Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001256094.2
Sequence Length
1369 nt
GC Content
0.3944
GUCAGUCCGAUCUCGCGAGAGAGGACGGAAGCCUGUGGGAGCCCGUGGCCUUUAAAGUGCCGUUCAGCCUUUUCCUCCAGGGGUGCUUUGUAAACACGGCUGUGCUCAGGGCUCGCGGGUGACCGAAAGGAUCAUGAACUAGUGACCUGGAAAGGGUACUAGAUGGAAACUUGAGAAAGGACUGCUUAUUGAUAACAGCUAAGGUAUUCCUGGAAGCAGAGUAAAUAAAGCUCAUGGCCCACCAGCUAGAAAGUAUUCUUGCCAUGAGAAAAAGAAUGUGAUAAGUUAUUCAACUUAUGAAAUUCAAGUUACAUGUGAAUUCUGCCAGGCAAUACAAGGACCUGUGGAAUAUGAGUGAUGACAAACCCUUUCUAUGUACUGCGCCUGGAUGUGGCCAGCGUUUUACCAACGAGGAUCAUUUGGCUGUCCAUAAACAUAAACAUGAGAUGACACUGAAAUUUGGUCCAGCACGUAAUGACAGUGUCAUUGUGGCUGAUCAGACCCCAACACCAACAAGAUUCUUGAAAAACUGUGAAGAAGUGGGUUUGUUUAAUGAGUUGGCGAGUCCAUUUGAGAAUGAAUUCAAGAAAGCUUCAGAAGAUGACAUUAAAAAAAUGCCUCUAGAUUUAUCCCCUCUUGCAACACCUAUCAUAAGAAGCAAAAUUGAGGAGCCUUCUGUUGUAGAAACAACUCACCAGGAUAGUCCUUUACCUCACCCAGAGUCUACUACCAGUGAUGAGAAGGAAGUACCAUUGGCACAAACUGCACAGCCCACAUCAGCUAUUGUUCGUCCAGCAUCAUUACAGGUUCCCAAUGUGCUGCUUACAAGUUCUGACUCAAGUGUAAUUAUUCAGCAGGCAGUACCUUCACCAACCUCAAGUACUGUAAUCACCCAGGCACCAUCCUCUAACAGGCCAAUUGUGUAAGUGAUUCAGGCCAAUCAUUGAACAUAUACAUGAAUUAAGUUUGUUUUGUAAUGAUUUUUCCUAAGACAUUUGAUUAUUCAAACUAAGAUCUUAGUUUUGUAUGUGUGUGCAUGCUUCGAAUUUUGGAAAAAGUACUUGCGUAGUCUUCUUUAAUAUAAAUAUUAACUAACAGAGUGGGAGAUAAAUACAACUAAAAACAAAUAUAGAAUGUGAAUUUAAGAUAGUCUUAUUUUCAUGCUAUUUCACACAAAAUAUAAAAUUACUGCAUCACCAGAUUCCAUUUCUUUCAGUUCUUACUGGUAGCUCCCAAGAGCUCUCUGAUGACAGUUUUUCUCAUUUUACAAAUUGGAGAUUGUCCUAAGUAAAUCCAUAACUUUUCUCUUCUUUUCAAUACUGCUACACAGGUUAUGCAUUUAAGAUGCAAUUAAAAAUAAUUAAAUUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-337.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -364.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 258.25
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.((((..((((....)))))))).))((((((((((.((((((((((((...((((((((...((((((......))))))...........)))))...))).))))).)))))))..))(((((((....((((((((..(((....)))..)))))(((((....((((((((.(((((((((((....))).))))(((((((((...(((((((..(((...((((((((......(((....)))......)))))))).....((((.(.(((((((....))))))).).))))........)))..))))))))))).)))))(((((...(((((((.((.(((((((((((((((((((..(((..((((.(((......)))))))..)))...((((((((..((((.(((.(((...(((....)))..))).........(((((((.(((.(((((((((...))))))))))))))))))).....)))))))...))))))))...........))))).))))))))(((((((.(((((.....((((((((...(((((...(.((((......(((.(.((((.....))))).)))............(((((............)))))((((..((((.(((((((...(((((....))))).....((((...))))....(((.....)))..........((((((((..(((.....((.((((.......((...))........)))).))....)))..).)))))))))))))))))).)))))))).).)))))...))))))))..............(((((((...............)))))))((((((....((((.(((((.....)))...)).))))..))))))...))))))))))))(((((((((.(((((((((((..((((.(((((((...............)))))))))))...))).)))))))))))))))))..(((((((((........))...))))..)))((((((((((((((((....))))))..........)))))))...)))..............((((...(((((..(((((...)))))..))))).))))........................)))))))).))))))).)))))((((....))))..(((((....))))).........)))))))))))).(((((.....(((.....)))...)))))))))).....)))...)))))))..........)))))))).((((((...))))))....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(.((((..((((....)))))))).))((((((((((.((((((((((((...({{(((((.,{(((({,......})))}}}..........)))))...}}}.))))).)))))))..))(((((((....(({(((((,.(((....))).})))))(((((.,..(((((((((((((,((((((....}}}.}}}}(((((((((,..{((((((..(({...((((((((......(((....)))......)))))))).....((((.{.(((((((....))))))).}.))))........}))..))))))))))).))))){((((...(((((((.((.(((((((((((((((((((..(((..((({{(((......)))))))..)))...((((((((..((((.(((,,{{...{{{....}))..}})}}}.|{...((((((,{(((.(((((((((...))))))))))))))))))).....,,,))))...))))))))...........))))).))))))))(((((((.((((({{{,.((((((((...({{{||,,{...{{.|,...{((.(.((((.....})))},}}}.,,.........|||{|............{{{|.((((..((((.(((((((...(((((....))))).....,((,,,.||||,,..{((.....)))...,},....((((((({..(((...,,{{.((((.......{{...||........)))}.})}...)))..}.)))))))))))))))))).)))),))),..}}}}}...}}))))}).....,.,,.,.,,{{{{{{{.,............,))}|||}((((((....((({.,,(((.....)))...,,,))})..))))))},,))))))))))))(((((((((.(((((((({(({.((((.(((((((........,......))))))))))).,,}),.))))))))))))))))){{((,{{{(((.,....,.)),.,})))}.}}}{{,((((((({(((({....}))))}..........)))))))...,,,..............,{{{...(((((..(((((...)))))..))))),)))},,......................)))))))).))))))).))))|((((....))))|.(((((....))))).,,.,,,}})))))))))))}.{{{{{.....(((.....))).,,))}},))))).....}))...)))))))..........)))))))).((((((...))))))....................
Back