Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001278138.2
Sequence Length
2769 nt
GC Content
0.6074
GUGUAAAGCUGCCUAGGCUCCCAGUAAGCAUGAUGGGAGCAUCUGCAGUGAUUAUUGGUGGUCUGCAAAUGGGGAAACUGAGGCUCAGAGAGGUUAGGCUUCUGCUCAAGGUGACCAGCAUUUUAAGAGGCAGAGCUGGGAUUUGAUCCAGGCCAUCUGGCUCCAGAGCUGUUUUUCUUGAUCAUCCUCCAAGGUCUUGCAGAAACAGUCCAUUGUGACCUUCAGCCUGUGGGCCCCGAGAGGGGCGAGGUGACAUAUACCACUAGCCAGGUCUCGAAGGGCUGCGUGGCUCAGGCCCCCAAUGCCAUCCUUGAAGUCCAUGUCCUCUUCCUGGAGUUCCCAACGGGCCCGUCACAGCUGGAGCUGACUCUCCAGGCAUCCAAGCAAAAUGGCACCUGGCCCCGAGAGGUGCUUCUGGUCCUCAGUGUAAACAGCAGUGUCUUCCUGCAUCUCCAGGCCCUGGGAAUCCCACUGCACUUGGCCUACAAUUCCAGCCUGGUCACCUUCCAAGAGCCCCCGGGGGUCAACACCACAGAGCUGCCAUCCUUCCCCAAGACCCAGAUCCUUGAGUGGGCAGCUGAGAGGGGCCCCAUCACCUCUGCUGCUGAGCUGAAUGACCCCCAGAGCAUCCUCCUCCGACUGGGCCAAGCCCAGGGGUCACUGUCCUUCUGCAUGCUGGAAGCCAGCCAGGACAUGGGCCGCACGCUCGAGUGGCGGCCGCGUACUCCAGCCUUGGUCCGGGGCUGCCACUUGGAAGGCGUGGCCGGCCACAAGGAGGCGCACAUCCUGAGGGUCCUGCCGGGCCACUCGGCCGGGCCCCGGACGGUGACGGUGAAGGUGGAACUGAGCUGCGCACCCGGGGAUCUCGAUGCCGUCCUCAUCCUGCAGGGUCCCCCCUACGUGUCCUGGCUCAUCGACGCCAACCACAACAUGCAGAUCUGGACCACUGGAGAAUACUCCUUCAAGAUCUUUCCAGAGAAAAACAUUCGUGGCUUCAAGCUCCCAGACACACCUCAAGGCCUCCUGGGGGAGGCCCGGAUGCUCAAUGCCAGCAUUGUGGCAUCCUUCGUGGAGCUACCGCUGGCCAGCAUUGUCUCACUUCAUGCCUCCAGCUGCGGUGGUAGGCUGCAGACCUCACCCGCACCGAUCCAGACCACUCCUCCCAAGGACACUUGUAGCCCGGAGCUGCUCAUGUCCUUGAUCCAGACAAAGUGUGCCGACGACGCCAUGACCCUGGUACUAAAGAAAGAGCUUGUUGCGCAUUUGAAGUGCACCAUCACGGGCCUGACCUUCUGGGACCCCAGCUGUGAGGCAGAGGACAGGGGUGACAAGUUUGUCUUGCGCAGUGCUUACUCCAGCUGUGGCAUGCAGGUGUCAGCAAGUAUGAUCAGCAAUGAGGCGGUGGUCAAUAUCCUGUCGAGCUCAUCACCACAGCGGAAAAAGGUGCACUGCCUCAACAUGGACAGCCUCUCUUUCCAGCUGGGCCUCUACCUCAGCCCACACUUCCUCCAGGCCUCCAACACCAUCGAGCCGGGGCAGCAGAGCUUUGUGCAGGUCAGAGUGUCCCCAUCCGUCUCCGAGUUCCUGCUCCAGUUAGACAGCUGCCACCUGGACUUGGGGCCUGAGGGAGGCACCGUGGAACUCAUCCAGGGCCGGGCGGCCAAGGGCAACUGUGUGAGCCUGCUGUCCCCAAGCCCCGAGGGUGACCCGCGCUUCAGCUUCCUCCUCCACUUCUACACAGUACCCAUACCCAAAACCGGCACCCUCAGCUGCACGGUAGCCCUGCGUCCCAAGACCGGGUCUCAAGACCAGGAAGUCCAUAGGACUGUCUUCAUGCGCUUGAACAUCAUCAGCCCUGACCUGUCUGGUUGCACAAGCAAAGGCCUCGUCCUGCCCGCCGUGCUGGGCAUCACCUUUGGUGCCUUCCUCAUCGGGGCCCUGCUCACUGCUGCACUCUGGUACAUCUACUCGCACACGCGUUCCCCCAGCAAGCGGGAGCCCGUGGUGGCGGUGGCUGCCCCGGCCUCCUCGGAGAGCAGCAGCACCAACCACAGCAUCGGGAGCACCCAGAGCACCCCCUGCUCCACCAGCAGCAUGGCAUAGCCCCGGCCCCCCGCGCUCGCCCAGCAGGAGAGACUGAGCAGCCGCCAGCUGGGAGCACUGGUGUGAACUCACCCUGGGAGCCAGUCCUCCACUCGACCCAGAAUGGAGCCUGCUCUCCGCGCCUACCCUUCCCGCCUCCCUCUCAGAGGCCUGCUGCCAGUGCAGCCACUGGCUUGGAACACCUUGGGGUCCCUCCACCCCACAGAACCUUCAACCCAGUGGGUCUGGGAUAUGGCUGCCCAGGAGACAGACCACUUGCCACGCUGUUGUAAAAACCCAAGUCCCUGUCAUUUGAACCUGGAUCCAGCACUGGUGAACUGAGCUGGGCAGGAAGGGAGAACUUGAAACAGAUUCAGGCCAGCCCAGCCAGGCCAACAGCACCUCCCCGCUGGGAAGAGAAGAGGGCCCAGCCCAGAGCCACCUGGAUCUAUCCCUGCGGCCUCCACACCUGAACUUGCCUAACUAACUGGCAGGGGAGACAGGAGCCUAGCGGAGCCCAGCCUGGGAGCCCAGAGGGUGGCAAGAACAGUGGGCGUUGGGAGCCUAGCUCCUGCCACAUGGAGCCCCCUCUGCCGGUCGGGCAGCCAGCAGAGGGGGAGUAGCCAAGCUGCUUGUCCUGGGCCUGCCCCUGUGUAUUCACCACCAAUAAAUCAGACCAUGAAACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1131.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1175.39
Frequency: 0.0000
Diversity: 911.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((....(((((((..........)))))))....)))))(((((((((((((.((((...((((......((((((((.((.(((((((((((((((.(((((.............(((((...((.(((((..((((((((.....((((((..(.((((((((((..((((.........))))..).))))))))).).(((.(((((...((..(((((((((....)))))..(....).....))))..)).))))).))).((((((.(((((...((...))...))))).............(((((((((((((.(((((((..(((((........((((((......))))))((......)).....(((.....)))....(((((((....((....((.(((.....))).))....)).)))))))..)))))))))))).))..(((..(((((((.........((((((........((((..(.(((((((((((.........(((((((...((....((((.........))))))..))))))).(((((..........)))))(((....)))....)))))))).((((((((.(((((..((((((...))))))(((((((.((((.((((((((.(((..((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((.((....(((....)))..)).))))))))))))...))))))..)))))....((..((((.(((((((.((((((.((((((...)))))).)))))))))..))))..(((..((......))..)))))))..))((((((((...(((.(........).)))))))))))....)))))))))))).......))...)))...))))))))...))))..(((((((...((......))...))))))).(((.....))))))))))......(((((.....((....))....))))))))))...))))))))...((((((...(((((.(((.....)))))))).))))))..((.((((..(((((((((((..((((((.(((((...(((((((((........((((........((..(((((.((((((((...(((((.....)))))...))))))))..((((.((..((((.......))))..))...)))).....(((......)))..(((((.......)))))((.....))((((.((...((((....))))..)).)))).)))))..))))))........))))...)))))..))))).)))))).)))))).)))))...)))))).((((((.(........).))))))...(((((((.((((((((((((..(((((...((((.(((((((.......)).)))....(((((((.(((((((..........(((.............))).............(((((((((((((..((((....(((((((.(((((........)).))).))...)))))...)))).....))))))..........((((((((((((((((((((((((.....))))((((.((((((((.(((((.(((((((.(((..(((.......)))...(((((((.((.((......)).....................(((....)))........))))))))).)))))))))).)))))((((...(((((..((((....))))....(((((...)))))))))).))))(((((..((..((((((........).)))))))..)))))...))))..)))).))))(((......)))........))))))))))))))..(((((..(((.((.((((((....((((.............((((.((((((.(.....).)))))).))))((((.((((((((((((((.....)))).).)))))..))))..))))((((..(((.((.......)).)))..))))..)))))))))))))))..)))))))))))))).))))))))))).)))))))(((.((((((((((((((((((....((((((..........((((((.((..(((((.((......)).))))).)))))))))))))).....)))))(((((.......)))))..(((((....)))))((((((.(((((....((((((((......)))))).))....))))).)))))))).))))....))))))).)))..(((((...(((((....((....)).......)))))..)))))...)).))))...))).))..))))))..)))))).))))))).))).)..))))........))))))..........)))))))..)))..((((....)))))).))))))))).)))))).)))))))))))))).))))).)).)))))..)))))...((((((.........)))))).))).))))))))))))((..((((((......(((((..(...........)..)))))))))))..))..(((((........)))))(((((((((.(((......))).)))))))))(((((((...))))))).)))))))))).))))..))))...))))))))).))))..............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......(((((....(((((((..........)))))))....)))))(((((((((((((.((((...((((......((((((((.((.((((((((((((((({(((((,.{{{{.......(((((,,.((,(((((..,{{(((((|..,,|(({{(.,{,{{((({{{((|,({{{....,..,.}||}..|,}|}}}||||{{.{((.((({{...((,,(((((((((....)))))..({{,.,.....})))..}|,|||}}.}}}.|||}||,((((({,{(({,{,,..,|||.,,{,|{,{|.||,|{{{{{||||,{||,{{{{{{{..{({|{.||,,,.{(((((({{,...,,|}}}||.,}},.}}....,||{.||{|}||,,,.((((((({..{((,..,(({(({.....|||{||....}}|)),,,|||,|||||||||}}},}}}..||.||{{||,,.......,,||}|})}}},,},,,..|,}}|||.,|)|||{,...||,|.|.{({(((,{.,{{,,,{{{{{{{,{,,,,||||,{{{|{|||||.(({(({{{{{{.,,,|{|||(((.,.,|||||..,||||||},{{{,...|,|,,|,..((((((...))))))}}|{{{{{(((({((((,..(((((...}}})}|})|||,{((((((((((((((((((((((((.((.,,,{{,....,)),.)).))))))))))))...))))))..))))).},{(({,,,,,,|.}}||{.((((((.((((((...)))))).))))))}))}|||||,|||||,,|}.}}..)),})))))})}},)||||||||.,.{({.(,....,,,},||||||}}}}),,..,|||},}||||},......|||,.|}}|..,,}}}}}},,,|||}..{{(((({...||,,....}),,.}}))))),|,,...,,||||||||{||..,,(((((({{........{((((((,,{{{||||||,.{((((((....((((((...(((((.(((.....)))))))).)))))).}}}}|{({{,..,,{{.((((((((((((,((((({,((,{{{.,.},}.,}}.}))}),..}},,,..........((((((((...(((((.....)))))...))))))))..{{{{.,.,,(((({{,,,{{|,||,.},...}}}},.....,,..||.|||||||||||,},,...}}}},.,...,}||||||.....}})))},)),)))))).))))))))))}}||({{{((({....})))..(((((((((({..,(((((((((((.(((,({((((,,,.....}},.|,,}..((((((((((..{....{(((((.{{,....}}...}})},})}....,}..))))))))))....,}}}|,}}|.(((((((.(((((((..........{{{....,,{{{{.,{(({{.{,,,..,,...{{{{{((((((((..((((..{.(((((((.(((((........)).))).))...))))).,.)))}.....)))))).)),)).,}))))))}|||||||||{{{{|{(({.....}))}(((({((({((((.(((((.(((((((.(((..(((.......)))...(((((((.((.((......))....................,||,.....,,........))))))))).)))))))))).))))){{(,,({,{(({{{((((,,,,||||{{{,(((((...))))).)))},..|.{|||{|......,}}}}...)}}}}}}}}))||||....|||..|||}..}}}}.)}}}|||.,}}.{|||{{{,....}))))))),,,,,..,(((((..(((,{{.((((((....((((.............((((.((((((,,.....).)))))).))))((((.((((((((({{{{(.,,,.,}}),).))})),,))))..)))){{{{..(((.{{.,,,.,,||,}}}..)))),.)))))))))))))))..))))))))),)))).))}}))))))).)))))))..,.))))))),,)))))))))))))(({({{....)))),.((((({,((..(((((.((......)).))))).))))))})}))))..,,,}},}}.))))))))),,,)))))))|{{((..,,))))||(((((.(((((....{{((((((......)))))).})....))))).)))))))))))))))..,}||{|}|{{{{.(((((...(((((....{,.,,,},.......)))))..))))).......))))),,.||)).||||{|..(((.(((((((.((..,,,....((((({.....)))))))}.))))))))))}})}.,})},}|||,{{||,|}|||},,.,|,||||.|,))}}.)})))}}))))))),})))).))})}}}}..,,}}}...((((((.........)))))).))).))))})))}}))||.,|||{||.}}}},|||||,,}}}|}}},.,..).,))))))))))).}))},|||{{,,,..,..))))|(((((((((.(((......))).)))))))))|((((((...))))))}.}})))))))).)))),.))))...))))))))))}})),.............
Back