Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001284325.2

Sequence Length

2044 nt

GC Content

0.6057

ACAGUUACGCGCCGCACGGAUCAUGGCCGCAGCCGCUCUGGGGCAGAAGCAUGGCUGCAAGGCUGAGCAGUCUAGAUGUCGCCACCCAAAGGCAAUCUGGGGACCCACGCUCUGAUCACCCCGGAAUCCCUGGAGCCUCACACCAGCAAGACCACGCUGCAGGCCCAUCUCCCAGCAACUCACCUAGCGACAAGUGACCACGCCCAUUCACGUCCAUCUUCCAGAAUCAGUGCCAACUCACCCAGCUCACAGGGCAGGCCAGGCCAGGCCACUCUGUCUCUCUCAACCUCACGCCCCAACGCCUCCCCACAGGGCUGGGGAAAGAGGCCUUGUGAGGUCAAAGGUCACCAGAGAGGGCCCAGCCUGCUGGACACAGCCAGACCUGCUCUUCCUACUCCCCUCUGGGAGGACCCGCCUGAGCCUCAUGCAGUGAGGACUGCAGUGGCUCCCCAGGCCCCUGUAGCUGCCCCUCAGCCCCAGGGGCUGAAGGGAAUUGGAGUCACUGCCAAAAUGGGUUUGUAUUUCAGAUCUGGGCACGAAAGCUUCUCUCUGUCCCUUGGCUUCUGUGUGGUCCCAGAAGAUAUGCCUCCUCCAGUUUCAAGGCUGCAGACCUGCAGCUGGAAAUGACACAGAAGCCUCAUAAGAAGCCUGGCCCCGGCGAGCCCCUGGUGUUUGGGAAGACAUUUACCGACCACAUGCUGAUGGUGGAAUGGAAUGACAAGGGCUGGGGCCAGCCCCGAAUCCAGCCCUUCCAGAACCUCACGCUGCACCCAGCCUCCUCCAGCCUCCACUACUCCCUGCAGCUGUUUGAGGGCAUGAAGGCGUUCAAAGGCAAAGACCAGCAGGUGCGCCUCUUCCGCCCCUGGCUCAACAUGGACCGGAUGCUGCGCUCAGCCAUGCGCCUGUGCCUGCCGAGUUUCGACAAGCUGGAGUUGCUGGAGUGCAUCCGCCGGCUCAUCGAAGUGGACAAGGACUGGGUCCCCGAUGCCGCCGGCACCAGCCUCUAUGUGCGGCCUGUGCUCAUUGGGAACGAGCCCUCGCUGGGUGUCAGCCAGCCCACGCGCGCGCUCCUGUUCGUCAUUCUCUGCCCAGUGGGUGCCUACUUCCCUGGAGGCUCCGUGACCCCGGUCUCCCUCCUGGCCGACCCAGCCUUCAUCCGGGCCUGGGUGGGCGGGGUCGGCAACUACAAGUUAGGUGGGAAUUAUGGGCCCACCGUGUUAGUGCAACAGGAGGCACUCAAGCGGGGCUGUGAACAGGUCCUCUGGCUGUAUGGGCCCGACCACCAGCUCACCGAGGUGGGAACCAUGAACAUCUUUGUCUACUGGACCCACGAAGAUGGGGUGCUGGAGCUGGUGACGCCCCCGCUGAAUGGUGUUAUCCUGCCUGGAGUGGUCAGACAGAGUCUACUGGACAUGGCUCAGACCUGGGGUGAGUUCCGGGUGGUGGAGCGCACGAUCACCAUGAAGCAGUUGCUGCGGGCCCUGGAGGAGGGCCGCGUGCGGGAAGUCUUUGGCUCGGGCACCGCUUGCCAGGUCUGCCCAGUGCACCGAAUCCUGUACAAAGACAGGAACCUCCACAUUCCCACCAUGGAAAAUGGGCCUGAGCUGAUCCUCCGCUUCCAGAAGGAGCUGAAGGAGAUCCAGUACGGAAUCAGAGCCCACGAGUGGAUGUUCCCGGUGUGAAGCUGCAGGCUGUGCUCCAGAUCCACCGACCCGUAGCAUCUCGUCACGCCAGCACUCGCCUCCCUACCAAUGACUCACCUGAAGUGCAAUACGAAAUAAAAGGCCAGCGGGCGGCGUCUGGGUCUCUGGCGCCCCCAUGUGGUUGCGACACUCCCAAAGCCGUAAGGGCCGACCCAGGCAUCUUGGCCCCCAGCCCCUCGUCGCGGGUUCAGGUCCGCCCAUUACUCCUUGUCGUGCGGUCAAGGAUACACCUUGGCCCCGAUUCCGGAUCUCUCCGUUCUCAGGCCAGACCCCUGGUGCUGCCGUUGAUUUUUUUUUCUCUGUCUUUGCUGCAAUUUUGAAAUAAAAUGCCAAAGAACACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-818.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -856.24

Frequency: 0.0000

Diversity: 560.10

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..(((((((.((.(((((((((.((..((((((((((((((((.....((((((((((........))))))...)))).(((.......)))..(((((((................)))))))..))))))))).......((((........))))..(((((((.((((........(((((((....(((((((.(((((..(((((.....(((((((....((((...((((((.((((...((((((..(((.((((((((...(((...((((.(((((((...(((((..((((.......)))))))))...))))..))).))))...((((....((((((((((((((...((((....))))(((((((((((((((((........))))))))...))...((((((((...)))))).))(((((((((((((.((((((((..((((.....))))..))))))))...)).....)))))))))))......)))))))..........)))))).........))))))))..))))(((((((((((((...((.......))...))....(((((..(((((((....))))))).))))).))))))))))).....))).))))))))..)))..).)))))(((.((((...........)))).)))..))))..((((((...(((((((((((((((((..(......)..))))))))))((((..(((.....((((((((((...(((((((.((....((((...((((..((...((((((((.((((((.(....((........))..).))))))..((((..((((......)).))..)))).((((....))))))))).)))..)))))).))))...))...)))))))..))))).)))))(((((((......))..)))))..))).))))((.(((((((.....(((((..(((.(.....).)))..)))))))))))).))((((.(.((((((((........))))).))).).))))......)))))))))))))..))))))...))))...)))))))...)))))...(((((........)))))(((((((((......))).))))))))))).))))....)))....)))))))))))...)))))))..((((...(((((........)))))...)))))))))))..)))))))(((((((((((((((..(((((((.((....(((((((((..(((.((.(((((((((...........)))))))))(((((((((((((.(.(((((((((((((...((......)).((((((..((((((..(((......)))....)))).))..))(.(((((((((...(((((.((((.((..........(((.(.((.((((((((((..((((((((.((.((.(((((....((....(((.(((((((........)))..)))))))((((((..((((((......))))))((.(((((.((((......))))..((((((((((((((((.((((((((.....)))))....)))))).))))......)))).)))))...))))).))...))))))))..))))).)).)).))))...))))..).))))))))).))).)))...........)))))))))))...))))))))).)..................))))))))))).))))))).)).)))))))))))((.(((((((.............))))))).))(((......))).)).)))..))))...)))))..)).)))...)))).))))).))).....((((.(.((((((((.....)))))))))))))..((((....))))......)))))))......)))).)))).)))))..........((((((((..(((.(((......))).)))))))).)))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

..{((((((.((.(((((({((.((,,((((((((((((((((|||,.||,{((((((..,,,,..}})))),,,||||,(({.......))}..{((((((...{,.....}}....)))))))..}))}|}}||,,.....((((........))))..(((((((.((({,......,{((((((....{((((((.(((((..{(({{((((,.{((((..{((((({.....,,.{{{{{,...((((((..(((.((((((((...(,({.,,(((.(({((((...(((((..((((.......)))))))))...))))..})).)))).},((((....(((((((((({{{(,{{((((....)))){||.,,,{,((((((((........))))))))...|,,,}((((((((...)))))).))(((((((((((((.((((((((..((((.....))))..))))))))...))}....}))))))))))......|||||{{.....)))}}))))))......},,})))))))..))))(((((((((((,({..,,,..,....,.,,,...,.,{(((..(((((((....))))))),))))).))))))))))).....})}.))))))))..)))..))))}))|||.|||||.,,...,,..}}}}.}}}..)))))),,))))})))}.||,.((((((((((..,......}..)))))))))).,,.....{{{,{.((((((((((...(((((((.{{....((((...(({,.....,,{({(({{..{{||{|,,,,,(((..,,.,{.{{{{||((({....{(((.,((((,.....}}.))..)))}.}|,)}})...))).,))))))}))))))).))))...}}...)))))))..))))).)))))...((((((.(((((..{.((((..,...,..))))})))))..))))))...{((({({{.{.|.||,..||(((((((((({{{((((.(.((((((((........))))).))).).))))..}}},,.,,......,)))))))))))).,,)}.,,,)))))))}.)))))...(((((........)))))(((((((((......))),,)))))))))).)))),...}}}....)))))))))))...)))))))..(({(...{((((........)))))...)))))))))))..))))))){{{(((({{{(((({..((((|{{||({{..,|||(({({..(((,{.,(({{{{|||,,..,}},},,}}}}}}}}|(((((((((((((.(.(((((((((((((...((,.,...}|,(((,,|..,|{{|||.{,{.{{{,.,,},.,.,)))}).,||}(.(((((((((...(((((.((((.((..........{({.(.((.((((((((((,,((((({({,((,((,((((((,,(,(,.{{({|{(({{,{|,,..||,,)),|}}))),,{((((((..,{((((......)))||{((.(((((.{(((......)))}..((((((((((((((({{(((((((({....)))))....)))))),})))......)))).)))))...))))).))}},))))))...,))))),)),)).))))...}}}}..).))))))))).))).))).}........,)))))))))))...))))))))).).||...............},}}))))))).))))))).)).)))))))))))|,.||||||||,|,,..,,....}|}}|||,{{(({{{,,..|||..,.}})}}},,|{{{|},,,..),))))}..)))).))))})})).....((((.(.((((((((.....)))))))))))))..((((....))))......)))))))..,...)))).))))},)))}..........{(((((((..(((.((({,...,)))}))))))))},)}..