Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001258406.2
Sequence Length
2147 nt
GC Content
0.4746
ACUCCUCUGGUUCACUCCUCCUGAACUGAACCUCUUCUUUACAACGAAAUGAUGCUCAAGUCUAUCACAGAAAGCUUUGCCACAGCAAUCCAUGGCUUGAAAGUGGGACACCUGACAGAUCGUGUUAUUCAGAGGAGCAAGAGGAUGAUUCUAGACACUCUGGGUGCUGGGUUCCUGGGAACCACUACGGAAGUGUUUCACAUAGCCAGCCAAUAUAGCAAGAUCUACAGUUCCAACAUAUCCAGCACUGUUUGGGGUCAGCCAGACAUCAGGCUCCCGCCCACAUAUGCUGCUUUUGUGAACGGUGUGGCUAUUCACUCCAUGGAUUUUGAUGACACGUGGCACCCUGCCACCCACCCUUCUGGGGCUGUCCUUCCUGUCCUCACAGCUUUAGCAGAAGCCCUGCCAAGGAGUCCAAAGUUUUCUGGCCUUGACCUGCUGCUGGCUUUCAAUGUUGGUAUUGAAGUGCAAGGCCGAUUACUGCAUUUCGCCAAGGAGGCCAAUGACAUGCCAAAGAGAUUCCAUCCCCCUUCCGUGGUAGGAACGUUGGGUAGUGCUGCUGCUGCAUCCAAGUUUUUAGGACUUAGCUCGACAAAGUGCCGAGAAGCUCUGGCCAUUGCUGUUUCCCAUGCUGGGGCACCCAUGGCCAAUGCUGCCACCCAGACCAAGCCCCUCCACAUUGGCAAUGCUGCCAAGCAUGGGAUAGAAGCUGCAUUUUUGGCAAUGUUGGGUCUCCAAGGAAACAAGCAGGUCUUGGACUUGGAGGCAGGAUUUGGGGCCUUUUAUGCCAACUAUUCCCCAAAAGUCCUUCCAAGCAUAGCUUCCUACAGUUGGCUGCUGGACCAGCAGGACGUGGCCUUUAAGCGUUUUCCUGCACAUUUAUCUACCCACUGGGUGGCAGACGCAGCUGCAUCUGUGAGAAAGCACCUUGUAGCAGAGAGAGCCCUGCUUCCAACUGACUACAUUAAGAGAAUUGUGCUCAGGAUACCAAAUGUCCAGUAUGUAAACAGGCCCUUUCCAGUUUCGGAGCAUGAAGCCCGUCAUUCAUUCCAGUAUGUGGCCUGUGCCAUGCUGCUUGAUGGUGGCAUCACUGUCCCCUCAUUCCAUGAAUGCCAGAUCAACAGGCCACAGGUGAGAGAGCUGCUCAGUAAGGUGGAGCUGGAGUACCCUCCGGACAACUUGCCAAGCUUCAACAUACUGUACUGUGAAAUAAGUGUCACCCUCAAGGAUGGAGCCACCUUCACAGAUCGCUCUGAUACCUUCUAUGGGCACUGGAGAAAACCACUGAGCCAGGAGGACCUAGAGGAAAAGUUCAGAGCCAAUGCCUCCAAGAUGCUGUCCUGGGACACAGUGGAAAGCCUUAUAAAGAUAGUCAAAAAUCUAGAAGACCUAGAAGACUGUUCUGUGUUAACUACACUUCUCAAAGGACCCUCUCCACCAGAGGUAGCUUCAAACUCUCCAGCAUGUAAUAAUUCUAUCACAAAUCUCUCCUGAGGCUUACCAACAUCUAAAUGACUUUGCAUUUGGGGAGAUUCAAUGAUUUGGUUUGUAAAGCAAGGGUCUGCUGCUUGGUUUUCCCAGGAAAAAUGAACAAAGAUGGAGAGAGUCCAGAAACAGAACUACAUAUAUCUGGAAGGAGCCUUCUCCUGAAAAUUUUGCAGGACAGUUCCACUUACCUAAAUCAAGAUGAAACACACACACAAAAAUGAGUUUGUAAGCAUUCACAAGGGUGAAAUUCAACUCACCUGUGAUUUACUUAUAAAAUUAAUCUCUUCAUAGGAAUUAUGUGUGGACUUCAUGAGCCUCAAGGUUUUAGAGGGAUGUGAACCUGCAUGUAUAUUUUCUGACAGUGGAGAGGGCUCUGGUGCAUUGUGUCACCAACAGAUCUCCUAGACCAUGGCUUAUUACCAAGCCCUCCACAGUGCAAGGGGUGCUACUGGGGAAUGGGUGGGUUUAAAUCCUGCCUCUGCCAUUCACUAGAUGUAGCCUUGAGCAUGUUACCAUUAGCCCUCUGCCUCAGUUUCCCUAUUUGUCAAGCCGAAGUAAAAAGCAGUCUGGAAAAAUCGCAUUUUGGCUCUAGAACCCAUGGUCUUAAGCACUGCAAUAUAUCACCUUUCAGUAUAAAAAUAUUUGAAUCAGAGUUGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-664.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -709.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 582.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((((..........((((((..............((((((((((((((((.((((..((((((((((((..((((((((((((((..((((.((((((..(((((..............(((((...(.((((.....)))).)...)))))((((((((((.....(((((......((..((((...))))..)).((.......))..........))))).....))))))))))((((((......)))))).))))).))))))((((((.....((....)).....))))))...))))..)))))))))..........((((((...))))))...(((....)))))))).....((((....))))((((.((((.....)))).))))....)))))))))))).((..((((((((((((((.......))))))..(((((((((.(........))))))))))((..(((((((...(((((((((((((..(((.(((((......((((..((....((((((.(.(((((....)))...((((((...))))))..((((.((...)).)))).(((..(((((((.(.(((..((((...))))))).).)))))))..)))))))))))).......))..)))).((((((....))))))....))))).)))......)))))))).))))).)))))))..)).....))))))))..))....((((((((((((((((.((...........((((((((((..(((.((.((..((((...........(((((((.((((((..((((((....((......))....))))))........((((((...)))))).....((((((.((((((((....(((((..((((((((...((((...))))....))).)))))...........)))))..(((((.....)))))((((((...(((((((.....((.....(((..(((((........))))))))....)).)))))))..))))))(((((.(((((((((((.((...........)))).))))))..))).)))))))))))))....)))))).(((((.(.(((((((((((....))))((........)).))))))).).)))))..(((((((....((.(((.((....)).))).))....))))))).((.(((((...((((((..((.((.(((......))).))..))))))))...)))))))...))))))))))))).......((((.((((..((((((((((((....(((.......(((((((.....(((((.....))))).)))))))..((((.....))))((((....((((.((((((((((..((((((.....(((((...((...((..((((..((((..(((((((((....((......................))....)))))))))...))))..))))..))..)).)))))..)))))))))(((((....)))))...........))))))).)))))))).((((..........))))...((((((((((((.((((((..((((((.((..(((.(((((((........(((((...((((((.....(((((((((((((...(((((..(((((........))))))))))....)))))))).........)))))........))))))...)))))........))))....))))))..))..)))))).....)))))).......))))))))))))))).))))))))).)))))))))))..........(((((......))))).......))))..)))).)))..))))))))))..)).))))))))))))))))..............)))).)))))))))....(((...((....(((.((.((((..(.....)..)))).)).)))....))....)))........)))))))(((..(((.((...)))))..))).................))))))...........))))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,..((((((((((........,.((((({....{{{........}}|..|(((((((((.((({..((((((((((((.,((((,(((((((((..((({,(({{.(((((.,..(((((.((((((((((((...(.((((.....)))).)...)))))){.(((((.(...{{((((,{(((.....))))}))).}}.).))))),...}})))).)))))...((((..(((.{..(((((.(((.(((({..((((........))))..,.)))).))))))))..,.)))))))))))).,)),))))..)))))))))}}}.,}....((((({...})))))...(((,...||||||||.....{({{....)))){{{{.|{||.,}},}}},.}))).,..)))))))))))).((..((((((((((((((.......)))))}..,((((((({,(........)))))))))){{..(((((((...(((((((((((((,.(((.(((((......((((.,((...{((((((.(,(((((....))}.,.{{{{{,...})))}}.,((((.{,...}}.)))).(((..(((((((.(.{((.,((((...}))))}).,.)))))))..))))),)))))}.,.....,),,)))).{(((({....)))))),...))))).))).,....))))))))},)))).)))))))..)).....))))))))..))...,((((((((((((((((,((,.....,,,..((((((((((..{(({(,{({.,(({(,(((,..,,,|||||{{||{{||||..((((((....((......))....))))))........((((((...)))))).,|,.||||||,|{||||||.,..|||(({,{(((((((.,.{{((...)))}....))).))))}.....,,...,|||||,.(((((.....})))){({{{{...,{{(((((...,,,{{.{((((({,{{{{{,...,,.}}|||,,,....{{{|||||||,,|||}||{{{{{|{||{(((((({.{{...........,,))}}))))}.,}}}}))))))))))))},,.||||}}},(((((.{.(((((((((((....))))||.,..,,,})).))))))}.).)))))..(((((((....((.{((,({....)).))}.))....)))))))...}|||||,.,||{,,...||}|,|(((|,,...|||{||.,||||||||..,|,||||,...|||},|}}}|,,,,}||,..{|{{.{{{|,,|||{{{{|||||,...,{{......{(((((((.....(((((.....))))).))))))}}}((((.....)))),{{{....({{{,(((({{{{{|||||{{{{.....{{{{{,,,{{.{,{.,,{{,{,.{(((..(((((((((.{{.((.......,.,....,}}.....)).}}.)))))))))...)))).,))}),}}.,})).})))),,)))))}}))|((((....)))}............}))}))).}||||||..{{{,..........)))),,.((((((((((((,((((((..((((((.({,,(((.((,((((........(((((...((((((......{{{,((((((((...((((,.{(((((........))))))))))....)))))))).,}|.,.{{{,,..})),.,,.))))))...)))))........))))...,)})))),.))..)))))).....)))))).......))))))))))))|||,||}}}))}).))}}}}}}}}}...,}.....(((((......))))),,,},,.))))..)))).)))..)))))))))),,))})))))))))))))))),....,.....},,)))).))))))))){{{,....,,||...,(((.{{.{(((..{.....}..}))}.)).)},....})}},.,)),......{||.,,,,(((..(({{((...)))))..))).,}}}............}))))).,.........))))))))))..,...
Back