Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001286587.2

Sequence Length

2276 nt

GC Content

0.4108

GCAACCCGCUCCAGUCCCCUUUCAUGCUGUGGAAGCUUUGUCCUUUCACUCUUCACAAUAAACCUUGCUAUCGCUCACUCUGGGUCUGUGCCAUCUUUAAGAGCUGUAACACUUACCACCAAGGUCUGCCGCUUCAUUCUUGAAGUCACUGAGACCACUAAUCUACCGGCAGGAACCAAUUCCAGACACAUUAUUAAGGUGCUGCGGAUGGCAAUCCUGCUGUCUUACUGCUCUAUCCUGUGUAACUACAAGGCCAUCGAAAUGCCCUCACACCAGACCUACGGAGGGAGCUGGAAAUUCCUGACGUUCAUUGAUCUGGUUAUCCAGGCUGUCUUUUUUGGCAUCUGUGUGCUGACUGAUCUUUCCAGUCUUCUGACUCGAGGAAGUGGGAACCAGGAGCAAGAGAGGCAGCUCAAGAAGCUCAUCUCUCUCCGGGACUGGAUGUUAGCUGUGUUGGCCUUUCCUGUUGGGGUUUUUGUUGUAGCAGUGUUCUGGAUCAUUUAUGCCUAUGACAGAGAGAUGAUAUACCCGAAGCUGCUGGAUAAUUUUAUCCCAGGGUGGCUGAAUCACGGAAUGCACACGACGGUUCUGCCCUUUAUAUUAAUCGAGAUGAGGACAUCGCACCAUCAGUAUCCCAGCAGGAGCAGCGGACUUACCGCCAUAUGUACCUUCUCUGUUGGCUAUAUAUUAUGGGUGUGCUGGGUGCAUCAUGUAACUGGCAUGUGGGUGUACCCUUUCCUGGAACACAUUGGCCCAGGAGCCAGAAUCAUCUUCUUUGGGUCUACAACCAUCUUAAUGAACUUCCUGUACCUGCUGGGAGAAGUUCUGAACAACUAUAUCUGGGAUACACAGAAAAGUAUGGAAGAAGAGAAAGAAAAGCCUAAAUUGGAAUGAGAUCCAAGUCUAAACGCAAGAGCUAGAUUGAGCCGCCAUUGAAGACUCCUUCCCCUCGGGCAUUGGCAGUGGGGGAGAAAAGGCUUCAAAGGAACUUGGUGGCAUCAGCACCCCCCUCCCCCAAUGAGGACACCUUUUAUAUAUAAAUAUGUAUAAACAUAGAAUACAGUUGUUUCCAAAAGAACUCACCCUCACUGUGUGUUAAAGAAUUCUUCCCAAAGUCAUUACUGAUAAUAACAUUUUUUCCUUUUCUAGUUUUAAAACCAGAAUUGGACCUUGGAUUUUUAUUUUGGCAAUUGUAACUCCAUCUAAUCAAGAAAGAAUAAAAGUUUAUUGCACUUCUUUUUGAGAAAUAUGUUAAAGUCAAAGGGGCAUAUAUAGAGUAAGGCUUUUGUGUAUUUAAUCCUAAAGGUGGCUGUAAUCAUGAACCUAGGCCACCAUGGGGACCUGAGAGGGAAGGGGACAGAUGUUUCUCAUUGCAUAAUGUCACAGUUGCCUCAAAUGAGCACCAUUUGUAAUAAUGAUGUCAAUUUCAUGAAAAGCCUGAGUGUAUUGCAUCUCUUGAUUUAAUCAUGUGAAACUUUUCCUAGAUGCAAAUGCUGACUAAUAAAGACAAAGCCACCCUGAACCUGACGUCUGCAUUGUGCAUCUCAAAAUCCUAACAGCAUUAGUAUCUCCUUUUCAUUUUUAUUACCUGUUGAAAAUGGGUUUACUGAACCUGGUUCUUUCCUAUAAUUUUUGGAUUUUAAAAAAUGUGAAUCUUUUUGAUAACUCCAAAACAAAUUUUUUUUUUCUUUUUUUCCAGAUGGAGUCUCACUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUACAGUGGCGUGAUCUCAGCUCACGGCAAGCUCCGCUUCCCGGGUUCAUGCCAUUCUCCUGCCUUCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCGCCUGCCACACGCCCGGCUUAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCUUGUUAGCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUUGUGAUCCACACGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGACAUGAACCACCGCGCCCAGCCACAAAAUUGUUUUUAAAAAAACUAUUUUACAAAAUCUUUGACCGUAAUUAUUUUUAAGAUGAAAAAUAUGUUAUAUAAAUUAUAAAAUGUUACUUAACACAAAUAUAAGUAUUGAUUGCCCAAUGUUGAGAGAGAUCAACAAAUGAUAUAAAACCAUUCACUCCAAAAUUAUAAUUACAUUUUAAAAUUAAAAAAUGAAAAGCAUUAAACUUUUUAAUUUGAAAAAAAUUUAAACUCAAAAAGUUAAUUUAAAAUUAGUUACAUUUAAAUGUAAUUAAAUGCUAAAAAUCUCUCUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-623.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -666.68

Frequency: 0.0000

Diversity: 561.76

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((......(((((.......(((((((((..((..(((((((...(((..........((((((.....((...((.(((((..(((.(((((((.(((((.((((.............(((((...((((((....)))))).....)))))..........((((((((.(((.((((((.(((.........)))))).))))))...))))))))..)))).)))))....((((....))))((((((.((....((....(((((((.((..(((((((((.(((...(((.(((...........((((....))))(((((((((((((.(.((((.((.((.(((..(((((..((((....)))).)))))))).)).)))))).))))))))))))))))).)))..))).))))))))))).)))).)))..))..)).))))))...(((((.((((......((...(((....)))...)).....))))..)))))))))))).)))))))).))..)).(((((....)))))))))))(((.(((((.((.........))..))))).))).............)))..)))))))..)).))).)))))).((((((((((((((((.....))))....)))....)).)))))))......((((((((((.(((((((((.((((((..(((((....(((((.((((((((((((..((...))..))))))).(((((....(((((((.(((.((((....((.....))......))))...))).))))))))))))....(((...((((.......))))..))).((((((((((((((((((((......(((((.(((((((((((((((...((....)))))))((((((((((((((((.((.(((((((.(..((....)).).)))))))...)).)))))).......))))))).))).......((((.......))))......(((((((((....))))))))).......((((((((((((((((((((.((.....(((...))).....)).)))))......((((....))))............(((..((((.(((....))).))))..)))..)))))..........))))))))))...............((((((((((((((((.......(((((...)))))(((((...(((((((.((((((.(((((.....(((((((((((.......((((...(((((((...............)))))))...)))).....((((.((..(((((.((((........))))..)))).)..)).))))((((..(((.((((......)))).)))..))))))).))))))))...)))))))).))).)))))))...))))).))))))))...((((((((((((.(((..............................))).))))).)))))))...........(((..((((((..(((((((((..............)))))).)))..))))))..))))))))))).........))))))))))......((..(((.....))).))))))).......))))))))))))))))))))((((((((...))))))))....((((.((((...((((((((((.....((.(.(((.((((...)))).)))))))))))))))))))).)))).(((........))).(((((((......(((....))).....))))))).....(((.((((...)))).))).)))))..))))).....)))))...((((..........))))(((((((((.(((((...((....))...))).)))))))))))))))))......))))))))))))(((((.(((((....))))).))))).............)))))))(((((((......)))))))..(((((.....))))).....((((((.........))))))..)))))......))))((((((((.....((((.........))))...................((((((........))))))...((((((.((((((((..((((((.....))))))...))))))))..........(((((((((....)))))))))))))))....))))))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

{(({,..{{((({(({,,.....{{({{((((,,({..(({{{||,|||{{......,...,..,,{,....||...,,.{(((({{(({.{{,,,,..(((((.((((.............(((((...((((((....)))))).....)))))..........((((((((.(({,((((((.(((.........)))))).))))))...))))))))..)))).)))))....{{({....,}}|((((((.,,..,,|{,,,.{{{{{||,||,.{((((((((.,(({..,||,(((..{{,.{{{{.((((....))))((((((((((((,{(.((((.((.((.(((..(((({{.((((....)))).)))))))).)).)))))).)))))))))))))))))})))..))).))))))))))),)))).})}..}},,||,|}}}}}|{{({{{({((((..{{(,({{((((((.,{{.{{{(((({,.,|,,,..,,})},,))))))),.,)),))}))}))}(((((....)))))}||||,(((.(((((.((,........))..))))).)))}},,.........}}|,||}})}))..)).})).)))})),||})}|)))}}.((((.....)))).{{((((({(..,...,..)).)))))}|{{((((((.(((((((((.((((((..(((((....(((((.((((({((((((..({...})..))))))}.(((((,..{{((({.{((({.,{,,....{,.....}}......}}}}}}}},.}))))),))))))....,{{...{((({....|.}}}}..}}}.((((((((((((((((((((......(((((.(((((((((((.......{.(((((((((.{((((((((((((((((.((.(((((((,(..((....)).}.)))))))...}).)))))).......))))))).)))}....,,((((,.....,}|||......{((((((((....))))))))}..,,,..{((((((({{{{{{{{{,|||,{,,...,,|,)))}},,..,{,.,,}}}......(({{....}}}}..,.,,......(((..((((.(((....})).))))..)))..,|||||||||,||||}}}}}}}}}}...........,{,|{{{|||{||||||||}.......|||||,,,))}},{{{||||,{{|||{{{(({{{(,(((((,,,..{{{||||||||,,,....{(((...(((((((...............))))))).,,)))},,}.,{{||,||,}||(((,((({..,,,,,,|||}..}}}}.}..}),)}}}.||||}|{{.||||,,,...,|||,}}}...,,}))){|||||}}}..,||}||||},||}.}})))})}},)))}}.,..}}}}}}..((((((((((((.(((......,,.....,.....,}.....,...))).))))).)))))))...........,,,..((((((..(((((((((..............)))))).)))..))))))..))))))))).}........))))))))))}......{,..{{{...,,))}.,,))))).......})))))))))))))))))))((((((((...))))))))....((((.((((...((((((((((.,...({,,.{((.((((...)))).)))))})))))))))))))).)))).{{{.|,..,..||}.(((((((......(((....)))....,))))))}.,}},|{|,||{,...,}}),)}}.)))))..))))).....)))))...((((..,....,..))))(((((((((.(({((,{.((....))..,)}),)))))))))))))))))......))))))))))))(((((.(((((....))))).))))).{{{,...,}}}.}})))}|{{{{{{,.,,,}}},,|((((.(((((.....))))}.))))|{{{{{.........}}}))|,,|.,}},.,,.,}}}|((((((((......,{{,.........,,}.................,.((((((........))))))...((((({.((((((((..((((((.....)))))).,.)))))))).........,(((((((((....)))))))))))))))....)))))))),.