Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001258461.2
Sequence Length
1713 nt
GC Content
0.6328
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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-760.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -793.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 388.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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