Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001289086.2
Sequence Length
1905 nt
GC Content
0.5265
AGUUUGUUCCUGCUGCCAGGCUCCACUGAGGGGAACGGGGACCUGUCUGAAGAGAAGAUGCCCCUGCUGACACUCUACCUGCUCCUCUUCUGGCUCUCAGCACAUGGAGACCAGUUGCCGUUGCUGUUUUGAUCAACUUCAAAGGCAUUCAUCCAGGGUGGUUUAUUCCAGAACCACUAGAAAUCAUUAGGACCACCAGGACAGCCUCUCCACAGCCAUCUGAUGUGGCUGCCUCAGCUCGACCUCAUGAGGGUCAUCAGUGCUAAGAGUCAAGGCUACUCCAUUGUCACUCAAAUCACCGGUCCAACAACAGUGAAUGGCUUGGAGCGGGGCUCCUUGACCGUGCAGUGUGUUUACAGAUCAGGCUGGGAGACCUACUUGAAGUGGUGGUGUCGAGGAGCUAUUUGGCGUGACUGCAAGAUCCUUGUUAAAACCAGUGGGUCAGAGCAGGAGGUGAAGAGGGACCGGGUGUCCAUCAAGGACAAUCAGAAAAACCGCACGUUCACUGUGACCAUGGAGGAUCUCAUGAAAACUGAUGCUGACACUUACUGGUGUGGAAUUGAGAAAACUGGAAAUGACCUUGGGGUCACAGUUCAAGUGACCAUUGACCCAGCGUCGACUCCUGCCCCCACCACGCCUACCUCCACUACGUUUACAGCACCAGUCACCCAAGAAGAAACUAGCAGCUCCCCAACUCUGACCGGCCACCACUUGGACAACAGGCACAAGCUCCUGAAGCUCAGUGUCCUCCUGCCCCUCAUCUUCACCAUAUUGCUGCUGCUUUUGGUGGCCGCCUCACUCUUGGCUUGGAGGAUGAUGAAGUACCAGCAGAAAGGUACUGCAGCCCCUGGAGGGCGACCUCUGCUAUGCAGACCUGACCCUGCAGCUGGCCGGAACCUCCCCGCAAAAGGCUACCACGAAGCUUUCCUCUGCCCAGGUUGACCAGGUGGAAGUGGAAUAUGUCACCAUGGCUUCCUUGCCGAAGGAGGACAUUUCCUAUGCAUCUCUGACCUUGGGUGCUGAGGAUCAGGAACCGACCUACUGCAACAUGGGCCACCUCAGUAGCCACCUCCCCGGCAGGGGCCCUGAGGAGCCCACGGAAUACAGCACCAUCAGCAGGCCUUAGCCUGCACUCCAGGCUCCUUCUUGGACCCCAGGCUGUGAGCACACUCCUGCCUCAUCGACCGUCUGCCCCCUGCUCCCCUCAUCAGGACCAACCCGGGGACUGGUGCCUCUGCCUGAUCAGCCAGCAUUGCCCCUAGCUCUGGGUUGGGCUUGGGGCCAAGUCUCAGGGGGCUUCUAGGAGUUGGGGUUUUCUAAACGUCCCCUCCUCUCCUACAUAGUUGAGGAGGGGGCUAGGGAUAUGCUCUGGGGCUUUCAUGGGAAUGAUGAAGAUGAUAAUGAGAAAAAUGUUAUCAUUAUUAUCAUGAAGUACCAUUAUCGUAAUACAAUGAACCUUUAUUUAUUGCCUACCACAUGUUAUGGGCUGAAUAAUGGCCCCCAAAGAUAUCUGUGUCCUAAUCCUCAGAACCUGUGACUGUUACCUUCUGUGGCAGAAAGGGACAGUGCAGAUGUAUGUAAGUUAAGGACUUUGAGAUAGAGAGGUUAUUCUUGCUGAUUCAGGUGGGCCCAAAAUAUCACCACAAGGGUCCUCAUAAGAAAGAGGCCAGAAGGUCAAAGAGGUAGAGACAAAGUGAUGAUGGAAGUGGACGUGGGUGUGACGUGAGCAGGGGCCAUGAAUGCCGCAGCCUUCAGAUGCCAGAAAGGGAAAGGAAUGGAUUCCCCUGCCUGGAGCCUCCAAAAGAAACCAGCCCUGCCCACGCCUUGACUUGAGCCCAUUGAAACUGAUCUUGAGCUCCUGGCCUCCAGAAUUGCAGGAGAAUAAAUUUGUGUUGUUUUUAAUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-670.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -706.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 596.82
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((.(.((((.((((((((...(((((((.((((.....(((....))).....)))).........(((((((..((((.(((((((((((((((.((((..........))))))))).(((((......)))))((((((((((((((((.(((...(((((..................((((.(((.((....(((((.(((((((((.....)))))))((((.((((((((.((((((((((.(((((((((((((((((((.....)).)))..))))......(((.(((((...((.....))..))))).)))((((((((((((.(.((((.((.........)).)))).).)(((.(((......)))))))))))))))))..)))))...)))).).)))))))..........))))))).))))..)))))).)))))..)).)))))))..........(((((......((((.......))))..(((((......)))))....)))))..(.(((((....))))).)...........)))))))).)))))))((((((.......)))))).(((((.....)))))(((((((...((((((((((((.((((((..(((((((((.........((((((((.....................(((.(((((((((...((.((..((((((.((((.....))))..))).)))..))))..................((....))...)))))))))..))).....(((((((((((((.((..(((((.......((((.(((((((....(((((....)))))))..))))))))).....(((((..((.(((..(((.........(((((.......)))))(((((.((((((((((...(((((.....((((.(((((.((.((((......))))..))..)))))))))....))))).))))).)))))...)))))..)))..))).))..)))))...(((((..((((((..(((.(((.......)))))).)))))).))))).))..)))..)).)))).((((((....)))))).))))))))).)))))))).......))))))))).((((((((((((...((((.(((((((((((((.(((....((((.(((((((((((.((((.((...(((.((......)))))..)).)).))))))))))))).)))))))...))...))))))))((((((((.(((((((((...))))(((((((((((..((....))..)))))))))))((.((((((.((.(((((.....((((..(((((((.(((((((((.........))))))))).)))))))......))))..((((......)))).((.(((((((..(((((..........)))))))))))).)).))))).)))))))).)).))))))))).)))).((((.((((((.(((((((...))).))))))))))))))......(((((.....((((((........))))))...))))).......(((((..........))))).....((.((((........))))))))).))))...))))))).))....)))........)))))).)))))))))..))).)))))))..))))))))).........))).))))))).)))).)))..)))))))))))...))))))))................(((.....(((..((((((((..((.......))..)))))).))..)))...)))....)))).)))))))))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((((({{(,((({.((((((((...((((((({,(,,.{{{{(((,,,,.,...,,{||||{{{{.,{..((((((({{((({.({{(((((((.(((({.(((.({,,.,,|{||,|{(|||,(((((......))))}||||,,{,{{{,,((((((({..,,.,|,,}}}}}.,.........{{,,,,||.||.,,||{|||,|,(((((({.....))))))){{{{,,,,,{{{{,,,||||||||.,|||||||.}||||}},||,.,{{{((({((((({,...,,,({(,({{{,...|,,}},,||{{,}|||{|}},|||||,,|,||,|.{((({(({({{{{{.,||,||||{|.|,|{,{{{,,,,,{|||||{|||||||||||.,|||||{{,||||,,,||}|}}}|.......,{|{|||||.||||{{||||{{,|||||{.,|{{{{((((.....))))}.,,.,......,,(({,...,,||||{|{,{{{{{{.{|||,}|...,{|||||{{,{{{({....})})}||...|,,|....},|||.,||||}}}||((((({.,.....)))))}.,{{{|,,,,.)))),{|||||{.,.|||||||||{,{.{{{{{|..||{{,||||..}}}},..|||{{,,{........||,,,,.....,}|)|,,{|||||||,,,{|.{,..{(((((.((((.....))))..))),))),,)),)},....,,,,,,|....,{|,,..||,,,|||||||||{{........)||,,(((((,{,.((.((((((........)))))).||(((.(((.((((,.,..(((((...)))))..),.)))).)))..)}},{{..}}}}}.......,||||,},,.},)))},{((((.((((((((((...(((((.,...((((.(((((.((.((((......))))..))..)))))))))..}.))))).}))))},)))),..)))))..|||....}.))}.}}),..,.{((((..((((({..(((.{{{,...,}.)))))).)))))).))))}.||....,.,,,.}}}}.((((((....)))))).,)))})))},))})}})),},,,.})))))))))}||||{(((((((.,.((((.((((((((((({(,(((....,(((.(((((((((((.((((.({,..(({{((......)))))..)},}),))))))))))))).)))))))...))...))))))))((((((((.(((((({{,...,}}}(((((((((((..((....))..)))))))))))((.((((((.((.(((((,,,{{((({..(((((((.(((((((((,.......,))))))))),))))))),.....}}}}..((((......)))}.{{.(((((({..(((((..........)))))})))))).)).))))).)))))))).)).))))))))).)))}.((((.((((((.(((((((...)))))}))))))))))))......{,(((,,...|||||(,{{.{,{.||||,,..,)))})}}.}}}}{((((..........,},)),,...((.((((........))))))))).)))).,.))))))).},...})))}}}}}}),)))))).))))))),),.))}})))))))}.}}},},||,...}}}}}}))),,||,,,,.))},.)))..),).)))))))...)))))))).............,,.,,{,....||,..|,,,,((({.((..{,....,.,),)),)})){{||,..})))....)))),))))))))),.................
Back