Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001289908.1
Sequence Length
1665 nt
GC Content
0.3742
ACCAGAGCUUGUAGAAACCACUUUAAUCAUAUCCAGGAGUUUGCAAGAAACAGGUGCUUAACACUAAUUCACCUCCUGAACAAGAAAAAUGGGCUGUGACCGGAACUGUGGGCUCAUCGCUGGGGCUGUCAUUGGUGCUGUCCUGGCUGUGUUUGGAGGUAUUCUAAUGCCAGUUGGAGACCUGCUUAUCCAGAAGACAAUUAAAAAGCAAGUUGUCCUCGAAGAAGGUACAAUUGCUUUUAAAAAUUGGGUUAAAACAGGCACAGAAGUUUACAGACAGUUUUGGAUCUUUGAUGUGCAAAAUCCACAGGAAGUGAUGAUGAACAGCAGCAACAUUCAAGUUAAGCAAAGAGGUCCUUAUACGUACAGAGUUCGUUUUCUAGCCAAGGAAAAUGUAACCCAGGACGCUGAGGACAACACAGUCUCUUUCCUGCAGCCCAAUGGUGCCAUCUUCGAACCUUCACUAUCAGUUGGAACAGAGGCUGACAACUUCACAGUUCUCAAUCUGGCUGUGGCAGCUGCAUCCCAUAUCUAUCAAAAUCAAUUUGUUCAAAUGAUCCUCAAUUCACUUAUUAACAAGUCAAAAUCUUCUAUGUUCCAAGUCAGAACUUUGAGAGAACUGUUAUGGGGCUAUAGGGAUCCAUUUUUGAGUUUGGUUCCGUACCCUGUUACUACCACAGUUGGUCUGUUUUAUCCUUACAACAAUACUGCAGAUGGAGUUUAUAAAGUUUUCAAUGGAAAAGAUAACAUAAGUAAAGUUGCCAUAAUCGACACAUAUAAAGGUAAAAGGUCAAUCUAUGCUGUAUUUGAAUCCGACGUUAAUCUGAAAGGAAUCCCUGUGUAUAGAUUUGUUCUUCCAUCCAAGGCCUUUGCCUCUCCAGUUGAAAACCCAGACAACUAUUGUUUCUGCACAGAAAAAAUUAUCUCAAAAAAUUGUACAUCAUAUGGUGUGCUAGACAUCAGCAAAUGCAAAGAAGGGAGACCUGUGUACAUUUCACUUCCUCAUUUUCUGUAUGCAAGUCCUGAUGUUUCAGAACCUAUUGAUGGAUUAAACCCAAAUGAAGAAGAACAUAGGACAUACUUGGAUAUUGAACCUAUAACUGGAUUCACUUUACAAUUUGCAAAACGGCUGCAGGUCAACCUAUUGGUCAAGCCAUCAGAAAAAAUUCAAGUAUUAAAGAAUCUGAAGAGGAACUAUAUUGUGCCUAUUCUUUGGCUUAAUGAGACUGGGACCAUUGGUGAUGAGAAGGCAAACAUGUUCAGAAGUCAAGUAACUGGAAAAAUAAACCUCCUUGGCCUGAUAGAAAUGAUCUUACUCAGUGUUGGUGUGGUGAUGUUUGUUGCUUUUAUGAUUUCAUAUUGUGCAUGCAGAUCGAAAACAAUAAAAUAAGUAAGUAUGUACCAAAAAAUAUUGCUUCAAUAAUAUUAGCUUAUAUAUUACUUGUUUUCACUUUAUCAAAGAGAAGUUACAUAUUAGGCCAUAUAUAUUUCUAGACAUGUCUAGCCACUGAUCAUUUUUAAAUAUAGGUAAAUAAACCUAUAAAUAUUAUCACGCAGAUCACUAAAGUAUAUCUUUAAUUCUGGGAGAAAUGAGAUAAAAGAUGUACUUGUGACCAUUGUAACAAUAGCACAAAUAAAGCACUUGUGCCAAAGUUGUCCAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-400.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -431.20
Frequency: 0.0000
Diversity: 355.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((((..((................))..))))))))..((((((((((.........((((..(((.............)))..))))......((((((((.((((((((((((((((..(((..((((((((.(((.((..(.((((.(((((((....))))))))))).)..)).)))((..(((((.((((((((.(((((((......))).))))))))))))...)))))..))....)))).))))....)))..))))))))))).....))))).)).....))))))...(((((((((((((((((((((......))).......(..(((((((..(((...(.(((((((((((......)))))))).))).)...))).)))))))..).((((((((((((.((.(....((((((...............))))))).)).)))).))))))))......((((((((........))))))))..)))))........................))))).((((.(((.((.....(((((((...(((((((...((((((((((....(((....(((((((.....((.((((((...((.(((.(((..........))).))).)))))))).)).((((....)))).((((.((....)).))))....((((((...((((......((((((((((((..................((((.......))))........(((((((.(((((((((((((.......((.(((...............))).)).....)))))))))...............))))))))))).)))).))))))))......))))......))))))............))))))).....(((((((....)))))))..((((((((....((((.(((((((((....(((.......)))...))).))))))...))))....))))))))(((........)))(((.......)))..)))....)))))))))).((((((((((..((((((.......)).)))).......(((((((.......)))))))....((..((((...))))..)).....))))))))))..........(((.(((.((......)).))).)))))))))))))))))..))))).))))((((((.((..(((..(((((((.((((((.........(((..........))).((((((((((....(((.(((.(((....((((((.(((((.(((((((((...((((....))))....))).))))))...........((((((((((.((((((......(((((((......)))))))....))))))))))))))))))))).)))))).)))))))))..)))))))))).....)))))).)))))))...))).)).))))))......(((((((......)))))))...))))))))((((.((((..((((((((((((...(((.(......).)))..))))))))))))))))...))))................))))))))))...................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,,...((((((((..((................))..))))))))..,{((((({((.....,..,,||,,,.,|},,..}}.....{((((((((,..(((((((((.,({(,..||||}|((((((((((.{(((.(((((.((({(({{(.((((.(((((((....))))))))))).}..,}.}}},,..(((((.(((((((({(((((((......))).))))))))))))...})))).,},....))))|)))}..{,,..,,|}}...,,||{{{.{{{{..,.,)}})))))}))))))))}.})))),,)))).{{{{(......))}..))......(((((((..(((.{.(.(((((((((((......)))))))).))).}.,.))).)))))))..)))))).))}.}}.,)))))))},||||{((,(((({.{{{.........,,|||,||,,|||||}{({{{,{{{((((({{,.......)))))))|{|||||}..,,,,...............,||||||.,,.{{{,,,.,...|||,{{,,,,,,||||,,,....((((((((((....(((....(((((((.,,,,((.((((((.,,({,(((.(((..........))).))).)))))))).}}.,{{{,,,,}}||,(((,.{{....,}.}}},....{{(({{.,,{{{{......((((((((((((........,....,,...((((.......))))........(((({((((((((((((((((.......((.(((...........,...))).)).....))))))))).,.............))))))))))).)))).))))))))..,,,.||}}...,,,))))}}..,.........))))))}.....(((((((....))))))).{((((((((....((((.(((((((((....(((.......)))...))).))))))...))))..,.))))))))|,|,..,,..,))}||{.......}},..)))....)))))))))).{{{{{||{{|..((((((.......)).)))).......,,{{{{{....,,,)))}|||..,{(,..,|||...}))|..||.....}}})}}}}}}....,..,.,|||.|||.{(......)},||}.,}},,})))})}}})))}.)))})})}},{(((((.((..(((..(((((((.((((((.........(((..........))).((((((((((....(((.(((.(((....((((((.(((((.{((((((((,..((((....))))....))).)))))),.........,((((((((({{((((((......{((((((......)))))))....))))))))))))))))))))).)))))).))))))))}..)))))))))).....)))))).))))))).,.))).)).))))),......(((((((......)))))))...........{|||.((((..{(((((((((((...(((.(......).)))..))))))))))))))))...|||}...,,,.{{{{{{...,,,,},))))}}...,}}}}},.......
Back