Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001278464.2
Sequence Length
4553 nt
GC Content
0.4043
GUGGGCCCCGGCCCCAUUCAUUGCCGUGGCCGGCGGGCACUGGGGCCCCGUGUUUUCAGAGUCAUGGAGGCGCUAAUUCCUGUCAUAAACAAGCUCCAGGACGUCUUCAACACGGUGGGCGCCGACAUCAUCCAGCUGCCUCAAAUCGUCGUAGUGGGAACGCAGAGCAGCGGAAAGAGCUCAGUGCUAGAAAGCCUGGUGGGGAGGGACCUGCUUCCCAGAGGUACUGGAAUUGUCACCCGGAGACCUCUCAUUCUGCAACUGGUCCAUGUUUCACAAGAAGAUAAACGGAAAACAACAGGAGAAGAAAAUGACCCUGCUACAUGGAAAAACUCAAGACACCUUUCUAAAGGGGUGGAAGCAGAAGAAUGGGGUAAAUUUCUUCACACCAAAAAUAAGCUUUACACGGAUUUUGAUGAAAUUCGACAAGAAAUUGAAAAUGAAACAGAAAGAAUUUCAGGAAAUAAUAAGGGAGUAAGCCCUGAACCAAUUCAUCUUAAGAUUUUUUCACCCAACGUUGUCAAUUUGACACUUGUGGAUUUGCCAGGAAUGACCAAGGUGCCUGUAGGUGAUCAACCUAAGGAUAUUGAGCUUCAAAUCAGAGAGCUCAUUCUUCGGUUCAUCAGUAAUCCUAAUUCCAUUAUCCUCGCUGUCACUGCUGCUAAUACAGAUAUGGCAACAUCAGAGGCACUUAAAAUUUCAAGAGAGGUAGAUCCAGAUGGUCGCAGAACCCUAGCUGUAAUCACUAAACUUGAUCUCAUGGAUGCGGGUACUGAUGCCAUGGAUGUAUUGAUGGGAAGGGUUAUUCCAGUCAAACUUGGAAUAAUUGGAGUAGUUAACAGGAGCCAGCUAGAUAUUAACAACAAGAAGAGUGUAACUGAUUCAAUCCGUGAUGAGUAUGCUUUUCUUCAAAAGAAAUAUCCAUCUCUGGCCAAUAGAAAUGGAACAAAGUAUCUUGCUAGGACUCUAAACAGGUUACUGAUGCAUCACAUCAGAGAUUGUUUACCAGAGUUGAAAACAAGAAUAAAUGUUCUAGCUGCUCAGUAUCAGUCUCUUCUAAAUAGCUACGGUGAACCCGUGGAUGAUAAAAGUGCUACUUUACUCCAACUUAUUACCAAAUUUGCCACAGAAUAUUGUAACACUAUUGAAGGAACUGCAAAAUAUAUUGAAACUUCGGAGCUAUGCGGUGGUGCUAGAAUUUGUUAUAUUUUCCAUGAGACUUUUGGGCGAACCUUAGAAUCUGUUGAUCCACUUGGUGGCCUUAACACUAUUGACAUUUUGACUGCCAUUAGAAAUGCUACUGGUCCUCGUCCUGCUUUAUUUGUGCCUGAGGUUUCAUUUGAGUUACUGGUGAAGCGGCAAAUCAAACGUCUAGAAGAGCCCAGCCUCCGCUGUGUGGAACUGGUUCAUGAGGAAAUGCAAAGGAUCAUUCAGCACUGUAGCAAUUACAGUACACAGGAAUUGUUACGAUUUCCUAAACUUCAUGAUGCCAUAGUUGAAGUGGUGACUUGUCUUCUUCGUAAAAGGUUGCCUGUUACAAAUGAAAUGGUCCAUAACUUAGUGGCAAUUGAACUGGCUUAUAUCAACACAAAACAUCCAGACUUUGCUGAUGCUUGUGGGCUAAUGAACAAUAAUAUAGAGGAACAAAGGAGAAACAGGCUAGCCAGAGAAUUACCUUCAGCUGUAUCACGAGACAAGUCUUCUAAAGUUCCAAGUGCUUUGGCACCUGCCUCCCAGGAGCCCUCCCCCGCUGCUUCUGCUGAGGCUGAUGGCAAGUUAAUUCAGGACAGCAGAAGAGAAACUAAAAAUGUUGCAUCUGGAGGUGGUGGGGUUGGAGAUGGUGUUCAAGAACCAACCACAGGCAACUGGAGAGGAAUGCUGAAAACUUCAAAAGCUGAAGAGUUAUUAGCAGAAGAAAAAUCAAAACCCAUUCCAAUUAUGCCAGCCAGUCCACAAAAAGGUCAUGCCGUGAACCUGCUAGAUGUGCCAGUUCCUGUUGCACGAAAACUAUCUGCUCGGGAACAGCGAGAUUGUGAGGUUAUUGAACGACUCAUUAAAUCAUAUUUUCUCAUUGUCAGAAAGAAUAUUCAAGACAGUGUGCCAAAGGCAGUAAUGCAUUUUUUGGUUAAUCAUGUGAAAGACACUCUUCAGAGUGAGCUAGUAGGCCAGCUGUAUAAAUCAUCCUUAUUGGAUGAUCUUCUGACAGAAUCUGAGGACAUGGCACAGCGCAGGAAAGAAGCAGCUGAUAUGCUAAAGGCAUUACAAGGAGCCAGUCAAAUUAUUGCUGAAAUCCGGGAGACUCAUCUUUGGUGAAGAGAACUAUGUAAUACUGAGACUUUGUUGACUCAAAACUUGCUAGUUACUGCCUACCUGAGUAGAAUCUUAUUUAUGAACUCCUGUGUAUUGCAAUGGUAUGAAUCUGCUCAUGUGGAGACUGGCUAUAAACUGAAAAGUGUAUUCCAAAUUGCAGAACACAUCACACAUUUAAUCCAAAUAAUAAAUGGCUGUUUCUAAAGUUUCCCAGUAUAUAUAAAAUACAUCAAGUCUGUCUUGUGACAGUUUCAUCUGAACUUAACUUAAAAACAACUGUUAAUGUUCUAGUUGUGCAAAGCAGUUUGCCUGUGGAUAAGAUGACCUGUGUAAUAAUCUUUGUUAGUAGUCUUAAAGCUGCUGCCAUAGUCCUCCAAGAAGAAAGCACCAAGACAACAUUUCAUAUGACUAUAAUGCAUGUACUAUAUAAGCUGAUCUGGCUUUGAAAGAUGUGAGUUGGCAAGUUCCUCACAUAGAGUCAUUGUAUUCCACCUGUCCUUCAAUUUAGUUUUUUCUGAGCUUCUUUGCAGCCUUUGAUGUGUUUUUAAGAAAGCUGAAUGCACAAGAGGAUCUGUGACACUGACAUGGCUGUGGUGUGCAUACUGUGUAGUUACAUAGCCCUUCCAAUUCUGGGUCCAUUUGCACUAGCAAAUUAAAAUAUGCUUUGAUUCAUACUUAAACCUGAAAGCAGGAAUGCCUACAUUAAUUCCUACAUUAAAAACAGCCAUCUACCCUUGAUUAUCUAGAAAGACUUGGUAAUGAUGGUCAGUUCCUUUUAGAUUUCAGAAAAUCAAAUGAUGACCUAAAUUUCCCUUAAUUUGCAAAUACAGUAGUAAUUAAGGUACAUCUCUAAAGUGGAGCACUUACACCAGGCUCUAAGAUUCACUUUGAGGUGGAACUUAAAACCAGUGUACUGUAUGUAUGCAUUGGUAAUAGCUACUUUUGCUUCAUAGCUUCAUACCAACAAAAUAUAUUUAUUAGAAUAGUAUGAAAGUACUGGAGGAGCUGAAAGAAAAACACCCAAGGCUGGGCGUGGUGGCACACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCAGGUGGAUCACCUGAGGUUGGGAGUUGGAGACCAGCUUGACCAACAUGGAGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAUUGGCCGGGCGUGGUGGCGCAUGCCUGUAAUCCCAGCUACUCGGGAGGGUGAGGCAGGAGAAUUGCUUGACCCUGGGAGGUGGAGGUUGUGGUGAGCUAAGAUCGUGCCAUUGCACUCCAGCCUUGGCAACAAGAGCGAAACUCCGUCUCAAAAAAAAAAAAUAAAACAACACCCAGAUAGAUACACAUACUCCUUCAGACUUACAGACCUAAGCUGCAUUUAUGGGGUAGUGAUGAGGUUUAGAACAUAUACAUAUUUUGUUAAAAUUCCCCAGAUGAUUCUUGGUAUGAACGACUAUAUUAUAAAUUUUAAGAUGUACUUAGAAAUCCUUAAGACAUCUAGCCCCGUCUCUAAUAGACAACACAUUUAUAUUGCAGAUAUUACUUUUUUUUCAGUUUAUGACCAGGUAUUUAUGAAGGACUAUUGGCAGGGAAAAUAUGAAUAUGUUAACUUUAGCUUAUGGCAUCAAUUUACUAAGGAACAACAGGCUCACCAACUGAUGUCAAACAUAAAAACCCCCACAUCAGUCUGAUACGAUAUGGUACUACUUUGAAUCUGUUACUAGUACCAUCUUGACAGAGGAUACAUGCUCCCAAAACGUUUGUUACCACACUUAAAAAUCACUGCCAUCAUUAAGCAUCAGUUUCAAAAUUAUAGCCAUUCAUGAUUUACUUUUUCCAGAUGACUAUCAUUAUUCUAGUCCUUUGAAUUUGUAAGGGGAAAAAAAACAAAAACAAAAACUUACGAUGCACUUUUCUCCAGCACAUCAGAUUUCAAAUUGAAAAUUAAAGACAUGCUAUGGUAAUGCACUUGCUAGUACUACACACUUUGUACAACAAAAAACAGAGGCAAGAAACAACGGAAAGAGAAAAGCCUUCCUUUGUUGGCCCUUAAACUGAGUCAAGAUCUGAAAUGUAGAGAUGAUCUCUGACGAUACCUGUAUGUUCUUAUUGUGUAAAUAAAAUUGCUGGUAUGAAAUGACACUAAAGUUUGUCAAAAAAUGAAUUCUUAACUUUUCUCCCAGAGAAAGGGAGACAAAAGGAGCUUUUUAAUACCUAAUCUACUUUGGAACAUAACCGUAUAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1230.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1315.44
Frequency: 0.0000
Diversity: 976.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((((((((((((....((((((....))))))....)))))))(((((((...((((((.(((((........................))))).))).)))..))))))).))).))).)).(((((..(((((((((....(((((((((....)))..((((((((..(.(((((((.(((....)))))))(((((((.......)))))))((((((.((((((((((((((((..((((.(((((((((((...((((.(((((..(............)..)))))...((.(((((((...((((((((...(((......)))...(((((((....)))))))..)))........)))))...)))))))...))................((((((((...))))))))((((((((((((.((((.....((((((((((.(((((((....((((......))))......)))..)))).))))))))))......)))).)))))))....)))))))))))))..)))))))...))))..)))..)))))).((((.(((((...((((((((......)).))))))))))).)))).............))))))).)).))))))).)..))))))))........)))))).(((((((((((.............(((((((((.(((((..((((..(((.((((((.((((.((((.......))))...)))).)).)))).)))..))))))))).)(((((.(((.(((((((((((((......))))))))))(((((((((((((((((((.(((((((((((......((((((((((((.((.(((........))).))))))))))))))...........(((((.((((.....)))).)))))........(((((....((((((((((((....((((((.....))))))...))))))...)))))).....)))))...)))).)))))))))))......((((((..........((((((.....))))))(((((((((((((((((.((((((......((((...((((......))))...)))).......((((......(((......)))...)))))))).))...)))))))))....)))))))).........))))))...((.....)).......)))))))).((..(((((.......))))).))......(((((((((.(((.....))).)))).(((((.((((((((((.(((.((.((((...)))).)).))).))))))))))........((((((((.......((((....))))((((((.(((((((((((((....((.............))((((((.....))))))....(((((.(......).)))))...))))))))((.((((((((.(((((.(..(((..((((((((((.(((...))).))))........((((((((((.....((((((.....((((....................))))...))))))....)))))))))).................(((((..((((((.....((.(((..(((......)))..))))).............))))))...)))))..((((....))))...((((((((..(((...(((((((((((((((((...((((............))))..)))))))(((..(((.......)))...)))...)))))))))).(((...((((........)))).)))..)))..)))).))))..((((((.(((((((.....)))..)))).))))))))))))....)))..)))))).)))))))).)))))))))))))...(((((((...))).)))).))))))))....(((((((..(((.((......))))).))))))).)))))..(((((((...(((..((((((((....(((........(((((((.(((......)))..))))))).(((...)))(((((((((((...(((....((((((((((..(((((....)))))((((........))))......(((((((.....)))))))(((((..........(((((((((((...(((((((..(((((((((((..(((((...)))))..))...((((((((..((((((((....((.((((((..(((((((.((((...(((((((.((((...((((.(......).))))....))))))))).))...)))).))).............)))).)))))).))...)))))))).....(((((....)))))))))))))....(((....)))(((........))).............((((((..........)))))))))))))))...........((((.......)))).......(((((....)))))..(((((((((((((((............))))).)))).......(((((....))))).........))))))))))))).............((((((......))))))))))).))))))..))))).................))))))))))))).))))))).))))....(((((.....)))))))).....)))))))).)))...)))))))...)))))...)))))))))).))).)))))((((......))))))))))))...)))))))))))(((((....)))))((((((((....(((.(((((((..((((...(((((((...(((((...)))))....)))))))........(((((((..((((((....))))))........(((((..................)))))((((((..........))))))............(((((((((((((...........)))....))))..))))))(((((((((..((((((.((...(((....)))...))))))))..........(((((...((((((..(((((...((((((.((((((((((.((......)))))).......))))))))))))...))))).((((((((((.....))..))))))))....)))))))))))..((..(((((((((......((((....))))......))))).))))..)))))))))))............(((((((((((.((((((((((((((((....((((((....))))))((((((..((((((...))))))..((((((((((((...)))))))..))))).((((((.......))))))..............))))))))))))(((...((.((((..((((((((.((.(((...(((((.((((((.....)))))).)))))))))).))).))))).)))).))....))))))))))))).).))))))))))......(((((......)).))).....................))))))).................))))..))))))))))....))))))))))))))))))))))((((...(((((((.(((((((((((((...(((.((...(((.((((((((((((((((.((.(((((((....((((((.(((((......)))))))))))......((((.....)))).....))))))).)).))..............)).)))))).)))))).)))..))..)))...))))))....))))))).)))))))((((...((((((((((...((((..((((....(((((((......((((((((.................))))))))(((...(((.(((((((((...............))))))))).))).))).(((.......)))......)))))))......)))).))))...)))))....)))))...))))...(((((((........))))))).((((((((.(((((...))))).((((.(.((((((..(((((..((((((((............................))))))))((((..((.(((((((...)).)))))...))..)))).((((((.....))))))((((..........)))).)))))...))))))).)))).....))))))))((((((..(((((((((..(((((.......(((((((((..............))))).)))).(((((.(((.(((.(((((.....))))))))))).)))))....(((((........)))))....................((((...))))))))).))).))))))))))))......((((......)))).....))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.(((((((((((((....((((((....))))))....)))))))(((((((...((((((.(((((,{..........,..........}))))).))).)))..))))))).))).))).)).{((((,.(((((((({....(((((((((....}}}..((((((((..(.((({(((.(((....))))))}{{(((((,......))))))}((((({.((((((((((((((((..((((.((((((((({,..{((((,((((({,,..,.........|.....,....((.(((((((...((((((((.,.{{{......}},...(((((({....}))))))..}})}.......}))))...)))))))...))................((((((((...}))))))),((({{((((({.{(((.....((((((((((.((((,,,....((((......))))......,}}..)))).))))))))))......)))}.}))))))....))))))))))))),.)))))))...))))..)))..))))}}.{(((.(((((...((((((((......)}}))))))))))).))))............,))))))).}}.))))))).)..))))))))....,...}))))).(((((((((((.........,,,.,{{||{(((.(((({..((((..(((.((((,,.(((,.((((.......))))..,),)}.,}.)))).)))..))))))))).}|{(((,,((((,,,...}}}}.|}|||,.((((((((((((((((({....,..((({,(((((((((({......{((((((((((,,((.((({,.....,))).)))))))))))))}...........(((((.((((.....)))).)))))........(((((....((((((((((((.{{.((((((.....)))))).},)))))),..}))))).....)))))...}}))}})))))))))),||,..({{..{{{........((((((.....))))))..,.,,.}}},)})}}}})))))))).))))).)))).,,}}...{{(((,,,.,,,({.,,(((((((((,{{{,,,((((((.(((..,{{{{{{(({{{,,{|||||{||,|||||||,}}}}||}|,,{,{{{...,{|{||,,{{{{{{|,|{{||{{{|{.{{{{..,}||}..},,,)},,,.,|,,,...{({..((((.(((.....))).)))).,|||{.{{((((((((.(((.((.((((...)))).)).))).))))))))||,.......((((((((.......((((....))))((((({,(((((((((((((,,,{{{...,{,...,},.}}{{(((({,,,|}}}}}}....,|{{|}|,,,,,,},))))}...}})))))){(.((((((((.(((((,((,(({((((({{{,{,..,(({{{||{{{|,|........((((((((((.....{(((((.....((((....................))))...)))))}.,}.)))))))))).,...............{{,,{..,{{{{,,,|||||,|||,.(((......})}..}}}},.....}}}},,,,))}}}}...}}},|..((((....)))).},((((((((..((({,,(((((((((((((((((...((((............))))..)))))}}(((..(((.......)))...))).,,)))))))))).,{|.,.((((........)))).)},,,)))..)))).))))..{(((((.(((((((.....))),}}))).))))))}}}}}....,)}....))))).)))))))).)))))))))))))...(((((((...))),,))).))))))))||,.(((((((..(((.((......))))).))))))).))}))},|{|||||,..{{|..{|{|||||....{{{{,,{{{,,(((((((.(({......})}..))))))),(((...)))|(({(((((((...((({...{(((((((((..(((((....))))){(((......,.))))......{((((((.....))))))|{((((........,,((((((((((({,,(((((((..((((((((({(..(((((...)))))..}}...((((((((..((((((((....{{.((((((.,((({{,,.((({...(((((((.((((...((((.(......).))))....))))))))).))...}))),}})},,...,......,,)).)))))).)}.,.)))))))).....(((((....)))))))))))))......{,....|(((,,,......}},,}.},}}.,,...((((((..........)))))))))))))))......,,,..((((.......}))}.....,.(((((....)))))..{(({(((((((((((............)))}}.))}).}},}},(((({....)))))}}},,,,,,}))))})}))))}{,,,,...,}}}}|{{{{{......))))})))))).))))))..))))),................))))))))))))).))))))).)))}....{{{||....}))))}}))},))}))))}))),))),,,)))))}),,}.))}).}))))),.,}},.))))))))},{{|,,..,}))),||,,,,,,)}.)))))))))))(((({....}))))((((((((....(((.(((((((..((((...(((((((..,(((((...}))))....)))))))........(((((((..((((((....))))))........(((((.,..............,.))))){(((((..........)))))}............{((((({((({,,..,,.,,.,..,}}....))))..)))))|(((((((((,,,({({(.{,...|||....}}}...,,|||||......||,,,(((((...((((((..{((((...((((((.((((((((((.((......)))))).......))))))))))))...))))}.((((((((({.....}}.}))))))))....)))))))))))..{{..(((((((((......((((....))))......)))))))}))..))))))))))),...........(((((((((((.(((((((((({(((((....((((({....})))))((((({..((((((...))))))..((((((((((((...)))))))..))))).((((((.......)))))}..............})))))||||||{.,,,,.|}||||,.{{{(((((.((.(({|,,{((((.((((((.....)))))).)))))))))).))).))))}.}}}}.}),...,,,)))))))))).).))))))))))......(((((......)).))).....................)))))))..,..............))))..))))))))))....))))))))})))))))))}}}|((({.,,(((((((.(((((((((((((...(((....,,((,.((((((((((((,,......,,,,,,.....((((((.(((((......)))))))))))......((((.....})))......,,,,}},}}.}}},............,}.)))))),}))))).}}),,),..))).,.)))))),...})))))).))))))),{||...((((((((((...{(((..(((({...(((((((......((((((((.................)))))))){||...(((.(((((((((...,,,.....,,,.))))))))).))).}}||({,......,)),......))))))}......}})}.,}}}...))))),...,)))).,,||||,..(((((((........))))))).((((((((.(((((...))))).((((.(.((((((..(((((..((((((((............................))))))))((((..((.(((((({...}))))}))...))..)))).((((((.....))))))((((..........)))).)))))...))))))).)))).....)))))))),{{{(({.{({{{{|{{,,|{{{,.,,}}},{{{{{{{{{........,,,,..}}))),)))).{{{{|,||{.|||,|{{{{..,..)))}},,,})),)))))....(((((........)))))...........,,,..,{{,((((,{.,,,,,,)))})),}}}}))))))))),....,|,.,,{,,.,}|||..,....)),..,,,,.
Back