Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001289159.2

Sequence Length

1971 nt

GC Content

0.4825

AGGAAAGGUGGUUGGCUUACGGCACAGUAGAGAGCUUCCAGGGCUGGCUGGCGUGGGAUACCCGUACCACAGAAAUGCAGGGACCAUUGCUUCUUCCAGGCCUCUGCUUUCUGCUGAGCCUCUUUGGAGCUGUGACUCAGAAAACCAAAACUUCCUGUGCUAAGUGCCCCCCAAAUGCUUCCUGUGUCAAUAACACUCACUGCACCUGCAACCAUGGAUAUACUUCUGGAUCUGGGCAGAAACUAUUCACAUUCCCCUUGGAGACAUGUAACGCUAUUGAAACUCAAGCGAUUACAGACAAUUGCUCUGAAGAAAGAAAGACAUUCAACUUGAACGUCCAAAUGAACUCAAUGGACAUCCGUUGCAGUGACAUCAUCCAGGGAGACACACAAGGUCCCAGUGCCAUUGCCUUUAUCUCAUAUUCUUCUCUUGGAAACAUCAUAAAUGCAACUUUUUUUGAAGAGAUGGAUAAGAAAGAUCAAGUGUAUCUGAACUCUCAGGUUGUGAGUGCUGCUAUUGGACCCAAAAGGAACGUGUCUCUCUCCAAGUCUGUGACGCUGACUUUCCAGCACGUGAAGAUGACCCCCAGUACCAAAAAGGUCUUCUGUGUCUACUGGAAGAGCACAGGGCAGGGCAGCCAGUGGUCCAGGGAUGGCUGCUUCCUGAUACACGUGAACAAGAGUCACACCAUGUGUAAUUGCAGUCACCUGUCCAGCUUCGCUGUCCUGAUGGCCCUGACCAGCCAGGAGGAGGAUCCCGUGCUGACUGUCAUCACCUACGUGGGGCUGAGCGUCUCUCUGCUGUGCCUCCUCCUGGCGGCCCUCACUUUUCUCCUGUGUAAAGCCAUCCGGAACACCAGCACCUCACUGCAUCUGCAGCUCUCGCUCUGCCUCUUCCUGGCCCACCUCCUCUUCCUCGUGGGGAUUGAUCGAACUGAACCCAAGGUGCUGUGCUCCAUCAUCGCCGGUGCUUUGCACUAUCUCUACCUGGCCGCCUUCACCUGGAUGCUGCUGGAGGGUGUGCACCUCUUCCUCACUGCACGGAACCUGACAGUGGUCAACUACUCAAGCAUCAAUAGACUCAUGAAGUGGAUCAUGUUCCCAGUCGGCUAUGGCGUUCCCGCUGUGACUGUGGCCAUUUCUGCAGCCUCCUGGCCUCACCUUUAUGGAACUGCUGAUCGAUGCUGGCUCCACCUGGACCAGGGAUUCAUGUGGAGUUUCCUUGGCCCAGUCUGUGCCAUUUUCUCUGCGAAUUUAGUAUUGUUUAUCUUGGUCUUUUGGAUUUUGAAAAGAAAACUUUCCUCCCUCAAUAGUGAAGUGUCAACCAUCCAGAACACAAGGAUGCUGGCUUUCAAAGCAACAGCUCAGCUCUUCAUCCUGGGCUGCACAUGGUGUCUGGGCUUGCUACAGGUGGGUCCAGCUGCCCAGGUCAUGGCCUACCUCUUCACCAUCAUCAACAGCCUCCAAGGCUUCUUCAUCUUCUUGGUCUACUGCCUCCUCAGCCAGCAGGUCCAGAAACAAUAUCAAAAGUGGUUUAGAGAGAUCGUAAAAUCAAAAUCUGAGUCUGAGACAUACACACUUUCCAGCAAGAUGGGUCCUGACUCAAAACCCAGUGAGGGGGAUGUUUUUCCAGGACAAGUGAAGAGAAAAUAUUAAAACUAGAAUAUUCAACUCCAUAUGGAAAAUCAUAUCCAUGGAUCUCUUUGGCAUUAUGAAGAAUGAAGCUAAGGAAAAGGGAAUUCAUUAAACAUAUCAUCCUUGGAGAGGAAGUAAUCAACCUUUACUUCCCAAGCUGUUUGUUCUCCACAAUAGGCUCUCAACAAAUGUGUGGUAAAUUGCAUUUCUCUUCACUAUGGUGUAUUCAGUCAAUGCUUGUCCCUGGAAACCCAAAGCAUGACCACUGCAAAUAUUUCCUUGACUUUUUGUAAAUGAAGAGGUCCUUUUCCUCAAGUUCUUAGUCCCACUCAUCCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-606.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -644.56

Frequency: 0.0000

Diversity: 436.19

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((..(((((..((((...(((.(((((((((((....(((.((((..((((..((...((((((.........))).))).))..))))....)))).)))..))))))))))).)))(((((((((((((((((((((...(((.....((((((((...((((................((((.....)))).....))))..)))..)).)))........))).))))))..........))))).(((....)))....(((((((((..(((...))))))).))))).......))))))))))..(((.....)))(((((((..(((((..((....)).))))).....(((((((((((((((..((((((((((....((((((((((((((.(((((.(((((.(((((.((((((.((((..................)))).)))))).))))).))..))).))).))((((((....)))))).))).)))))).....)))))..........))))))))))....(((...)))((((......))))......(((.((((..............)))).))).((((..(((((((((((((((((((((((((.(((((..((((..(((((((.......((((((((..............))))))))...))))))))))).))).))..))))))))....)))))).((.((((((((((((..(.......(((..(((.(.(((....)))).)))..)))........)..))))))))))))))((((((((........(((((((((...((((..(((.(((((((..((((....))))...(((.((.(((.......))).....(((((........)))))..)).)))..........))))))))))...........)))).)))))))))...........(((..((.......))..)))(((((((((((((....((((..((((((((.......)).))))))....................(((((((.((.((.(((((.((((((((((....((((((....))))))))))).(((((..............)))))..........)))))...))))).))..((((.(...((((.(((((((..(.......)..))))))).))))...).)))).((((((((...((((.((((((((((((((.((.((((((((.((((.......(((.............)))......))))..)))))))).)).)))))((((((((...))))..)))).((((((........))))))(((...))).(((((((((((..(((((((.(((...((....))..))))))))))....((((........(((((...)))))............))))...(((......)))..))))))))))))))))))))...))))....))))))))..............)))))))))))))....))))))))))))).....((((..((...))..))))))))))))...)))))))))))))))(((((((((((((((((........))))))...((((.((((((........))))))....((((((((.((((.....)))).))))))))..(((((.................))))))))).((((((((.......))))))))..((((..((((.....))))..))))........(((((........))))))))))))))))))))))).....((((.(((((.....(((....))))))))))))))))))))..........((((((((.......)))))))).......)))))))...)))))))))..)))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((..(((((..((((...(((.(((((((((((....(((.((((..(((({{(,...(({{{{.........})}.))}.)),.})))....)))).)))..))))))))))).)))(((((((((({(((,({((((...{{{.,...(({{{(((...{(({.........,,.....((((.....)))).....)))}.,)}}.,||.|||.....,}.))).}}}))),,,,......})}},,(((....)))}...(((((((((..{((...})})))).))))),.,....))))))))))..,,..(({.{{{{,,,|||}.|||{{..{(.,,{||,||||,.....{((((((((((((({..((((((((((....((((((((((((((.((((,.{((({.(((((.((((((.((((.,................)))).)))))).))))).)}.|}}}.}}}.}}|{{|{{....}))))).))).)))))).....)))))......,...))))))))))....{{{.,,)))((((......)))).,,.,.(((.((({..............)))).))).{(((..(((((((((({((((((((((((((.(((((..((((..(((((((......,((((((((..............))))))))...))))))))))).))).))..))))))))....)))))).((.((((((((((((..{.,{,,..(((..(((.{.((,....))}}.)))..))).....),.)..))))))))))))))((((((({........(((((((((.,.((((..(({{(((((((..((((....))))...,,|.,..(((.......))).....(((((........)))))..},.,,,..,,......))))))))))...........)))),)))))))))...........{({..((..,....))..}}{(((((((((((((....(({,.,{(({{(({,{{...,}}.}}}}}|......,,,,.,{{{{{..,{({{{({.(((((((.{{{,{.{({((({({{..{{{{{{...,)))))}))})),))})))})),{,.(({....)))..,.,,.....)),.,.||}},,.}}}))|(((.,...((((.(((((((,,(.....,,)..))))))).))))..,).))),.{((((((({.,.(((.(((((((({{((((.((.((((((((.((((.......((({{.{{........)),}}}}}.))))..)))))))).)).))))}((((((({...})))..)))).((((((........))))))(((...))){(((((((((((..(((((((.((({{{,,...}))..))))))))))................(((((...)))))............}|||...{{{......,})..))))))))))))))))))))..,)},).}}.,)))))))................))))),,))))....)))))))))))))}...,((((..({...))..))))))))))))...})))))))))))))}(((((((((((({((((........}}}}}}...,((({,,((((........))))))}}..((((((((.((((.....)))).))))))))..{((({.................)))))}|||.((((((((.......))))))))..((((..((((.....))))..))))........,,||||},,....}})}))))))))))))})))))).....((({{(((((.....(((....)))))))))))))))))))}.....,,...|{{{{{{{.......}}||||}}.....,,)),}))),..)))))))))..)))).