Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001261442.2
Sequence Length
2790 nt
GC Content
0.3767
ACUCGGGGACUGUCCCUUGCUCCAGGCGCUCACUUUGCGGGCGGCACUUUUUCCAGGUUGUUAAUCCAGCUAAUGGAGAAGGAUAGAUGCACGCUACUUGGUUUAGAAAAAAAAACAAAAAUGAGCAAACGAGACGCCCCUUCCGUUUUAUGAUAACUAAGCUGCAGGGAAAUAAAUCGGCUGGCCCUACUGCAAUCUACUGCACUCGAGAAACAUCACAGAAAAUUCUUUGAUUUAUCUUAAUAGUGACAAGUGAGCCUGCUUCUGUCAAUUACUGAAGCUAUAAGGAGAUUUUUUAAAAAUUAAACUUCAACACAAUGAGGUGUUGCCACAUCUGCAAACUUCCUGGGAGAGUAAUGGGGAUUCGAGUGCUUCGAUUAUCUUUGGUGGUCAUCCUCGUAUUAUUACUGGUAGCUGGUGCUUUGACUGCCUUACUUCCCAGUGUUAAAGAAGACAAGAUGCUCAUGUUGCGUAGGGAAAUAAAAUCCCAGGGCAAGUCCACCAUGGACUCCUUUACUCUCAUAAUGCAGACGUACAACAGAACAGAUCUCUUAUUGAAACUUUUAAAUCAUUAUCAGGCUGUACCAAAUCUGCACAAAGUGAUUGUGGUAUGGAACAAUAUUGGAGAGAAGGCACCAGAUGAAUUAUGGAAUUCUCUAGGGCCCCACCCUAUCCCUGUGAUCUUCAAACAACAGACAGCAAACAGGAUGAGAAAUCGACUCCAGGUCUUUCCUGAACUGGAAACCAAUGCAAUUUCCUGAUCAAAUUGUAGGAUUUGUUCCUAGAAAGCACGUCUCUACUUCAUCAGGUAUCUACAGUUAUGGAAGUUUUGAAAUGCAAGCACCAGGGUCUGGAAAUGGUGACCAGUACUCUAUGGUGCUGAUUGGAGCCUCAUUCUUCAAUAGCAAAUAUCUUGAAUUAUUUCAGAGGCAACCUGCAGCUGUCCAUGCUUUGAUAGAUGAUACUCAAAACUGUGAUGAUAUUGCCAUGAAUUUUAUCAUUGCCAAGCAUAUUGGCAAGACUUCAGGGAUAUUUGUGAAGCCUGUAAACAUGGACAAUUUGGAAAAAGAAACCAACAGUGGCUAUUCUGGAAUGUGGCAUCGAGCUGAGCACGCUCUGCAGAGGUCUUAUUGUAUAAAUAAGCUUGUUAAUAUCUAUGAUAGCAUGCCCUUAAGAUACUCCAACAUUAUGAUUUCCCAGUUUGGUUUUCCAUAUGCCAACUACAAAAGAAAAAUAUAAAAGUAAAACAAACAAAAACAAACCUGAAAACUGCUUGGCAUUUGAGUAGCUUCUCCAUGCUAUGUAUUUUUUUAAGCAACAUCAUGAAUUUUAUCUACUCCAGAAGUCUCUACAAUAGAAAAAAAAGUGCAGUGCUUCUAGGAUAUAAAAUUCACAUUACUUUUGAAAGCCAAGAAGUUGGUCUUAUCCAGUUAGGUCUUCUUAUGAAGAGUUUUCAUCCAGGGAUAUAACUCCUUGGUCAGUGAUUUUAUUGUUUACAUCCUGAGACUGUUCUACAGUUUCUUUGACUCCUGGCAUUUGCCUUAAGGACCUAUAGCAAGCUGUUUCUAGGAUCAGAAACUCAAGAGAGGCAUUUCUCUGCUUUUUCACUAAAGGUCAGUUGUUUUAAUUUGAAACCUGAAAUGCCUCUUUAGCAAAAGCCUGUGGUAUGGGGUAAAGCCAUGUAAGAAGAGAAUAGUCUCAGUCACAUAUGAAGAGGAAAAUUUGCAGCUGCCAGUGCUUUCCUUGUGGCCCUGCCAACCAGCUCUUCCAGGACGAACUCAGUCCAGCAUGGUUUUGAUGUAACCAUCCAUGCUUUUAUUUUUGUUAAGUCUUUUGUGACUGGGACAGUUAAUUUUAGUAGCUGAAGAACGUCUAGUUGUUUGCUUGAUAUUUGUGAACAUUUACUGCAUGGAUCACAAAACAAUAUACCCUGUAUUUCUUACACGCCACUUAUAUGCAGCAAGGAGUAAAUGUGUUACUAGAUUCGGGUAGUGCAUUUUGUCACUGAAUCUGACCUUGAGAAUGUACAUUAAUUCUUAUAUUUUACAUAAUGUAUGUGUUGUUUAAGAAAUGUAUAAAAAACCUGAAAAAAAUGAGUAAGAACUGGCAGAAGUUAAAACCCUUUGUAUCAAAAGAUCUUUAUUGGUAGAGCACUGGUUAUCUUCUGGAUACUAAAAAGUUGUAUUACAAAGCCAAACACUUGCAUUCACAACUUUAAAAAAAGAUCCAAGGAACUAUUCAUAAUGAUGAAAUUUCAACUACAUACAAGGAGGAGAAAAUAAGAACCCAGUCAUAACAGAGGAAUUCUAUAGGAGUCUGCAUCAAUUCAUUCUUAAGGUUGCCUACUCUCUGUUAUGUGAAUUAGCGUCUGUGUUUCACCCAUUGUCUGUGUUUAGUCCUUGUUCACCACUAAGGCAAGGAAUUCUUAACUAGGCCUCUGUUUACCAACUUCUCUUUCUCCUCCUUUCCCUCUUAUUCCUCCUUCUCCUCUUCCUUCUUAUAUAAUGCUAGUAUAUUCUCAAAAUUGCAAAGCUGUGAGAAUAUUAAAAUAAUCAUGGCUAAUGUUCCAAUAAUGAGGUCUUUGUGCAUUUAGUUCCGCAUAUGAUGGUUUUUUUUUUACAUUAAAGAGUAUAUGUGUCUUAAUGCAGUCAGAUUGUAAAAAACAAAAACAAAGAAACUAAGAAUCUUACUAAAAAUCGAUAAUGUCAGUUAUCUGUUUUGUCCAAUAUUGGUAGUACUUUUUUGCCUCUUAUGAUUCCUCUAGCAGAUAAAUAAAAGAAACUUUUGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-698.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -754.47
Frequency: 0.0000
Diversity: 759.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((..(.((..((((((....(((.......)))(((((((((((((((((((((......)))))..))))))))).....))).)))).....((((........))))......))))))..)).)..))))....(((((............((((((((((((((...(((......((((((....(((((((((.((((...((((.(((....))).))))...))))...)))).).))))((((((((((.((.....)).)))))....(((((((((............((((((......))))))((((..((.((((((..........((((((((.((((..((((.....))))...(((.((((((.(.((((....(((.((((((.((..((.((.......))))..))..)))))).)))..........((((.......)))).((((.......))))))))...).)))))).))))))).))))))))....)))))).)).)))).....))))))))).......................)))))((((((((((.((.....)))))).))))))....((((((((((.((((.....(((((((....((((..(((..(((((......((((((((((...((((........)).))...)))))..((....))...(((((.((......)).))))).(((..((((...(((.((((...((.(((((.....))))).)).(((..((...(((((.....((....)).......)))))...))..))).(((((((((((((((.........)))).))))..))))))))))))))(((.((((((..((((((.......(((((....)))))..(((...)))...((((((((.(((((((.....)).)))))...(((((((.(((......))).)))))))((((((.....))))))((.(((((.((....)).))))).)).....))))))))..((((.........)))).....))))))..)))))).)))...((((.......))))))))..)))((((((.....))))))...............)))))...)))))..)))...))))(((((((((((((((((((((((.........))))).(((((((((.....(((((((((((..((((((........((((....(((((((.......(((((........)))))........)))))))......((((((((((....(((((((((((.(((.............))).)).)))))).))).))))))))))....((((((........))))))(((......)))(..((.(((((....))))).))..)..(((((((......)))))))))))........)))))).....(((((((((((((....((((((..((...((((.(((((((((...(((.((((...(((((((((......))))))...(((((((((((((.((((((((.....))))).)))..((((((...))))))..)))))))))))))......)))))))))).))))))))))))).)))))))))))))))))))))........((((((........((((..((((............)))).)))).......))))))..((((.......))))(((((((...............))))))))))))))))))....))))))))))))))))((((((.......))))))((((...(((....((((.(((....(((((..((((((((((((((((.((((......(((((.(((((.....)))..((((.((((((((.....(((((((((((......((((((((................))))))))((((((((((((((((.....((((((.....((((((...)))))).....))))))......................(((((...(((..((.(((((....((((..((.((((((..........)))))).))....)))).((((.(((((.....((((((((......(((.......)))......))))))))........)))))))))....(((((....)))))...............((((((((((((...((((....((...(((((((.......((((((((..(((..................)))..)))).))))...(((((...((....))..))))).....(((((.(((.((((((((((.........))))))))...)).))))))))))))))).))....)))).))))))))))))...............)))))))..)))...))))).........))))))))))......(((.((((((((..((......))..))))))))..))).........)))))).....))))))).))))))))))))))))................)).))))))))))))..))))))).))).))).....)))))....)))))))..))).))))......)))).)))))))...))))))))))).)))))))))))))))).......)))..))))..)))).)).))))..........)))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((....||}|{(((((,,(,((({{.....},)||||,|,((((((((((((((......)))))..)))))))))..,{{|||.}|||{{(({(((({{......,.||{{{..,||||||{{|{{|{{,,,|{{{.((({{{.,,{{{{{.,((((((((({.,,,,.,,{({,{..,,(((((({{{{{((((((((.((((.,.((((.(((....))).)))).,.))))...)))).},,}}|((((((((((.({.....}).)))))....(((((((((,{,.........((((((......))))))((((..((.((((((..,...,,||((((((((.((((,.(((({...,)))}..,{({.{(((((,(,,{,{,,,,{{{.||{{{{.{(..{{.||...,,.,)))),,)),,))))}|,|,,....}},,..{{{{......,||}}.((((.......)))),|||,,{|{|||,,,,))))))),)}}}}}}}....)))))).)).))))..,,.}))))))))..{{{.......,...,......)))|}{{{{{{,{,,.{{.....}}))))})))))})}..||.((((((((((,((((.(((({.{{{,,...{|,|||||{((((.....))))}..(((((...((((........)).))...)))))..||},,.}}...(((((.{{...,,.)}.}})))..,,..{{{{,,,{({{{{{.,,,{{{((((({.{{,|,,}|.,.,|||.,||.}}||{{,,}}}}},.,,,,},,,,.,}))}}|...}}..}}),(((((((((((((((.........)))).)))),.,))))))..|})).|||},,||||}}||||{{......,{{(((....))))}},||..}})))}})|(((((((.(((,((({.,,....}}}.....{((((((.(((......))).))))))}((((((.....))))))|{.(((((.({....}).))))).)),},,,)))))))}..{(((.........}}}}..,,,||||||,{|||}}|,|||.||{|{{.,}},.,})}}}|}||||{|((({({,,...}}}}}||,|{{{{.,,,,..,}}))))}.)).....,|,,,,|}},,.,,,.,{,,.((((((((((((.........))))}.(((((((((.....(((((((((((..,,,,,,.,......{(((,{({({((((((,,.,{{(((({.......,))))},,,.....,}}}}},......((((((((((....(((((((((((.(((.............))).)).)))))).))).))))))))))....,,,|,|}}}.||||}}.}})|||......)),{..{{.(((((....))))).)).,},.(((((((......))))))),}}}||,.....}))})}.....(((((((((((((....{(((((..{(...((((.(((((((((...(((.(((({..(((((((((......))))))...(((((((((((((.((((((((.....))))).)))..((((({...})))))..))))))))))))).,,...}))})))))).))))))))))))).)}}))))))))))))))))))........((((((......,.((((..((((............)))).)))).,,....))))))..((((.......))))(((((((...,,.......}}.))))))))))))))))))....)))))))))))))))),|||||.,,.}},,))),)}}}..}}}}}..|)}))}))}}.,,.|||||,.(((((((((.(,{(...,,|,............,((((,....}}},.{{.......|}}},}}..),))))}}}}}..,.)}||||||||}}}}}}}}}}}}|||,}},,,||}}|}.,,,}}|.(((((((,..{(((((.,,..((((((...))))))..,,.))))))))))))}.....}}}}........}))}},,...{(({((((({{......{{{({{,.,,{{{{{{{{{{{{{{|,,,||{,.{||||{{,||,{((((.,,..{(((((((......({(.......))),.....))))))))......,}))))}|||{,...{((((....))))}...............((((((((((((...((((....((...((((((((......((((((((..(((,{.............,}.)))..)))).))))...(((((...((....}),.))))).....,{(((.(((.((((((((({.........))))))))...)}.))))))))))))))).}}....)))).))))))))))))..........,,....,,.,........,..,,,,.....,..,|,|{{{{((({.....{{..{||,,|||}}}}},....}},,)))}})))..,},.}))))},.))))))}}},{|||{|.{{...{||{{{||,||,|{{{{,,........)))))})))))))),)).}))))),,.,,,|{||.....}}}}..,}}}}},..,,,,|,.,}}|,...{,{{{.((({{{....}}})))|))})),}},,,,,,}|||||,......}})))..|},},,}}},,,},)))),...,,,.,,},))))))))}},
Back