Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001284526.2
Sequence Length
1246 nt
GC Content
0.5570
AGUUGUUUGCGGGCGGCCGGGAGAGUAGCAGUGCCUUGGACCCCAGCUCUCCUCCCCCUUUCUCUCUAAGGAUGGCCCAGAAGGAGAACUCCUACCCCUGGCCCUACGGCCGACAGACGGCUCCAUCUGGCCUGAGCACCCUGCCCCAGCGAGUCCUCCGGAAAGAGCCUGUCACCCCAUCUGCACUUGUCCUCAUGAGCCGCUCCAAUGUCCAGCCCACAGCUGCCCCUGGCCAGAAGGUGAUGGAGAAUAGCAGUGGGACACCCGACAUCUUAACCAGGCGGCACUUCACAAUUGAUGACUUUGAGAUUGGGCGUCCUCUGGGCAAAGGCAAGUUUGGAAACGUGUACUUGGCUCGGGAGAAGAAAAGCCAUUUCAUCGUGGCGCUCAAGGUCCUCUUCAAGUCCCAGAUAGAGAAGGAGGGCGUGGAGCAUCAGCUGCGCAGAGAGAUCGAAAUCCAGGCCCACCUGCACCAUCCCAACAUCCUGCGUCUCUACAACUAUUUUUAUGACCGGAGGAGGAUCUACUUGAUUCUAGAGUAUGCCCCCCGCGGGGAGCUCUACAAGGAGCUGCAGAAGAGCUGCACAUUUGACGAGCAGCGAACAGCCACGAUCAUGGAGGAGUUGGCAGAUGCUCUAAUGUACUGCCAUGGGAAGAAGGUGAUUCACAGAGACAUAAAGCCAGAAAAUCUGCUCUUAGGGCUCAAGGGAGAGCUGAAGAUUGCUGACUUCGGCUGGUCUGUGCAUGCGCCCUCCCUGAGGAGGAAGACAAUGUGUGGCACCCUGGACUACCUGCCCCCAGAGAUGAUUGAGGGGCGCAUGCACAAUGAGAAGGUGGAUCUGUGGUGCAUUGGAGUGCUUUGCUAUGAGCUGCUGGUGGGGAACCCACCCUUUGAGAGUGCAUCACACAACGAGACCUAUCGCCGCAUCGUCAAGGUGGACCUAAAGUUCCCCGCUUCCGUGCCCAUGGGAGCCCAGGACCUCAUCUCCAAACUGCUCAGGCAUAACCCCUCGGAACGGCUGCCCCUGGCCCAGGUCUCAGCCCACCCUUGGGUCCGGGCCAACUCUCGGAGGGUGCUGCCUCCCUCUGCCCUUCAAUCUGUCGCCUGAUGGUCCCUGUCAUUCACUCGGGUGCGUGUGUUUGUAUGUCUGUGUAUGUAUAGGGGAAAGAAGGGAUCCCUAACUGUUCCCUUAUCUGUUUUCUACCUCCUCCUUUGUUUAAUAAAGGCUGAAGCUUUUUGUACUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-444.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -466.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 230.09
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((((((((.(((.((((..((.((((.((((.(((......((((((((((((((.......))))...(((((((((((....)))).....(((((....)))))...((((((((..(((((....((.((((((...))).).)).)))))))..))))).)))(((((((((.((...(((.((((((((((((...(((((...(((((.(((((((.(.(((....))).).)).)..)))).)))))......)))))........))))))...)))....))).)))..))))).)))).))..)))))))..((.(((((.((....))...))))).)).)))))..((...(((((......)))))..))...(((((((((..(((...)))...))).))))))(((.(((....))).))).))))).......)))))))....))))))..)))).....(((.((((.................)).)).)))((((((.....)))))).......))).)))))))).)))).(((((((((((........(((((...........)))))...(((((((((....(((((((.((((((.(((......))))))))).(((((.((((.((((((((((.......(((.(((...))))))...(((((...((((((((((((((........)))))))).......(((.(((((((((((((((.((......((((.(((((((.(((((((((((((((((........)).))))).(((.....)))...)))))).)))).))))).((((((.........(((((.(.((((.((((((((((((..((((..((((.........(((......)))..))))..))))))))).......)))))))((((((((....)))))))))))).).)))))))))))......)).))))..))))))))...((.....))((((((.((.....(((((....)))))))))))))......))))))))))))))))))..)))))....))))).(((....)))(((((((((.(((..(.(((((......))))).)..))).))).))))))........))))))))...).)))))...............))))))).))))........))))).)))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.((((((((.(((.((((..((.((((,((({{(((......((((((((((((((.......})))...(((((((((((....}}}}.....,((((....))))|...((((((((..(((((...({(,{{.{{(,..))).).)).},)))))..))))).))),((({((((.({...(((.((((((((((((...(((((..,(((((.(((({(({(.(((....))).).)).)..)))).))))).,....)))))........))))))...)))....))).)))..}))))},))).}),,)))))))..((.(((((.{(....},...))))).)).)))))..{,...(((((......)))))..||...(((((((({..{{{...},,.,,))))))))))(((.(((....))).))).))))).......))))))}.,,.))))))..))))....,(((.((((.................)),}).)))|(((((.....)))))}.......))).)))))))).)))).(((((((((((........(((((.,.......,.)))))...(((((..,,.,,.(((((((.((((((.(((......))))))))).(((((,.((((({...{(({({{,,...((,{(((...))))))...(((((...((((((((((((((........)))))))).......(((.((((((((({{((((,((....,.,,{{.|,(((((.{(((((((((((((((({......})).))))).(((.....)))...)))))).)))).))))).{(((((.........(((((.(.((((.((((((((((((..((((..((((.........(((......)))..))))..))))))))).......)))))))((((((((....)))))))))))).).)))))))))))..,{|.},.))),..}}))))}|...{{....}},{(((((.((.,,..({{,,....))))})))))))}.,,,..))))))))))))))))))..)))))....,}}}}}||||,.,|,|{{{{{{(({.(((..{.(((({......))))).)..))).})).}||||||{.,,,{(({{..}}}...,.,))))))})}}.}}}})},.))))))).,})|....,...))))).)))))))))))....
Back