Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001282188.2
Sequence Length
2760 nt
GC Content
0.3580
AGUUUGAAGGCUAAUCUGAAAGAGGAAGAAGAAUCUGUAUAUCUGUAUAUAUUGGCUAGCAAAUGUGCCCUGCUCUCUCCCCUCUUAAAAAUAGCAGCAACCCAUCUUUGCAAAGAAGCUUGCCUAUAGAGCAGGCACUCUGUGAAUGGACUGUGCUUUUACGACCCUACAGGGUAUCAAGAUACUGUGCAGCUCGCCAACAAGGAUUAAUUGCAAGGACUGGUAGAUCGAAUUUACUGAAGACUUGGAGCUUGCUUCUGAGAACAAACGCAAAAGGACAGUAAACUGUGGACCUUGAAGUUAGCAGGACAAGAGAUCCAAGUAGAGCAAUCUAAUAAGCAGCUGAAAAUGAUAGACUAAAGUUUAGCGUGGGCUUCCUCUAAUAUUACACCGUAAAAGGCAUUGAUCACCAUAAGAAGGAACAUUUGUGAAGGUACUCCAGUGCCAGAAAGAGGCACAAAGCAGACAUUCGUAGAGAAACAUGGAUGAAACAGGAAAUCUGACAGUAUCUUCUGCCACAUGCCAUGACACUAUUGAUGACUUCCGCAAUCAAGUGUAUUCCACCUUGUACUCUAUGAUCUCUGUUGUAGGCUUCUUUGGCAAUGGCUUUGUGCUCUAUGUCCUCAUAAAAACCUAUCACAAGAAGUCAGCCUUCCAAGUAUACAUGAUUAAUUUAGCAGUAGCAGAUCUACUUUGUGUGUGCACACUGCCUCUCCGUGUGGUCUAUUAUGUUCACAAAGGCAUUUGGCUCUUUGGUGACUUCUUGUGCCGCCUCAGCACCUAUGCUUUGUAUGUCAACCUCUAUUGUAGCAUCUUCUUUAUGACAGCCAUGAGCUUUUUCCGGUGCAUUGCAAUUGUUUUUCCAGUCCAGAACAUUAAUUUGGUUACACAGAAAAAAGCCAGGUUUGUGUGUGUAGGUAUUUGGAUUUUUGUGAUUUUGACCAGUUCUCCAUUUCUAAUGGCCAAACCACAAAAAGAUGAGAAAAAUAAUACCAAGUGCUUUGAGCCCCCACAAGACAAUCAAACUAAAAAUCAUGUUUUGGUCUUGCAUUAUGUGUCAUUGUUUGUUGGCUUUAUCAUCCCUUUUGUUAUUAUAAUUGUCUGUUACACAAUGAUCAUUUUGACCUUACUAAAAAAAUCAAUGAAAAAAAAUCUGUCAAGUCAUAAAAAGGCUAUAGGAAUGAUCAUGGUCGUGACCGCUGCCUUUUUAGUCAGUUUCAUGCCAUAUCAUAUUCAACGUACCAUUCACCUUCAUUUUUUACACAAUGAAACUAAACCCUGUGAUUCUGUCCUUAGAAUGCAGAAGUCCGUGGUCAUAACCUUGUCUCUGGCUGCAUCCAAUUGUUGCUUUGACCCUCUCCUAUAUUUCUUUUCUGGGGGUAACUUUAGGAAAAGGCUGUCUACAUUCAGAAAGCAUUCUUUGUCCAGCGUGACUUAUGUACCCAGAAAGAAGGCCUCUUUGCCAGAAAAAGGAGAAGAAAUAUGUAAAGUAUAGUUUAAACCCAUUUCCAGUCCAAACCAAUGAAAAUAGUUUCCCAAAUAAGUAUUUUGUCAAAUCAUUUACAAAAAAAAUAAAAAUUUUACUUAAUAUUUUACAAAUACUUAACUAUUUGGGCCUACAACUCUAUCUCAUUUAUGCAUCCACAUGAUUAGAUAUUUAUAGAUAUUUUAAGUGCUAAAAAUUCGGUCCACAACUAUGAACUGAAUUAUAAAUAAUUUUGACCACUCACCAGAAUUUGGAGAAUAUUUUUAUCUUUGCACUAUAAAAUAUGUCUUAUAUUAAAGUUUUCCUCUUCAAAUAAAAGCUUUACAAACGAUAAAAUAUAUAAAAUUAGUCAAUAAAAAUACAUGCAAGCUAAAAGUUAUAAAAUAUAAAACUAGAUAUAAAAUUGGCAAAUAGUUCUGAAUCAUUCUAACAUAUUCCUUUGCAUGCAUGCCAUCAGAUGAGAACUGGAGAUGACUCAGGAGCUACAUAAAACGUACUGUCACCCUUCUUUGUAGUACUGAUUCGCUAGGCAAAUUAGGGCCAUUUCUUCCAAAAGAGAAUGUAAAAGUGCUAGAACAGACUAGUAUUCAGCUAAAGGGUCCUAAAAGCACCAUACAAUGUUCAAUAUGGCAACAGGAGAAAUCUGGUCAAAAGCCAGUUUGUCUCCAGUUUUCUUCUGCCUUUGCCUCAGGCUCCCAAAAUUGAAUAGUGGAGUUUUAGCUGCUCAGUGAGGUUCCUGUAGAGAUUUCUCUCCAUCCAUGACAUAUAAUUCUUCCUUAAGAAGCCAGACAACUGGCACUCCUAUAUAUAAAUAGAAGUAAUUAAAAACUUAUCUGAAGAAGAGAAAAGGAAAAGGAAUCUACUUUUCUAUAUGCCAAUUGCUGGGAUCAAAAUAAACUACAAAGGAUUUAUGAAGAAAAUUGUGAAUGUUCACAUUACAAAUUCUUUUAAGAAGUGCAUACAUUUAUGUAUAUGUAUACAACUAUAUGUAAGAGAUUUUGCUGUAUGAUAUGCAUUAUGGGUGAAAGUUCACGAUAAGUUUUAUUAUUGCUUUAUUACUUUUUAUUGGUAUGUUGACAGGAAUAUCAUGGAUAUGUUUACAGUGACUUUUAUAUUACAGUGGACGCUUUGAUCUUAAAACAGCCACAACAACUCAUCUACGGCUGAAAUAUAAUAUGCGUGGACAAGCUUUUGCUGAAGUGUAGUGUGUCCUUUAAGUUUGUUUUUUAAAAAGUAACUUACCUCAGAAGAAAUAAAUAACUAUAAAGAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-634.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -690.88
Frequency: 0.0000
Diversity: 670.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((.((.((((.((((((((.......(((((.((((...((((((.........(((((.((((((..............((((..((((....((((....))))...))))))))))))))))))).(((.((((((((((((((((.((.......(((((((.(((......((((((((.....((((((.(((....((.((((((((.((((((...........(((((((.((((.(((((..(((........((((((((....))))...))))...)))..)))))))))...)))))))..(((.............)))...((((.((((...(((((((...)))))))..)))).))))...((......))..)))))))))................((((((((((.(((.(((((..(((((((....((((((...((((((((...((((((((...(((((.((((...)).)).)))))...))).)))))(((((..((((..........))))))))).............))))))))..))))))....)))))))))))).)))....(((((.((((....)))).........((((((((((((.((..((((((((((((((..........(((((.....)))))))))))))))....(((((.....(((((.(......).))))).))))).))))......)))))))))))))).......))))).(((((...)))))...........((((((..(((.((((((((......((..((((((.(((.((..((((((((((((((((((((((((((.(((((((((...........))))))))).)))).........)))))))(((((((..((((.(((...............))).)))).)))))))...)).))))))))))......)))..)).)))....((((((....((((..........))))..))))))((..(((.((((((((.....(((.((((.((..(....)..)).))))..)))......)))))))))))..))....................))))))...))......)))))))))))))))))((((((((.((((.(((((..((((.((....)).)))).)))))))))))))).)))...))))).))))).((((((........))))))........((((.((((((....)))))))))).))))).))....)))))))))....))))))))....))).)))))))....((((((.......(((((((((((((....((((...(.((((...(((...((((....)))).))).)))).)..))))..)))))..(((((.....))))).))))))))))))))........))))))))))))......)))))).)))......))))))...))))...(((((((((((((((.((.((((.(((.....((((........))))....))))))).)))))))))....))))))))..........(((((.(.(((((......))))).)))))).......(((((((((((((....((((((((.((......)).))))))))......(((((((.........))))))).(((((.((....)))))))))))).))))))))....))))).....)))))))))))).))...)))))).)))))..............................(((((...(((.(((((((................((((((((..........(((((((((.(((((((..((((((((.(.((.(((((((((((((((((...((((((.((((((((((((.........((((((.((........))))))))....(((((.((((...(((((((.((((((....)))))).......((((((((......)))))))).........)))))))(((((.((((....((((((((..((((((((((((((.((((.((((......))))...)))).)))))))))...)))))...((...))...)))))))))))).)))))...)))).))))))))))))).)).....))))))))..............(((((....)))))(((((....)))))(((.((((......)))).))).........))))))))).((((((....(((((((.......)))))))..((.(((.....))).)).............((((.(...((((((...(((((((((.(((((....((((.(((((((...((((.((((((........)))))).).))).....))))))).)))).(((((...)))))......))))).)))))))))...))))))...).))))....))))))..))))))))))).))))))))..)))).))).)).))).))))))))))))...((((..(.((((....)))).)..)))).........((((((................))))))..))))))))))...))))).......(((((((((((((((((.....(((...))).....))))))))...)))).)))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((((((.{{.(({((((((((((....,{(((((({(({,,|.{{{(((...,{,...((({{{((((((..............((((..((((....((((....}))).).))))))))))))))))))).(((.(((((((((((((((((((,,,,,..{{||||{.(((......((((((({.{...((((((.(((....({.((((((((((((...}}}}}}}....(((((((.((((.(((((..(((.....,,.{(((((((....))))...)))),..)))..)))))))))...))))))}{(({,..,||,,,,,{{,{,{((,.{((,{((((,,,,{||||{,{,{{|||,.,.,,.......,{(({.,,,{(((..||.....{{{,{(((({....,{{(((((((({{.(((.(((((,.{((((((....((((((...((((((((...((((((((...(((((.{{,{...||.,,.)))))...))).)))))(((((.,((((..,....}..)))))))))..........,,.))))))))..))))))....)))))))))))).)))....|||}..{{{{....)))),........((((((((((({.({..{{{,((((((((((...,,{,.{{,,,,|},,},,}},,))))))))))....{((({.....((((|.{......}.))))).}))}}.,}))......)}))))))))))))..||,..|||,,..||||},,||,{{,.........,{{{{||.,|||,|{{|||{{.,.,,.|,}}|||||.}|||{(({{{..((((((((((({(((((((((((.(((((((((...........))))))))).}))).........))))))}(((((((..((((.(((...............))).)))).)))))))...}).))))))))))..},}})))..,}}))},.,.{{{(((....{(((..........))))}}))))}}||,.{{{.{|||||||,||,,|||,||{|.,...{...,},.,,.}}}}..}}}...,,.))))}|||}}|,,||..........,,...,,,.,},.,.....,||||..,}}}}}}}}}})))))))}||(((((.((((.(((((..((((.((....)).)))).)))))))))))))).,}}...}}}},.......((((((........))))))........((((.((((((....)))))))))).))))).))....)))))))))....))))))))....}}).}})))))..,.((((((...,(((((((((((({{{,.,..((((...(.((((...(((...{((,....}))).))).)))).)..)))).}},))))))))}|,(((......))),}}}}.)))))).}.....,))))))))))))......)))))).)))........||||,..,{{(,..((((((((((((((((((.((((.{((.....{{{{........))))....))})))).)))))))))}...,)))))))...,..,...|{{,|,|}|{{||,..,,,,)))).})))))..,}}}}|((((((((((((....((((((((.((......)).))))))))......{{(((((.........}}))}}},||{{|,,{....}})})},))))).))))))}}..,,,,,,......)))))))))))).}}...)))))).))))),,,......,.......,.,,.........{{(((,,.{((,(({{(((,,....,,,.....,.,,|||||,.,},,,....{(({(((({.(((((((..((((((((.,.({.(((((((((((((((((...{(((((.((((((((((((.........((((((.((........))))))))....(((((.((((..,(((((((.{(((((....,}))))..,....((((((((......)))))))}..,......)))))))|{(((.((((....((((((({..((((((((((((((.((((.((((......))))...)))).)))))))))...)))))...||,..}}...}))))))))))).))))}...)))).))))))))))))).))....,)}))))))..............{((((....}))))(((((....)))))(((.((((......)))).))).........))))))))}.,,{{{{....(((((((.......)))))))..{(.(((.....))).)).............{(((.{.,.((((((...(((((((((.{((((....((({.(((((({...{(((.((((((......,.}))))}.},,}}.....))))))).))))|{|{{{|.,}}})),,,}},))))}.)))))))))...)))))).,.).))))....,}}}}}..))))))))})..))))))))..)))).))).}).))).))))}))}}}}}...((((,,{,{{{{....,,,,.|,{||},.........,{{{{|}|}}...........}))))}}..})}}))}))),..))))),,,))),((((({(((((((((((.....(({...})).....))))))))),..})).)))))......
Back