))))..((((.(((((((((((((((((((((.((((((((..........(((((((......))))))))))))))))))))))).))).((........))(((..(((((.......)))))..)))))))))))))..)))).........(((((((.....)))))))...)))))))).)))))).))).)...(((.(((.((((......)))).))))))...))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((..(((.(((({{(({(,,(((((.{({(((((,(((.(((.(({...})).))).)))..,,))))}}))})))},,.}))),))))).}})..))..(({.(..(((((..(((({{((((((........((.((((.(((((((((((((((((.,((((((((((((((..(((..(((((,({,....,.,)}.)))))..)))..))).))))..))))))).....))))))))))(((((.(((...(((((((({.....))))))))....(((((((........((,........{,{..,,....,,)))........))))))).....))).))))).))))))).))))...)))))))))))))...)))))..).))){(({,{((.{{{{,,((.((((((((((((((...(((((......(((((..(((({(((.((((((((...((....}}...}}}....,,,.....((((.(((((..((...(((((((((((..((({....((((((...(((..{({(((((......)))))..............(((((((((((..{,....,{{..,{{{,.........,}}),..,.....,.),.)))))))))))..}))...))),.)))))).....((((((......))))))((((((.......))))))........((((((........))))))...((((((((((((((((((((.{{{.((((((...)))))|((((.((((((((((((......,...(((((((((.,(((((((((.((..{((((((((.....,.....,.,,...)))).))))}..}))))...))))))....,))))))))).........((((......))))(((((((.(((.((((((((,((((.((((((((...((((.((((..{((..(((((((((.(((.,...(({((((((((,...,{,{{{,,,...,{,{((((({.,,,,,.(((((((((.{{(((((..{(((,(((({,..,({|(({{,{|,||,,{{{{.(((({,,,{||{(({,({(.(((((((((,,,.{({{{{{{{{.,||{,{{||,......})))))}}},..))))..((((((((....((((((...(((((((((((......(((((((((.(((((((........(((((.((((((.((((((((......((((.....(((((((((......,,{{,.{{{{..{{{,....,}}},|||,(((,...,,|||||||,..{{({((((....,,.|}||||..|||,.({((((((.{{{{{{{,{|.|.{|{||,,{|||..,,,)}})))).))).}.}}.))))}}),)))))).},,.,|||....,}}.)))...)))}.....)))))))))......((((.(((((((((((((........))))).{(((...,,......,,..)))}.....)))))))).)))))))).((((.(((((((((((,{..((((((((((((({,.|{{{..{{{{{....))))))))))...))))))))..|)))){(({({{{....}})}..,)))).))))))).)))))))))))).......((..((((......)))).)).))))))..)))))(((((.....))))).,.((((((((...(((((((((((((((...))))))))......((....(((((((..((((.,{,({({..(.(.((((((((((({,.{(((((((.........((((......))))..........))))))))))))))))))).)}.}},)).),.))))......)))))))....}}..((((((.((,....{{,(({((,.{((((,......}})),.},},)))}}}.,},,}.)))))))))))))))))))))..,.))))))))))))))))...))))))),,)))..)))))).....)))))))).{{{......}},..((((((..(({((((((....}}}))))}...})..))))))........,,||}}||...(((((((((..(.((((({,{{{((......}}).},.)).))))).)..)).)))))))..,)))))))))..}}),)))))}))))}}||||}},}|}}))),.}})))}))),})})}))))}})}|))}}}}}},,,((((((((((,(({((.({{,,...})).)).)))....))))))}})))||||..,..,)))}....)))))))),)})...,))))))))).)))))).)))).)))))))))))).))))|((((........))))}..(((((...........)))))...(((({({,...,)).))))(((((((.{((,{..{{,{,{,{{,...})}}).}.}}.}.))).)))))))((((........)))).....(((.(((((......)))))))).{((((((.(((,...})),))))))}...,.||||................}}}}...{((((((..,{,.((((.((........))..)))){(({..(((((((.....)))))))..}))}.,{{,{({{{..|||||....}}}}|.}}}}}}))}))))))}{(((((...)))))})))))))).))))))))))((((.((((.......)))).))))}))))))),}))),,,,.,,,||...((((((((((((.,{({(({{,,,..{{{....((((((..((((((....)))))).))))))..}}},.,,,..(((....)))..(((((((((((((((((..((((((((((((((.{...{((((((........)))))))..})))))))))))))...........(((((((....((({((((((.(({......)))))})).....(((((((((((((({((,{{({,((,...}}}.},...,,,})))})))).)))))))))(((((((((.....(((((((((.(.(((((((((((,(({{{(.{{||||}}|||({((((((,(((,,{((,,,...,,....,||||,,..||{||.||},,||({...,.{{((..,,|}||.,...,...,.|||{|||.,{|{,.,}}}...}}.}||{|||,.}}}|||}}.}}||||}}}{.(((((((((((.(((((((({.......(((((((((..(((((((..((.......))...))))))....)..))))).))))......,((((,(((((({{.....({{,.,{{.......,,})))))}})))))..)))})))))))..))..))))).)))))).},,.,},,.},..}))|,,}}}}}||{||||}.})))}}}{{(,{({{{{{{,..{{|{.|{{,.,..,,,,))).)))),))}}),})),))}.}))))))).).))))))))).((((.((......))))))....((((((.{.{{...,}.}.))))))..))))))))).....((((....))))....}))))..)))))))..))..)))))))))))..)))))).))}}},})))))}..))))))..||||,.....,.....((((((.(((((((((.((((({.(((((.....)))))})))))...((((((((((...((.....))....)))))))))).(((..((((((.....)).))))..)))((((((((.......)))))..))).(((((.(........).))))).{((((((((.......))))))))}...)))))))))...))))))))))||||,,,,)||||,..,,,,.,}})).|||....(((((..,,.....,,.)))))}})))},)))))))))))))))...{((((.....,))))))))..))))}}))))))...))...))))))))),,...}}}...}})))..))).})))|((.((((((((((((((((..(({(((((,,{{.{{|||||,....}))}.}||,|||,|},.,},))}))))),,((((.((((.(((....))))))).))))|((((......))))}.)))))))))))).)),..((((....))))|{{.(((((((,.......,..))))))}.}}(((((((((...)))))))))..))))).)))))....))))))..((({.((((((((({{({((((((((.(((((((({...,..,,,({(({{{..,,,,))))}}))))))))))))))))).})},{{,.,,....}}|||..{{(({,.,,,..)})))..))}))))))))))..)))),||,,,...(((((((.....)))))))...)))))}}),)))))),))),)...((({(((.((((......)))),))))))..,))}.
Back