Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001288766.2
Sequence Length
2647 nt
GC Content
0.6434
AGAGAGGCCCAGGGGACAGCCAGGGACAGGCAGACAUGCAGCCAGGGCUCCAGGGCCUGGACAGGGGCUGCCAGGCCCUGUGACAGGAGGACCCCGAGCCCCCGGCCCGGGGAGGGGCCAUGGUGCUGCCUGUCCAACAUGUCAGCCGAGGUGCGGCUGAGGCGGCUCCAGCAGCUGGUGUUGGACCCGGGCUUCCUGGGGCUGGAGCCCCUGCUCGACCUUCUCCUGGGCGUCCACCAGGAGCUGGGCGCCUCCGAACUGGCCCAGGACAAGUACGUGGCCGACUUCUUGCAGUGGGCGGAGCCCAUCGUGGUGAGGCUUAAGGAGGUCCGACUGCAGAGGGACGACUUCGAGAUUCUGAAGGUGAUCGGACGCGGGGCGUUCAGCGAGGUAGCGGUAGUGAAGAUGAAGCAGACGGGCCAGGUGUAUGCCAUGAAGAUCAUGAACAAGUGGGACAUGCUGAAGAGGGGCGAGGUGUCGUGCUUCCGUGAGGAGAGGGACGUGUUGGUGAAUGGGGACCGGCGGUGGAUCACGCAGCUGCACUUCGCCUUCCAGGAUGAGAACUACCUGUACCUGGUCAUGGAGUAUUACGUGGGCGGGGACCUGCUGACACUGCUGAGCAAGUUUGGGGAGCGGAUUCCGGCCGAGAUGGCGCGCUUCUACCUGGCGGAGAUUGUCAUGGCCAUAGACUCGGUGCACCGGCUUGGCUACGUGCACAGGGACAUCAAACCCGACAACAUCCUGCUGGACCGCUGUGGCCACAUCCGCCUGGCCGACUUCGGCUCUUGCCUCAAGCUGCGGGCAGAUGGAACGGUGCGGUCGCUGGUGGCUGUGGGCACCCCAGACUACCUGUCCCCCGAGAUCCUGCAGGCUGUGGGCGGUGGGCCUGGGACAGGCAGCUACGGGCCCGAGUGUGACUGGUGGGCGCUGGGUGUAUUCGCCUAUGAAAUGUUCUAUGGGCAGACGCCCUUCUACGCGGAUUCCACGGCGGAGACCUAUGGCAAGAUCGUCCACUACAAGGAGCACCUCUCUCUGCCGCUGGUGGACGAAGGGGUCCCUGAGGAGGCUCGAGACUUCAUUCAGCGGUUGCUGUGUCCCCCGGAGACACGGCUGGGCCGGGGUGGAGCAGGCGACUUCCGGACACAUCCCUUCUUCUUUGGCCUCGACUGGGAUGGUCUCCGGGACAGCGUGCCCCCCUUUACACCGGAUUUCGAAGGUGCCACCGACACAUGCAACUUCGACUUGGUGGAGGACGGGCUCACUGCCAUGGAGACACUGUCGGACAUUCGGGAAGGUGCGCCGCUAGGGGUCCACCUGCCUUUUGUGGGCUACUCCUACUCCUGCAUGGCCCUCAGGGACAGUGAGGUCCCAGGCCCCACACCCAUGGAACUGGAGGCCGAGCAGCUGCUUGAGCCACACGUGCAAGCGCCCAGCCUGGAGCCCUCGGUGUCCCCACAGGAUGAAACAGCUGAAGUGGCAGUUCCAGCGGCUGUCCCUGCGGCAGAGGCUGAGGCCGAGGUGACGCUGCGGGAGCUCCAGGAAGCCCUGGAGGAGGAGGUGCUCACCCGGCAGAGCCUGAGCCGGGAGAUGGAGGCCAUCCGCACGGACAACCAGAACUUCGCCAGUCAACUACGCGAGGCAGAGGCUCGGAACCGGGACCUAGAGGCACACGUCCGGCAGUUGCAGGAGCGGAUGGAGUUGCUGCAGGCAGAGGGAGCCACAGGUCCCUAGGCCUGGCCUAUCGGAGGCGCUUUCCCUGCUCCUGUUCGCCGUUGUUCUGUCUCGUGCCGCCGCCCUGGGCUGCAUUGGGUUGGUGGCCCACGCCGGCCAACUCACCGCAGUCUGGCGCCGCCCAGGAGCCGCCCGCGCUCCCUGAACCCUAGAACUGUCUUCGACUCCGGGGCCCCGUUGGAAGACUGAGUGCCCGGGGCACGGCACAGAAGCCGCGCCCACCGCCUGCCAGUUCACAACCGCUCCGAGCGUGGGUCUCCGCCCAGCUCCAGUCCUGUGAUCCGGGCCCGCCCCCUAGCGGCCGGGGAGGGAGGGGCCGGGUCCGCGGCCGGCGAACGGGGCUCGAAGGGUCCUUGUAGCCGGGAAUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGGGGGGAUCACAGACCAUUUCUUUCUUUCGGCCAGGCUGAGGCCCUGACGUGGAUGGGCAAACUGCAGGCCUGGGAAGGCAGCAAGCCGGGCCGUCCGUGUUCCAUCCUCCACGCACCCCCACCUAUCGUUGGUUCGCAAAGUGCAAAGCUUUCUUGUGCAUGACGCCCUGCUCUGGGGAGCGUCUGGCGCGAUCUCUGCCUGCUUACUCGGGAAAUUUGCUUUUGCCAAACCCGCUUUUUCGGGGAUCCCGCGCCCCCCUCCUCACUUGCGCUGCUCUCGGAGCCCCAGCCGGCUCCGCCCGCUUCGGCGGUUUGGAUAUUUAUUGACCUCGUCCUCCGACUCGCUGACAGGCUACAGGACCCCCAACAACCCCAAUCCACGUUUUGGAUGCACUGAGACCCCGACAUUCCUCGGUAUUUAUUGUCUGUCCCCACCUAGGACCCCCACCCCCGACCCUCGCGAAUAAAAGGCCCUCCAUCUGCCCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1196.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1240.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 672.63
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((.((((((((((((((...((((((((((.(.....((((.(((((((((((((((.(((...))))))))))))............(((((.(((...))).))))).)))))).))))))))))))))).......((((((.....))))))(((.((((((((((((....)))...((((((...))))))))))))))))))))).)....)))))))))).))(((((.((..(((((.((.((..((((...(((((..(((.((....)))))))))))))).)).)).))))))).))))).(((....(((((.((..((....))(((((.(((((....(((((......)))))..)))))))))).((((((...(((..(((..............((((((((((.....(((((...))))).......((((((((((((.(((...((.(((.((((((.((((((.(((..(((...((((((.(...((((((((((((((..(((.((((.....(((((((..(((((...((......))...))))).((((........)))))))))))..)))))))))))))))((..((((((((((((((..((((((.(.((((...((..((((..((((.(.((...)).).))))))))..))((((((.(((...)))..)))))).(((........))).....))))).))))))))))).((.(((((.((((((((((((((((.(.(((.((((........)))))))).))..))).))))))..))))).))))).)))))))))))..)))))))).....(((((.((.(((((((.(((((((((((((((((..(((...((..((..(((((((((((((((..((((((....(((((((........)))))))..))))))......((((.((((..(((((.(((...(((((((.((((((........(((((((((.((((((((((((((((.....(((((((...)).))))).....)))).)))))))).((((((((.......)))))))).((((((((((((((.((.(.((.((((.(((((((((...................))))))(((((((((.(((.(.((((.((((..((((((...((((((.(((...........))).)))))).))))))))))..)))).).))))).)))))))..))))))).....(((.(((((.(((......))).))))).)))...)).).)).)))).))))).....)))))...((((((.(((((.(((((((.......(((......))).((((((((....))))).)))...(((....)))....)))))).).))))).))))))..............(((.....))).(((((.(((((.((((((.((((..........))))))).)))))))).)))))((((((....))))))))))))))))))).((((((.........)))))).(((((...))))).....)))).....)).))).))))))).....(((((((((((((((((....)))).)))...(((....)))((((....((((((((((..((((..((..(((((..(((((.(....).)))))..)))))((((.....)))))).))))))))))))))..)))).....))))))))))....((((..(((((((..((((((((((((....))).)))))))))..))))))))))))))))..))))))))..((((((.(((.....)))....((((((.(...(((....))).).)))))).))))))...((((.((((......)))).))))..)))))))))).)))))..))..))((((.(((((....))))))))).))))))))..))))))))))))))).(((((((((((((((.((((((((((((.((((((((....(((((((...)))))))....)))))....((.((.((.((.((.((.((.((.((....)).)).)).)).)).)).)).)).))(((((((((((.(((.(((..............((((.((((...((((..........))))....(((..((((....)))).))))))).))))))).))).))...)))))).)))............((.((((.((((((.(((((......((((((..((((((((......))).)))))..))))))......((((......))))...)))))))))))..)))).))....))).))).)))).))))).).)))).)))).))))))..(((((((......))))))).......((((((.(((((..................))))).)))))))))).)).)))))..)))))))..)))..))).))...)))).)))).)).))).))...))).)))))).........))))))))))).)).))).)))..)))..))))))........)).)))))....)))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(.(((((((.(((..(((({,,((((((((((.{...,.{(((.(((((((((((((((.(((...))))))))))))............(((((.(((...))).))))).)))))).)))))))))))))))....{.(((((((.....))))))).}{{(({...||}})))},})))..)))))))))))).((((((({{(((((((((((((((((..(((((.({{((((.((..(((((.((.((..{(((...(((({..(((.((....)))))))))))))).)).)).))))))).)))))).))))))))))))}}))..)))).))).{,.(((((....,,}}}}),,,.,}|}},,)|(((({(({.((((((...(((..(((..............((((((((((.....(((((...))))).......((((((((((((.(((.,.((.(((.((((((.((((,(.(((..(((...((((((.{...((((((((((((((..(((.((((.....(((((((,.((({(,,.((......}},,.}))}),(({{,,......}}}))))))))..))))))))))))))){{..(((((((({(((((..((((((,(,((((,.{((,,((({..((((.(.{{...}).}.))))))))..})({{{{|,{{|,,,)))..}}))}}.(((........))).....)}})}.))))))))))){((.(((((.((((({(((((,(,{(,{.(({(((((,.....,.))))))},,)}.,))},)))))}..))))).))))).)))))))))))..}}))))))...{.(((((.((.(((({((,((({(({{{(((((((({,({,..((((,((,{((,(({{(({(((((,,((((((..,.((((((({.....},,)))))).,)))))).{{,.{{{,(...,,.},|||,|||{{,,,|||....((((((((((,..(({(,,.....},,)},...)))))))))).((((((((...((((..{((((((....{((((.((((((((((((,....}.))))))))..((((((((((((((((((((...,,,,,,.((((((.,,............}}..))))))(((((((((.(((.(.((((.((((..((((((...((((((.(((...........))).)))))).))))))))))..)))).).))))).))))))){((((((({(...,,,,..{(((.(((.{{{{({{{{{,||{(((,...((((({..{{{{{.{(((((((,{((({({.((((((.(((((.{((((((.(({......}))...|||.((((((((....))))).))).,.,({,...}}),...)))))).).))))).))))))..{{({.....{{{((((...{((.....}}}.}))))))|})}}{|{{..,{|||...||||}||,|,||||}}}}}}}(((((((....))))))).}})}),,)}))))||))),||||||..||||,{.{{{{|,||))))}},),.||,...,}....((((((.,{....,,..)))))),..}))||||,..,}))).)))}).))).}}}))))))}))}.((((((((((..((((..((..(((((..(((((.(,...),)))))..)))))((((.....)))))).))))))))))))))}))))..)))))))))))).)))((.((,({(((((((..((((((((((((....))),,))))))))..))))))))).)).)).((((((({....}.)))}}})))))))).))}..)))},)))))))))))))))((({...|{|{{.({((,..((((.((((......)))).))))..,))}})))))))},))}),}}}}}||||}|||||,}}})))}}))}},})}))})}..})))))))))}}}}}.{({{{{{((((((((.((((({((((((.(({(((((..(((((((((...))))))),)).)))))....((.((.((.((.((.((.((.((.{{.||.)).)).)).)).)).)).)).)).)).}}{((((({{....,{{.....}}}.,,,,}}((((.,,,,..)))).{{.(((((((((({{..,.({.(((((((...{....}...)))))))}}..,)),})))}}}}}}))))})))))|.,....{{.((({.((((((.((({{..,,..((((((..((((((((......))).)))))..)))))).....,||||......))))...}})))})))))..)))).))....})).))),)))),)))))}),)))).)))).))))))..(((((((......))))))).{{{{..{{||||.,,{{,.......,}.},,.}})})))})},))))})))).)).))))).},))))))..)))..))).},...)))).)))).)).))).)).,.))).)))))).........))))))))))).)).))).)))..)))..))))))}}}}.....))))))))...))))...
Back