Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001282599.2
Sequence Length
2846 nt
GC Content
0.4420
AGAAGCAGAGUUAGAUAAAAUGUGGUGCCUACCCUGUGUGUUCACAGUUCUGGAGUGGAGAUGAUGAGUAACAAACCAAUAUUAUUCAUGCUAUGGCAGAGAUGUAAACAAGAGCUGUGGUUGAAGAGAUUUUUCUAGCUAAUUGAGCAAGACCAGGUAGAGGAAGGAAGACGAAUUGACCAGAUGGAUGGAUGGAGAAGGCCACUCCAGUCAGUAGGCAAAGUCUGUGAAAAAAAUAUGAAGACUUCUGAGAUGCAUACCAUGUCUGGAGCACAGACUGGAAGGAAAGAAAAAGGAGAUCCUCUCAACAUUGCGAUUGAUAAGAUGACUAAGAAAACAAGAGAUCUAAGGAGACAGCUUCGGAAAGCAGUGAUGGAUCACAUAUCUGACUCUUUCCUGGAAACCAAUGUUCCUUUGCUAGUUCUCAUUGAGGCUGCAAAGAGCGGAAAUGAAAAGGAAGUGAAAGAAUAUGCCCAAGUUUUCCGUGAGCAUGCCAACAAACUGGUAGAGGUUGCCAAUUUGGCCUGUUCCAUCUCCAACAAUGAAGAAGGGGUGAAAUUAGUUCGGAUGGCAGCCACCCAGAUUGACAGCCUGUGUCCCCAGGUCAUCAAUGCCGCUCUGACACUGGCUGCCCGGCCACAGAGCAAAGUUGCUCAGGAUAACAUGGACGUCUUCAAAGACCAGUGGGAGAAGCAGGUCCGAGUGUUGACAGAGGCCGUGGAUGACAUCACCUCAGUGGAUGACUUCCUCUCUGUCUCAGAAAAUCACAUCUUGGAGGAUGUGAACAAGUGUGUGAUAGCCCUCCAAGAGGGCGAUGUGGACACUCUGGACCGGACUGCAGGGGCCAUCAGGGGCCGGGCAGCUCGAGUCAUACACAUCAUCAAUGCUGAGAUGGAGAACUAUGAAGCUGGGGUUUAUACUGAGAAGGUGUUGGAAGCUACAAAAUUGCUUUCUGAAACAGUGAUGCCACGCUUCGCUGAACAAGUAGAGGUUGCCAUUGAAGCCCUGAGUGCCAACGUUCCUCAACCGUUUGAGGAGAAUGAGUUCAUCGAUGCCUCUCGCCUGGUGUAUGAUGGCGUUCGGGACAUCAGAAAGGCUGUGCUGAUGAUCAGGACCCCAGAAGAACUAGAGGAUGAUUCUGACUUUGAGCAGGAAGAUUAUGAUGUGCGUAGCAGGACAAGUGUUCAGACUGAGGAUGACCAGCUCAUUGCAGGGCAGAGCGCACGGGCCAUCAUGGCGCAACUACCGCAGGAGGAGAAGGCAAAAAUAGCUGAGCAGGUGGAGAUAUUCCAUCAAGAGAAAAGCAAGCUGGAUGCAGAAGUGGCCAAAUGGGACGACAGCGGCAAUGAUAUCAUUGUACUGGCCAAGCAGAUGUGUAUGAUCAUGAUGGAAAUGACAGACUUCACAAGAGGCAAAGGCCCAUUGAAAAAUACAUCUGAUGUCAUUAAUGCUGCCAAGAAAAUUGCCGAAGCAGGUUCUCGAAUGGACAAAUUAGCUCGUGCUGUGGCUGAUCAGUGUCCUGAUUCAGCAUGUAAGCAGGAUUUAUUAGCCUACCUUCAACGAAUUGCCUUGUAUUGCCAUCAGCUUAAUAUCUGCAGCAAGGUGAAGGCAGAAGUGCAGAAUCUGGGAGGAGAGCUCAUUGUGUCAGGGCUGGACAGUGCCACAUCGCUUAUCCAGGCAGCUAAAAACCUGAUGAAUGCUGUUGUCCUCACGGUGAAAGCAUCCUAUGUGGCCUCAACCAAAUACCAGAAGGUCUAUGGGACAGCAGCUGUCAACUCACCUGUUGUGUCUUGGAAGAUGAAGGCUCCAGAGAAGAAGCCCCUUGUGAAGAGAGAAAAGCCUGAAGAAUUCCAGACACGAGUUCGACGAGGUUCUCAGAAGAAACACAUUUCGCCUGUACAGGCUUUAAGUGAAUUCAAAGCAAUGGAUUCCUUCUAGGACGAUAGGUUUUAACAAGAAAGCUUUUUCUUUCUUUUCUUUCUUUCUUUUUCUUUUUAAUUCCAUUUUUGUAUGCAUACCUGCCAGCUCGUAUGCCUCUGGCAUGGGGAAAUUAAGGGAACAGUGUCUGUUUGCAUGUAAGAUGAGAUGAGAUCAAUACUACUGAUCCAUCUGUAGCCUGGGAAGGAGACAGGACAUUCCUGUACUAAGGUGGCACAGAGCUGUCCUUUGCAACAUUCUCAUAAAAUUGGGCACAGAGUUCGCAUUGGCGCAAUAUUUAUGGGAGUGGGAGGGAUGGGGAAAAUAAACUUAACUCUACAAAAGCAAACUCUAAUGCAUGCAAGAAUCAUUAGGUUGGCAGGUAUAUGCAUAAGUGAAAAAUCUGGAAGUGUAAUGGUAGAACAUAAAACUUGUAUUGCUUCUGUUUCAGUGCAAAAAUGUACUAGCCAAUACGCUUAAGUGUGUGGCCCAUGAAUUGAACAAUUUAACCUUGAAGUCUAUAUCCGUGAUAUUAUGUCGAUUUUUAACUGAGGGGAAAUUAACUAGUCCAGCCUAAAAUGCUUCUUUUAAUCUGCAUUCUGUUUCCUCUUCUAGUUGUGCCAUUACUAGUGAUCAUGUUUUUUUCCCCCCUUUAAUGAAAACAAUAAACAUCUAUUUGAGACAAUUAAAAUCCUUCUGGGGGCACUGGAAGCACAAUACGGUGACCAAUCUUGCUUUCAUUUUUUUUUCUUUUUAAUUUGAACCAUGAUUUUGCUAGAAAUAGAAGGCCCAGUGGUGGAAUAUUAGAGGGAAGGAAACUGACAACGUGUGAAAGUUAGAGGCAAAUACAUAGGUGUAGCUUGGAGUGCUGGUAUCUAAUAUACCAUUGUAUUCACUAACUAACUCAAAAUAAACACAUUUAAUCUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-864.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -916.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 620.45
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
............((((.(((((((..((.(((((((((((((((((((((((..((((..((((..((((.........))))..)))).))))..)))).............))))))..............(((.(((.....))).)))((((((...(((((((.....(((((.(((((((((((.(((((....((((((......))).)))....)))))(((((((((((((..((((((.((((.....(((.(((((.....)))))))).((((((((....((((((((......((((((........((((..((.........))..))))..((((....)))).....))))))..))))).....)))...))))))))((...))...((((.(((((.(((.(((...)))))))))))))))((((.(((((((((((.((((((......(((.(((.(((.(((((((((((......)))))..((((((((((((.((((.((((((........)))..))).)))).)))).........))))))))......(((((..(((((......)))))..)))))...((((((....(((((....))))))))))).....))))))))).))).))).(((((((.(((((((.(.(((........))).).))......(((((((.(((((...((((((((((((.(((((((.((((((((((((...(((((((((((...........)))).))))))).((((((...))))))((((((.........((((((.((((..((.((.....)).))..)))).))).)))...)))))).......)))))))))))).....((((((((.(((...(((((((((((((((.......)))...))))))))....))))))).))).)))))(((.....))).))))))))))))))((((((((..((.....((((((((....))))))))(((((((((.....((((((((.(((((((((((((((((((..(.((((((.........((((.(...(((((((((.((.....)).).))....))))))...).)))).........)))))).)..))).......((((((...(((..(((((.....))))).)))....))))))....)))))))).))))........))))..))).)))))...((((((((((.((((((.....))))))..............(((....)))..((.(((.....)).).)).(((((((((((((((.((((..((((..((...((((..((.((((.......)))))).....))))....))...))))..........))))..)))))))))...))))))........((((....))))((((......))))......))))).)))))(((((((....((((((...((...))....))))))..)))))))..(((((......(((((((...(((((.(((.(((............))).))).)))))))).))))......))))).))))))))))).))))))))(((((.....(((.((.(((((.(((..........)))))))).)).))))))))....)))))...)))))....)))))))..(((...(((....)))...))).(((((((.((......)).)))))))))))).)))))))((((....(((((((((((..(((((.....((((...((((...((((((.......))))))....))))))))....((((....))))((((....))))...(((.(((((((......)))))))))).((((((.....)))))))))))...)))))))))))....)))))))))).))))))))))).)))).(((((.(((((((((((((((((((.((((((...)))))).))....(((((((.((((.(((((...(((.(.((...(((((.(((((.......))))))))))....(((....)))..((((((...)))))).)).).)))..))))))))))))))))...((((((((((((((((.((.(((.(....).))))).)))).))))))))))))..((((.((((.........)))).)))).............((((((.((......)))))))))))))))))))..))))))...)))))))))))))))(((((((((.(((.....((..((((.(((((......((((((....)))))).((((.(((((....)))))))))...((((((....)))))).....)))))..))))..))((((...))))...........((((((((((.....(((.(((..(((((......)))))..))).)))..))))))))))...))).)))))))))......))))))))))))).......................)))))))))).).)))))....)))))))....)).))))...(((......))).((..(((.((((((((.((((((((((((((((.....((((.(((..(((..........)))..))).))))...))))))))))))))))..........)))))))).)))))..)))))))))).)))))...((((((((((((.....))))))..))))))....................))))))).))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..........,.((((.(((((((..(,{(((((((((((((((((((((({..{(({..{{{({{((({.........}})),})))).}},,.{||....}}}...,.})))))))),....,,,....,|||{{(((....{|||{{{{((((((...(((((((.....(((((.(((((((((((,{(((((...,,,,|}}},.}}.,|,|||...})))}.(((((((((((((..((((({{(,(({....,||},||,|},{{{||||||||{(((({({(...,(((({((({{(({...,,{,{{(((({{,{((,.{{.,{,.....||..,|}}.,{(({,,{{||||(({{{{|{(,,{{{,,,..}}}.,))}..,))))))|((...}},..((({{(((((.(({{(((...)))))))))))))))((((.(((((((((((.(((((((.....{{{.(((.(((.(((((((((((......))))}..((((((({{(((((.(((((.(((({({.........}..)))))).)),})).}))))))))))))......(((((..(((((......)))))..)))))...((((((....(((((....))))))))))).....))))))))).))).}||,,(((((({.,,,(((,.,(,{..{((((((..((({,.,,,,,(((((((,(((((...((((((((((((.(((((((.((((((((((((....((((((((....)))))))).{|{{{{{,|||,.((((((...)))))),{|,||.}}}}}.,,((((((.((((..{({((.....,)}))..)))).))).)))...,,}}},.......)))))))))))).....((((((((.(({..,((((((((((({(((.......)}}...})))))))....))))))).))).)))))(((.....))).))))))))))))))((((((((,{,{..,,.{(((((({....}))))))}(((((((((.....((((((((.(((((((((((((((((((..(.((((((.......{.((((.(.,.(((((({({{{{.....}}.}.))....)))))).,.}.)))).}.......)))))).)..)))....,..((((((.,.(((..(((((.....))))).}}),.}.))))))....))))))))}})))........))))..)))}}))))...((((((((((.((((((,...,))))))..........,...({{...,)}}..((.(((.....)).).)).(((((((((((((((.((({.{({{{..{(,,.((((..((.((((.......)))))).....)}}|...{||...})))..,,,.....))))..)))))))))...))))))........{(((....)))}{|||,.....}}}}......))))).)))))(((((((....((((((.,,{{...,).,,.))))))..)))))))..(((((...,..{((((((...(((((.(((.(((..,......,..))).))).)))))))).))))..,,..))))).))))))))),}.))))))))(((((,.,..,((.{{,(({{,,(((..........)))))))).}),})))))))....)))))...)))))....}))))))..(((...(((....)))...))),{{{{...})))),))))))))))).},))))}),,,,))}}}}},,,{((((((((((..(((((..,,.((((...(((({..((((((.......))))))..}.))))))))....(({,....})))((((,,..}}}|,..(((.(((((((......)))))))))).{||{,{.,,,,))))),)))))...))))))))))}.....,.))))))).))))))))))).)))).{((,{.(((((((((((((((((((.((((((...)))))).)}....{{((((,,((((.{((({.,,(((.{..,,..(((((.(((((.......)))))))))),,..(((....))),,((((((...}))))).}}.,.}}}},))))))))))))))}|,..((((((((((((((((.((.(((.{....).))))).)))).)))))))))))),,((((.((((.........)))).)))).,....,,.....((((((.{{......}}))))))))))))))))},,))))))...}}}},,,,||}||||,{,{(({{{..{||,...,}}},}||,|}},}}}}}}}((((((....)))))).((({,(((((....)))))))))...{{{{{{....}}}}}}..,}}}|,,}},,,,|,.,,,,}}},.})))))}}......}}||||||,,,.....{{,.,{{..|{,{{,{|...,,}},..}})}})),},))))))))))))))))))),,,,,..}))..))))))))))))).....,{{,.,{....,,.,,,.)))))))))).).)))))....)))))))....)).))))...(({......))).|,..|||}||||{{{,.((((((((((((((((.,..{((((.,,{,.,(({....}}}..)},..,))})),,.,.)))))))))))))))).,,,,.....}},},)))})))}}..}))))))))).)))))...((((((((((((.....))))))..))))))....................))))))).))))...
Back