Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001289083.2
Sequence Length
1755 nt
GC Content
0.5299
AGUUUGUUCCUGCUGCCAGGCUCCACUGAGGGGAACGGGGACCUGUCUGAAGAGAAGAUGCCCCUGCUGACACUCUACCUGCUCCUCUUCUGGCUCUCAGGCUACUCCAUUGUCACUCAAAUCACCGGUCCAACAACAGUGAAUGGCUUGGAGCGGGGCUCCUUGACCGUGCAGUGUGUUUACAGAUCAGGCUGGGAGACCUACUUGAAGUGGUGGUGUCGAGGAGCUAUUUGGCGUGACUGCAAGAUCCUUGUUAAAACCAGUGGGUCAGAGCAGGAGGUGAAGAGGGACCGGGUGUCCAUCAAGGACAAUCAGAAAAACCGCACGUUCACUGUGACCAUGGAGGAUCUCAUGAAAACUGAUGCUGACACUUACUGGUGUGGAAUUGAGAAAACUGGAAAUGACCUUGGGGUCACAGUUCAAGUGACCAUUGACCCAGCACCAGUCACCCAAGAAGAAACUAGCAGCUCCCCAACUCUGACCGGCCACCACUUGGACAACAGGAGUGAGGGUUCCCAGGCUGCAAACUACAGACCUGCAGCUCAUCAGGCACAAGCUCCUGAAGCUCAGUGUCCUCCUGCCCCUCAUCUUCACCAUAUUGCUGCUGCUUUUGGUGGCCGCCUCACUCUUGGCUUGGAGGAUGAUGAAGUACCAGCAGAAAGCAGCCGGGAUGUCCCCAGAGCAGGUACUGCAGCCCCUGGAGGGCGACCUCUGCUAUGCAGACCUGACCCUGCAGCUGGCCGGAACCUCCCCGCAAAAGGCUACCACGAAGCUUUCCUCUGCCCAGGUUGACCAGGUGGAAGUGGAAUAUGUCACCAUGGCUUCCUUGCCGAAGGAGGACAUUUCCUAUGCAUCUCUGACCUUGGGUGCUGAGGAUCAGGAACCGACCUACUGCAACAUGGGCCACCUCAGUAGCCACCUCCCCGGCAGGGGCCCUGAGGAGCCCACGGAAUACAGCACCAUCAGCAGGCCUUAGCCUGCACUCCAGGCUCCUUCUUGGACCCCAGGCUGUGAGCACACUCCUGCCUCAUCGACCGUCUGCCCCCUGCUCCCCUCAUCAGGACCAACCCGGGGACUGGUGCCUCUGCCUGAUCAGCCAGCAUUGCCCCUAGCUCUGGGUUGGGCUUGGGGCCAAGUCUCAGGGGGCUUCUAGGAGUUGGGGUUUUCUAAACGUCCCCUCCUCUCCUACAUAGUUGAGGAGGGGGCUAGGGAUAUGCUCUGGGGCUUUCAUGGGAAUGAUGAAGAUGAUAAUGAGAAAAAUGUUAUCAUUAUUAUCAUGAAGUACCAUUAUCGUAAUACAAUGAACCUUUAUUUAUUGCCUACCACAUGUUAUGGGCUGAAUAAUGGCCCCCAAAGAUAUCUGUGUCCUAAUCCUCAGAACCUGUGACUGUUACCUUCUGUGGCAGAAAGGGACAGUGCAGAUGUAUGUAAGUUAAGGACUUUGAGAUAGAGAGGUUAUUCUUGCUGAUUCAGGUGGGCCCAAAAUAUCACCACAAGGGUCCUCAUAAGAAAGAGGCCAGAAGGUCAAAGAGGUAGAGACAAAGUGAUGAUGGAAGUGGACGUGGGUGUGACGUGAGCAGGGGCCAUGAAUGCCGCAGCCUUCAGAUGCCAGAAAGGGAAAGGAAUGGAUUCCCCUGCCUGGAGCCUCCAAAAGAAACCAGCCCUGCCCACGCCUUGACUUGAGCCCAUUGAAACUGAUCUUGAGCUCCUGGCCUCCAGAAUUGCAGGAGAAUAAAUUUGUGUUGUUUUUAAUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-631.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -664.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 447.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((.(.((((.((((((((...((((((((.(...(((((((((((.......(((((((((.((..((((((((((((.((..(((((....))))).((((((((((((....((((..((......)).))))(((((..(((((...)))))..).))))..(((((((((((((.((..((((((.((((((((......))))).)))((((.((((((((((((....(((((...)))))....))(((((((((..(((((.((((((((((((..(((((((((.....)))))....................(((((((((.(.((((.((((..(....((.(...(.(((((....))))).)...).))....)..))...)))))).))))))))))....(((((...((......))...)))))..............(((((((((..(((((......(((.....)))......)))))..)))......))))))........((((((.((((..(((((........)))))))))))).)))..))))..)))..))))))))....).)))))((((((((((((((((........)))..(((((....((.....(((((....(((((..(((.(((((((((.((((...)))).....)))).))))).)))))))).(((((........)))))))))).))...)))))........)))))))).)))))..(((((.((((((((((...(((((.....((((.(((((.((.((((......))))..))..)))))))))....))))).))))).)))))...))))).........)))))))))........))))....))))))..)))))))))).((((.((.((((((((...(((..............((((((....))))))..))).))))))))...)).)))).))))))))))))))).(((((((...((((.(((((((((((((.(((....((((.(((((((((((.((((.((...(((.((......)))))..)).)).))))))))))))).)))))))...))...))))))))((((((((.(((((((((...))))(((((((((((..((....))..)))))))))))((.((((((.((.(((((.....((((..(((((((.(((((((((.........))))))))).)))))))......))))..((((......)))).((.(((((((..(((((..........)))))))))))).)).))))).)))))))).)).))))))))).)))).((((.((((((.(((((((...))).))))))))))))))......(((((.....((((((........))))))...))))).......(((((..........))))).....((.((((........))))))))).))))...)))))))......)))))))))))))).))).))))))).)).)).))))))))).......((....)))))))))).((......))..)))..).).)))))))...))))))))................(((.....(((..((((((((..((.......))..)))))).))..)))...)))....)))).)))))))))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((((({{(,((({.((((((((...((((((({{({{.{,{{(((,,,,,,,.,,,|||||{{,,.,,..(((((((,,((({,(((((((({{.{|||||,((((((((((((....((((.,{{......,).))))(((((..(((((...)))))..).))))..(((((((((((((.(({{({{(((.,.||{{||}}}..{(((||({{{(((({,{{.{{{{({{,...,||,||.}})))),......(((((((((.,(((((.{(((((((((((..{((((((((.....)))))....,.......,{{,,...,{||||{{(,(,({{{.{|||}}|....{{|||,{{,{((((....})))}{|..,|.||...,|{,||..,||||,,.,)))))}}}),,..|||||,..|{...},,)).}}))},,....,.........(((((((((..(((((......(((.....))).,....)))))..)))......))))))........((((((.((((..(((((........)))))))))))).)))..)))).)))},.})))))))...,),))}))((((((((((((((((........)))..(({((,,..,,..,..{({((....,||{(,.(((.,{{{||(((.{(((({.{{{|{||..}}||{||},,.))))))},.|||||},,}}...))))}))))).,},..)}))),.,.....)))))))).)))))..(((((.((((((((((...(((((.,...((((.(((((.((.((((......))))..))..)))))))))..}.))))).}))))}}))))...))))).........)))))))))...|.{{{||,,{{{{||,,|{{.{|||,,,,),}||||},}}||||,|||}}.|{,.....,}}}}}},.((((((....))))))..|||.||}|||,.,..)),}))}.)}))))))))))))),(((((((.,.((((.(((((((((((((,(((....,(((.(((((((((((.((((.({,..(({{((......)))))..)},}),))))))))))))).)))))))...))...))))))))((((((((.(((((({{,...,}}}(((((((((((..((....))..)))))))))))((.((((((.((.(((((,,,{{((({..(((((((.(((((((((,.......,))))))))),))))))),.....}}}}..((((......)))}.{{.(((((({..(((((..........)))))})))))).)).))))).)))))))).)).))))))))).)))}.((((.((((((.(((((((...)))))}))))))))))))......{,(((,,...|||||(,{{.{,{.||||,,..,)))})}}.}}}}{((((..........,},)),,...((.((((........))))))))).)))).,.))))))).,....))))))))))))})}}},.|||||||,,,{||,,||,},}))}}}}.,,|}},},)))),,))),}||}}}}.)))}.)))..)}),)))))))...)))))))).............,,.,,{,....||,..|,,,,((({.((..{,....,.,),)),)})){{||,..})))....)))),))))))))),.................
Back