Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001256819.2
Sequence Length
2259 nt
GC Content
0.4148
ACAGAAGCCGUUUCUCAUCAUGCCAAGCCAACAGAAGAAAAUCAUUUUUUGCAUGGCCGGAGUGUUCAGUUUUGCAUGUGCCCUCGGAGUUGUGACAGCCUUGGGGACACCGUUGUGGAUCAAAGCCACUGUCCUCUGCAAAACGGGAGCUCUGCUCGUCAAUGCCUCAGGGCAGGAGCUGGACAAGUUUAUGGGUGAAAUGCAGUACGGGCUUUUCCACGGAGAGGGUGUGAGGCAGUGUGGGUUGGGAGCAAGGCCCUUUCGGUUCUCAUGCUAUUUUCUUGACCCCUUCAUGGGACUCCCAACAGGGGUACCCCAUUUACUCAGCCUGCCCUGCUCAACCUCUUGCAGGAGGGAGCACACGAGUGAACGAGUGCAGGAACCAGCUGGCUGCUUUAGUGCUGUGAGGAGUAAACUCCAUGCAGGCCCUGCAGCAGCAACCAGUUUUUCCAGAUUUGCUCAAAGCAAUCCCAGUGAGCAUCCACGUCAAUGUCAUUCUCUUCUCUGCCAUCCUUAUUGUGUUAACCAUGGUGGGGACAGCCUUCUUCAUGUACAAUGCUUUUGGAAAACCUUUUGAAACUCUGCAUGGUCCCCUAGGGCUGUACCUUUUGAGCUUCAUUUCAGGCUCCUGUGGCUGUCUUGUCAUGAUAUUGUUUGCCUCUGAAGUGAAAAUCCAUCACCUCUCAGAAAAAAUUGCAAAUUAUAAAGAAGGGACUUAUGUCUACAAAACGCAAAGUGAAAAAUAUACCACCUCAUUCUGGGUCAUUUUCUUUUGCUUUUUUGUUCAUUUUCUGAAUGGGCUCCUAAUACGACUUGCUGGAUUUCAGUUCCCUUUUGCAAAAUCUAAAGACGCAGAAACAACUAAUGUAGCUGCAGAUCUAAUGUACUGAAAGGCAAACCUUUCUAUAAUUUUACAAGGGAGUAGACUUGCUUUGGUCACUUUUAGAUGUGGUUAAUUUUGCAUAUCCUUUUAGUCUGCAUAUAUUAAAGCAUCAGGACCCUUCGUGACAAUGUUUACAAAUUACGUACUAAGGAUACAGGCUGGAAAGUAAGGGAAGCAGAAGGAAGGCUUUGAAAAGUUGUUUUAUCUGGUGGGAAAUUGCUUGACCCAGGUAGUCAAAGGCAGUUGACUAGAAUCGACAAAUUGUUACUCCAUAUAUAUAUAUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUAAGAUGUCUUCCUAUCAAAAAGAUAUCAAAGGCACAUGGAAUAUAUUUUAAUAAAAACAAAUAAUAUCUCUAAUAUAUCCACACAUUUGUUGCCAGAUUUCAGAAAACUGAGCUGCAAUCGCUUUCCUAAAACAGUAGUGUAUUAAAUGAACAUCUAUAAAAUGUAUCAACACACAUUUUAAAAAAUUUGUUUAAAGUAUACUCUUAGGCCAGGCGUGGUGACUCACACCUGUAAUUCCAGCACUUCAGGAGGCCAAGGUGGGAAGAUCAUUUGAGUUCAGGAGUUCGAGUUACAGCCUGGGCAAUAAAGUGAGACCCUGUCACUAACAAAAUUAAAAAAUAAAAUAAAUAUAAAAUAUAGGCUUUAAAAAAGCAUAGUCUUAUUAACCAUGUCUGUUGGUCAAAAUCUGCAAACUCUAAAAGAAGAAAAGAAGAAAAAACCAAGCUUAGGGUAUUUUUCCUCCCGUGCCUGAGUCCCAAUUACAUUCACGACAGUACUUUCAAUGAACAUAAUUGUUAGGACCACUGAGGAAUCAUGAAAAAUGAUCUCUGCUUAGUACAUUUGAUGCAAAAUGACUUAUUAGGGGCUGUUUUUCUAGCUAUAGUGUCUCGAGUACUAAUAUGCAAUUAUGAAAAUUAUAUUAAAUCUGGGAUUAUGACGGUAUCACUGUAUCAUCUUGGUCUUGUUCUGGCUGUCACCAAGCAUGACCCAGGUCAACUUUUUUUUUCCCCUGAAUUACCCAUCAAAUUGAUCUGCAGCUGACUAAAGGCCACAGCUGAGCCUGGAACUGACCCUUCCUUCAUCCUCAACCUGCUGUCCUCCAGAAAGCACCAAGGAAAAAGCAGAGAAUGACAGCAAACAGAUCACUAGGCCUCUGACCACAGGUGCUGAGUACUCAGCAGCCCUCAUAUAAUAGGUUUGAAAGUACUCCUUAAAAUAAAACACUGUUUCCCUUUGGAACUAUUUACAAGGAUGAAACAACCGUAUACCUGAGAAAUAACUUGCUCUGGUGUCAAUUCGCUAUUCGCCAGCAGACAUCAGAACACACCGAGUUUCCAGAUGCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-621.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -665.69
Frequency: 0.0000
Diversity: 506.20
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((((((((((..(((((..((((.(((((((......)))))))..))))..)((((.((.((((.((..(((((((.((.((((...)))))).)))).)))....((((((....(((((((((((((((((...((((((...))))............(((((((.((.((...(((..(((((.((((.((.......)).))))((.(((((.((((((((((.....(((((........))))).....).))))))))).))))).))((((((...((((...))))..))))))..)))))..)))...)).)))))))))..))..))))).))))).((((.((......)).)))).((((..(((((((((((.(((.((((((.((((....)))).)))).)).))).))))))...))))).)))).((((.(((...))))))).))))).)))))))).....(((((((((((.(((((((((..(((......)))..)))))))))((((((((..(((((((....(.((((((((....)))))))))..)))))))......)))))))).......(((..(((((((((((((((((((((.....(((....(((.((((((.(((((.((((.......))))...))))).......)))))).))).....((((((...((((((((...((((((.(((((.....(((........)))....)))))))))))......((((((((...))))))))............))).)))))...)))))).((((((.............))))))(((.....)))(((((((((((.........((((((....))))))(((((((((.((.((((((.((((......)))))))))).((((((..........))))))....((((.(((((((....((((((((.((....)).)))...))))).........(((((..((((((.(((((((((...((((((((.((..(..(((((.......(((....(((((((((..(((((((((((.......))))..)))))))..)))....(((((((((((.....(((((((((((((......))))))))))))).((((((.(..((((((((.........))))))))..).))))))(((.((((((........................)))))))))))).))))))))))))))..)))......))))).)..))))))))))..((((((((((((((...((((((....((((((((........)))))))).......)))))).))))))))((((((((((((((((((((((.(((((....((((.........))))....))))).).)).))......(((((((.((.......))..))))))).....(((((.......))))).............................((((.(((((............))))))))).))))))))))(((((.....(((......(((......))).....)))....)))))))))))).......(((((..((((((((....((((((..((((.((........))..))))..)))))))))))..))).)))))(((((.....)))))(((((...(((.(((((......))))))))...))))))))))))))))))))...))))))..)))))..))))))))))))))))))))))........((((..(.((.(((....(((..((((((((((...((....))....)))))).))))..)))....))).)).)..)))).(((........)))....))))))))))))))....))))))))..)))))))))).)))..))).(((..((((.....((((.((.....)).))))...))))..))).))))))))))))))))).)).)))).(((.((((....)))).)))(((((((...(((.(((........))).)))..)))))))...............((((((.(((((..........)))))..))))))...))))...))))))).....((.(((((((((.....((.....)).....))))))))).))...)).)))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((({((((((((..{((((,,(((,.(((((((......)))))))..,|||{.,((((.((.(((((((..(((((((.((.((((...)))))).)))).))).,.{((((((....((((((({(((((((((...((((((...))))......,...{{(((((({.(({(,...(((..(((((.((((.((.......)).)))){{.(((((.((((((((((.,...(((((........)))))...}.),})))))))).))))).}}((((((...((((...))))..))))))..)))))..)))))))))))))))},}..}},.)))))}})))}.((((.((......)).)))).((((..(((((((((((.(((.((((((.((((....)))).))))}}).))).)))))}..,))))).)))).((,(((((...))))))).))))).))))))))}.,..(((((((((((.{{((((..(((((...(((({.....|||,,{(((((((.,,...,,,((({,..({(((,((,..,{{.,,||},....,,}},))}..,,.})))))))}}.....{((..(((((((((((((((((((((.....(((...,{,{,((((((.(((((.((((.......))))...))))).......||||},......{{{((((({...((((((((,,.((((((.(((((.....(((........))),,..))))))))))).,,,,.((((((({...))))))))............,}).))))).,.))}})))}}}|||,,..,,....,,.)}}},.,,,.....,}}(((((((((((.,,,.,,..((((((....)))))),,||,,,,,....((((((.((((......))))))))}}.(((({(,,,{{,,,,,|||||}....,{{,.((((({{....{(((((((.((....)).)))...))))).........(((((..((((((.((((((((,...((((((((.((..(..(((((.....{{((,,,,.(((((((((..(((((((((((.......))))..)))))))..))}....{(((((({{({.{{..(((((((((((({....))))))))))))),),{(((((.(..((((((((.........))))))))..}.)))))}(({,((((((........................)))))))))}}),))))))))))))))..,}},.}})}))))).)..)))))))))).,((((((((((((((...((((((....((((((((........)))))))).......)))))).))))))))((((((((((((((((({,((({{,{(({{{{(((,.,.,{{{{.,|||.,,.|||||{.....})}}}}}.|||},|},}}..)))))))})}}))))).....(((((.,...,.)))))..............................,,,,,,((({{...,}})}..}}}}}}}},.}))))))))){((((.....(((......(((......))).....)))....))))}))))))),.....,(((((..((({{{{{,,,,((((((..((((.((........}}..))))..))))))}}})),}))).))))){((((.....))))}(((((...(((.(((((......))))))))...))))))))))))))))))))...))))))..))))),,))))))),,},,||}}|,}},,....,{{,((({,.{,{(((((...})))).|,{{(({((({.{((,.,{|,....,))))))),))))}))}}..,......,..}},},,}},,,,,,,,}}...,.))))))))))))))....))))))))..)))))))))).)))..}},........,,......)))))))}))},..))))).)))))...}),))))))))))))))))).)).)))).|||},{{{....}}||{|||((,,,,|}}}||{,|,,........,))})))..}}}}}}}...............((((((.(((((..........)))))..))))))...)))}...)))))))}....{(.(((((((((...,.((.....)).,,..))))))))).},...,}.)))))........
Back