Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001286588.2
Sequence Length
3646 nt
GC Content
0.4054
CUCCUUGCCGCCCAGCCGGUCCAGGCCUCUGGCGAACAUGGCGCUUGUCCCCUGCCAGGUGCUGCGGAUGGCAAUCCUGCUGUCUUACUGCUCUAUCCUGUGUAACUACAAGGCCAUCGAAAUGCCCUCACACCAGACCUACGGAGGGAGCUGGAAAUUCCUGACGUUCAUUGAUCUGGUUAUCCAGGCUGUCUUUUUUGGCAUCUGUGUGCUGACUGAUCUUUCCAGUCUUCUGACUCGAGGAAGUGGGAACCAGGAGCAAGAGAGGCAGCUCAAGAAGCUCAUCUCUCUCCGGGACUGGAUGUUAGCUGUGUUGGCCUUUCCUGUUGGGGUUUUUGUUGUAGCAGUGUUCUGGAUCAUUUAUGCCUAUGACAGAGAGAUGAUAUACCCGAAGCUGCUGGAUAAUUUUAUCCCAGGGUGGCUGAAUCACGGAAUGCUAUAGCAACUAGAUUCCACCACUUUGGGCUUUUACACAGAACUACAGUAUGAUCAGCUUGGUUGAAGUUUGGCACUCGACACUCUGCUCAAUUGAAGACAUAUGCACAAAAUCACUUACCACAUUUUUUAACCUGUUUUUCACACUGGGUAGGCCUGUAAUAUUUGCAUAAAAAUAUGAAAAGCAACCUUCUGCAGGGAGAGAAGGCAAUUAAAAGAUGUUGCGACCUUUCUUUCUGCAGCAUUUCAAAGCUUAAAGUUUUCUUGGCACGCUUUUCAAACGCCCAUCUGACUUUGAAGCAGGCUGCCUCUCCACAGAAAGCUUGCUCCAGCAAUGACUAAAGGAUUGACCUGGUGCCAUGCAUGCUGCUCUGCACAAGAAGGACAUUUGGAAAUGACCUUGAAGCGAAGUUUUGCCAAGUUGAUGAAAUACGGGCCUUCAAGAAGUGCCAUUUCUCAAGCGAUGUACAGAAGGGUAUCCGCAGCAUUGUCAAAAAUUACCCCUUAAUUUGGUGUUGGAUGAACAUGAAUUUUUAACCUCCAUAAGGAAUGAUACUUGCUCUUGAUUUUAUUAGUUGCAUUUUGUAACAGGUUGGAAAAAUUAGGUAAUGGAGAACUUUGGCAUACCACUUUUGUUUCUUUUAGGUGAUUUUUAAAAAACAUUUGCUGAAGGAGAGGUUGAUGCUCAAAGGGUACAGUGAUAAAUGGAGAGACGGGAGUUUAAAAUGAAGGAUAAGCCGCAAAUGAGGAUGAAGUUAAUGGAUAGAGAAAAGAUGGGAGGAAGAGGUAUCUCUCUUUACUCGUAAGCUGCCCAUCGAUAUGAUUUAGACUCUAGGAGAGGGGCGUUUCUUUCCUCAGUAGGCACACUCAUAGAGUAAACUGUUGCCGCUGUUUAAACAUGUUAAUUGAUGUUGACACCAGUUGUUGCUAUACAGUUUUCCAUUUUACUGAGCGAUGUAUUUAUGUUGCUGCAUAAUGUCGCCUGAUUGCACUUCUCAUGCUGGUGAAGUUGGCUGACAUUUCAGGCUCUGGAUAACAUGAAGCUGUGCUUUAACCUUAUUUGGAAGUCAGGGUUAGAGUGGCACUGGAAGGUCUCCUUCAGCUUCCCUUCCUGUGACCUGCCUACUAUAACCCUGGCAAGGCUGAGACAGUCCAAGUUUGGGGCAGUCAAGGUGGGACAGCAGAAGAUUUCAGGGUACAAGUCAUCUAUUCUCUUAUGCCAGCUCUCAGAUUUGUAUAUAAAAUCUGAUUCUACACUUCUUUUAACAAAUAAUAAAUAAAUAAAUAGGACCAUCCAACCCCUCUAGAGCUCUCUAAGGAGACUGUAGAAGACUUGUGGCCACUCUCAUUUUAAAGAUUCUAAUAAUCUCCACAAAGUAAUCCUGGGAAACAUACAUCUGUAAGACCAGGGAAACAUACUGGCAAUAGCAACUUCCCAGAACAUUCCUUUUUACACUGCCUGGGAUUUUUCAAUAAGAAAUUUGGCAUUUCUGUAAAUUUAAAGUGUAUUCAGUAAAAUUAAUGCGUUUUUUUCUUAAAAGCUCAAGCCUUCCAGACUCAUCAUUUUGUAGUUAAAAAAGUAAGCCAUGCAACUGAGAUAAAAGUCAAAGUUAUAGAUUAUAACUGUUUGCACAACUGUUCACAUUUUUAACUUUUUUUAUUUUUUGGAGACUUUUUAAGAGUCUCACUGUGUCAUCCAGGCUGGAAUACACAGUGGCACUAUCAUGGCUCACCACACCCUUAAACUGCAGGGCUCAAGCAAUCCUCCUGCCUCAGCCCCCCAAGUAGCUGGGACCACAGAUGUGGACCACCACCCCUGGCUACUUUUUUAAAAAUUUUUUUGUAGAGACAAUGGGCUCACUAUGUUUCCCAAGCUAGAGACAAUGGCCUCAUUAUGUUUCCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGGCCUCAAGCGAUCCUCCUGCCUCAGCCUUCCUGAAGUCCUAGGAUUACAUGCAUGAGCUACCACACCCAGCCCCUGCUCACAUUUUAUAUAGUAACUUAUUUUAAGAAUAGUAAAGUAUUUGCAAAAUAGUUUUUUAAUACAGUAAUUUAUUAUAUAUUGAAAUCAAGCUUGAUGAUAUUUCAUUAGGUUUUGCUGAGUGUCAUAUGCUAAGUUAUUUGCUUAUGAAUUUUUCUCCAAUUGCCUGUAUUUGGUAAGUUUGCAUGGAAAGUUCUGACAGGAAACUCAGAAAUAUUUCAUUGUUUUACCCUACUAUCUUUUUUGAUGUGUCUUAAAGUUGAUUUGCUUUAAAUUGCAGUAUCAUCCUUUUUUUCUGUACCUAAAUGUUUUUAACUGAAGAACACAAUUUCCCUCAAAACCCUCAUCCCUAAUUUAGAGCCCUCUUAUAUUAAUAUGAGUCAUUUUAAAUGUAUUUCCUGAAACACUUCUCAACUUCGUAAAUAAAAAAGAGAUAUAUCUUAGUCCAUUCAGGCUACUAUAACAAAAUAGCACAAUUGGGUGGCUUAUAAACAACAUAAAUUUAUUUAUCAUAGUUCUAGAGCCUGGGAAGUCCAAGAGCUGGGUGCCAGCAUGGUUGGGUUCUGAUGAGGAUCCUCUUCCAGAUUACAGACUUCCAGCUUCUUGCUGUGUCCUCACAUGGUGGAAGGAACAAGUAAUCUCUCUGGAGCCUCUUUUAAAAGCCCACCAAUCCCAUUCAUUGAGGAUUCCACCCCAGUGACCUAAUCACUUCCCAAAGGGCCAUCUCCUAAUGCUAUAACCUUAGAGGUUAGGGUUUCAACAUAUGAAUUUUGAGGGGACAGAAACAUUCAGCCCAUAGCAGGAUGAGAAAAAGAAAGGAAAGUACAACAAAGAACAUCAACCAUAAGGAACACCAUGACUUCUGAUAUUUAAUAUCAUGGAUCACAGAUUGUAGGAGUCGAGAAACAGAAUAAAAAGACAAGGCCCAGGCCCAGUGAGCUUUUGAUGCUUGAGGCUCCUCAUGCCCUUGCUCUCCCACUGACCUCAGUGCUCAGCACUGGCUUUCUUCUCCUGGUGAUAUUUUCCAUUUAUCUUUUGGUGUAAACAUUUUAGAGAUGAGAGAAGUAGGGAGCUUAUCAUUAUUUAGUCUGAUCAGACAAUAUCUUCACUUUUAAGUUAUGUUCAGAAUUUCAUUGUCCUGUUCUUUUUAAGAAUCAUAUGAGAUUAUUUUUGUGUAUGUGAAUAAACUAUGAAGCAUUUUCUUACAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-992.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1066.37
Frequency: 0.0000
Diversity: 996.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((....(((......)))...))))))..(((((.(((((....(((((((....((((((((((....))))))))....)).....)))).)))...)))))))))).(((((((.((.(((((((.((..(((((((((.(((...(((.(((...........((((....))))(((((((((((((.(.((((.((.((.(((..(((((..((((....)))).)))))))).)).)))))).))))))))))))))))).)))..))).))))))))))).)))).))).))((((((.(((((....((.(((((((((((((((((((...(((((.(((((((...............)))))))........((((((((((((....)))))...)))))))......))))))))))))))))..)))))))).))....)))))...))))))..((.((((.(((.(((....(((((.((.....)))))))...))).))))))).)).(((((((((((((.............((((((..(((((((((...((.((.(((((((((((((((......))))))...((((......(((((((((((((..(((((........)))))....))))))))))))).........))))...(((..((((((((((((((((((..(......)..)))))((((((((..((......))..)))))))).(((((((.........))))..)))((((...(((...)))...))))...((((.((((....)))).))))))))))......)))))))..)))....))))))))))).))..((((((.(((((..(((((((......((....))...))))))).....((((((.......((.(((((.....))))).))((((((((((......((((((..(((................)))..)))))).....)))))))))).....)))))).)))))...))))))...((((((.((((((((..(((.((((((((((((((((((.((((((((((.((((((((((.((((((((.(.(((.((((((((..((((((((((............((........)).....(((.((((.(((.......(((((..(((((((....))))))).)))))...))).)))).)))....))))))))))(((((((((....)))))))))((((.(((((((((...)))).....).))))))))....(((((........)))))(((((((((.(((((((((((((..........)))).(((((((...(((((....))))))))))))(((..((.....(((((((..((((..((((..(((..((((((.(((((((((..((((((...))))))...))))))))).((((((((((.((((((((.((((((..............)))))).)))......))))).))))))))))(((((((((.(((.....(((((((((........(((((((((...........((.((((((((.(((((((((((..(..(((((((((((((.......))))))))......................................(((...)))..........)))))..)..))))))..))))).)))))))).)).............(((((.....))))).............((((((((((((..............((((((((((.((((....))....((((((....................))))))........(((((((....(((((......(((((..(.((....)).).)))))))))).....)))))))...(((..((((((.((((((((......)).))).......((.((((((((((..(((((((((...(((((((.((((...(((.(((.....))).)))...)))).)))))))))))))))))))((((((((...))))))))(((((((..((((...))))..)))))))........))))))).))............))).))))))..)))..............(((((...(((((((((((.((((....)))).........)))))))))))..............((((....)))).))))))).))))))))))..((((.......)))).....))))))))))))))).))))))........))))))))).......))).))))))))))))))))))))))..))))..)))))))......))..))).................)))))))))(((((((..(((((......)))))..)))))))..((((((((..((((....)))).))))))))..(((((((((((....))))))))))).)))).)))))......(((((.....)))))......)))))))).))))))))))))((((((...(((..((((.((((((........))))))...))))..))))))))).(((.(((......))))))..(((((((......))))))).))).))))))).)))))))))).)))....)))))))))...)))))).)))...(((((((((((...((((.....((((((((....((((((....))))))...))))))))........((((((...(((.((((..(((((((((...............((.((((((((....((((......)))).....))))))))))...............)))))))))...))))..)))(((((((((((......(((((...))))).((((.(((((..((.((((.(((......(((((((...((((((.(.......((((....)))).).))))))......)))))))....))).)))).))....))))))))).......((((((.((......)).)))))).......)))))))...)))).....((((((.(((......)))..))))))))))))....)))).)))))))))))......(((((.((.....)).)))))...)))))))).)))))).......................((....))..((((((((..((((...(((...)))...))))..)))))))))))))))))..)))))).((..(((....)))..))((((.......)))).((((((((...(((..((((....(((((....)))))...))))..)))...((((((.(((.........))).((((((((.((((....))))..))))))))))))))..)))))))).............((((.(((((.................))).)).))))((((((((((....((((((...)))))))).))))))))..))))))))))))).............)))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,{((((,,..(((......)))...})))),...{((({{{{{.....,}|)}||||||{(((((,.(({((..((((((.(((((.......((((((({....{((((((.{(..,.((..,.(((((((.((..(((((((((.,(({..,||,(((..{{,.,{{,.((((....))))((((((((((((,{(.((((.((.((.(((..(((({{.((((....)))).)))))))).)).)))))).))))))))))))))))),)))..))).))))))))))).)))).)))..)}.,)).))))))},((,...})}|...{((((.(((((((.(((.(((((((((.{,.......,},..)))))))...)).))}))))))}})}}}......((((((((((..(((((..{{..(((....))).},.)))))..))))))))))...}))))))).....))))).)).))))..}}|||..|}}}}}}}||,,,....,{((({{.,,,.,,.(((((((((((((..,,(((((,..{(((((((((((({...,,,,.||||,((((((((({(((((......)))))){,,{{{{......(((((((((((((..(((((........)))))....)))))))))))))......,,{(({...}|||,,((((((({((({{{{{{,..,.,....|.,||||,((((((((..{(......))..)))))))).||{{{{{......,{{,,,,.}}},((((...(({...}))...))))..,((((.((((....)))).))))}}}}})......))))))),,}},,...))))))))}{|,,{{||||,|||||||,,,{{{{{{{.,.,..{|}}},}}}},}}}}}}}.....,,{{..{,,||..,|{({{{{{{{,.,,.....,,,},,,}),.}},,,)))}|}},}},,,{{}|||||,......,||{|||...})})))))))))))))},,{{|||||{((((({(((((((((.(.((((((.((((...((((((.(((,...})),)))))}..)))).)))))).))))).)))))(((,(((((...,,{((((((.{{((,(({{,,.,{{..{(,...{({.{,..,{{{,.,,,,{{{.,{{(,,,{,,,...{((((({{((((((,....})))))).))}}}...}},}}}))},||,|{.||||||}}},(((((((({....})))))))){(((.(((({((({...}}},....})}})))}))),...|{{{({{{{{{..,,)))||||,,{{{,{{{{{{,,|||||,,}}}},,,,)))){(((((({...,||||}}},||}}||||||||,.{,,,.{,,,.({{{{{{.,|||{.,||||,.|||,,|{((({.(((((((((..((((((...))))))...))))))))).((((((((((.((((((((.((((((..............)))))).))}....,}).))).)))))))))){((((((((.(((.....((((((((({{...,{.(((((((((.{,,.....,.((.((((((((.(((((((((((..{..(((((((((((((.......)))))))}............,,,,.........,............(({...})).........,)))))..}..))))))..))))).)))))))).)).......,,,,..(((((.....)))))............,((((((((((((..,,{...,|....((((((((((.((((....}}....{(((((..,..............,,.)))))}..{{,....,|||||,,.,{{|{{..||,,||,,...,,|||...,}......,.,}}|}{{{{{{.....)))))).,.(((((....,.(((.......{(({{(({{,...((.((((((({{,..(((((((((,..{((((((.((((...(((.(((.....))).)))...)))).)))))))))))))))),}){(((((({...}))))))|(((((((..((({...})))..)))))))}.......))))))).}}.......,,.,}))))}(((((...(((.......)))...)))))...{((((((((((.{{{{....||||....,,,,.))))))))))),,,||,,,.....,,}}..))).,...)))))}}.))))))))))..{||{,||....}}}},.,..)))))))))))))))}})))))..}}.}},})))))))).......))).))))))))}}}|}}}}}}}))),,))}}..))}}|||,,,,,.{{{.{{{{....}},,......,,||||||||}{((((((..(((((......|}}}}..}))))),,,|||||{{{.,||||.,}})))),))}})}},..(((((((((((....))))))))))).)))).)))||{{{.{{.{{,,..,..)),)))),....}))))),,}||||},....})))))}}..((({,((({{((((((........)))))}...})))..|||{{{,((((((,,(((,..{((((((.(((({,,(({{,,.,||}},,...,|,,((((..((((((((((((...{(,...{(((,,,..{{{||,,,,.....(((((((((((..,({(({,(({((((((((..,,((((({....))))))...})))))}}{{{...{{((({..,,{{{{,......,...........||}}....,.,,||},,.||||)),}}}.........{{((({....,{(({((({{.........,,,,...,.})))}....}}}...,,||,((((((((....,.(((((...))))).((({{(((((.,((.((((.{{(......(((((((...,(({(,.({,,..||(((({...,)))})}))))))},,...)))))))....))),)))).,),...))))))))},,,,,,.{{{{||.||,,....}),)))))}.......))))))))..)))))}))}..,..}))))}.,,,|}}},))))))))}||,,....}))).}))))))))))........}}}}|,....}))))),,,)))}}}})))))))..))))..},)})})))))))|,....||.,,,{|{{((.{{,(({{{{...}}}))),))}}},.}}}}.}}}}},|}.,,|||}}},.........,{..(((....))).,}}|||||||,.,,}},})})))))}}},,|||,,{|||}},}|||||,,,.|||||{..,)))}})),.,,}})))))|||||||...||||,,((((((((.((((....))))..)))))))))}))))},)))}}|.}}}}}},,....{{(({{.,||||.................))},)),)))}{((((((({(,...((((({...)))))),),)))))))}..})))))))))))).........}}.,))),..............
Back