Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001270447.2
Sequence Length
2227 nt
GC Content
0.5721
GUCACUAUACAGAGACAGUCCAUGUUGGGGGGCCUGGCCGCGGCGGCGGGAACCCGGAUAAUGGGAAAGGAGAUAGAAGCAGAAGCACAGAGGCCCCUGAGGCAAACAUGGAGACCUGGCCAGCCACCAGCGAUGACAGCAAAGACGAUGAGCUCGCGGCUCACGGCGCUCCUGGGGCAGCCCCGGCCCGGCCCUGCCCGGCGGCCCUAUGCCGGGGGUGCCGCUCAGCUGGCUCUGGACAAGUCAGAUUCCCACCCCUCUGACGCUCUGACCAGGAAAAAACCGGCCAAGGCGGAAUCUAAGUCCUUUGCUGUGGGAAUGUUCAAAGGCCAGCUCACCACAGAUCAGGUGUUCCCAUACCCGUCCGUGCUCAACGAAGAGCAGACACAGUUUCUUAAAGAGCUGGUGGAGCCUGUGUCCCGUUUCUUCGAGGAAGUGAACGAUCCCGCCAAGAAUGACGCUCUGGAGAUGGUGGAGGAGACCACUUGGCAGGGCCUCAAGGAGCUGGGGGCCUUUGGUCUGCAAGUGCCCAGUGAGCUGGGUGGUGUGGGCCUUUGCAACACCCAGUACGCCCGUUUGGUGGAGAUCGUGGGCAUGCAUGACCUUGGCGUGGGCAUUACCCUGGGGGCCCAUCAGAGCAUCGGUUUCAAAGGCAUCCUGCUCUUUGGCACAAAGGCCCAGAAAGAAAAAUACCUCCCCAAGCUGGCAUCUGGGGAGACUGUGGCCGCUUUCUGUCUAACCGAGCCCUCAAGCGGGUCAGAUGCAGCCUCCAUCCGAACCUCUGCUGUGCCCAGCCCCUGUGGAAAAUACUAUACCCUCAAUGGAAGCAAGCUUUGGAUCAGUAAUGGGGGCCUAGCAGACAUCUUCACGGUCUUUGCCAAGACACCAGUUACAGAUCCAGCCACAGGAGCCGUGAAGGAGAAGAUCACAGCUUUUGUGGUGGAGAGGGGCUUCGGGGGCAUUACCCAUGGGCCCCCUGAGAAGAAGAUGGGCAUCAAGGCUUCAAACACAGCAGAGGUGUUCUUUGAUGGAGUACGGGUGCCAUCGGAGAACGUGCUGGGUGAGGUUGGGAGUGGCUUCAAGGUUGCCAUGCACAUCCUCAACAAUGGAAGGUUUGGCAUGGCUGCGGCCCUGGCAGGUACCAUGAGAGGCAUCAUUGCUAAGGCGGUAGAUCAUGCCACUAAUCGUACCCAGUUUGGGGAGAAAAUUCACAACUUUGGGCUGAUCCAGGAGAAGCUGGCACGGAUGGUUAUGCUGCAGUAUGUAACUGAGUCCAUGGCUUACAUGGUGAGUGCUAACAUGGACCAGGGAGCCACGGACUUCCAGAUAGAGGCCGCCAUCAGCAAAAUCUUUGGCUCGGAGGCAGCCUGGAAGGUGACAGAUGAAUGCAUCCAAAUCAUGGGGGGUAUGGGCUUCAUGAAGGAACCUGGAGUAGAGCGUGUGCUCCGAGAUCUUCGCAUCUUCCGGAUCUUUGAGGGGACAAAUGACAUUCUUCGGCUGUUUGUGGCUCUGCAGGGCUGUAUGGACAAAGGAAAGGAGCUCUCUGGGCUUGGCAGUGCUCUAAAGAAUCCCUUUGGGAAUGCUGGCCUCCUGCUAGGAGAGGCAGGCAAACAGCUGAGGCGGCGGGCAGGGCUGGGCAGCGGCCUGAGUCUCAGCGGACUUGUCCACCCGGAGUUGAGUCGGAGUGGCGAGCUGGCAGUACGGGCUCUGGAGCAGUUUGCCACUGUGGUGGAGGCCAAGCUGAUAAAACACAAGAAGGGGAUUGUCAAUGAACAGUUUCUGCUGCAGCGGCUGGCAGACGGGGCCAUCGACCUCUAUGCCAUGGUGGUGGUUCUCUCGAGGGCCUCAAGAUCCCUGAGUGAGGGCCACCCCACGGCCCAGCAUGAGAAAAUGCUCUGUGACACCUGGUGUAUCGAGGCUGCAGCUCGGAUCCGAGAGGGCAUGGCCGCCCUGCAGUCUGACCCCUGGCAGCAAGAGCUCUACCGCAACUUCAAAAGCAUCUCCAAGGCCUUGGUGGAGCGGGGUGGUGUGGUCACCAGCAACCCACUUGGCUUCUGAAUACUCCCGGCCAGGGCCUGUCCCAGUUAUGUGCCUUCCCUCAAGCCAAAGCCGAAGCCCCUUUCCUUAAGGCCCUGGUUUGUCCCGAAGGGGCCUAGUGUUCCCAGCACUGUGCCUGCUCUCAAGAGCACUUACUGCCUCGCAAAUAAUAAAAAUUUCUAGCCAGUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-901.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -942.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 644.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((....)).)))..((((((((.((((((((..((((....))))...((((.....)))).............((....))....)))))))).).....)))))))(((.((((.((......((.......))..........(((((((.((((.(((((((((.(((...(((.(.((((((((((((((....(((((......)))))((((((((((((((((((.....((((((..........))))))((((...(((((......((((((((((((((.......))).......((((..((((((((((((....((((.(((((((((.(((((((..........(((((......)))))(((((((.((((............)))).)))))))..(((((((.((((...........(((((((((.......(((((.......))))).......)))))).))))))))))))))))))))).))))))))).....((((((....))))))))))..)))))))).))))))))(((.(((((..((((....))))))))).)))..).))))))).))).......)))))))))....))))))........((((((((...))).)))))((((..(((((((((...........(((((((..........))))))).....(((..(((((((((((....((((((...((((((((.(.((((((.((((((..((((((((((((...(((((((((((......))))..((.....))..........((((((.(((((.((.(.((.(((((.(((.....))).)))))..)).).)).))))).))))))(((((((((((.((((.........)))).)))))))))))....)))))))((((((((...........)))))).))((((..(((....)))....))))...))))))))))))((((((((((((..........))))))))))))(((((((.(.......(((..((((.((((((((.........(((((((...(((..((((((((((((((((.(((.((((((((.((......)).)))..))))).))).)))).))))))))..))))....)))..))))))).........))))))))))))..)))......).))))))))))))).(((((....)))))...((((((((.((((((...((((..(((....)))..))))..)))))).)))))..)))....((((.(((.(((((..........))).)).))).))))((((((((...((((....))))....((((((((........))))))))((((.(.(((((((.......))))))).).))))..))))))))........(((((............))))))))))).).)))).))))))))))...)))))...))))))..))).)))))))))....))))(((((((.....)))))))..((((.(((((((....)).))))).))))..))))))).))))))))))))))))))).).)))..((((((....)))))).....))))))))...)))))))).)))))))(((((((.(((((((((((((.((((....((((((((((..(..((((.............((((((((((......))))).((((((((....)).)))))).((((.......))))...(((.(((.((((((((((.(.((((.........))))..).))))))))))))).)))..(((((......))))).((..((((...))))..))(((((((..((((....))))(((((......))))))))))))..)))))..))))..)..))))))))))....))))..........(((((((((((((((.((((((.((.((.....)).)))))))).)))))............))))))))))..............(((((...(((((((..(((.(((........)))..)))..)))))))....)))))(((.(((((((...))))))).)))))))))..))))).)))))))))...................)).))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.((....}).)))..((((((((,((((((((..((((....))))...((((.....)))).............((....))....)))))))).|..|,,}))))))(({{((((.,{......((,......}}..........(((((((.((((.(((((((((.((({{,(((.{.(((((((((((((((.((,((((...{{||||||(({{{((((((((((.((((({..,,,,,(((((({...,,||,{(((.((.((.((......)})).)}.)))|,.......||},...,,,}})))}})))))}..)))))))}({((,,.,....||||,.{{{{||||{,{{{{(({((..(((((({|.(((((((,((({........,...)))),}))))))..}||})))))..)}.,,..((((((((((((({..(((.((((((.....(((((......))))),..)))))).))).((.(((({({(({...|||||{||.,|{||{{(,,.{|||||||.|||||,,,..,)),.)})))))).}}},..}))))))).)))))),,||{.|||{{{||||,|,{|,|((.{{..(({(({{({{{,..{(((({..,{{,,{,{{|||,...)))}))}})|{,|..,{|{{{{{{...........((((((({({{{{,...|||}||}..{{.((({{((({{,{{((({{{.,((((,...((({((({{({((({(({((((({,,((((((((((((...((((((({(({......}}}}..((.....)),.,....,,,((((((.(((((,((,,.,{.(((((.(((.....))).)))))..,).}.)).})))).))))))(((((((((((.((((.........)))).)))))))))))..,.))))))|{{((((((....,,...}})))))).},,..{..,.{||,,..,...,))}}...)))))))))))){{||{{{|||||}.....,.},)))))})))})){||||||}|..}}||}|||}}|||}.||{|{||{}},,,....(((,,,,...,||,.((({((((((((((((.(((.((((((((.((......)).)))..))))).))).)))).))))))))..})))....)))}})))))))}........,,,,}}))))))..)))))}..,)})),)),),)),))}}}}}}}}|,{|.....,||{(((((.((((((.{.((((..(((....)))..)))),.)))))).)))))|,|}}....{(((.(((.(((((.,,....}}.))).)).))).)))){{{{((((.{,{{{{..,,)))),...{|||||||}}}}}}}}}}}}}}||,{{,.,.{((((((.,...,.))))))},|,})}},}))})}}))}},,,,,.|||||,.,.........,||||||||||{|{||}|{||||||||||{{{|,,,|{{{{|},,|{{|||{|||||||,,....),))})},.,|..,})))))),,.})}|,}|||,|||}}..,,})))}).,)))}}))))))))))).))))))))))))))).}.))).,{(((((....))))))}.}}.)),)))))...)))))))).)))))))(((((((.({((((((((((({{(({....((((((((((..(..((((.............(((((,{((({,..{,,||}|{{({{{(((,(.((((((((...((({,....,.)))}..}|||,(((.((((((((((.{.((((.........))))..}.))))))))))))).}))},{|||{.,,,,.}))})},,}}|||{...}}}}.,|,|{|{||||,{(((....}})){((((......))))))))))))}})))))..))))..)..))))))))))....}},},||..,,.,.(((((((((((((((.((((((,(({{...,,.,),,})))))).)))))............)))))))))).....,,....|},(((((...(((((((..(((.(((........)))..)))..)))))))....))))){||.{((((({...})))))).)))))))),,.})))).},))))))),,,,...............}}.))))))).
Back