Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001261440.2
Sequence Length
2822 nt
GC Content
0.3806
ACUCGGGGACUGUCCCUUGCUCCAGGCGCUCACUUUGCGGGCGGCACUUUUUCCAGGUUGUUAAUCCAGCUAAUGGAGAAGGAUAGAUGCACGCUACUUGGUUUAGAAAAAAAAACAAAAAUGAGCAAACGAGACGCCCCUUCCGUUUUAUGAUAACUAAGCUGCAGGGAAAUAAAUCGGCUGGCCCUACUGCAAUCUACUGCACUCGAGUGACAAGUGAGCCUGCUUCUGUCAAUUACUGAAGCUAUAAGGAGAUUUUUUAAAAAUUAAACUUCAACACAAUGAGGUGUUGCCACAUCUGCAAACUUCCUGGGAGAGUAAUGGGGAUUCGAGUGCUUCGAUUAUCUUUGGUGGUCAUCCUCGUAUUAUUACUGGUAGCUGGUGCUUUGACUGCCUUACUUCCCAGUGUUAAAGAAGACAAGAUGCUCAUGUUGCGUAGGGAAAUAAAAUCCCAGGGCAAGUCCACCAUGGACUCCUUUACUCUCAUAAUGCAGACGUACAACAGAACAGAUCUCUUAUUGAAACUUUUAAAUCAUUAUCAGGCUGUACCAAAUCUGCACAAAGUGAUUGUGGUAUGGAACAAUAUUGGAGAGAAGGCACCAGAUGAAUUAUGGAAUUCUCUAGGGCCCCACCCUAUCCCUGUGAUCUUCAAACAACAGACAGCAAACAGGAUGAGAAAUCGACUCCAGGUCUUUCCUGAACUGGAAACCAAUGUGUUGAUGGUAGAUGAUGACACACUCAUCAGCACCCCAGACCUUGUUUUUGCUUUCUCAGUUUGGCAGCAAUUUCCUGAUCAAAUUGUAGGAUUUGUUCCUAGAAAGCACGUCUCUACUUCAUCAGGUAUCUACAGUUAUGGAAGUUUUGAAAUGCAAGCACCAGGGUCUGGAAAUGGUGACCAGUACUCUAUGGUGCUGAUUGGAGCCUCAUUCUUCAAUAGCAAAUAUCUUGAAUUAUUUCAGAGGCAACCUGCAGCUGUCCAUGCUUUGAUAGAUGAUACUCAAAACUGUGAUGAUAUUGCCAUGAAUUUUAUCAUUGCCAAGCAUAUUGGCAAGACUUCAGGGAUAUUUGUGAAGCCUGUAAACAUGGACAAUUUGGAAAAAGAAACCAACAGUGGCUAUUCUGGAAUGUGGCAUCGAGCUGAGCACGCUCUGCAGAGGUCUUAUUGUAUAAAUAAGCUUGUUAAUAUCUAUGAUAGCAUGCCCUUAAGAUACUCCAACAUUAUGAUUUCCCAGUUUGGUUUUCCAUAUGCCAACUACAAAAGAAAAAUAUAAAAGUAAAACAAACAAAAACAAACCUGAAAACUGCUUGGCAUUUGAGUAGCUUCUCCAUGCUAUGUAUUUUUUUAAGCAACAUCAUGAAUUUUAUCUACUCCAGAAGUCUCUACAAUAGAAAAAAAAGUGCAGUGCUUCUAGGAUAUAAAAUUCACAUUACUUUUGAAAGCCAAGAAGUUGGUCUUAUCCAGUUAGGUCUUCUUAUGAAGAGUUUUCAUCCAGGGAUAUAACUCCUUGGUCAGUGAUUUUAUUGUUUACAUCCUGAGACUGUUCUACAGUUUCUUUGACUCCUGGCAUUUGCCUUAAGGACCUAUAGCAAGCUGUUUCUAGGAUCAGAAACUCAAGAGAGGCAUUUCUCUGCUUUUUCACUAAAGGUCAGUUGUUUUAAUUUGAAACCUGAAAUGCCUCUUUAGCAAAAGCCUGUGGUAUGGGGUAAAGCCAUGUAAGAAGAGAAUAGUCUCAGUCACAUAUGAAGAGGAAAAUUUGCAGCUGCCAGUGCUUUCCUUGUGGCCCUGCCAACCAGCUCUUCCAGGACGAACUCAGUCCAGCAUGGUUUUGAUGUAACCAUCCAUGCUUUUAUUUUUGUUAAGUCUUUUGUGACUGGGACAGUUAAUUUUAGUAGCUGAAGAACGUCUAGUUGUUUGCUUGAUAUUUGUGAACAUUUACUGCAUGGAUCACAAAACAAUAUACCCUGUAUUUCUUACACGCCACUUAUAUGCAGCAAGGAGUAAAUGUGUUACUAGAUUCGGGUAGUGCAUUUUGUCACUGAAUCUGACCUUGAGAAUGUACAUUAAUUCUUAUAUUUUACAUAAUGUAUGUGUUGUUUAAGAAAUGUAUAAAAAACCUGAAAAAAAUGAGUAAGAACUGGCAGAAGUUAAAACCCUUUGUAUCAAAAGAUCUUUAUUGGUAGAGCACUGGUUAUCUUCUGGAUACUAAAAAGUUGUAUUACAAAGCCAAACACUUGCAUUCACAACUUUAAAAAAAGAUCCAAGGAACUAUUCAUAAUGAUGAAAUUUCAACUACAUACAAGGAGGAGAAAAUAAGAACCCAGUCAUAACAGAGGAAUUCUAUAGGAGUCUGCAUCAAUUCAUUCUUAAGGUUGCCUACUCUCUGUUAUGUGAAUUAGCGUCUGUGUUUCACCCAUUGUCUGUGUUUAGUCCUUGUUCACCACUAAGGCAAGGAAUUCUUAACUAGGCCUCUGUUUACCAACUUCUCUUUCUCCUCCUUUCCCUCUUAUUCCUCCUUCUCCUCUUCCUUCUUAUAUAAUGCUAGUAUAUUCUCAAAAUUGCAAAGCUGUGAGAAUAUUAAAAUAAUCAUGGCUAAUGUUCCAAUAAUGAGGUCUUUGUGCAUUUAGUUCCGCAUAUGAUGGUUUUUUUUUUACAUUAAAGAGUAUAUGUGUCUUAAUGCAGUCAGAUUGUAAAAAACAAAAACAAAGAAACUAAGAAUCUUACUAAAAAUCGAUAAUGUCAGUUAUCUGUUUUGUCCAAUAUUGGUAGUACUUUUUUGCCUCUUAUGAUUCCUCUAGCAGAUAAAUAAAAGAAACUUUUGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-716.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -773.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 689.88
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((...)))))((((((((((((((.......)))))...((((((((((((((......)))))..)))))))))..((((((..((((((((((((((........(((((.((((((((((((((((...((((.((((((.(((((((.((((((((((((((((.((((.((..((((((((((((.(((.......((......(((((((((((((.((.....)).)))))....(((((((((............((((((......))))))((((..((.((((((..........((((((((.((((..((((.....))))...(((.((((((.(.((((....(((.((((((.((..((.((.......))))..))..)))))).)))..........((((.......)))).((((.......))))))))...).)))))).))))))).))))))))....)))))).)).)))).....))))))))).......................))))).))).....))......))))))))))))).))..)).((((((((((.((((.((((....((((((((.((((((((((.....)))))..(((((...((((........)).))...)))))..)))))........((((.....)))).(((((..((((..(((((((((((.(.((....))))).))))))))).((((((((((....(((((...(((((((((((.......))).))))))))(((((.....)))))....(((..((...(((((.....((....)).......)))))...))..)))))))).))))))))))...))))..)))))..)))))))).....)))).))))..)))))))))).........)))).)))))))........)))))))))(((((((.(((((((.....)).)))))...(((((((.(((......))).)))))))((((((.....))))))((.(((((.((....)).))))).)).....)))))))...(((((...........(((((((...(((((.(..(((((.((.....)))).)))..).)))))...)))))))........((.(((((..........))))).))...........)))))..........((((((((((((.........))))).(((((((((.....(((((((((((..((((((........((((....(((((((.......(((((........)))))........)))))))......((((((((((....(((((((((((.(((.............))).)).)))))).))).))))))))))....((((((........))))))(((......)))(..((.(((((....))))).))..)..(((((((......)))))))))))........)))))).....(((((((((((((....((((((..((...((((.(((((((((...(((.((((...(((((((((......))))))...(((((((((((((.((((((((.....))))).)))..((((((...))))))..)))))))))))))......)))))))))).))))))))))))).)))))))))))))))))))))........((((((........((((..((((............)))).)))).......))))))..((((.......))))(((((((...............))))))))))))))))))....)))))))))))))))).)))).))).))).))).))))..)))))...))))))))).)).)))))..(((((((((.(.((...................((((((..................)))))))).).)))))))))....))))).))))))))))))))).((((.......))))........((((((((...(((((.....((((((...)))))).....))))))))))))).....))))........))))).....(((((((((((......((((((....(((((((((((((((...(((..(((((((....(((((.....((((((((......(((.......)))......))))))))........)))))(((((...(((((....)))))...............((((((((((((...((((....((...(((((((.......((((((((..(((..................)))..)))).))))...(((((...((....))..))))).....(((((.(((.((((((((((.........))))))))...)).))))))))))))))).))....)))).))))))))))))........................))))).................(((((((((.....((...))..)))))))))....)))))))..)))......))))))..))))))))).((((((.((...((((((((.....((((((........)))))))))))))).)).))))))......((((.....))))..))))))...(((.(((((......(((((.((((((....)))))).)))))..........(((((.......)))))......)))))...)))...............)))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((,...}))}|((((({{({(((((.....,.))))).|.{(((((((((((((......)))))..))))))))|,,{(((((,||{((((((((((((........(((({.,{((((((((((((((...((((.((({{{.{{({(({.{(((((((({{......,,((((.{{,,(((((((,,,.,,||||....,}}}....)).}|||{(((((.({.....,}.))))}....(((((((((,{,.........((((((......))))))((((..((.((((((..,...,,||((((((((.((((,.(((({...,)))}..,{({.{(((((,(,,{,{,,,,{{{.||{{{{.{(..{{.||...,,.,)))),,)),,))))}|,|,,....}},,..{{{{......,||}}.((((.......)))),|||,,{|{|||,,,,))))))),)}}}}}}}....)))))).)).))))..,,.}))))))))..{{,......,,,.........}},{{(((({{{{{{.{{.....}})))),)))))}))..,..((((((((((.((((.((((..,,(({,{{((.|{{{{(((((.....)))))..(((((...((((........)).))...)))))..||}},.,,...{{((({,,...}},).,||||,.((({..(((((((((({.{.((....}},}},))))))))).((((((((((....(((((,,.(((((((((((.......))).))))))))(((((.....)))))...,|||..{{...(((((,,.,||{....,,..,..,,)))))...))..})))))}).))))))))))...})))..}||||,,|}}}})))}}},.}))).))))..}))))))))).,......{||{{{....)))))}}}},.))))))))|(((((((.(((,((({.,,....}}}.....{((((((.(((......))).))))))}((((((.....))))))|{.(((((.({....}).))))).)),},,,))))))),..{(((,........}}}|.,{{{{{||{{,{{|{.,{{{((.{{{{{,.|}}}.}})}}}})|}||{,{(({{{,,...}}}}}||,|{|{{.|,}},,,}}))))),)}......,.,..}}},,......,...((((((((((((.........))))}.(((((((((.....(((((((((((..,,,,,,.,......{(((,{({({((((((,,.,{{(((({.......,))))},,,.....,}}}}},......((((((((((....(((((((((((.(((.............))).)).)))))).))).))))))))))....,,,|,|}}}.||||}}.}})|||......)),{..{{.(((((....))))).)).,},.(((((((......))))))),}}}||,.....}))})}.....(((((((((((((....{(((((..{(...((((.(((((((((...(((.(((({..(((((((((......))))))...(((((((((((((.((((((((.....))))).)))..((((({...})))))..))))))))))))).,,...}))})))))).))))))))))))).)}}))))))))))))))))))........((((((......,.((((..((((............)))).)))).,,....))))))..((((.......))))(((((((...,,.......}}.))))))))))))))))))....)))))))))))))))).))))}.},.}}}.))).))))..))))}..,))))))))).,}.}))))..(((((((((.(.{(.....,,............,((((,....,,,,.,,.......}})},)},.).))))))))).,,.)))))||)))))))))))}}},|||,,,...|||,,,....}},.(((((((,..{(((((.,,..((((((...))))))..,,.))))))))))))).....}}}}........))))},....{((((((((((......{{(({{..,.{{(((((({{(((({.,,(((,.(((((((,,,.(((((.,,..((((((((......(((.......)))......))))))))......,,))))}{||{,...{((((....))))}...............((((((((((((...((((....((...((((((((......((((((((..(((,{.............,}.)))..)))).))))...(((((...((....}),.))))).....,{(((.(((.((((((((({.........))))))))...)}.))))))))))))))).}}....)))).))))))))))))............................,...........,.,,,.{{(((((((.....{{..,}},,))))))))}....}}}}))),})))..,,,.)))))),.))))))))),{(((({.((...{(((((({,,,.{{{{(,,........)))))})))))))).)).})))))...,,,{({(.....}}},..}}}}}}....,,,,,,,,,,,,..{,{{{.((((({....}}}}}),)}})},,,......,|||||.......})))},,,,,,},},..,,,,}}))},,,,,..,,},)))))))))),
Back