Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001289420.1
Sequence Length
1063 nt
GC Content
0.6087
CCGCACGCUCCGCCCGAUCGGCCAGGGCUGGGGGCGCUGGGGGCGCUACGGGCGCGGCGGGUGCCUGGGAGCUGCUGGGAGUCCUUGUUUCCGCUCCCGCCCAGGACUGUGCGCUCGGCUCGCGGUGGGGUCCGGCGGGCGCGGCUUCGGCGGGCGGCAGCCGCUGCAGACGAGCUGCGGAGACGGAGUUUCGUCAUGUUGGCCAGGCCCAUUUGAGAUCUUUGAAGAUAUCCUCAACGUGAGGCUCUGCUGCCAUGAAGGUGAAGAUUAAGUGCUGGAACGGCGUGGCCACUUGGCUCUGGGUGGCCAACGAUGAGAACUGUGGCAUCUGCAGGAUGGCAUUUAACGGAUGCUGCCCUGACUGUCCUCUCCAUGGAGAAAGCAUUUCUAGGUGUUUGGGCUGGUGCCCGCAGCCUGUGCCUGUCCUGGGAGGCAGGGCCCAUCCACAGGCAAGGUGCCCGGCGACGACUGCCCGCUGGUGUGGGGCCAGUGCUCCCACUGCUUCCACAUGCAUUGCAUCCUCAAGUGGCUGCACGCACAGCAGGUGCAGCAGCACUGCCCCAUGUGCCGCCAGGAAUGGAAGUUCAAGGAGUGAGGCCCGACCUGGCUCUCGCUGGAGGGGCAUCCUGAGACUCCUUCCUCAUGCUGGCGCCGAUGGCUGCUGGGGACAGCGCCCCUGAGCUGCAACAAGGUGGAAACAAGGGCUGGAGCUGCGUUUGUUUUGCCAUCACUAUGUUGACACUUUUAUCCAAUAAGUGAAAACUCAUUAAACUACUCAAAUCUUGCUGGAGGCCUCUGGGUGCCUGUGUUCUCGGCAUAUAGAUGUGGUCUCGGUGUGUUUUGAUAUGAAAACUCUCAUGAAUAAACAUCUCCGUGAAACGCCAAGGCCCUCGUCAAACCCUGAGUCAUGACUGGGAGGAGAAGGAGCAGGAUCAGACGGUAGAGCCUGGGGCAUGCUCUUCAGGCAUGCUCUUGCCUGCUGGAUUGCCGGCGGCGGCCCUGGGACCCUCCCUCAGGCUGGCUCUGAGGGACCCUGGCUGUGCAAAGCUGGCGGCCACUGCUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-464.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -483.20
Frequency: 0.0000
Diversity: 345.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..((((((((((.........))))..)))))).)))((.((((((..(((((((((((.((.(((.((((((((.(((((......((((.((((((..(((((.(((((.......)).))).))))))))))).))))....((((((((((.((((..(((((((((((.((....)).)).)))))).)))))))...)))((((((((((((....))))...))))).)))(((((((((((.(((....))).......(((((((...((.((.(((..((((.((.(((((((((...((((..........))))..((((.((((((((...)))))))).)))).(((.((((.(((.(((.(..((((....((((...(((((....)))))..)))))))).).))))))))))))))).))))))).)).))))..))))).))....((((((((((((((((((.(((((....))))).))))))))((..((((.((......)).)))).)).)))).)).)))))))))))(((((.((.((..(((....)))..)).))...(((((((((......))).))))))...)))))((((((...(((((((((((((((.(.(((...)))(((((((((((((((((..(((((.((.((((((.((((((((.((.......)).))))))))....(((((.(((((...........))))))))))....................)))))).)).))..))).))))))...)))))))))))....((((.(((((.((((((((((......)))))..(((((............))))).))))).)))))..))))......).)).)))))..))))))))......))))))....)))))))))))((((((((((.....)))))))))).)))))))))))).))))))))..))).)).))))(((((((((.....))))))))).....)))))))...).))))).)).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{(({(((((((((,......,.})))..}})))|,|},||{((({.,.}))||{{{((((.((.(((.((((((((.(((((..,...((((.((((((..(((((.(((((.......))},}).))))))))))).))))...{((((((((((.((((,.(((((((((((.((....)).))}}})))).))}||||,,.|||((((((((((((....})))...))))).))){((({{{{{{({{,{,..|}|,.......,{{(((,...|}}|{((((((((({....,}))))))),.}|,{{....,,,}|,))}},,((((.{(((((({...}))))))}.)))).,{(,(({({(((.,(({({{((((,...,|||}}}|((((..,,|||}|{,||||,|||{{{|,,||||,||},,,}))}}}}))})))))))}))),,)})}.}..,,))))(({((.((.(((((..((((((....(((((({.{(((...)))|{{,....{(((.(((({....(({{{(((....)))))))....))))).))))}}|.}))))))....)))))}.))))).)))})))}}}}..)))))))))|{((({...(((((((((({{({{{{.(((...|||(((((((((((((((((..(((((.((.(((((({((((((((.((.......)).))))))),.}}.{((((.(((((...........}))))))))}....................}})))).)).}),,})).))))))...)))))))))))....((((.(((((.(((((((((,..,{{{|,,,,..|||||...,,,},,..,)),)).))))).)))))..))))....,,,.)).)))))..))))))))..,,,,)))))},.,.}|||||}||}}((((((((((.....)))))))))).)))))))))))).))))))))..))).)).))))(((((((((.....})))))))),,,|||||||}|...},,))))))}..,)}..
Back