Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001278914.2
Sequence Length
3325 nt
GC Content
0.6084
GCAUUUCUCCCCGAGAUGGCGGGUCUGACGGCGGCGGCCCCGCGGCCCGGAGUCCUCCUGCUCCUGCUGUCCAUCCUCCACCCCUCUCGGCCUGGAGGGGUCCCUGGGGCCAUUCCUGGUGGAGUUCCUGGAGGAGUCUUUUAUCCAGCGCUGGGGCCUGGAGGCAAACCUCUUAAGCCAGUUCCCGGAGGGCUUGCGGGUGCUGGCCUUGGGGCAGGGCUCGGCGCCUUCCCCGCAGUUACCUUUCCGGGGGCUCUGGUGCCUGGUGGAGUGGCUGACGCUGCUGCAGCCUAUAAAGCUGCUAAGGCUGGCGCUGGGCUUGGUGGUGUCCCAGGAGUUGGUGGCUUAGGAGUGUCUGCAGCCCCUUCUGUGCCAGGUGCGGUGGUUCCUCAGCCUGGAGCCGGAGUGAAGCCUGGGAAAGUGCCGGGUGUGGGGCUGCCAGGUGUAUACCCAGGUGGCGUGCUCCCAGGAGCUCGGUUCCCCGGUGUGGGGGUGCUCCCUGGAGUUCCCACUGGAGCAGGAGUUAAGCCCAAGGCUCCAGGUGUAGGUGGAGCUUUUGCUGGAAUCCCAGGAGUUGGACCCUUUGGGGGACCGCAACCUGGAGUCCCACUGGGGUAUCCCAUCAAGGCCCCCAAGCUGCCUGGUGGCUAUGGACUGCCCUACACCACAGGGAAACUGCCCUAUGGCUAUGGGCCCGGAGGAGUGGCUGGUGCAGCGGGCAAGGCUGGUUACCCAACAGGGACAGGGGUUGGCCCCCAGGCAGCAGCAGCAGCGGCAGCUAAAGCAGCAGCAAAGUUCGGUGCUGGAGCAGCCGGAGUCCUCCCUGGUGUUGGAGGGGCUGGUGUUCCUGGCGUGCCUGGGGCAAUUCCUGGAAUUGGAGGCAUCGCAGGCGUUGGGACUCCAGCUGCAGCUGCAGCUGCAGCAGCAGCCGCUAAGGCAGCCAAGUAUGGAGCUGCUGCAGGCUUAGUGCCUGGUGGGCCAGGCUUUGGCCCGGGAGUAGUUGGUGUCCCAGGAGCUGGCGUUCCAGGUGUUGGUGUCCCAGGAGCUGGGAUUCCAGUUGUCCCAGGUGCUGGGAUCCCAGGUGCUGCGGUUCCAGGGGUUGUGUCACCAGAAGCAGCUGCUAAGGCAGCUGCAAAGGCAGCCAAAUACGGGGCCAGGCCCGGAGUCGGAGUUGGAGGCAUUCCUACUUACGGGGUUGGAGCUGGGGGCUUUCCCGGCUUUGGUGUCGGAGUCGGAGGUAUCCCUGGAGUCGCAGGUGUCCCUGGUGUCGGAGGUGUUCCCGGAGUCGGAGGUGUCCCGGGAGUUGGCAUUUCCCCCGAAGCUCAGGCAGCAGCUGCCGCCAAGGCUGCCAAGUACGGGUUAGUUCCUGGUGUCGGCGUGGCUCCUGGAGUUGGCGUGGCUCCUGGUGUCGGUGUGGCUCCUGGAGUUGGCUUGGCUCCUGGAGUUGGCGUGGCUCCUGGAGUUGGUGUGGCUCCUGGCGUUGGCGUGGCUCCCGGCAUUGGCCCUGGUGGAGUUGCAGCUGCAGCAAAAUCCGCUGCCAAGGUGGCUGCCAAAGCCCAGCUCCGAGCUGCAGCUGGGCUUGGUGCUGGCAUCCCUGGACUUGGAGUUGGUGUCGGCGUCCCUGGACUUGGAGUUGGUGCUGGUGUUCCUGGACUUGGAGUUGGUGCUGGUGUUCCUGGCUUCGGGGCAGUACCUGGAGCCCUGGCUGCCGCUAAAGCAGCCAAAUAUGGAGCAGCAGUGCCUGGGGUCCUUGGAGGGCUCGGGGCUCUCGGUGGAGUAGGCAUCCCAGGCGGUGUGGUGGGAGCCGGACCCGCCGCCGCCGCUGCCGCAGCCAAAGCUGCUGCCAAAGCCGCCCAGUUUGGCCUAGUGGGAGCCGCUGGGCUCGGAGGACUCGGAGUCGGAGGGCUUGGAGUUCCAGGUGUUGGGGGCCUUGGAGGUAUACCUCCAGCUGCAGCCGCUAAAGCAGCUAAAUACGGUGCUGCUGGCCUUGGAGGUGUCCUAGGGGGUGCCGGGCAGUUCCCACUUGGAGGAGUGGCAGCAAGACCUGGCUUCGGAUUGUCUCCCAUUUUCCCAGGUGGGGCCUGCCUGGGGAAAGCUUGUGGCCGGAAGAGAAAAUGAGCUUCCUAGGACCCCUGACUCACGACCUCAUCAACGUUGGUGCUACUGCUUGGUGGAGAAUGUAAACCCUUUGUAACCCCAUCCCAUGCCCCUCCGACUCCCCACCCCAGGAGGGAACGGGCAGGCCGGGCGGCCUUGCAGAUCCACAGGGCAAGGAAACAAGAGGGGAGCGGCCAAGUGCCCCGACCAGGAGGCCCCCUACUUCAGAGGCAAGGGCCAUGUGGUCCUGGCCCCCCACCCCAUCCCUUCCCACCUAGGAGCUCCCCCUCCACACAGCCUCCAUCUCCAGGGGAACUUGGUGCUACACGCUGGUGCUCUUAUCUUCCUGGGGGGAGGGAGGAGGGAAGGGUGGCCCCUCGGGGAACCCCCUACCUGGGGCUCCUCUAAAGAUGGUGCAGACACUUCCUGGGCAGUCCCAGCUCCCCCUGCCCACCAGGACCCACCGUUGGCUGCCAUCCAGUUGGUACCCAAGCACCUGAAGCCUCAAAGCUGGAUUCGCUCUAGCAUCCCUCCUCUCCUGGGUCCACUUGGCCGUCUCCUCCCCACCGAUCGCUGUUCCCCACAUCUGGGGCGCUUUUGGGUUGGAAAACCACCCCACACUGGGAAUAGCCACCUUGCCCUUGUAGAAUCCAUCCGCCCAUCCGUCCAUUCAUCCAUCGGUCCGUCCAUCCAUGUCCCCAGUUGACCGCCCGGCACCACUAGCUGGCUGGGUGCACCCACCAUCAACCUGGUUGACCUGUCAUGGCCGCCUGUGCCCUGCCUCCACCCCCAUCCUACACUCCCCCAGGGCGUGCGGGGCUGUGCAGACUGGGGUGCCAGGCAUCUCCUCCCCACCCGGGGUGUCCCCACAUGCAGUACUGUAUACCCCCCAUCCCUCCCUCGGUCCACUGAACUUCAGAGCAGUUCCCAUUCCUGCCCCGCCCAUCUUUUUGUGUCUCGCUGUGAUAGAUCAAUAAAUAUUUUAUUUUUUGUCCUGGAUAUUUGGGGAUUAUUUUUGAUUGUUGAUAUUCUCUUUUGGUUUUAUUGUUGUGGUUCAUUGAAAAAAAAAGAUAAUUUUUUUUUCUGAUCCGGGGAGCUGUAUCCCCAGUAGAAAAAACAUUUUAAUCACUCUAAUAUAACUCUGGAUGAAACACACCUUUUUUUUUAAUAAGAAAAGAGAAUUAACUGCUUCAGAAAUGACUAAUAAAUGAAAAACCUUUAAAGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1534.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1592.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 826.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((.(.(((((.((((((((((....(((((((.....(((.(((.((((.(((((...))))).)))).))).)))....)))))))..........)))))..)))))..))))))...........((((((.((((.(.....).)))).))))))(((((((((((((((((((((.......(((((((((..(((((.((....)).))))).)).)))))))..(((...(((((.......)))))...))).)))))))))))).....)))))))))((..((.((((((((....)))).))))))..)).(.((((((((..(((((((.......)))))))..))...)))))).).....))))))))))))))))).).)))(((((..((.(.((.((((....)))).)).).))..)))))(((((((((((.(((.....)))..))))))((((((........)))))).((((((((((((((....)))......(((((.((.(..(((....)))..).))..))))).(((((....(((((..(((.(...((((....((((((((((.(((.......((((....(((.((((......)))).)))....)))).......))).))))).)))))))))...).))).)))))....)))))((((((((..(((((((((((((((.(((((((.(((..((((.((((...))).).))))..))).)))....((((((........)))))))))).))))....)).)))))))))))))))))((...((((((((.((((((((.((((((.((((((((..((((((((.((((.((.(((.....))).))...)).)).))))))..(((((.....)))))..((((((.....))))))))..)))))))).))))))(((((....))))).((((..((((((((((.(.(((((((((((((..........))))))))))))).)(((.(((.(((((((((.((..((((....((((((((....))))))))...((((((((....((((((((((((.(((((((((.(((((.((.((((.((((.(((.(((((((((((((....))))))))))))).))))))).)))))).)))...)).))((((.(((.((((((.((((.(((((((((((.(.((....)).)))))))....)))...)).)))).)).))))..))).))))((((((.(((((((..(((.((....((((.((.((((.(((.(((((.(((((.(((..((((((.((.(((.....))).)).)))))).)))..))))).)))))..))))))).)).)))))).)))))))....))).))))))))))))).))).)))))))))((((((((((....)))))....)))))........)))))))).((((((((((.(.....).))))))))))))))...))))))))))).))).)))(((((((((((((.((((((.((((..(((.((((((((((((((...(((....(((((((.((((((.(((((((((......))))))))).(((((((.......))))))).....)))))).)))))))..((((((((...((((((((((((((((.(((....((((......(((((((((((((.......))))))).))))))))))(((((....))))).((((((.........))))))))).)))))))).)))))))).))))))))(((((((((((((.(((....)))((.(.(((((.....((.(((.((((((((.(.((((.((((((((((((..........)))))).......(((((((....((((((.((((((((.((((((((((.(((((((.(((((..((.......)).))).)).))))))).)))))))))).)))))))(((((.((((((...(......)...))))))))))).).)))))).....)).))))).......))))))...))))..).)))))...))).)))))......))))).)))..).)))))))))))))))..))))))).(((.((((.((..((((((...((..((((.(((((((((((......(((((((.((((((((((.((((...((((((............(((((.((((((....))))))((((.(((..(((.(((((((((.((((((((.........(((.((((........(((((....)))))........)))))))........))))))))))))))).)).)))..))).))))....(((((.((((......)))).))))).......(((((.......((((((((((............))))))...)))).......((((.(((((......))))).)))))))))....)))))...((((((.....))))))...))))))....))))..)))))))))))))))))..........(((((((((......(((((.(.((((.......)))).).)))))....)))))))))..)))))))).))).).))))).))))))..)))))).)))...))))))))))....)))).))))..))..)).)).)))))))))........))))).))))))))).(((((...)))))((......)).))))))))...)))))))).))))).)))))))))))))((((.(((.((((.((((((((((((((((..(((.....)))...)))))((((...)))).....)))).))))))).)))))))))))...((((....))))....))))((((.........)))))))).)))))))...((((((.(....((((((..((((((...)))))).))))))).))))))..)))))((((((((((..((((((..(((((((...((((((((....((.(((..((((((((((.....))))))))))))).))(((((......)))))...((((((((........(((.((((.........)))))))........)))))))))))))))))))))))))))))....))))))))))...............(((....)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,{,.((((((((((((((((.,..({(.{((((((((((({{(((((..((((((.(((((.((((....,,,,((({{.,.((,{(((.(((({(({,,,{{,||,|{{|||{|||.|||{{{{|||,,,|{{{,{{{,.(((((((((((((,,({(((,...}||||,,,|||(((((((((((((.((((((((((((((((((...)))))).)))))},...,})))))...))}}}))))))))}}}}))}||}))}}}}}.)))}((((((((((.(((((,...,((|((,...}},)))}})))))))))))))))))))))}},,..},))}}))))))),)).)))))))}}),}.)))|)).}.))}))..,,.))))..))))).)))).)}..}}.||,......))))))))))))))))).|,||}((((((.(((((.{.(((({{(((....(((((((((({...{((({{{({{(((((.(((((..,,,,((({(({(({..{{|..,.|||||,}}}...}}),.|||}}}})))))))).)))))})}.,.})))))))))))))))...))))))))}))))).)))))).{|{{{..(((,.,,..,..||})))})),,.{(((((((((....(((.((((......)))).)))....))))..((.(((((({{,((({{(((,{,{..{||}|{||,{((....}}}.((((((((({{((((((((((((((({(((((((.(((..((((.((({...}}}.).))))..})).)))|{,.{(((((,,......}}))))|))),)))},},,)).}))))))))}}))}))}}....{(((((((.((((((({.{(({{{.||{(((((.|({{{,{{(|({{{,((.(((.....))).,((,....})},)))))}}||{{|,....))))},.||||||}.,.}))))))||..))))))||,||||||(,((({{{.|||||{(((,,{((.(((((((.(.(((((((,,,,,,.}}}}}}}.},))))))),)))}.,(({.{{{.(((((((({,((..((((,...((((((((....))))))))...((((((({....((((((((((((.(((((({(({(,(((.,,.||||.||||.(((.(((((((((((({....})))))))))))).)))||}|{}}|||..,}),}.)).))((((.(((.((((((.(((({(((((((((((.(.((....)).)))))))....)))}}})).}))).)).))))..))).))))((((((.(((((((..{((.{{..,,((((.((.(((,{(((,(((((.(((((,(((.,((((((.((.(((,...,))).)).)))))),))).,))))).)))))}.))))))).)).)))))),))}))))....))).))))))})))))).))).)))))))))((((((((((....)))))....)))))........)))))))).,(((((((((.(.....).))))))))))))))...))))))))))),))).))}(((((((((((((.((((((.((((..(((.((((((({((((((...(((....(((((((.((((((.(((((((((......))))))))).(((((((.......))))))).....)))))).)))))))..((((((((.{,,{((((((((((((((.(((....((({.....{(((((((((((((.......)))))))}})))))))))(((((....))))).((((((,{......}))))))))).)))))))).)))))))).))))))))(((((((((((((.(((....}}}{{.(.(((((....,(({(({.((((((((.(.((((.{(((,.((((((..........)))))),||.,,{(((((((,.,.((((((.((((((((.((((((((((.(((((((.(((((..((.......)).))).)).))))))).)))))))))).)))))))|((,{(((((((...(......)...))))))))))}.}.)))))).....}}.}))}}..|,,.,})))))...))))..).)))))...))).}}))),,,...))))).))),.)})))))))))))))))..))))))}.(((.((((.((..((((((...((..((((.(((((((((((......({((((({((((((((((.((,(...((((((.......{{({{(.,((.((((((..,.||||||((((,(({.,(((.(((((((((.((((((((.........(((.((((......,.(((((....))))).,......)))))))........)))))))))))))))}}).)))..))).))))....(((((.((((,.....)))).)))))....,.{(({({,,.....,,((((({{{.,,,,,......))))))}.,)))),,}}},,||((.(((((......))))).))},))..)))}}).......((((((.....))))))...)))))).,,,})))..)))))))))))))))))..........(((((((((......(((((.{.,,,{.,,.,..,,)}}).)))))....)))))))))..))))))))}})).)},)))).))))))..)))))).)))...))))))))))....)))).)))}.,))..))},)}))))))))),,,}}},,))))).}))))}))),,|,||,}}),))}||.,,,.,)}}))))))))...)))))))}...,}}.},..}))))),)}((((.(((.((((.((((((((((((((((..{((.....})}...)))))((((...)))).....)))).))))))),)))}))))))).....)))))){{|,...)))).||||,........))))))))))}))))}...((((({,,..{.((((((..((((({...}))))).))))))).)))))).,)))))((((((((((..(((({,,{((((((({,{(({(((((.,((((.(((..((((((((((.....))))))))))})}.}}(((((......)))))..{{{({,,.....,,,..|||,,,||..,.,}}...,))))),,}.,,.,,|,||,,..},.)))))))))))))))))....))))))))))......,,,}.....(((....)))...
Back