Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001277783.2
Sequence Length
3903 nt
GC Content
0.3590
GUCUCCAAGCAAGAUGGCGGAGGAGCCGCAGUCUGUGUUGCAGCUUCCUACUUCAAUUGCUGCUGGAGGGGAAGGACUUACGGAUGUCUCCCCAGAAACAACCACCCCGGAGCCCCCGUCUUCCGCUGCAGUUUCCCCGGGAACAGAGGAACCUGCUGGCGACACCAAGAAAAAAAUUUAUUUAUGUGAAUCAGUCCUUUGCUCCUUCCCCAGACCAAGAAGUUGGAACUCUCUAUGAGUGUUUUGGCAGUGAUGGUAAACUGGUUUUACAUUACUGCAAGUCUCAGGCGUGGGGAUGAACCACAAAGAAAAUCAACUUGCUACUACAUGAAAUGGAUUUUCACGGAAGAGACAGCUCUGAAAAGUUUUGAUGCUUGUGGCAAGAGACUUAACAGAUGUGAUCUAUUUAGUAUGUGUCUACUCUAUGUUUAUGCAUAAGAAAACAUCCAUAGCAUGAAUGGACUCAGAAAAAUGUGAUUUGUAUUAAUGCACCAGUCAUCAUAAAAGAUGGUCAUGAUAGUACACCCAUUGCUCCUACUUGUUACUAUUAUUGCUGCAGAUCUGCCUCCAAGGUUGAAAAGGAGACUAAGACUGUAUAAACAUCUUCAUUGUCAGUUCUCAAAAUGACUGAAAUUGUUUUCAUGGUAAAAGUUAAUAUACUAAAGGGUUCCUUUUUUUUUAAUGUUUACAUUUAUCUCUAUGUUUACCUUUUUAGUCACAUUGACCUGCUGGCUGAAUACCUCAAAUAGUCCAGUAGAGGGCAGUCCACCAGGCAGAAAAGGUUAGGCGUUUUGGUUUCACAUCUUUGCUGGGGAAUAAUAGGGGAAAUGGCUGUUUUUGCUAAUUUUUAGCUAAUAUCUAGCCAGGAGAGCAAGCACAUAGGACAGACUGAAAGACUGUAAUUUUACACAAUACACAUGGCUUAAUUAUUUUAUUGGGAUACAGAAAAAUAUAAAUUCUGGACAAAUAAGUCAUAUACCUGUUUUCAGUCCUAACAUUUAAGGAUUCUUGAGUCCCAAUCACAUAACUGUGGUGUUACUCUGUCAUUUAUAUGGUGUCAAAAGCACUUGAUGAGUAAACCCAGUAGCAUCUUUUUGAGUGUUUCAUAAUGCAUUUUCCAACUUGAAAACAAUAAUUGAAAAAUAGCCUUAUUGUAUAUUUUAUGCCAUGACUAAAAGUGCCAUUUUUACUGAUGCUAUUAGACUGAUAAUUUCUUGAAGUGAAAUUUAACCUUUUUUUCUCUUUAGUAUUAUGUUUAUAAUGCCAUAUUUUUAGAAAGCAUUCCAGAUCAGGCAUGGUGGCUUACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGAAGGCUGAGGUGUGGGGAUUGCGUGAAGCCACAAGUUUGAGACCAGCCUGGUUAGCAAGGCAAGAUCCCCAACUCUACAAAAAAAUAAAAAUUAAAAAAAAAUUAUUAGGCUGCAGAGGCAAGAGGAUCCCCUGAGCCCAGAAGUUCAAGGGUAUAGUGAGUCGUGAUUGUACCACUGCAUUCCUGCUGAGCAACAGAGUGAGACCCCAUCUCAAAAAAGAAAAAAAAAGGCAUUCUAGUAAAUCGAAUGUAAUGUGAAUGGAAUUUCAAAACAGGAUCUAAGAUGGUAUGUAGUAGAAUUCAAAGUAAUAUCAUUUUAAAGUUAAAUGAGUAUGGAAAAGGUCUGUUCUCUAGUUUUGUCCAGUUCAGUUUACUGAAGGAAUAUAUUUAAUUAUAUUCAUAUAUUUAACAAAUAAAAAUAUGUUGAAUUUUCGUAUUGUUUGCCACUGAGGGUUCAGAUGAUAGACCUCAAAAAAUCGAAAAUACUGGUUGAAAUUUGUAGCAUCCAUUUAGUUAUUCUUUUUGACCUAAAUAACUUAAUAGUUUAUUAAAUCUAAGGUUAGCUAAAUAUGUAGCUAACCUUAUUUGUUUUCUUUCCUAACAACUCUGAAGAAUACAUAGGACUUUGCACUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAAAGAGACAGCGUUUCGGUCUUGUUGCCCAGGCUGGACUGUAAUGGCACAAUCUUGGCUCAUUGCAACCUCUACCUCCCGGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGCACCUGCCACCACACCCGCCUAAUUUUUUGUUAUUUUUAGUGGAGACAGGGUUUUACCAUUUUGGCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGACUGACCUCAGGUGAUCCACCCGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUAUAGGUGUGAGCCACCGUGCCGGGCCUGGACUUUGUACUUUUUCAAAUCAUAUUUAAUUAUUUCUUGAUCUUUACUCAAAGAAUUAUUCUGCGCUAAAUUUGCAACAUUAAACAAUAAUUAAGCCUGGAUCCGAUAAGUUAUUGGGUGACUAGAACCUACAACACAAUUUAUUUUUAAUUUAAACUCUCAAGUCUGAUUAAACUUGGGGGAAAAACUGAACAUUCAGGUGAUAUUUUAAAUUUUCUUUGUGACUAAAUAGAUGUCAUUAAUAUCAUGCUUCAUCUUACUGUGCAUAGAUGACCCAUGGCACACAAAGUAUAUGUAUAAUAUUGCAAUAUUGUACUUCCAUCUUUAAAAGUAUGCCAAAGACUUCAUAAUGAAUUCACCAUAUUUAAGGAAUAAGGCAAAUUAAUGUUUAUCCGAAAUCAAAAUGAGAUUGGAUAAUUCCUGGAAUCUGAUUUCUGUAAGUUUCAGUCCUAAAGGGACCUUAAAUAUCUACUAGAACGAAGUACAGUGUAUUUCUCAGAUUACAUGACAUUAGUCAACCAAUUUAGUUGUAACACAAAGUGAGAAAGCCUUAGGUGUUGAAGGAGUGUGAAAAUAAAAAUCUCUUUUCAUGCAGUUUCUGCUUCAUUUUCCAAGGAUUAUAAUAUGCUGAGUAAACUUUUGGCACUAAGGAAGCCAGCUACAGGCCACGUAAUGAAAACUAUUCAGAAAACAGUUCAGCAAAUACUACUAUUUGAAUACAGUUCAAAUCGUAUUUAUAUAAAUACUCUGCCUACAUUAUUUAACCCAAACUGGAUUAUUCACCAUUCUUUGAAGAUGCCUUGUGUUUUCUGUUAUCUACUUCUGCUCGUGCAGUUUACUUACACCUUCACCCUUUCAAAUCCUAACUCUUCUUCAAGGCCUGAUUCAGAUUUUAACUUUUUAAAGGCUAUCUGAAUCAUUCAAGGAGAAGAUACCCUUUCUCUCAUAAAAACACUUAGAGCAAACUACCACUAUUAAAUCACUUAUUGCAUACUGCCUCAGAGCCAUGUGUCCAGUUAUUCUGGUUUUUAUCUGGUACCCACACACACAUAAUACUUAGUACAUUUCCUUAUAUGUAAAUAAUUAGUAAUGUAACACAUCGAGUGAAUGAAAUUGUGAUUAGCAAAGUAUGACAGCUAAAAACAAAGGAAAUUUUGUAUAGUUUAAGUUUUUGUACAGCAGAAGGUAAUGGAAAAUAUUUGCAACAUAUGACAGUGUUUUUAAUGUCUUAAGUAUAUGAAGAAUUUGUUUCAAUUGGUAAGAAAAGACCAACUGAAAAAUAGGCAAAACAUACCAAAUUUCGAUUCACAAAAAGAUACAAAUGGCCAACAAAACAUGAAACACCUUGAACCCCAUUGGUUACAAAAAAUACAAAUAAAAACAAUGCUGACUGACAAUAAAAAUAAUGUACAUCUUGCUAUUAGCAGAGUUGUGGGGAAAUCCUGUCAUAUUUUGGUGAAUAGAAUAUGAGUUGGUAUAUCACUUUUAGGGGGCCAUUUGGCAAUAUCAAAAACCUUGAAACGUAAGUAUAAACUUCAGUUUGUUCGUAUAACCUGUCAUUCACAUAUUGAGUGCCUACUAUGUCCUAAAUAUUGGAAUAACACUAAUAAAGCUCAUAAGAGACUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1052.92 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1124.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 1050.16
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((..(((((((((((((.....)))).(((((((((((((..(((.(((((.....(((..((((((((((((((.((((..(.((((.................)))))..))))....((((((((.((((.(.......).)))).)))).))))..............((((((....)))))).)))))))..)))))))..))).....))))).)))((((.....)))).....((((((((((((((((((((....(((((.((((((((.((...((((.......))))...(((((((......(........).....)))))))((.(((.(((((..((((..(((((((..((((...)))).)))))))..))))..)).))).))).)).((.(((((.((.(((((.(((.((........)).)))))))))).))))).))......)).)))))))).))))).))))))((((......))))((.(((..........))).)).........))))))))))))))((((.(((..((((...........))))....))))))).....((((((((..((((((..((((..(((((((((..((...(((((((((.((.(((((...(((((...))))).......))))).)).))))...)))))...))..)))))))))..))))...))))))(((.....)))(((((((((((...(((.(((.....(((((((...((((.(((.(((((((.(((.(..((((((.((.((((((..((((((((((((((((((((..(((((.((((.....))))..)))))...))))...)))))))...((((((...((.((((((((......((.((((((((((((..((((((((.(((((.........)))))(((......)))......(((....)))((((........)))).......))))))))((((....))))((((((((..((.((((((..(((((.....)))))..))))))..))..)))))))).(((((((((((((((.......(((((......))))).......))))).......((((.(((((...))))).))))(((((((((.((((...((((((((((..(((.....((((((.......)))))).............))).)))))))).))....))))...)))))))))...(((.(((((.((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((.(((((((((.(((((.((..((((((((((((((((((((((...((.(((((((....(((((((((((((((((((..............(((((..((.((((((.(((((((.(.(((((((.(.((....(((...((((((((((.((((((.(((.((((.(((.((((.((((((((.((((((.(..(((((((((((((((((((((((((((((...........((((..((((((((....((((((......(((((((((((..................))))))))))).........(((.(((((.....))))).)))..)))))))))).))))..)))).....(((((((......)))))))....((((((((.((....)).))))))))....(((((.((((....(((((..((....))....)))))......))))))))).((((((((...(((((.........)))))...))))))))(((..((((....))))..)))....((((((((((((......))))))))))))..(((.((((((............)))))).))))))))...))).)))))))))))))))))..........))))..).)))))).)).)))))).)).)).))).)))).))).)))))).))))))))))...)))....)).).))))))).).))))))).)))))).))..))))).(((.((((......(((....)))......)))).)))..)))))))).))))).))))))...))))))).))...))))))))))))))))))))))..)).))....))).))))))).))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)).)))))...)))......((((...(((......)))...))))....)))))))))).......((((.......)))).........)))))))))))))).((((((((...))))))))........(((.((((((...................(((((((((........))))))))).....((((....))))((((((((.((......(((((((..........((((((...((((((((..((......)).)))).))))....)))))))))))))......)).)))))))).((((((((((((..(((.....((((.......((.((((...)))).))...((((((((((......(((......)))((((((((..(((...)))..))))))))((((((((..((((............)))))))...))))))))))))))).)))))))..)))))))))))).(((((((..(((((((((....))))...........))))).......))))))).......)))))).))).)))))))).))......))))))...((((...)))).)))))))))....)))))....).)).))))))..).))).)))))))..))))))).............((((...((((((((....(((.........)))....))))))))...))))....((((((....))))))))))))).....)))...)))..)))))))))))..........))))))))....((((((((((((((((...((((((.((((((...(((((.((..((((..(((((.........((((((((..((..((((((((((.....(((....)))...)))))))))).))..))))))))..........(((.(((......)))))).....(((((.....((((((...((((.((((.((......))...)))).)))).....)))))).....))))).........((((..((((...(((((........))))).......))))))))..(((.....)))..)))))..))))(((((...........)))))..((((((....))))))...)).)))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))..((((((((.((((...(((((.......((((((((((.(((((........))))).)))).....(((.......................................)))..................(((((((.....)))).))).....)))))).......)))))....)))).)))))))).....)))))))))....((((.((((((.(((....(((.(((((((((.....)))))))))((((.((((...((((((((((.(((....)))...........)))))))).))..)))).)))).)))....))).))))))))))((((((.....)))))).....((((..((...((((((.......)))))).))..)))).)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((..((({{{,,(({((.((,,({({,{,...,{||||,||,,}},.,.,,,.,,)))||{{.{(,((({({,,..,{{{..|,||||,,....,,,...,,..,))}}),.)))))}))},)),|}||(((((({(((.(((((({..,,{{(((...{{|,,,,,.....,{||,|,...))),,})))))))))).)))}(((((((.((((....}))),((((.....)))}......(((((((((..(({....,))..))))))))){((((((....((((.......))))...,,...,,...{(((({{..({(,{{{..,,{{{{|,..,.{{((....}||||,}||{{|||.}||,|.}})))),)))))))..,|{{({(({{(({{{{{,{{(({((.,,.({{((((..,,))))},)}..,.}}.)))},),)))})))),{{{......},})}..((((((((((.((({.{(.,.......)))))))))..))))))}.,{{.,((,(((({{,,..{{{{{{.{{{{({{,(.{(({{(({{.....,,....||||,|..|||||||}.,,,,,..{{{{..(((({{..{{{{..{|||(((((..{{...{{{((((((.((.(((({...(((((,..,}})),,,,,,,))))).)).)))),,.}}}}),..}),,))))))))}..}))),{{||||||{|,........,,))),}}))))).))))))}},..}|}}}}},|,,}}}}}}),})..))),.)))))))),.,)))))))......))))))}|{||((,.{{{((({,.,,||}||,|.....))))})}}}||||,||.|||,,((((((((((({.,..((((....||}}...,,,.{,.((((((((((((..((((((((.(((((.........)))))(((......))).......,,...,|||((((........))))),..,},)))))))).,,...,{||,(((,((((((.((((.......(((((.....)))))})))))))}}))}})))|||||{,,{,{(((((,.,{{....||,{{((,.....,}}}},,||,,.||||||,,,.||.{{{{.(((({...}}||}.}|},{{{{{{{{{.{|||,..{{{||||||{.,{{{..{{,{{{,{,{{{{{{.{{{|,},,.......},}},}}.))||||||,}}..},)))),..},,}}}}))||||||.(((((.((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((.(((((((((.(((((.((..((((((((((((((((((((((.,.((.(((({((,...(((((({((((((((((((,,,...........(((((..((.((((((.(((((((.(.(((((((.(,,(,...{((,,.((((((((((.((((((.(((.((((.(((.((((.((((((((.((((((.(..((((((((((((((((((((((((((((({{{..{{,,..{{..,,({,,,(((,..,{((((({{,...(((((((((((....,.,....,......)))))))))))..,,,,,,,(((,{{{{(..,{{|||||,,||.,||}||,}|||,||||{...,)))},.(((((((......))))))).,,,{(((({{{.,,....}),)))))}||(((((,{{{,{{{{....{({{{..||,,..},,,}})))}}...,,,)))}}}}}},|{{|||||,,.|{{||,.,,.,,}.)}))),,.}))))))}..{,,((((....)))},})),....((((((((((((......))))))))))))..|||,||{,||},..,,,.....}}})),,)),)))))...))).)))))))))))))))))..........))))..).)))))).))}}))))).)})}).))).)))).))).)))))).))))))))))..,)))..},,),,.))))))).).))))))).)))))).))..))))).,,(,,(((......(((....)))......))))}}))}})))))))).))))).))))))...))))))).)).,.))))))))))))))))))))))..)).))....))).))))))).))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)).))))).,{||,....,.,}}},..,........||,...,}}}..,,}}}))))))),,,,...{({(.......,))}.........))))))))))))|||{{((((((...})))))||....,,..,,,,.........,,,.............(((((((((........))))))))).....((((....))))((((((((.....,...({{{{{{,......,,,||||||...{{{(((({.{(({{{......,,,,}))))}..}))))}}}}}}}}),,.,,{|{{|||||,}}.,}}||||||,,...{((((((((((((((({,..{,((((((.{..((((((((..{((((((({{.(((((.......,.((((((((..(({...}))..)))))))).,,{(({({,(((,,((((({{,((((,{(((((...))))).,.,}}}...}}}.}}},.(((((((...)))))))}}|}||,.,.((((....))))...,,,,,.}|||,,,,||.|,|}|}...,,||{|,{|||||(((({,(((((((({........,.))))))))){,|,,,|||||}},,||||,||},,.......{((((({......}}||||,,,.,|}..|||,.,,...))).......||||,.,|.||))||,,.}}}})))}.,.....,...{(((((({...}))))))}.((((({....})))))..}))))........,,..({,...})}.,,.....,,}}}}}})))},.(((...(((((((((((((({,.,{((((((.((((((...(((((.((..((((..(((((.........((((((((..{(..((((((((((.....(({....)))...)))))))))).,)..)))))))).....,,,{{((,..,.......,,)))).,,..,,,,,.....,,,((({{{,{(({((({,({......}}.,,|||}{|||,....}))),,,.....})}},.........{{{{..{{{{,,.(((((........)))))..,,...)))}})))..,,|...}})))}.)))))..)))){((((...........))))}..((((((....))))))...)).)))))..))))))))))))))))))))))))))))..))).,{((((((({((((((((.((((...(((((.,,....((((((((((.(((((........))))).)))),....({{.........,.....,....,........,,.....,||}}}.........,,.......{((((((.....)))).))}.....,))))}.....,,)))))....)))).)))))))).{.{(((.((((({...))))}}).)))),}.....,))))))))}..))))))))..).)))))))))))))...})))))))))}(((....)))....|{{{.....))))...},)))))}),.})))))))))))).........{.((((((.....)))))).,...|||||,(|...{{{{||.......}}}}}}.,)}}),,,.)))))...
Back