Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001278586.2
Sequence Length
2386 nt
GC Content
0.4610
AGUUUGUCUCUCUUGAGCUUGGAGAAAAUCAUCCGUAGUGCCUCCCCGGGGGACACGUAGAGGAGAGAAAAGCGACCAAGAUAAAAGUGGACAGAAGAAUAAGCGAGACUUUUUAUCCAUGAAACAGUCUCCUGCCCUCGCUCCGGAAGAGCGCUGCCGCAGAGCCGGGUCCCCAAAGCCGGUCUUGAGAGCUGAUGACAAUAACAUGGGCAAUGGCUGCUCUCAGAAGCUGGCGACUGCUAACCUCCUCCGGUUCCUAUUGCUGGUCCUGAUUCCAUGUAUCUGUGCUCUCGUUCUCUUGCUGGUGAUCCUGCUUUCCUAUGUUGGAACAUUACAAAAGGUCUAUUUUAAAUCAAAUGGGAGUGAACCUUUGGUCACUGAUGGUGAAAUCCAAGGGUCCGAUGUUAUUCUUACAAAUACAAUUUAUAACCAGAGCACUGUGGUGUCUACUGCACAUCCCGACCAACACGUUCCAGCCUGGACUACGGAUGCUUCUCUCCCAGGGGACCAAAGUCACAGGAAUACAAGUGCCUGUAUGAACAUCACCCACAGCCAGUGUCAGAUGCUGCCCUACCACGCCACGCUGACACCUCUCCUCUCAGUUGUCAGAAACAUGGAAAUGGAAAAGUUCCUCAAGUUUUUCACAUAUCUCCAUCGCCUCAGUUGCUAUCAACAUAUCAUGCUGUUUGGCUGUACCCUCGCCUUCCCUGAGUGCAUCAUUGAUGGCGAUGACAGUCAUGGACUCCUGCCCUGUAGGUCCUUCUGUGAGGCUGCAAAAGAAGGCUGUGAAUCAGUCCUGGGGAUGGUGAAUUACUCCUGGCCGGAUUUCCUCAGAUGCUCCCAGUUUAGAAACCAAACUGAAAGCAGCAAUGUCAGCAGAAUUUGCUUCUCACCUCAGCAGGAAAACGGAAAGCAAUUGCUCUGUGGAAGGGGUGAGAACUUUCUGUGUGCCAGUGGAAUCUGCAUCCCCGGGAAACUGCAAUGUAAUGGCUACAACGACUGUGACGACUGGAGUGACGAGGCUCAUUGCAACUGCAGCGAGAAUCUGUUUCACUGUCACACAGGCAAGUGCCUUAAUUACAGCCUUGUGUGUGAUGGAUAUGAUGACUGUGGGGAUUUGAGUGAUGAGCAAAACUGUGCCUGUCACAGCCAGGGUCUGGUGGAAUGCAGAAAUGGACAAUGUAUCCCCAGCACGUUUCAAUGUGAUGGUGACGAGGACUGCAAGGAUGGGAGUGAUGAGGAGAACUGCAGCGUCAUUCAGACUUCAUGUCAAGAAGGAGACCAAAGAUGCCUCUACAAUCCCUGCCUUGAUUCAUGUGGUGGUAGCUCUCUCUGUGACCCGAACAACAGUCUGAAUAACUGUAGUCAAUGUGAACCAAUUACAUUGGAACUCUGCAUGAAUUUGCCCUACAACAGUACAAGUUAUCCAAAUUAUUUUGGCCACAGGACUCAAAAGGAAGCAUCCAUCAGCUGGGAGUCUUCUCUUUUCCCUGCACUUGUUCAAACCAACUGUUAUAAAUACCUCAUGUUCUUUUCUUGCACCAUUUUGGUACCAAAAUGUGAUGUGAAUACAGGCGAGCAUAUCCCUCCUUGCAGGGCAUUGUGUGAACACUCUAAAGAACGCUGUGAGUCUGUUCUUGGGAUUGUGGGCCUACAGUGGCCUGAAGACACAGAUUGCAGUCAAUUUCCAGAGGAAAAUUCAGACAAUCAAACCUGCCUGAUGCCUGAUGAAUAUGUGGAAGAAUGCUCACCUAGUCAUUUCAAGUGCCGCUCAGGACAGUGUGUUCUGGCUUCCAGAAGAUGUGAUGGCCAGGCCGACUGUGACGAUGACAGUGAUGAGGAAAACUGUGGUUGUAAAGAGAGAGAUCUUUGGGAAUGUCCAUCCAAUAAACAAUGUUUGAAGCACACAGUGAUCUGCGAUGGGUUCCCAGACUGCCCUGAUUACAUGGACGAGAAAAACUGCUCAUUUUGCCAAGAUGAUGAGCUGGAAUGUGCAAACCAUGCGUGUGUGUCACGUGACCUGUGGUGUGAUGGUGAAGCCGACUGCUCAGACAGUUCAGAUGAAUGGGACUGUGGUGAGCUACUUGUUUCUGCCAUCUGUUGUACUCUCUCAUGCCUGUCAGCCACUGAAGCUGAAUGGAUCCUAAAUUACUUCCUGGAUUUUACUGACCAAGUUCAUCUAUUUUGUUUUACUGUUAUAAAAGCUGAUAGUGCUGAUCUAUGUGUGUUAUUUCCAACUCACAGAAAAUUUCCCCACGAAGCUACUUCUCUAUUUGAAAUAUCUAUAUUGUAUGGAAAAACGUUUGGGUUCAAAAUGUUGUAAUCAUAUAAUUGCUGGGAGAGGAUUUAAAAACUCUUCAUUAAAACCCAACUUCAAUAAAUUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-715.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -761.04
Frequency: 0.0000
Diversity: 588.27
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.((((((((..((..(((........)))...(((((((....)))).)))))..)))))))).))))((((.........((((.(((.......((.(((((((((((....))))).)))))))).....(((((.....)))))))))))).((((.(((((......(((((.(..((((((.((..(((...(((((((((.....)))..((((..((((((((..(..((((......)))).)..)))))))).))))..))))))...)))..))..))))))..))))))))))).))))(((......)))...........))))..(((((((((...((((((((((((((((((((((...)))))...))))))))......)))))))))...................((((((((((((.(...(((.((..............))..)))...).))))))).)))))(((((((((((((......(((((((........(((((((((..(((((((.......((.((((.....((((.((((((.(((..((((....((((((((.(((((((((((((((......(((((((.((....)).))))))).....((((((((.(.((((((.......(((..(((((.((((((((((....(((((.((..(((.....)))..)).)))))..)))))))......(((((...))))).((((((.((......))..))))))(((.....)))(((((((((((..((.((.((.(((((((((..........((((..((((((.......))))))..))))((((..((....))..))))((((((((((.........(((((..((....)))))))....))))))))))...))))...))))).))))))..)))))))))))))).)).)))..))).......)))))).).))).)))))....((..(((.((((....)))).)))..)))))))).(((((((((..(((((.((..........))))))))))))))))...))))))))).)))))...)))(((((.(((......))).)))))))))...))).))))))...)))).....)))).))..((.(((.(((((....))))).))).))...((..((((((((.(((((..((((((...(((((((....(((((((((((..(((((((.((((.(......((((.((((((((........)))...))))).))))))))).))).))))..)).....)))))))))..)))))))((((((((.....)))))))).......(((......))).....((((((((((((...(((((....)))))...((((....((((((((((.((((.....)))).).)))).))))).)))).))))))........)))))).......)))))).)))))))))))))))((((((....)))))))))))))..))))))))).((((((.(((((.(((((((((((((.((((..((((..(((..(((((.(((((((((((.......((((((......)))))))))).))))))))))))...)))..)))).....)))).)))))........(((((.(((((((((.((.((((........)))).)).)))))...)).))...)))))(((((..((.((((((((((.....)).)).))))))))..))))).(((((.(((((..........))))).)))))...((((....))))(((((((..(((((((....((..(((.......)))..))....)).))))))))))))....))))))....)).)))...........(((((((.(......).))))))).)).)))))).......(((((.....)))))..)))))))...(((((((((((.....(((((.(((((((.........)))))))..))))).....))))).))))))............(((.((((((((((((.((((((.(((((((...............(((((((........)))))))))))))).)))))).))........)))))))).)))))....((((.(((......))).)))).......)))))..((((...))))((.....)).........(((((((((...(((((((.......)))))))....)))))))))...)))))))))))))))))..................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{({{{{{{{,{{|{{,,{((({{....{{{{{(((((.,{,,...{|||{(((({((({{((((({..,(({{{..,{{{,...((((,(((.......{(.(((((((((({....})))).))))))||{{...(((((.....)))))},}}}))||(((,(((({......((((({,.{((((((.{{..{{{...,{{{{(((,...,,})),,||||..{(((((((..{..{(((......)))).,..}))))))).))),.,))))})}},)))}})),,})))))},}))))))}))).})},{{(...{{{|||((,{{,,....((((...,........,.,(((((((.(((((((((((((...)))))...))))))))....,{{,{,,...................,,((({((((....))).}}.)))))).))))},,,..,{{||||||||{||||||}}||}}}.{((({{{{,|||||||}..,}||.||||..,.....{((((((((..(((((((.....,.,.{((((({.{{,,((.,,,,,,.||,.}|||}}}}},,,(((((.(((((((((,{{{{,{{({.,{((({,,.||}},,|,|})))}|,|,,.,,((((((((((((((((....}}}}..........,..(((((((....(((((.((..(((.....)))..)).))))).,))))))).(((..(((((...)))))))).....}))))).(((..{.((((((((((..((((((((((((((..(,{((.((.((((({((....}}.,.,.{(((..((((((.{....,))))))..)))}((((..((....))..)))){(((((((((.,{,,....{{{(,.,((....)))))))....)))))))))}...)))),}.))))).))))))..))))))))))}.,)))...{{{{..{,,,|},....,(((({{{,,,|{{{,{{,((..(((.((((....)))).)))..)).}}}))}}})))})),{{((..,.)))}...)))))))))).).))))))))}..})))))))).)))))...}}|{{{{,.||{...,,,}}}.|}}}}),},.,|}||{|||,||..{|||,.....,,,..)))}}}}||}}{{|{|....})))).}|||}}{,|{{,.((((((((.(((({..((((((...(((((((....(((((((((((..(((({{{.((((,.......((((.((((((((........)))...))))).)))),))))}))).))))..)).....)))))))))..)))))))((((((((.....)))))))).......(((......)))..,,.((((((((((((...(((((....)))))...((((....((((((((({.(((,.....,})),}.)))).))))).)))).))))))........)))))).,.....)))))).)))),)))))))),|,|||||.,,,))}},,)))))))..))))))))}.{{{{{{{{{(((.(((((((((((((.((((..((((..{({..(((((.(((((((((((.,.....{(((((......)))))})))).))))))))))))...}))..)))).....)))).)))),........(((((.(((((((((.{(.((((........)))).}}.)))))...)).))...)))))(((((..(,{(((((({(((.....)).)}.))))))))..))))).(((((.(((((..........))))).)))))..{(({{....)))}{(((((,.,(((((((....{(..(((.,,...,)}),,))....)).)))))))))))},..}))))))....}}.))).}.}.......(((((((.{......}.))))))),))})))))}......,(((((.....)))))}})})))))),,(((((((((((.....(((((.(((((((,......,.)))))))..))))).....))))).)))))).,}}},.,}}}}|{{.((((((((((((.((((((.((((((({..............{|||{{,......,.}))),,)))))))).)))))).))........)))))))).))})},}},||||,{{{......))).))})},.....|}}}}..((((...)))),,.....}},....,,..{{{{{{{||...(((((((,......})))))),,..})))))))).,}}}||||||,,........}}}}}}.......,}}},.....,,,,,,....
Back