Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001286044.2
Sequence Length
1991 nt
GC Content
0.3546
AGAGGAGUCCCGCGUUCGGGGAGUAUGUCAAGGCCGUGACCCGUGUAUUAUUGUCCGAGUGGCCGGAACGGGAGCCAACAUGGCAGCGGGGUUCGGGCGAUGCUGCAGGAGUUCACCGAACAGCAGAAAGAAUUUCAAGCUACUGCUCGUAAAUUUGCCAGAGAGGAAAUCAUCCCAGUGGCUGCAGAAUAUGAUAAAACUGGUGAAUAUCCAGUCCCCCUAAUUAGAAGAGCCUGGGAACUUGGUUUAAUGAACACACACAUUCCAGAGAACUGUGGCUUAUUGUGUAACAGAACCUGGAGCAGGCUCUGAUGUAGCUGGUAUAAAGACCAAAGCAGAAAAGAAAGGAGAUGAGUAUAUUAUUAAUGGUCAGAAGAUGUGGAUAACCAACGGAGGAAAAGCUAAUUGGUAUUUUUUAUUGGCACGUUCUGAUCCAGAUCCUAAAGCUCCUGCUAAUAAAGCCUUUACUGGAUUCAUUGUGGAAGCAGAUACCCCAGGAAUUCAGAUUGGGAGAAAGGAAUUAAACAUGGGCCAGCGAUGUUCAGAUACUAGAGGAAUUGUCUUCGAAGAUGUGAAAGUGCCUAAAGAAAAUGUUUUAAUUGGUGACGGAGCUGGUUUCAAAGUUGCAAUGGGAGCUUUUGAUAAAACCAGACCUGUAGUAGCUGCUGGUGCUGUUGGAUUAGCACAAAGAGCUUUGGAUGAAGCUACCAAGUAUGCCCUGGAAAGGAAAACUUUCGGAAAGCUACUUGUAGAGCACCAAGCAAUAUCAUUUAUGCUGGCUGAAAUGGCAAUGAAAGUUGAACUAGCUAGAAUGAGUUACCAGAGAGCAGCUUGGGAGGUUGAUUCUGGUCGUCGAAAUACCUAUUAUGCUUCUAUUGCAAAGGCAUUUGCUGGAGAUAUUGCAAAUCAGUUAGCUACUGAUGCUGUGCAGAUACUUGGAGGCAAUGGAUUUAAUACAGAAUAUCCUGUAGAAAAACUAAUGAGGGAUGCCAAAAUCUAUCAGAUUUAUGAAGGUACUUCACAAAUUCAAAGACUUAUUGUAGCCCGUGAACACAUUGACAAGUACAAAAAUUAAAAAAAUUACUGUAGAAAUAUUGAAUAACUAGAACACAAGCCACUGUUUCAGCUCCAGAAAAAAGAAAGGGCUUUAACGUUUUUUCCAGUGAAAACAAAUCCUCUUAUAUUAAAUCUAAGCAACUGCUUAUUAUAGUAGUUUAUACUUUUGCUUAACUCUGUUAUGUCUCUUAAGCAGGUUUGGUUUUUAUUAAAAUGAUGUGUUUUCUUUAGUACCACUUUACUUGAAUUACAUUAACCUAGAAAACUACAUAGGUUAUUUUGAUCUCUUAAGAUUAAUGUAGCAGAAAUUUCUUGGAAUUUUAUUUUUGUAAUGACAGAAAAGUGGGCUUAGAAAGUAUUCAAGAUGUUACAAAAUUUACAUUUAGAAAAUAUUGUAGUAUUUGAAUACUGUCAACUUGACAGUAACUUUGUAGACUUAAUGGUAUUAUUAAAGUUCUUUUUAUUGCAGUUUGGAAAGCAUUUGUGAAACUUUCUGUUUGGCACAGAAACAGUCAAAAUUUUGACAUUCAUAUUCUCCUAUUUUACAGCUACAAGAACUUUCUUGAAAAUCUUAUUUAAUUCUGAGCCCAUAUUUCACUUACCUUAUUUAAAAUAAAUCAAUAAAGCUUGCCUUAAAUUAUUUUUAUAUGACUGUUGGUCUCUAGGUAGCCUUUGGUCUAUUGUACACAAUCUCAUUUCAUAUGUUUGCAUUUUGGCAAAGAACUUAAUAAAAUUGUUCAGUGCUUAUUAUCAUAUCUUUCUGUAUUUUUUCCAGGAAAUUUCAUUACUUCGUGUAAUAGUGUAUAUUUCUUGUAUUUACUAUGAUGAAAAAAGGUCGUUUUAAUUUUGAAUUGAAUAAAGUUACCUGUUCAUUUUUUAUUAGAUAUUUUAAAGACUUCAGAAAAUAUAAAUAUGAAAUAAUUUAAGAACCCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-484.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -525.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 629.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((..(((((((((((.(.(((((..(((..(((((.(((.....((.(((.((((((.......).))).)).)))))))))))))..)))..))..)))..).))).)))))).)).....(((((((.(((....))).).))))))((((..(.(((.....))))..))))(((((((((((((((.(((((.......)))))....(((..((..((((((((....((.(((((.....((((((((((((....))).))))......)))))....))))).))..))))))))..))))).((((......))))..(((((........((((((((........(((((((((((..((.((((..(((((((((((..(((((.((((((...(((((((((((.(..((..............))..).)))))))))))(((...((((((((.(((.((..........)))))))))))))...)))...((((((((.(((((.(.....).)))))..((((..((((((.((((.(((((((((((.(((((.(((.....(((((......((((((((((..((((((((((((((.(....).))).)))))...))))))..))))...((((.((.((((((......))))))..))))))..........((((.(((((.((..(.(((((.....))))).)...)))))))))))..)))))).......)))))...((((((((((((((((((...(((..((..((((.(((((((((((((((..((((((...)))))).))))))).................(((((((((((((..(((..((((..........))))((((((.....))))))))).))))).....)))))))).(((.(((..(((((......)))))..))).))).(((.((((......)))).)))(((((.(((((...))))).)))))....)))))))).))))..)).))).))))).....((((..((((.....))))..)))).............................))))))))))..))).........)))))))).))))))))......))).)))).))))))..)))).....((((((((((((......)))))).........))))))..((((((((((.(((((((.(((((..(((((....)))))((((((..(((...((((......)))).))).))))))((((((..........)))))).....))))))))))))...))))))))))))))))))......(((((((.(((((((..((((.((((((((((((((((((((.((((((((((.((((.(.....).)))).))))))))))))))))))((((...)))).....((((.((((((((((((.................)))))).)))))).))))...((((((((.(((((((.....)))))))..(((((....)))))...............))))))))...(((((....)))))..............)))))))))))).))))..)))..))))..)))))))))))))..))))).)))..................)))))))).)))).))....))))).))))))........)))))))).....))))).....((((..((((...........))))..))))..)))))))))...)))))).......((((((((..((((((.....))))).).....))))))))........(((((........)))))((((((...(((.((((((........)))))).)))..)))))).........))))))....................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(({(((,,({{{(((((((.{.,({({..{{{.,||{((.({{,.,{{((((((,,..,((,...,.|,.((({...)))).})}))}))}})))}})).|))).,,,))).)))))).||,{{{{(({({{{.(((....))).}.}}}},,((((..(.(((.....))))..))))(((((((((((((({.(((((.......)))))....,,...,,..((((((((....({.(((((..{,.(((((,,.,.,(((......},))}.....)))))..,,))))).))..)))))))).,||,}}.{(((,,,..,||||,,(({{{...,..,.(((((({(,.......{{{(((((((({.{(,({((,,((((({{{(({..{{{||.,|||||...,{{||||{|||.,|||||},}}},,||{,..,|{,{,||||}}},,}}{({...((((((((.(((.((.........,)})))))))))))...))),,.,||||,,,.,{((({({{.,{|,|||||,.{(({..{(((((.,,(({((|(((,{((({{({(({(((...,,,,,,,,,,,..{{((({((((..((((((((((((((.(....).)))}}}})}...))))))..))))...{(((,{{,((((((......))))))...,||||{{,,..,,,|||{,((((((.((.,{.(((((.....))))),)...))))))))}}},,))))}}|||,,,,||{{|{,,({((((({{{{{((((({...|||,..,,,||||,{{|||||{(((((({..((((({...}))))).))))))).,,.,,,.,,,{{,,..{((((((({{(((..((({{{{((,,,.,,,.,,}}},|{((((.....))))))))).))))).....)))))))).|{{.(((..(((((......)))))..))}.}}}.{{{.({{{..,...}}}}.}})|||||.|,,})))))))))})..))}.,,)))}}))),)}))..}).}}}.}}}}}.,...(({{..{{{,.....}}||.,||}|,,,.,....................,,,.,}})))}}}}|,,,,.........|)})))}}.},||||||.....,))},)),}.}}}}}}..}}}}.....((((((((((((......)))))).........))))))..((((((((((.(((((((.(((({,,{{{{{..,,}}},|{(((((..(((...((((......)))).))).}))))|{(((((..........)))))}}....})))))))))))...)))))))))),}}}}}}},},,,||{{{{{|,|||{|{{..((((.(((((((((((({((((((((((((((((((.((((.{.....}.)))).))))))))))))))))||((({...})))}|,{{(((({((((((,,,,|}}.,}},,}}})},|{{{|||,,}.,}}}))}))))...,(((((({.{((((((.....))))))}..(((((....)))))...............,}))))}}...(((((....)))))..............)))))))))))).))))..}},..}}}}..}}})}}}}}}}}}..})}}},})}.....,,..,,,....|,}))))))).)))),)).,,}))))),))})))}}}.,...)))))))).,.,.))))).....((((..((((...........))))..))))..})))))))},,})))))}.......((((((((..((((({.....}}},}|}}}.,.))))))))|||,{|.,|,((((({...((((.,{((({{(({......})}}}}}}..)))).)))))),,.,},})}}}},,{{,,,}}}|||..............,,,,....}}}},,...,,...
Back