Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001278466.2
Sequence Length
4110 nt
GC Content
0.4051
GUGGGCCCCGGCCCCAUUCAUUGCCGUGGCCGGCGGGCACUGGGGCCCCGUGUUUUCAGAGUCAUGGAGGCGCUAAUUCCUGUCAUAAACAAGCUCCAGGACGUCUUCAACACGGUGGGCGCCGACAUCAUCCAGCUGCCUCAAAUCGUCGUAGUGGGAACGCAGAGCAGCGGAAAGAGCUCAGUGCUAGAAAGCCUGGUGGGGAGGGACCUGCUUCCCAGAGGUACUGGAAUUGUCACCCGGAGACCUCUCAUUCUGCAACUGGUCCAUGUUUCACAAGAAGAUAAACGGAAAACAACAGGAGAAGAAAAUGACCCUGCUACAUGGAAAAACUCAAGACACCUUUCUAAAGGGGUGGAAGCAGAAGAAUGGGGUAAAUUUCUUCACACCAAAAAUAAGGAGCCAGCUAGAUAUUAACAACAAGAAGAGUGUAACUGAUUCAAUCCGUGAUGAGUAUGCUUUUCUUCAAAAGAAAUAUCCAUCUCUGGCCAAUAGAAAUGGAACAAAGUAUCUUGCUAGGACUCUAAACAGGUUACUGAUGCAUCACAUCAGAGAUUGUUUACCAGAGUUGAAAACAAGAAUAAAUGUUCUAGCUGCUCAGUAUCAGUCUCUUCUAAAUAGCUACGGUGAACCCGUGGAUGAUAAAAGUGCUACUUUACUCCAACUUAUUACCAAAUUUGCCACAGAAUAUUGUAACACUAUUGAAGGAACUGCAAAAUAUAUUGAAACUUCGGAGCUAUGCGGUGGUGCUAGAAUUUGUUAUAUUUUCCAUGAGACUUUUGGGCGAACCUUAGAAUCUGUUGAUCCACUUGGUGGCCUUAACACUAUUGACAUUUUGACUGCCAUUAGAAAUGCUACUGGUCCUCGUCCUGCUUUAUUUGUGCCUGAGGUUUCAUUUGAGUUACUGGUGAAGCGGCAAAUCAAACGUCUAGAAGAGCCCAGCCUCCGCUGUGUGGAACUGGUUCAUGAGGAAAUGCAAAGGAUCAUUCAGCACUGUAGCAAUUACAGUACACAGGAAUUGUUACGAUUUCCUAAACUUCAUGAUGCCAUAGUUGAAGUGGUGACUUGUCUUCUUCGUAAAAGGUUGCCUGUUACAAAUGAAAUGGUCCAUAACUUAGUGGCAAUUGAACUGGCUUAUAUCAACACAAAACAUCCAGACUUUGCUGAUGCUUGUGGGCUAAUGAACAAUAAUAUAGAGGAACAAAGGAGAAACAGGCUAGCCAGAGAAUUACCUUCAGCUGUAUCACGAGACAAGUCUUCUAAAGUUCCAAGUGCUUUGGCACCUGCCUCCCAGGAGCCCUCCCCCGCUGCUUCUGCUGAGGCUGAUGGCAAGUUAAUUCAGGACAGCAGAAGAGAAACUAAAAAUGUUGCAUCUGGAGGUGGUGGGGUUGGAGAUGGUGUUCAAGAACCAACCACAGGCAACUGGAGAGGAAUGCUGAAAACUUCAAAAGCUGAAGAGUUAUUAGCAGAAGAAAAAUCAAAACCCAUUCCAAUUAUGCCAGCCAGUCCACAAAAAGGUCAUGCCGUGAACCUGCUAGAUGUGCCAGUUCCUGUUGCACGAAAACUAUCUGCUCGGGAACAGCGAGAUUGUGAGGUUAUUGAACGACUCAUUAAAUCAUAUUUUCUCAUUGUCAGAAAGAAUAUUCAAGACAGUGUGCCAAAGGCAGUAAUGCAUUUUUUGGUUAAUCAUGUGAAAGACACUCUUCAGAGUGAGCUAGUAGGCCAGCUGUAUAAAUCAUCCUUAUUGGAUGAUCUUCUGACAGAAUCUGAGGACAUGGCACAGCGCAGGAAAGAAGCAGCUGAUAUGCUAAAGGCAUUACAAGGAGCCAGUCAAAUUAUUGCUGAAAUCCGGGAGACUCAUCUUUGGUGAAGAGAACUAUGUAAUACUGAGACUUUGUUGACUCAAAACUUGCUAGUUACUGCCUACCUGAGUAGAAUCUUAUUUAUGAACUCCUGUGUAUUGCAAUGGUAUGAAUCUGCUCAUGUGGAGACUGGCUAUAAACUGAAAAGUGUAUUCCAAAUUGCAGAACACAUCACACAUUUAAUCCAAAUAAUAAAUGGCUGUUUCUAAAGUUUCCCAGUAUAUAUAAAAUACAUCAAGUCUGUCUUGUGACAGUUUCAUCUGAACUUAACUUAAAAACAACUGUUAAUGUUCUAGUUGUGCAAAGCAGUUUGCCUGUGGAUAAGAUGACCUGUGUAAUAAUCUUUGUUAGUAGUCUUAAAGCUGCUGCCAUAGUCCUCCAAGAAGAAAGCACCAAGACAACAUUUCAUAUGACUAUAAUGCAUGUACUAUAUAAGCUGAUCUGGCUUUGAAAGAUGUGAGUUGGCAAGUUCCUCACAUAGAGUCAUUGUAUUCCACCUGUCCUUCAAUUUAGUUUUUUCUGAGCUUCUUUGCAGCCUUUGAUGUGUUUUUAAGAAAGCUGAAUGCACAAGAGGAUCUGUGACACUGACAUGGCUGUGGUGUGCAUACUGUGUAGUUACAUAGCCCUUCCAAUUCUGGGUCCAUUUGCACUAGCAAAUUAAAAUAUGCUUUGAUUCAUACUUAAACCUGAAAGCAGGAAUGCCUACAUUAAUUCCUACAUUAAAAACAGCCAUCUACCCUUGAUUAUCUAGAAAGACUUGGUAAUGAUGGUCAGUUCCUUUUAGAUUUCAGAAAAUCAAAUGAUGACCUAAAUUUCCCUUAAUUUGCAAAUACAGUAGUAAUUAAGGUACAUCUCUAAAGUGGAGCACUUACACCAGGCUCUAAGAUUCACUUUGAGGUGGAACUUAAAACCAGUGUACUGUAUGUAUGCAUUGGUAAUAGCUACUUUUGCUUCAUAGCUUCAUACCAACAAAAUAUAUUUAUUAGAAUAGUAUGAAAGUACUGGAGGAGCUGAAAGAAAAACACCCAAGGCUGGGCGUGGUGGCACACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCAGGUGGAUCACCUGAGGUUGGGAGUUGGAGACCAGCUUGACCAACAUGGAGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAUUGGCCGGGCGUGGUGGCGCAUGCCUGUAAUCCCAGCUACUCGGGAGGGUGAGGCAGGAGAAUUGCUUGACCCUGGGAGGUGGAGGUUGUGGUGAGCUAAGAUCGUGCCAUUGCACUCCAGCCUUGGCAACAAGAGCGAAACUCCGUCUCAAAAAAAAAAAAUAAAACAACACCCAGAUAGAUACACAUACUCCUUCAGACUUACAGACCUAAGCUGCAUUUAUGGGGUAGUGAUGAGGUUUAGAACAUAUACAUAUUUUGUUAAAAUUCCCCAGAUGAUUCUUGGUAUGAACGACUAUAUUAUAAAUUUUAAGAUGUACUUAGAAAUCCUUAAGACAUCUAGCCCCGUCUCUAAUAGACAACACAUUUAUAUUGCAGAUAUUACUUUUUUUUCAGUUUAUGACCAGGUAUUUAUGAAGGACUAUUGGCAGGGAAAAUAUGAAUAUGUUAACUUUAGCUUAUGGCAUCAAUUUACUAAGGAACAACAGGCUCACCAACUGAUGUCAAACAUAAAAACCCCCACAUCAGUCUGAUACGAUAUGGUACUACUUUGAAUCUGUUACUAGUACCAUCUUGACAGAGGAUACAUGCUCCCAAAACGUUUGUUACCACACUUAAAAAUCACUGCCAUCAUUAAGCAUCAGUUUCAAAAUUAUAGCCAUUCAUGAUUUACUUUUUCCAGAUGACUAUCAUUAUUCUAGUCCUUUGAAUUUGUAAGGGGAAAAAAAACAAAAACAAAAACUUACGAUGCACUUUUCUCCAGCACAUCAGAUUUCAAAUUGAAAAUUAAAGACAUGCUAUGGUAAUGCACUUGCUAGUACUACACACUUUGUACAACAAAAAACAGAGGCAAGAAACAACGGAAAGAGAAAAGCCUUCCUUUGUUGGCCCUUAAACUGAGUCAAGAUCUGAAAUGUAGAGAUGAUCUCUGACGAUACCUGUAUGUUCUUAUUGUGUAAAUAAAAUUGCUGGUAUGAAAUGACACUAAAGUUUGUCAAAAAAUGAAUUCUUAACUUUUCUCCCAGAGAAAGGGAGACAAAAGGAGCUUUUUAAUACCUAAUCUACUUUGGAACAUAACCGUAUAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1108.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1181.85
Frequency: 0.0000
Diversity: 1123.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((((((((((((....((((((....))))))....)))))))(((((((...((((((.(((((........................))))).))).)))..))))))).))).))).))....(((.(((((..(.....)..))))).)))..((((((.(((.......)))(((.(((....))))))...((((((......))))))((((((.((((.........))))..))))))..))))))...((((..((((((((.(((.((((....((..(((((.(((((..((((.(((...((((..((((..............(((((...)))))((((.((((((....(((((((....(((((..............((((((((((((((((......((((((((((((.((.(((........))).))))))))))))))...........(((((.((((.....)))).)))))........(((((....((((((((((((....((((((.....))))))...))))))...)))))).....)))))...)))).)))))))((((((....((((((..........((((((.....))))))(((((((((((((((((.((((((......((((...((((......))))...)))).......((((......(((......)))...)))))))).))...)))))))))....)))))))).........)))))).))))))...((((((.....(((((((((...(.(((..((((((.((((.(.(((((..((((((.(((((((((..((((((......((((((((((.(((.((.((((...)))).)).))).))))))))))........((((((((.......((((....))))((((((.(((((((((((((....((.............))((((((.....))))))....(((((.(......).)))))...))))))))((.((((((((.(((((.(..(((..((((((((((.(((...))).))))........((((((((((.....((((((.....((((....................))))...))))))....)))))))))).................(((((..((((((.....((.(((..(((......)))..))))).............))))))...)))))..((((....))))...((((((((..(((...(((((((((((((((((...((((............))))..)))))))(((..(((.......)))...)))...)))))))))).(((...((((........)))).)))..)))..)))).))))..((((((.(((((((.....)))..)))).))))))))))))....)))..)))))).)))))))).)))))))))))))...(((((((...))).)))).))))))))((..(((((((..(((.((......))))).))))))).))((((.(((((..(((.(((.....))).))).))))).)))).(((((((.(((......)))..))))))).(((...)))(((((((((((...(((....((((((((((..(((((....)))))((((........))))......(((((((.....)))))))(((((..........(((((((((((...(((((((..(((((((((((..(((((...)))))..))...((((((((..((((((((....((.((((((..(((((((.((((...(((((((.((((...((((.(......).))))....))))))))).))...)))).))).............)))).)))))).))...)))))))).....(((((....)))))))))))))....(((....)))(((........))).............((((((..........)))))))))))))))...........((((.......)))).......(((((....)))))..(((((((((((((((............))))).)))).......(((((....))))).........))))))))))))).............((((((......))))))))))).))))))..))))).................))))))))))))).))))))).))))..(((((((((...(((((.((((((..(((((((((((....(((.....)))...))))...............)))))))..)))))).)))))..(((((((.....((((((((...........((((((((....(((.(((((((..((((...(((((((...(((((...)))))....)))))))........(((((((..((((((....))))))........(((((..................)))))((((((..........))))))............(((((((((((((...........)))....))))..))))))(((((((((..((((((.((...(((....)))...))))))))..........(((((...((((((..(((((...((((((.((((((((((.((......)))))).......))))))))))))...))))).((((((((((.....))..))))))))....)))))))))))..((..(((((((((......((((....))))......))))).))))..)))))))))))............(((((((((((.((((((((((((((((....((((((....))))))((((((..((((((...))))))..((((((((((((...)))))))..))))).((((((.......))))))..............))))))))))))(((...((.((((..((((((((.((.(((...(((((.((((((.....)))))).)))))))))).))).))))).)))).))....))))))))))))).).))))))))))......(((((......)).))).....................))))))).................))))..))))))))))....))))))))(((((...(((((((((...............))))))))).....)))))...((((..(((((((......)))))))..))))...((((((.(((((......)))))))))))......((((.....))))))))))))....))))))).............)))))))))))))))))))))........))).))))))..))))).).))))))))))..))).)...))).))))))...)))))).......)))))..((((((((((.................)))))))).))...(((.(((((((((...............))))))))).)))...)))))....))).)))).....)))))).))))...............)))).....))))))).)))).(((((((........))))))).((((((((.(((((...))))).((((.(.((((((..(((((..((((((((............................))))))))((((..((.(((((((...)).)))))...))..)))).((((((.....))))))((((..........)))).)))))...))))))).)))).....)))))))).......))))))))))..))..........(((((((((..............))))).)))).(((((.(((.(((.(((((.....))))))))))).)))))....(((((........)))))................((((((((((.......))))))..)))).................)))).))))))))))).)))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.(((((((((((((....((((((....))))))....)))))))(((((((...((((((.(((((,{.....................}))))).))).)))..))))))).))).))).))....(((.(((((.,(.....}..}}}}}.})}.,{{{|||,|||},|,,{,|||(((.(((,...|||||||{{((((((......))))))((((((.((((.........))))..))))))..|||||}...,{((,,({((((((.{{(,((((,,,,({,........((.(((((((...((((({((.,.{{{......}},...(((((({....}))))))..}})}.......}))))...)))))))...}}....{{{..((({{(((((((((({......{((((((((((,,((.((({,.....,))).)))))))))))))}...........(((((.((((.....)))).)))))........(((((....((((((((((((.{{.((((((.....)))))).},)))))),..}))))).....)))))...}}))}}))))))))))..}}}((((.{((((..,{({{((((((.....)))))},.{,,,{{(((,.,|||,|,,|||......||||,..,{{{,..,,,}},,.,}))}...})}}})}))}.}}}},,.......,||{,,||,,||||{{{{{,|||||||}|.,.,|||}}},}}}}}}}..,}||||{{{||||},.....}}|},|,{{{{{.{(({{{((((({(((,,,,||{{{{{.....{(({.{((((,{((....,|||,|||}{((((({(((((((((,.(((,((.((((,,.}}}|,|}.}}|.|}}|}}})||{.......{(((((((.......((((....))))((((({,(((((((((((((,,,{{{...,{,...,},.}}{{(((({,,,|}}|}}}....,|{{|}|,,,,,,},))))}...}})))))){(.((((((((.(((((,((,(({((((({{{,{,..,(({{{(({{{|,,........((((((((((.....{(((((.....((((....................))))...)))))}.,}.)))))))))).,...............{{,,{...{{{{,,,|}|||,|||}.(((......})}..}}}},.....}}}},,,,))}}}}...}}},|..((((....)))).},((((((((..((({,,(((((((((((((((((...((((............))))..)))))}}(((..(((.......)))...))).,,)))))))))).,{|.,.((((........)))).)},,,)))..)))).))))..((((((.(((((((.....))),}}))).))))))}}}}}....,),....))))).)))))))).)})))))))))))...(((((((...))),,))).))))))))||,.(((((((..(((.((......))))).))))))).|}|||,.(((((((...(((..((((((((....{{,...,,,,.(((((((.(({......}))..))))))),(((...))){(({(((((((...((({...{(((((((((..(((((....))))){(((......,.})))......{((((((.....))))))|{((((........,,((((((((((({,,(((((((..((((((((({{..(((((...)))))..}}...((((((((..((((((((.,..{{.((((((.,((({{,,.((({...(((((((.((((...((((.(......).))))....))))))))).))...}))),}})},,..,,......,,)}.)))))).)}.,,)))))))).....(((((....))))))))))))).....,{,....|(((,,,......}},,},},}}.,,...((((((..........)))))))))))))))......,.,..(({{.......}}}}.....,.(((((....)))))..{(({(((((((((((............))))}.)))).}}.}},(((((....})))),,}},,,,,}}}}}})}))))},,,,....,}}}}|({{{{......))))))))))).))))))..)))}},................))))))))))))).))))))).)))}....{((((....,))))},}),,}}})))))))).)))...)))))))..,.||||}|||..,|{{{,{{|{{{{|,,,{{{({{{,,,||||||,.,.,,|{{{{{{{,,.{{{({|{{{.,|,..||||}|||||,,.}|||,{{{||||.,,{{{,,,(((((((,,{(({{,.,,||||}...,)))))||,.......,,,)))|..((((((....)))))).......,(((((.,..............,.)))))|(((((..........)))))).,,,,....,}}|||||{,,,{{.{.{({{{(.{{...,.,,.))))}},),))||||{{{{{{,,,{{{{|,|,.,}}||..,,))}}},}}|||{{......}}}}}{{{|{..,||||||..|||||},.||||{{.{|||||||{|.{{..,,,,)))))},,,,.,,||||}}}})))),,.))))..((((((((({.....}}.}))))))))...,))}))),,,||{.,..,||(((((((,,.,,.,{{{,,,,||}}...,,,}}}}},||||.{||||||||}}}............(((((((((((.(((((((({(||{{{{....((((({....}))))){{{{||,,|{((({...})))}}..((((((((((((...)))))))..))))).((((((.......))))))..............})))}|||||||{.,....}}}|||},{{{{((({.{{.{||}},{((((.((((((.....)))))).)))))}}})),))),))))}.||}}.}},...,,,}))))))})).).))))))))))......(((((......)).)))......................,,,,,.............))))})))))))),,}|||||..|,|||}}..}}}}}))))}}}}})))}}}||(((((((.{(((({((((({{...{((.,{,{.{{.,|{((((((({{{,,...,,.,,,........((((((.(((((......)))))))))))......((((.....))))..........|||||,|||.,,,,,,,....,||,|}}}}||||}}}}.},}|,},,,||},|,}}}}}}|,.,|}}}}}}.}}))))},,,,.}}||||||||||}}}|,.,..|||||...{{{||||.},,,,{(((((((.................)))))))}{{{...(((.(((((((((...,,,.....,,,.))))))))).))).)))}{{,......},)},,,,,.))))}},......,,},.,,}},,,))))},,...,})).},))))}},{{{{{{{.,...,,,)))))}}.((((((((.(((((...))))).{(((.(.((((((..{((((..((((((((............................))))))))((((..((.(((((({...}))))}))...))..)))).((((({.....))))))((((..........)))).))))}...))))))).)))}.....)))))))),{{{({,.|{|{|||||,,||{|,...}}}.||||{||{|,,,,....,|||.,)))))}))}),||{{{.|||,|||,|||||..,,,))))},,}))},))))),,..(((((........)))))................{{{{(((({{.,,,.,,)))})),,)))))))))))),.....,..}}||.}}}}}}}}}}}.})))..,,,,.
Back