Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001256092.2
Sequence Length
4067 nt
GC Content
0.3676
GUCAGUCCGAUCUCGCGAGAGAGGACGGAAGCCUGUGGGAGCCCGUGGCCUUUAAAGUGCCGUUCAGCCUUUUCCUCCAGGGGUGCUUUGUAAACACGGCUGUGCUCAGGGCUCGCGGGUGACCGAAAGGAUCAUGAACUAGUGACCUGGAAAGGGUACUAGAUGGAAACUUGAGAAAGGACUGCUUAUUGAUAACAGCUAAGGUAUUCCUGGAAGCAGAGUAAAUAAAGCUCAUGGCCCACCAGCUAGAAAGUAUUCUUGCCAUGAGAAAAAGAAUGUGAUAAGUUAUUCAACUUAUGAAAUUCAAGUUACAUGUGAAUUCUGCCAGGCAAUACAAGGACCUGUGGAAUAUGAGUGAUGACAAACCCUUUCUAUGUACUGCGCCUGGAUGUGGCCAGAUCAGACCCCAACACCAACAAGAUUCUUGAAAAACUGUGAAGAAGUGGGUUUGUUUAAUGAGUUGGCGAGUCCAUUUGAGAAUGAAUUCAAGAAAGCUUCAGAAGAUGACAUUAAAAAAAUGCCUCUAGAUUUAUCCCCUCUUGCAACACCUAUCAUAAGAAGCAAAAUUGAGGAGCCUUCUGUUGUAGAAACAACUCACCAGGAUAGUCCUUUACCUCACCCAGAGUCUACUACCAGUGAUGAGAAGGAAGUACCAUUGGCACAAACUGCACAGCCCACAUCAGCUAUUGUUCGUCCAGCAUCAUUACAGGUUCCCAAUGUGCUGCUUACAAGUUCUGACUCAAGUGUAAUUAUUCAGCAGGCAGUACCUUCACCAACCUCAAGUACUGUAAUCACCCAGGCACCAUCCUCUAACAGGCCAAUUGUCCCUGUACCAGGCCCAUUUCCUCUUCUGUUACAUCUUCCUAAUGGACAAACCAUGCCUGUUGCUAUUCCUGCAUCAAUUACAAGUUCUAAUGUGCAUGUUCCAGCUGCAGUCCCACUCGUUCGACCAGUCACCAUGGUGCCUAGUGUUCCAGGAAUCCCAGGUCCUUCCUCUCCCCAACCAGUACAGUCAGAAGCAAAAAUGAGAUUAAAAGCUGCUUUGACCCAGCAACAUCCUCCAGUUACCAAUGGUGAUACUGUCAAAGGUCAUGGUAGCGGAUUGGUUAGGACUCAGUCAGAGGAAUCUCGACCGCAGUCAUUACAACAGCCAGCCACAUCCACUACAGAAACUCCGGCUUCUCCAGCUCACACAACUCCACAGACCCAAAGUACAAGUGGUCGUCGGAGAAGAGCAGCUAACGAAGAUCCUGAUGAAAAAAGGAGAAAGUUUUUAGAGCGAAAUAGAGCAGCAGCUUCAAGAUGCCGACAAAAAAGGAAAGUCUGGGUUCAGUCUUUAGAGAAGAAAGCUGAAGACUUGAGUUCAUUAAAUGGUCAGCUGCAGAGUGAAGUCACCCUGCUGAGAAAUGAAGUGGCACAGCUGAAACAGCUUCUUCUGGCUCAUAAAGAUUGCCCUGUAACCGCCAUGCAGAAGAAAUCUGGCUAUCAUACUGCUGAUAAAGAUGAUAGUUCAGAAGACAUUUCAGUGCCGAGUAGUCCACAUACAGAAGCUAUACAGCAUAGUUCGGUCAGCACAUCCAAUGGAGUCAGUUCAACCUCCAAGGCAGAAGCUGUAGCCACUUCAGUCCUCACCCAGAUGGCGGACCAGAGUACAGAGCCUGCUCUUUCACAGAUCGUUAUGGCUCCUUCCUCCCAGUCACAGCCCUCAGGAAGUUGAUUAAAAACCUGCAGUACAACAGUUUUAGAUACUCAUUAGUGACUUCAAAGGGAAAUCAAGGAAAGACCAGUUUCCAUUUAUGCGAAAUCUGUGGUUGUAAAUUUUUUUUUUUUACUUGAAAUUAAAUUUGGCUCUAAAGUUGGUGUAGCAGCAGUUGAUCAGACUGAAAAACGGUUUUUAGUCUCUGGAAAAAGACUGAUUUUGCUUUUUUUAUAAAUAUUAUUAGAUUUAUUAAUUUUUCUGUGCUCAAUGUGUAAAUUGUAUUAUAAUUCAUUGUGAUUUAUUUCACUUUUAAUUUGCUGGUGUUUUAAUAAAUGGGGGUGUUACUGAAUCUUUCUUCCCACUUCCAUUUCUUUUGACCACCCCUUAACCCUCAACUGUGACGGUAGUAGUAUUAUCAUUUAUACCAAAGUUUUGCAUAGUCCCUGUUGACUUUGUAAUGUUAACGGAGUCAUAAAAGCACUAGGCAAGAGAAAGAUAGAAAUUUGCUUUUAAUCUUUUUGCCUUUUAUUUUGCACAUUAUGCAAAAGGAAAAACAUUAAAGAACACUUUUUUUUAAGUGAGUGAAAACAUGGUAAAGACAUACAGUGCUUUUAUGCACAUUGUUAAGCUAAAUCAAGGUCAUUUAUAAUCAUUUUCCUUUUUUAUUUAAGAUUUUAAGUAAACAAAUUUUAGAAUUUUCAGCAUUUCAAAAAUGAUUUUAUUUUUCAAGUCUUAAAUUCAAUAUUUUACACCUAUGUUUUGAGGCUAAAAAUAUGAAAUUAUAUAAUGUAUGAUACAGGGUUAUCAAAUAUCUAAUAAUUUUUGAAAUUAGCUCUUGUUUUUGGUUUUUUUGUUGUUGUUUUUACAGAUUUCAGGUUACAAACUGCAAAGUUUAUGCAUAAUUAAGUAUGGUAUGGUUGCCAGAAAAGCCUAAAAUUACUACUUAGAAAAUUUAAGACUGUUUACCCCCAUUGUCUUGUACUUGCGAGCUAACUUGUACUAUUCUUGUGAAAGCACUGUCAUCUUUUAGUAGCAAAUUUUGAUAAUGUUUCUCGUGGAAAAAAAAAUCAGUAUCUAUCUUUAGAACAAUGUAAUUAUAAUGUGGGAAGUGUGCAUGAAUGAGAGAGAGUGUGUGUGUAUCUGUGUGUGUGUGCGCGUGUGUGUGUGUCUUUUAAUAGUUUAUGCCAGCAAUCUUUGCUUGAAUGUUUAACGAUGCCUUCAGUGUGAUGCUGGCCAAUAGAUGAUUGCAGUUUAAAAUGUCAUUAUUGUGCAGGCUUGGAUAACUAACAUUCCAUGAUGUAGCUUGUUUCUGAUGAGAUGAUUGUAGGUACAUUUUUCUCAUUAUCCAAUCAUCUGUGGGAUACUUAGUUUUCUAAUGUGCCAUUAUCUAUUUUUAUUCUGCAGUUAUGUUCAAAAUACAGUACAUAUUUUAAAAUAGAAUAAAUUGUUAAACAUAAAAUUUUAAAAGUAGUAGAUGUGCGUAAGAAAACUUUGUAAAAUAGUUAUGAGUCCUACCCAGUAGCAACUUCUGGCAUUCAAGCAGGAUUCCACUAUGUAAAUAUCUGUAAUGCAUUUAUAAUAAGUUGUGUAGUUUGUCCUGCAUCCAUACUACACUAUUUGCUAAAGUCUCAGUGCCAUCUCCUAAUGAGACUGACAUUUUAAAAGUCUGUAUGGAAUAUCCUUGAUAAUUCAAGGAAAUAUCCCUCCUGCCUAAGUUCCAAACUGGGAAACAUUCAAAUUAUAUAAAUGACAUUUCAGGACUUUAAGUAUGAAGAUAAUGGGAAUUUUAUUGUUUUGCUUUUUAAAAUGAGAGCAUUUUUAUUUGAUAAUUUUUUUUAAAUUUUUAAUUUUUAACUAAUUUCAUUAUUUUAAAGUAAUCAGUUUUUCAAAUCAUGAUUUUGAUAUCAUUAUUCUAAGGAGUUAUCUCAAAGGCACAAAAUAUGAAUUCUGCAAGAAGGCUAUUUUUUAUUGUAGUUUGAAUGGGUUAGGAAAAGCCUCAAUUUUUCACUCUUAAGUCCUUCAGUACAUUUUUCUUUCAUCUUAUUACUUAUGCAAGUUAAGGUUCUUUGGUAACAGAAUUCUUGCAACUGUAAAAUAAAACUACAUAGAUGUAAGAAGUCAUGUAAACGGUUAACAAGCUUACCAAGGUUAGCAAAACUUUCAUUGUAAAUCAGUCUGUACUGAGCAAAUAAAAAUCAUUAUUAGUUGUAUAAACACAAAUUCCAUUUUGACUUUCAGGAUGUCAUACUACUUCUGUACCUAGCAUUUUCAGUCCUUAUAUUUGCAAUGUUACACAAACUGUACUAUUUUCUUUUAUGUGCAGUUUGCAUGAGUAAACCAUCAGAGAAUAAAUUCUAUCUUUAAAUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-988.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1073.84
Frequency: 0.0000
Diversity: 1078.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.((((..((((....)))))))).))..(((.(((..((((((((((((...((((((((...((((((......))))))...........)))))...))).))))).)))))))..)))..))).(((((..(((((..(((....)))..))))).....(((((((((((((((((.............((((.(((((....(((((.((((((((((...((((((((......(((....)))......)))))))).....((((.(.(((((((....))))))).).))))...(((((((((((((((((..((......((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((.((..(((.(((.......))))))..))..............((((...))))...........))))).)))))))))......(((((..(((.((((((((...(((((...(.((((......(((.(.((((.....))))).)))............(((((............)))))((((..((((.(((((((...(((((....))))).....((((...))))....(((.....)))..........((((((((..(((.....((.((((.......((...))........)))).))....)))..).)))))))))))))))))).)))))))).).)))))...))))))))..)))..)))))..(((((((...............))))))).))))).)(((((((((....((((((((...((((((.((((.((((............)))).))))..........)))))).....))))))))......(((((......(((.((.(....).)).)))......)))))....(((.((...)).)))....))))))))).)))))))).......)))))))))......))...........((((((((.................((((((.(((((..(((..(((..(((........))).)))..)))....))))).))))))..(((((.((((((((((((.(((....))))))..(((.((((((((((..(((((((((.(((.(((((.((.(..(((((((...(((......((((((.(((((.........).)))))).))))(((((((((.((((((((....(((.((((((((((..((((((((((((.(((((((((((..((((..((((.((.........))...))))(((((((((((((((.........)))))))).)))))))......(((((.(((((((.(((....))).))))((((...(((((((((((((((......((((...(((((((.....((((((.(((((.......)))))......((((((((((((.((........))))))))).))))).(((......((((.(.(((((............))))).).))))......))).))).))).....)))))))...........))))...)))))).)))))))))...)))).......))).))))).......))))))))))).(((((((((((..(((.((.((((((((((((((....((((((..............)))).))......(((.......))).....)))))).....))))......)))).)))))............))))..)))))))..(((((.........)))))..........)))).))))))).((((......))))........((((((((((....)))))))))).(((((((((.(.......))))))))))((((.((((((((((............((((((..(((((((((((.(((.(((........((((......))))............((((((..((.(((((((((((.....(((...)))....))))))))))).))..)).)))).....(((.(((....))).)))....))).))).))))))))....)))..)))))).((((((((((((((.....(((((((.(((((((((((((((((((...(((((((.((((.....)))).))))))))))))(((.(((((((.....))))))).))).............(((((......))))).((....))(((.......)))..)))))))))))).)).))))))).......))))))))......................(((((((((((.(((((((...(((((.(((..........))).)))))...)))))))...)))))))))))(((.((((((...(((........)))...))))))))).(((((((...))))))))))))).........)))))))))).)))))))))..))))).))))).)))))))))))))))))))).....((((((........))).)))(((((((((((....((((......((((........))))......)))).((((((...)))))).........(((((((((....(((.((((((....))))))...((((..((((((((.(((((...(((......)))...))))).))))).))).))))..........((.((((....))))))...)))...)))))).)))...)))))))))))))).))))).))..).)).)))))))).))))).)).))..)))(((((..((((..(((((....(((((...))))))))))..)))).)))))......)))))))))).((.(((((((((((((((.............)))).(((((((((((..........))))......)))))))...((((((((.((.(((....))).)).))))))))..))))))))))).)).(((..((((((((.((((((.(((..(((((((((........(((((((......(((((...(((((((...))))))).)))))..))))))).....)))))))))..))))))))).))))))))..))).........))))))))).))))).....))))))))......)))))))).))).)))))).....(((((.....))))).......(((((((.((.........)).)))))))))))))))..(((((((..............)))))))((((((((.((((((...(((((((.(((((((....)))))))....((((....................))))............................(((((((.(((..((((((...((((((....((((..(((((((..(((((((((..........((((.(((((.....))))).))))...........))))))).))..))))))).))))))))))(((.(((((......))))).))).....(((....)))....(((.((........)).)))....(((((.(((((((.(.((.......)).).))))))))))))....))))))..))))))))))((((((((................((((..(((.(((((..(.(.(((((((((((((.((((((((.((((.............)))).)))))))).)).)))....((((....))))))))))))..).)..))))).))).)))).......))))))))((.(((((......))))).))(((......))).)))))))...)))))).))))))))...)).)))))))))))))).....))))))))...))).))).)))...((((((((((.............)))))))))))))))............((((....))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{.((((..((((....)))))))).}}..(((.(((..((((((((((((...({{(((((.,{(((({,......})))}}}..........)))))...}}}.))))).)))))))..)))..))).{{{{,..{((((,.(((....))).}))))},{{{.,{{{({.{,((((((((......,......(((,,(((((....(((((.{{((((((({...((((((((......(((....)))......)))))))).....((((.{.(((((((....))))))).}.))))...(((((((((((((((((..((......(((((((((,((({{{{{.((({{((((((((((((((.,{..(((.(((.......))))))..}}........,,....((((...)))).......,},.))))).)))))))))...,,,(((({.,({{.((((((((...(((({,,,{.,,{{.,,,..{((.(.((((.....))))}.}}}.,,.........|||||............{{||.((((..((((.(((((((...(((((....))))).....,((,,,.||||,,..{((.....)})....},....(((((((|..(((...,,|{.((((.......{{...||........)))}.})}...)))..}.)))))))))))))))))).)))),))),..}))))...))))))))...,}..))))}.,(((((({.,,..........,.))))))}.}}|||..(((((((((....((((((((...((((((.((((.((({............}))).))))..........)))))).....))))))))......(((((.,....(((.((.{....).)).)))....,.)))))....,{{.{,...}}.}}}....))))))))).)))))})),...,}})))))))))......,,...........((((((((.................((((((.(((((..(((..(((..(((........))).)))..)))....))))).))))))..(((((.((((((((((((.(((....)))))).,,((,(({{((,{((..{,(((((((.(((.(((((.((.(,.(((((((((.,{(((((,.{{(((((.......(((((((((({((((.(({,(((((((({.{{{{((((,({(({..(((((((((({,.{,{{{{(((((,{{{{,(((({{,,{({{..,{,{,{{,....,,,.||,,,|||(((({(((((((((((.........))))))))},}||||||,....{{{{{,{{{((((.(((....))).)))){(((...(((((((((((((((......,{{{{{,((((({{.....(,{{{{.||{{{...,,..})})),,},..((((((((((((.((........)))))))))}})))).(({....,.((((.(.(((({.........,..})))}.,.)))).,....))).}}}.,,|...{{|||,,,,.....,|}}}},)),.,.)))))).)))))))))...)))),}},}|,|||,|||},{{{,,..{{|||}|||||.,{,{|||,{|{..,||}||,{({{(|,,{({|,{.,|,.|,|}},}|,||{{{{{,,,,{((,..,,,..|||||||,|{..,|,,...}|||}|{{,..||||,,..,|||||.|||||,|||||.....,)})),})}}}))),,,,,,,|||,,||||}},.,,,))),,,},}}})})}))))))}|||,|}}||}})|||}}}}}}|(((((((({....)))))))))}.{{{{{{{{|,{.,,....})))))))}|,{{{,,,,,.,{{||,,,..,,.....{{{{{{..{{{((((((((.(((,(((,{,,.,..((((......))))..,.,,,,....(((({(..{{.(((((((((((.....(({...,))....))))))))))).,}..)).)))).....(((.(({....))).))),}},}}),}},.})))))))....}))..)))))).,,||{,((((((((....{(((((((.(((((((((((((({(((({,,{{(((((,(((,.....)))).)))))))))))}(({.(((((((.....))))))).})}.............(((((......))))).{{....,},{,,,,....,,),,)))))))))))).)).))))))),}.....))))))))..........}))))))))))).,|||{||||||{{({{{{,,..{||||||||||{{,{{{{{||,|||{(((((((((.(((..(((((((({....,{,,.........,}},)))))))))..))).))))))))}|..,||||.||||{|||||,|||||,|,}}...,,,}},)))))}},},))))}}|||||,|||{|||||}}}}}}}}}}}},,,{{{{{,(({{,...,,|||,{,,}}||{(((........}}}}|{{{...,))))}},,,)))),.))))}.......,}},,,}}|||||,,}},,,,....,,,))))),}.)).)))).),.})))))))).{(({,,,({{{(((.(((((...,,{......,,}...))))}.))))}|,},.))))........,,{,.((((....))))}}..,,.....,,..))))))..}))))..,},.)).))))}))).,}.).)).)))))))).))))).)).,}}})))})).},.........,,,.(((((({,((..{(({{(((.((........)).)))))}},))))))))),.,{{|(((((((|{,.....,,,,....,|.||.(((((((((((..........}}}}...,,.))))))}...((((((((.((.(((....))).)}.))))))))..))))))))}))})},{((..((((((((.(((((||(((..(((((((((........(((((({......(((((...(((((({...})))))).))))),.))))))).....)))))))))..))))))))).))))))))..))}.........))))))))).))))).....))))))))......))))))))},)).)))))).,,..((({{.....})))}.,,....(((((((.((.........)).)))))))})))))))..(((((((..,...........)))))))((((((((.((((((...(((((((.(((((((....)))))))....,,,,.........,{{,....,,,)))}...........,.....,,||,......(((((({{(((..((((((...{((((({{{,{{{{,,,(((((({..,{{(((({..,.,,,.,.{{((.(((((.....}}}},.}}}}.....,,...,}}|||||,||,.||||}}},.,|,,,,|,,|{|.{|||{.,,},.}}}}}.}}}..,,,|||,..,)}},}})}}}.,}}}}}.}}}))}).}..,,{((((,({{{{{{.{}||,,,,...}||||}}}}}}})))))}...))))))..))))))))))((((((((..........,,{{.,{(((..{((.((({{..|{{.(((((((((((({.((((((((.((((.............)))).)))))))).}).)))....((({....})))))))))))..,|}..})))}.}}),))}},,.}}..)))))))){{.(((({......})))).}||{|......,,..)))))))...)))))).))))))))...)).)))))))))))))),,...))))))))...}}}.}}}.}},...((((((((((,{........,}.)))))))))))}))},,...,,,,,,{(({.....,}}).,}},,......
Back