Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001255981.2
Sequence Length
1487 nt
GC Content
0.5373
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-565.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -591.56
Frequency: 0.0000
Diversity: 281.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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