Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001257971.2
Sequence Length
1564 nt
GC Content
0.4731
AGAACCGCGACCUCCGCAACCUUGAGCGGCAUCCGUGGAGUGCGCCUGCGCAGCUACGACCGCAGCAGGAAAGCGCCGCCGGCCAGGCCCAGCUGUGGCCGGACAGGGACUGGAAGAGAGGACGCGGUCGAGUAGGUGUGCACCAGCCCUGGCAACGAGAGCGUCUACCCCGAACUCUGCUGGCCUUGAGGUUUUAAAACAUGAAUCCUACACUCAUCCUUGCUGCCUUUUGCCUGGGAAUUGCCUCAGCUACUCUAACAUUUGAUCACAGUUUAGAGGCACAGUGGACCAAGUGGAAGGCGAUGCACAACAGAUUAUACGGCAUGAAUGAAGAAGGAUGGAGGAGAGCAGUGUGGGAGAAGAACAUGAAGAUGAUUGAACUGCACAAUCAGGAAUACAGGGAAGGGAAACACAGCUUCACAAUGGCCAUGAACGCCUUUGGAGACAUGACCAGUGAAGAAUUCAGGCAGGUGAUGAAUGGCUUUCAAAACCGUAAGCCCAGGAAGGGGAAAGUGUUCCAGGAACCUCUGUUUUAUGAGGCCCCCAGAUCUGUGGAUUGGAGAGAGAAAGGCUACGUGACUCCUGUGAAGAAUCAGGGUCAGUGUGGUUCUUGUUGGGCUUUUAGUGCUACUGGUGCUCUUGAAGGACAGAUGUUCCGGAAAACUGGGAGGCUUAUCUCACUGAGUGAGCAGAAUCUGGUAGACUGCUCUGGGCCUCAAGGCAAUGAAGGCUGCAAUGGUGGCCUAAUGGAUUAUGCUUUCCAGUAUGUUCAGGAUAAUGGAGGCCUGGACUCUGAGGAAUCCUAUCCAUAUGAGGCAACAGAAGAAUCCUGUAAGUACAAUCCCAAGUAUUCUGUUGCUAAUGACACCGGCUUUGUGGACAUCCCUAAGCAGGAGAAGGCCCUGAUGAAGGCAGUUGCAACUGUGGGGCCCAUUUCUGUUGCUAUUGAUGCAGGUCAUGAGUCCUUCCUGUUCUAUAAAGAAGGCAUUUAUUUUGAGCCAGACUGUAGCAGUGAAGACAUGGAUCAUGGUGUGCUGGUGGUUGGCUACGGAUUUGAAAGCACAGAAUCAGAUAACAAUAAAUAUUGGCUGGUGAAGAACAGCUGGGGUGAAGAAUGGGGCAUGGGUGGCUACGUAAAGAUGGCCAAAGACCGGAGAAACCAUUGUGGAAUUGCCUCAGCAGCCAGCUACCCCACUGUGUGAGCUGGUGGACGGUGAUGAGGAAGGACUUGACUGGGGAUGGCGCAUGCAUGGGAGGAAUUCAUCUUCAGUCUACCAGCCCCCGCUGUGUCGGAUACACACUCGAAUCAUUGAAGAUCCGAGUGUGAUUUGAAUUCUGUGAUAUUUUCACACUGGUAAAUGUUACCUCUAUUUUAAUUACUGCUAUAAAUAGGUUUAUAUUAUUGAUUCACUUACUGACUUUGCAUUUUCGUUUUUAAAAGGAUGUAUAAAUUUUUACCUGUUUAAAUAAAAUUUAAUUUCAAAUGUAGUGGUGGGGCUUCUUUCUAUUUUUGAUGCACUGAAUUUUUGUGUAAUAAAGAACAUAAUUGGGCUCUAAGCCAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-495.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -526.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 489.80
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((....((((........))))....)))))....(((((((...(((.(((((((.((......))....((((((((((...))).)))))))....(..((.......))..)))))))))))..((((...((..(((((((.......)).(((.((((..((.(((((..((((.(((.((((.....)))).))).....(((((((.(((((((((((.(((..((((((((((((..((........))....))))..))))))..))...))).))))))))).((((...............))))......)))))))))))))..))))).))))).).))).........((((((.......))))))......)))))..))...))))..((((((..(((.((((....((...))...)))).))))))))).......)))))))....(((((((...........((((((((((((((..(((.((((.(((((.((((((((..(((((((((((.((....))))))...((((...((((((((((.((((........)))))))).))))))))))...))))))).((((((...)))))).....)))))))).))))))))).))).....(((((.(((...)))))))).....(((((((((((...(((((((((..(((........)))..))).))))))(((((((...(((((((((((((.(.(((((..(((..(((........)))..))))))))......(((((((((............((((........))))))))))))).......(((......))).(((((((((((((.((((((((((.......(((((....)))))))))))...)))).)))))..((((....)))).(((((((((((.((((....))))..((((........(((((.((...((((((.((((((........)))).))(((((((((((....((((((..........))))))..((((....))))..((........))(((((((((((.(((((..(.(.(((((((((.....).)))))....))).).)...))))).)....))))))))))))))))))))).))))))...))))))).......)))))))))))))))...))))))))).)))))).))))))))))))))...))))))))))).(((((((...((((((.((((((((.(((......))).))))))))))))))....(((((.....)))))..(((((...)))))............(((((..(((((((((.....((((..((((..(((..(((...........)))..)))..))))..))))......)))))))))....................))))))))))))))))))))).((((((.(((((.........))))).))))))........)))))..)))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((....((((........))))....))))).{,((...((((({.(({{((((((.{{.,,...}}.|{,((((((((((...))).))))))).}.}|..{|......,}},.})))))),.}}}},||}}}},,.}|,|{(((....{{{{{.(((.((((,.{{.(((((..((((,(((.((({.....)))).))).,..,(((((((.{((((((((((.(((..(((((((({(((..((........))....)))}..))))))..))...))).))))))))),((((.,............,))))......,,)))))))))))..))))).))))),).}}}{{{{{,,,{({,{{{...{{{,,,|||{{{{{{{,|||{{{||...,{{{{{((((((..{((,({((...,{{..,)).,.|||}.||}}}}}}}..,||{,{{,{{{,|||,,,{{{{||||,..|||,,,|(((,,,,,{({{..{((.{(((.(((((.((((((({.{(((((((((((,{(,{{,,|||||,{,({,,{{(((((((((((.((((........)))))))).)))))}}}))..,||||||||{{{,||.}})).))}}}},.)))))))).))}))))},.)))|||}|||||,}|||.|,}}))}})}}}..,||||{{({{{{.,,{||||||||.,||{....{{{{|||..,,)}))))),.{((({{{{{(({||||||||||}||(((((..(((..(((.,....,.)))..))))))))......((((((((((......,,...,,,,........},,)))))))))).......{{||,,,|,}|}.{{{{|{{,((((({((,,((((((.......(((({....}))))))))))..,))))}))||}..,{,{,,..||||.,{{{{{|||{|,{(((....)))},,(,{{,,,,..,.||{{(.((..,((((((.,,{(((,...,,},}}}),)){({{{{{{{||.,,|,|||||.,,,.},|||||||,,..{{{{....,}}|,{{{{{......,.(((((((((((.(((((..{.(.(((((((({.....}.))))),...,)).).}...))))).)....))))))))))})))))))))).|||}||,.,}||||||,{{,|},||||||}}}}}}||||,}||}|}}}}.}})),}).}))}|}|,.)))))).,)}))))))))))})}}))}))){(((((.((((((((.(((......))).))))))))))))))....(((((.....)))))..(((({...})))).,,,,,,...,{{{{{{,,{||||||||,,|..{||,,,||{{..{{{.,|{{..,{,,,{,,.,|}..,},.})))),,},,,,,.,.,))))))))},,....,,,,..........})))))))}}}|))))))}.}}||||||}||||{...,,,,}})))),.,,,,,,.,,....,},)))))..)))}...
Back