Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001257317.1
Sequence Length
1498 nt
GC Content
0.4559
AUAUAUCAAGACCUACAGCCCUUGGGAAGUGCAUUUCUGCAUUCGAAGAAGAAUCUGAGAGAAACCUGACGCAGGGAGCAUGGGUAUCUGGACCUCAGGCACUGAUAUCUUCCUAAGUCUUUGGGAGAUUUACGUGUCUCCAAGAAGCCCCGGAUGGAUGGACUUUAUCCAGCAUUUGGGAGUUUGCUGUUUGGUUGCUCUUAUUUCAGUGGGCCUCCUGUCUGUGGCCGCCUGCUGGUUUCUGCCAUCAAUCAUAGCGGCCGCUGCCUCCUGGAUUAUCACGUGUGUUCUGCUGUGUUGCUCCAAGCAUGCACGAUGUUUUAUUCUUCUUGUCUUUCUCUCUUGUGGCCUGCGUGAAGGCAGGAAUGCUUUGAUUGCAGCUGGCACAGGGAUCGUCAUCUUGGGACACGUAGAAAAUAUUUUUCACAACUUUAAAGGUCUCCUAGAUGGUAUGACUUGCAACCUAAGGGCAAAGAGCUUUUCCAUACAUUUUCCACUUUUGAAAAAAUAUAUUGAGGCAAUUCAGUGGAUUUAUGGCCUUGCCACUCCACUAAGUGUAUUUGAUGACCUUGUUUCUUGGAACCAGACCCUGGCAGUCUCUCUUUUCAGUCCCAGCCAUGUCCUGGAGGCACAGCUAAAUGACAGCAAAGGGGAAGUCCUGAGCGUCUUGUACCAGAUGGCAACAACCACAGAGGUGUUGUCCUCCCUGGGUCAGAAGCUACUUGCCUUUGCAGGGCUUUCGCUCGUCCUGCUUGGCACUGGCCUCUUCAUGAAGCGAUUUUUGGGCCCUUGUGGUUGGAAGUAUGAAAACAUCUACAUCACCAGACAAUUUGUUCAGUUUGAUGAAAGGGAGAGACAUCAACAGAGGCCCUGUGUGCUCCCGCUGAAUAAGGAGGAAAGGAGGAAAUUCAUUUCUGGCUUCCAGUCCUGAAAAUGAUUAGGAAGAAGCAAAUGGACAUGGCAAGUGCAGACAAGUCAUGAGAGACCCCGACUACUCCUCAGCCACAUCGCACCAACAAUUCUCUUCAGGUCUAGGAUGGCAGUCACUAUUCAUGCCGGAUAAUAGAGAACUAUGUGACGCAGUCCUCUCAGGAGUCUGAGUUUACAGAGCCAACUUGCAGCACCUGGUUAUGCCUCCUUUCAUCUCAAAGCCAAAGAGCUGCCAGGUAAAUGGUUAUGUGGUCUAUGUUCCAAACAAACCACAUGAUCUUGCCUGUGUCACAAUGUAACAAGACUCUAGCUGGGUCCCCUGGUGAUGAGUUUCAGCAUAGAAUAAUGUUCAAGGAAAAGAAAACGAAAACAGUUUAAAUCUCUACCACAGCCUCACAAGCAAAUGCUAAGGGGAACAUACAUGUAAAAAGCCAGCAAACUAUCUUCAAACUCUUCCGUCCUUAAUGUCUUCCAUGGCUAUUGCCCCCACAAUGGUCUCUUUUCUCCCUGCUCCCUUAUUAAAGAACUCUUUCUGAAACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-440.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -468.90
Frequency: 0.0000
Diversity: 339.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....................(((((..(((((....)))))((......)).((.((((((...((.....((((((((.(((.....(((((...((((((((.(((((((.........)))))))))).)))))((((((((((((((((((..((((.....)))).))))))))..((((((.((.((((((...((.(((((.((((.........((((((((.((.((((....)))).))......)))))))).)))).))))).))....((((.((((((.(((((...(((((.(((.(((((.......................(((((((.(((((((.((((((....)))))).).)))))..).))))))))))))))))))))))))))))))).))))...............(((((.((.....))...))))))))))).)).))))))..(((((...(((..(((((.......)))))..)))...))))).....((((((....((((...)))).))))))(((.((........))))))))))))))).......((((((((...((((((...((.......(((....(((((((.(((((..((.(.((((((((.((((....(((.(((.(..((((..(((((((.((.....)))))))))....))))..)))).))))))).)))))(((((((........)))))))(((((.(((((((......((((.((.((((((((...((((((((((.(((.((.....))))).))...........((((((((.........(((((...(((..((((.....))))))))))))))))))))(((((....((.((...(((((((...(((((...((((((......)))))).))))))))))))((((((..((....))..)))))).....)))).....)))))))))))))..)).)))).)).)).))))))))..(((((.((.((((((((((.....)))))((((....))))))))))).)))))(((((....)))))....))).)))))..))).)))..))))).)))))))...)))......)).)))))))))))))).....(((((((((((...((((...)))).)))))))))))((((.((((......(((....((((((..((((((...))))))...)))))).(((((......)))))...((...(((((((.......))))...)))...)))))....)))).)))).......((((.........((((..(((((...............((......))...............))))).)))))))).....))))).......)))))))))))......))...)))))).))..))))).........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....................(((((.,(((((....)))))|{......,,.{{.((((((...{{...,.((((((((.((({.{{((((....{(((((,{{.(((((((.,......,))))))),},.))))))}},,)}.}}||,(((((({((((.....}))}...,|}|||(((((((((,{(,,((((,..,..{((((.((((.........((((((((.((.((((....)))).))......)))))))).)))}.))))}.||.,,.(((((((((.((((((((((...)))).)))),,((((((....{{{{{.{(({{.(((((((((.(((((((.((((((....)))))).),}))))..).)))))))}.,,{(((((.(((((.,,(,(({{.....}}}},,...,,,...,))),)}.))))),..,,((((.((((((((((((..(({(((((...{((..(((((.......)))))..}}}...))))).,{{.((((((....((((...)))).)))))).}}},,...........{((((((.((((.{((({{,.((((.{.,,,,......)).,...)))).)},}))|((((.,(({{....{{{.{{..((((....}))).,||}||{((..((((..((((((,,((.....)))))))}),...))))..))),.}}}...|{||,..(((((((........)))))))..))),,}})))},)))).))))))}..)))..))))))).))))).)))).|{{||.,,,|{.(((((((((.....(((((((((.........(((((..,({...{(((.....))))))}))))))))))))))|((,(((((((((...(((((((...(((((...((((((......)))))).))))))))))))((((((..((((.(.(((((..((((((,....{,,,.,|,,},,({......||........((((((,,.{(({{.({((((,.....}}}}}).,}))}))}...)))))),..}})}||}||}}}|}}}}}||,,{|||.,....))}).}}.)))))).)))).}.))))))))))))))).})),..(((......))){{(((((((..(((((((((((...((({...}))).)))))))))))))))))).}|......,......(((((.....)))))..)))))))))}}}}}}|((({......})))}.,}||}.,||||,{,.}}}}},}},,....,,...,,...........(((....))).)).))))))))).,)}}}.,)).}))))))))..,..}}}},,},}))))))...,,{.....,,,((((((((......)))))))).......,))))))))))}......))...)))))).}}..))))).........................
Back