Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001282984.2
Sequence Length
2376 nt
GC Content
0.5244
AGUUGGGAGCAGGCGACGCCGACGCGAGUCUGGCGGCUGCUGCUUGCGACUGCGGAGGCCGGGCGAGGCCGGUGAGGACGCGGCGGGCGAGCGAGAGGCCGAGGUGUUUUCUUCACUCAUGGUGAAGAAUGGGGGAGAUAGAAGGAACAUACAGAGUCCUGCAGACUGCAGGGAUGCGCUUGGGUGCCCAGACCCCUGUGGGAGUUAGCACCCUUGAGCCUGGGCAGACUCUCUUGCCCAGAAUGCAAGAGAAGCACCUGCACCUCAGAGUAAAGCUGCUGGACAACACCAUGGAAAUAUUUGACAUUGAGCCUAAAUGCGAUGGCCAGGUAUUACUGACACAAGUGUGGAAGCGUUUAAACCUGGUAGAAUGUGACUACUUCGGGAUGGAGUUUCAAAAUACUCAGUCCUACUGGAUUUGGCUUGAACCUAUGAAACCCAUCAUUAGGCAAAUACGAAGGCCAAAGAAUGUGGUGCUUCGCCUAGCUGUAAAAUUUUUUCCACCUGAUCCUGGUCAGCUACAAGAAGAAUAUACAAGAUACUUGUUUGCCUUGCAACUUAAGAGAGACCUGCUGGAAGAGCGUUUGACCUGUGCUGACACCACAGCGGCCCUUCUCACGUCCCAUCUCCUGCAGUCGGAAAUAGGAGAUUACGAUGAAACGCUGGACCGAGAGCACCUCAAAGUGAACGAGUAUUUGCCUGGCCAGCAGCACUGCCUUGAGAAGAUACUAGAAUUCCAUCAGAAGCACGUGGGCCAGACACCUGCUGAGUCGGAUUUCCAGGUGCUCGAAAUUGCUCGAAAGUUGGAAAUGUACGGCAUCAGAUUUCACAUGGCUUCUGACAGGGAAGGAACCAAGAUUCAACUGGCAGUUUCCCACAUGGGUGUACUCGUGUUCCAGGGCACCACCAAAAUCAACACUUUCAACUGGUCCAAGGUCCGUAAACUAAGCUUCAAGAGGAAAAGAUUUCUUAUCAAACUUCAUCCAGAGGUUCAUGGACCUUACCAGGACACAUUAGAAUUUUUGUUGGGUAGUAGAGAUGAAUGUAAGAACUUCUGGAAGAUUUGUGUGGAGUAUCACACCUUUUUUAGACUUUUGGACCAACCUAAGCCAAAAGCAAAAGCCGUCUUCUUCAGCCGGGGCUCCUCCUUCAGAUACAGUGGAAGAACUCAGAAACAACUAGUAGAUUAUUUCAAAGACAGUGGAAUGAAGAGAAUUCCAUAUGAAAGAAGGCACAGCAAGACCCACACGUCCGUUCGAGCUCUGACUGCAGACCUACCAAAACAGAGCAUCUCAUUCCCCGAGGGAUUGAGGACUCCUGCCUCCCCAUCUUCAGCGAAUGCCUUUUACUCGCUCUCUCCCUCCACUCUGGUCCCCUCUGGCCUGCCAGAGUUUAAGGACAGCAGCAGCUCCCUCACAGAUCCCCAGGUUUCCUACGUCAAGAGUCCAGCUGCAGAGAGGCGCAGUGGAGCAGUGGCUGGAGGCCCCGACACACCAUCGGCCCAGCCCCUCGGGCCCCCCGCACUCCAGCCUGGUCCAGGCCUUUCCACGAAGAGUCCUCAGCCUUCUCCCUCCAGCCGGAAGAGCCCCCUGAGUCUGAGCCCUGCAUUUCAGGUGCCUUUGGGCCCAGCUGAACAGGGCUCAUCCCCACUCCUGAGCCCUGUCCUCAGUGAUGCUGGCGGAGCCGGGAUGGACUGCGAGGAGCCCAGACACAAGCGCGUGCCUGCAGACGAGGCCUACUUCAUAGUCAAAGAGAUUCUCGCUACAGAACGAACAUACCUCAAGGAUUUAGAAGUUAUUACCGUGUGGUUCCGCAGCGCAGUGGUGAAGGAGGACGCCAUGCCUGCGACUCUGAUGACGCUGCUCUUCUCCAACAUCGAUCCCAUCUAUGAGUUCCACAGAGGCUUCCUGCGCGAGGUGGAGCAGAGGCUGGCACUCUGGGAAGGGCCCUCCAAAGCCCACACAAAAGGCAGUCAUCAACGAAUCGGGGACAUCCUGCUCAGGAACAUGCGCCAGUUAAAGGCUGCUCAUGAGUUCACCACGUGACCGCCCAAGGUGUGGAGCUCUGCAUAACACCAUGAAGCUGAGCCACAGUGACGACGACGACUCAAGCUCCCCCUCCUCCAUCCCUCGCCUGUCCCACCUUCUACCCAAUCCUGCGAGACUCUGGCCACUCCUCACACCUAGAGUUCCCAAGGGACUAUAGGUUUUGCUGUUCUGUGUUGAGAUAGCCCCACUUGAAGAACUGCAUUCAGCCUAGGUGCCCUUUUCCUGCCUCGACGGAAGCUGAGUCAGGUUGUUAAUGAGAAAGUUCUACUUAUCCCAAAGGCAGUUGCACUAAUUUAAAAUUGAAAUAUACACAAAUCUGUUUGAUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-776.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -823.93
Frequency: 0.0000
Diversity: 568.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((((((..(.(((((((....))).)))).)..)))))).)))))(((((((((......))))((((.(((((.((((((.((..((((((.((.(((((((((((((((...)))))))))(((((((((....((...(((.(((((((.......(((((((.(((((((((((((((((.((((.((((((((...((..(((((...((((((((......))))))))....)))).)..))(((((.....))).))...((((((((.............((((((((.(((((..........)))))..)))))))).((..(((....)))..))........((.(((((.......)))))..))(((((.((((((......((((.((..........)).)))).....))))))))))).((((((((((((...(..((.....((.(((((((((.(((((........((((((...(((((....)))))......))))))...(((((...)))))((((...)))).....(((((..((((((....((((.........)))).......))))))..).)))).((((..((((((((..........))))))))...))))....)))))..))).)))))).))...))..)..))))))))))))))))))))((((((....(((..........((((.((((((((.((((...(((....)))((((((((.((((((((.(..((((......)))).).))))))))...)))).))))......))))))))))))...))))..........)))....)))))))))))))).)))).)............)))))))........(((((..(((...(((((((((((((((.((((...((....((((....(((.....)))...))))....)).)))).)))))))))....)))).))...)))....)))))(((...(((((((............(((((((((...(((((......))))).)))))))))(((((((.(........)))))))).......)))).)))...))).(((((((((((((.......((((((...(((....((.....))...((((((((.......)))))))).)))..))))))......))))((...))........((.((((((((..((((((.((..................((((((.........((((((((((((((((................(((((...........)))))((.(((....((((((((.((....))...))))))))....))).))..((((((..(((...(((....(((...)))..)))..)))...)))))).(((((((.(..((((.((..((((((((((..............(((((........)))))....)).)))))))))).))))))))))))......)))))))))).....))))))..(((.((((.((..((((((..((.......)).)))))).)))))).)))...(((((((((((((((..........))))))))))..)))))))))))))))))))..)))))))))).))))))))).....))))))))).)))))))(((.((...(((((..((((...(((....(((........)))......)))...))))..))))).....)).)))......((((.(((.(((((........))))))))))))))))))))))...))..))))))))).(((.(((...))).)))..((((.((((((((.(((..((........))..)))..))).)))))))))((.....))..(((((((((....(((.(((((.........((((((.((((....)))).((((.((.((((...)))))).)))).)))).))..))))).)))....)))))).)))......)))))).)).(((((((.(...((....))...).))).))))...))).)))..)).))))))))))))))).............(((((((((((((.............))))))))...((((((((.((((((.(((.(((((...(((((.........)))))))))).)))...))))))))).)))))..((((.((((.(....).)))).))))(((((..((.((((((...)))).)).))..))))))))))...........................)))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,(((((((((..(.(((((((....))).)))).}..)))))|((((((((({{((((,,,...||}}((((.(((((.((((((.((,.((((((.{(.((((({{((((((((...))))))))}(((((((((.{(.{(...(((.(((((((..,,,,.(((((((.(((((((((((((((({.((((.((((((((...((...,((({{.((((((((.,,,{{||||}}}}...}))))})..),..|||}..{{|||.||,..((((((((......,,,{{,..,,,,{{{.({(({.,,...,||,}}}}}{((((((.{{,((..(((....)))..))....,,.})))))}.{{,.{,..,,)}},,||(((((.((((({.....,||(({((....)}))}.}}.,},,.....))))))))))).,(((((((((((...(..((.....((.(((((((((.(((((.{{....{(((((,...(((((....))))).....,))))}},..{{{({...})))}{(((...)))}.....(((((..((((((,...((({,.......,}))).....,.))))))..}})))).((((..((((((((..........))))))))...))))...,)))))..)))})))))).))...))..)..)))))))))))})))))))),{|||{,}}}|,,..........((((.((((((((.(((({,.(((....)))((((((((.((((((((.(..((((......)))).).))))))))...)))).))))....}.))))))))))))...))))....,,..,.)))},..)))}}})))))))).)))).},{....,,....)))))))........(((((..(((.,.(((((((((((((((.,,,,...,,....(((({,..{,|,,}},,},.,,||||.....)})))).)))))))))....)))).)).,.)))....)))))(((...(((((((............(((((((((...(((((......))))).)))))))))(((((((.{........}))))))).......))))}})).,.})),(((((({(((,{(.......{{{{|{..,((,,{......}}.,,.,.,,.||||.......{((((((.......))))))).,}..{{{{(((...{,..{{{......|||,|||,,,((((((..,,..............)))||}.||....{{{{.,,||||,(((((((((.,{,.,..........(((((.,{.....,|.}}||}{{,(((,{..((((((((.((....))...))))))))...,))}..|..((((((..(((...(((....(((...)))..)))..)))...)))))).|||||||,{..|(((.((..{(((((((((...{,.......,,(((((.,......)))))....)).)))))))))).)))))))}})}}......))))))))))}}}}}),,,}|,.,,,}||,|}||,}|||||({{{(.(({{{{{{.||||||.|||,,,.))),}.(((((((((((((((..........))))))))))..))))),||}|||||}},))}})}))))),))}})))}))}),,,,.))))))))).))))))),{{.({...(((((..((((...(((.,..(((........)))..,...)))...))))..))))).....}},}|||||..,((((.(({.(((((........))))))))))))))))))))))...))..))))))))}.||,.{,,{{{,||,..|{{({((,{,,,(((({{{({(.(......}.))}})))}})),})))}}))).|||....,|,.(((((((((....(((.(((({....,...,((({,{.{|||,.,,}}||.(({(.({{{{{,...}))))).)})).)))).},..))))).)))....)))))).))).}}...}))))).}}.(((((((.,...((....))...}.))),,)))...)))}}))..)).))))))))))))))).,,..,,,...,,|,,{.((((((((.............)))))))),,.{(((((({.((((((.(((.(((((..{,,(.{......,,})....))))).)))...))))))})).))))}..((((.((((.{....}.)))).)))).......,{{({,,,,,,,,})).},.,...,)))))))),.,,,{,......,,.........,...,,,,}.,}.,}}.
Back