Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001256706.2
Sequence Length
1444 nt
GC Content
0.3386
GUUCAACGCCGUUGGCGAAGCCAGCUGCUGGAGGUGCCGAGAAUCUGAGUUUCGGCAAGCAGCCAGGUCUGGAAACUAAUAUUUUAAAAAUGACUACACCAAACAAGACACCUCCUGGUGCUGACCCCAAGCAGUUGGAAAGGACUGGAACAGUACGGGAAAUUGGGUCACAAGCUGUUUGGUCACUCUCAUCUUGCAAACCAGGAUUUGGAGUGGAUCAGUUACGAGAUGACAAUCUAGAAACUUAUUGGCAAUCAGAUGGUUCCCAGCCUCAUUUAGUGAACAUCCAAUUCAGAAGAAAAACAACAGUGAAGACAUUAUGUAUUUAUGCAGACUACAAAUCUGAUGAAAGCUAUACUCCAAGCAAGAUCUCAGUCAGAGUAGGAAAUAAUUUUCACAACCUUCAAGAAAUUCGGCAACUUGAGUUGGUGGAACCAAGUGGCUGGAUUCAUGUUCCCUUAACUGACAAUCAUAAGAAGCCAACUCGUACAUUCAUGAUACAGAUUGCUGUUCUAGCCAAUCACCAGAAUGGAAGAGACACCCAUAUGAGACAAAUUAAAAUAUACACACCAGUAGAAGAGAGCUCCAUUGGUAAAUUUCCUAGAUGUACAACUAUAGAUUUCAUGAUGUAUCGUUCAAUAAGGUGACUUUAAAAUGAGACGAAAAUCAUUAAACGUAUCUUUGUUUUAUCCUGUAUUUAAAUAAUAUAUCAUGUACCUUUAUUGAACAAGGCAUCCGUUAUAUCUAAUUUUGUAUAUGUUUAAAAAUAUUUUAUUGUAACUUUGACAAAUAAAUUUGGGGUCAUAUUAUCUUUAUUUUCUUUAACAUGUAAUAAAGCUCACAUAUUUUACAUUACUAAAAAUGGAUUUGAAGCCAAUCAUUUUAUUUUCCCUUGUAUCAAAAGAAAAGAGUUCCUUGUAUCAAAAGAAAAGAGUUGAACUGAAAAUUUCAGUAUAUACACAAUUAUAAUAGCUAGGUGAUUAUUUCAUUAGUGUUCAUACAUUAGAGUAAUGGUUUAUUGCAUAUUUGAGAACAAGACUGUGUUUUAUCAAUAUAUAUCAUCUUUAAUAGGUCAAAAUUACUAUUUUUUCUACCCAGAGGAAGGUUAUUCUUUUAAUACUGGAUCUUUUAAAAAACAGUGUCAAAUAAGCUUAGUGUUAGGUUGUCUGAUGAGAACCAAUCUAAUAUGGGGAGUAUAAUUAAUUGUCUCAUAUUCACCUUCACGGAAUACUUACAGCCCUAGGGUUGUCUGUAUCCUAAUGAUAUUAUGUAAAGAUUGCCUGUAUAAUCUAGCAGUACUUAUGGAAGAGUUCUAGCAGUACUUAUGGAAGAGUUAUUUUCAAAUUUGUGUCUGACAUUGUAGCAUUCCCUGGGCAGUCAUAUAUCCCAUAAAAUCGUAAAAGUAUGUGAAAUUUUUUAUAUAUAUUAAAAGAUUUUAAAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-319.75 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -353.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 364.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((..((((...))))...(((((((((((.((((((((((.......))))))).((((.(((((...((......................................)).))))))))).))))).)))))))))...((.(((((((((((.(((((..((((((.((.((((((((((((((((.((((((.....))))))..))))))....((((.(.((((....)))).).))))..((((.((((....)))).))))..((((...)))).((.(((((((((..............(((((......((((....))))..((((...((((((((..(((........)))......))).)))))))))((((....)))).....)))))..............)))))))))))..))))))))))))))))))..)))))....(((...(((((..(((.............)))))))).)))..)))))))))))))........))))......(((.((((.((...((((..((((((((....((((((.((.......)).))))))...........((((((((...(((((.....(((((...(((((((((((((........((((((((((................))))))))))..((((((.....)))))).....)))).)))))))))...)))))......)))))...))))))))........))))))))))))...............)).)))))))......((((((...(((((((.((((((.(((..(((((((((((.............(((((.(((.(.((((....((((.((((((......(((((((.....((((((........((((((((.....((((((...))))))..................((.....(((((((.(.(((((((....))))))).).)))))))....))(((((((((((((......)))))..)))).))))...((((.....))))...........)))))))).....)))))).....))))))).((((((..............))))))............((((((((((((((....)))..))))))))))))))))).))))...)))).)))).))))).......(((.(((..((((((....))))))..))))))..(((((.(((((....((((((((............((((((..(((((...)))))..))))))...((((..(((((..(((.((....)).)))....))))).))))..))))))))........))))).))))).)))))))))))..))).))))))...)).)))))...))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{((..((((...))))...(((((((((((.((((((((((.......))))))).((({,(((((,,{({.................................,},..,,.))))))))).))))),}))))))))...((.(((((((((((.(((((..((((((.(,{((({((((((((((((.((((((.....))))))..)))))),,,.((((.{.((((....)))).}.)))).,||((.((((....)))).))}},.((((...)))).((.(((((((((..............(((((......{({,....}}}}..((((...((((((((..(((........)))....,.}},})))))))))((((....)))).....)))))..............}))))))))))..))))))})))))))))))..)))))....(((...(((((..{{{{,......}}...))}))))).)))..)))))))))))))..,,.,,,...}}|..,.{{,.,,,({((((((({{,{(((,.((({{..{(((((.(({(,...|}}.}}}}}}.....,...{.((((((((...(((((...{{(((((...(((((((((((({.,......(((((((({{..||,,.....|....})))))))}}..((((((.....))))))....}))))))))))))))...))))).}}...)))))...)))))))).}....,.,}|,}}}},|||,..||,,||,..,,,|,.||||||,.,,,,,{{{{{{...{{{{{{{.{{({{{,{{(,,{{,{{{{{{{{,{,,,....,,{{((({,.((,.,.||||}|,}||,{,{((,,{{{...,,{,,|{{,{{{,,{((||{{{{.||{{{{{,|{{{,{{,((((({...}))))).,,.,......,,,....((.,,{{(({{{{,,|.|((((((....))))))}.},})))}}},}}}))||{|{{{{{((((......)))))..}})),}},,.,}},||},,,{|{},.,,,...,}},}}||||||....,}})))},,,..))))))).||||,|},.,,,,,......}}}}}}.,,,....|,,.((((((((((((((....)))..)))))))))))}))},)}))).}}}))))))))))))},...,,,..((,{(((..((((((....))))))..))))))..,{{{{.{{((({,..((((((((,.....,{{,..((((((..(((({...}))))..))))))..,|||{,.((({{..{{{.,,..,,}}.}})....))))).}},,.,)))))))).,,},...}}|||,|||}}.,,,||||||||{.||||)))))),,.})}}}}))}}})),,)),.
Back