Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001290009.2
Sequence Length
2801 nt
GC Content
0.4863
ACUUCCUCCUCGGGGGCCUCAGAAAACCACAGGGCGCGGGGCCAGGGCGGCGGCCCCCAGGGAGUUGGCAGGAUGGCAGAGGGCAAGGCAGGCGGCGCGGCCGGCCUCUUCGCCAAGCAGGUGCAGAAGAAGUUUAGCAGGGCCCAGGAGAAGGUGCUGCAGAAAUUGGGGAAAGCUGUAGAAACCAAAGAUGAACGAUUUGAACAAAGCGCUAGCAACUUCUACCAACAACAGGCAGAAGGCCACAAGCUGUACAAGGACCUGAAGAACUUCCUUAGUGCAGUCAAAGUGAUGCAUGAAAGUUCAAAAAGAGUGUCAGAAACCCUGCAGGAGAUCUACAGCAGCGAGUGGGACGGUCAUGAGGAGCUGAAGGCCAUCGUAUGGGUAAGAGUGGCUUGAGUUUUACAACUUAUUGGCACUUACUCCUGUUUGCAUCUCAACCUCAGCUUAGCUUCUCUAUCCAAGAAAAUAGGAAAACAAAGGAGCCAGUUCACACUGUGCAUUUGUGUAGCCUCAGUCACUGGGUGGUAGGAAGAAGCUACAACUGUUAAGGUAAAAACAAGUUUUCCCUAAUCUGUGGAUCCCUCUAAUUUUGACCCUCUUCUCCUCUUUAAAACAUUAUGGGAAGUUUUACCUCCUAAAGAUUGGUUGUUUUUUAAAACAAACUUCAUGCAGUUAUACACUCUUAAACUUUCCCAUCUAAGCUCUGGAGUCCAAGGCUUUGACCUUGUGCCCUGUUCUUAAUCUCUGAAUGUAUGUUCAGACUCCCAUAGAGCAGUUCCUUGGGGUAGGGGCUGUCUCUUUUCUUCCUCUGACUAGUCCCCAGAAUCCAACAUGGUAUUCUAAAUACGGUGCUACAAAAAAGGUUUUUGCAGGGAGAAUUUGGGUAUUUCCCUGGUAGGCAGUUGUUGUUGGGAAGUGGAGCCUUCACCAGCCUCUGACUCUAUCCUACAGAAUAAUGAUCUCCUUUGGGAAGACUACGAGGAGAAACUGGCUGACCAGGCUGUAAGGACCAUGGAAAUCUAUGUUGCCCAGUUCAGUGAAAUUAAGGAGAGAAUUGCCAAGCGGGGUCGGAAACUCGUGGACUAUGACAGUGCCCGACACCACCUGGAGGCAGUGCAGAAUGCCAAGAAGAAAGAUGAGGCCAAGACUGCCAAGGCAGAGGAAGAGUUCAACAAAGCCCAGACUGUGUUUGAAGAUCUGAACCAAGAACUACUAGAGGAGCUGCCUAUUCUUUAUAAUAGUCGUAUUGGCUGCUAUGUGACCAUCUUCCAAAACAUUUCCAACUUGAGGGAUGUCUUCUACAGGGAAAUGAGCAAGCUGAACCACAAUCUCUACGAGGUGAUGAGCAAACUGGAGAAGCAACAUUCCAAUAAAGUCUUUGUGGUGAAGGGACUGUCAAGCAGCAGCAGGCGCUCUUUAGUCAUUUCUCCCCCAGUUCGAACAGCUACAGUCUCCAGUCCUCUUACCUCACCUACUAGUCCCUCUACACUUUCCUUGAAGAGUGAGAGUGAAUCUGUCUCAGCAACUGAAGAUCUGGCACCUGAUGCAGCCCAAGGGGAAGACAAUUCUGAGAUCAAGGAGCUCUUAGAAGAGGAGGAAAUAGAGAAGGAAGGAUCUGAAGCAAGCUCCUCUGAGGAAGAUGAGCCUCUACCAGCCUGCAAUGGCCCCGCCCAGGCCCAGCCCUCUCCUACCACUGAAAGGGCCAAGUCCCAGGAGGAAGUUCUCCCCAGCUCCACAACUCCAUCACCAGGCGGAGCCCUGAGCCCUUCAGGGCAGCCUUCAUCAUCUGCCACAGAAGUAGUCCUCCGAACCCGCACCGCAAGUGAAGGAUCUGAACAACCAAAGAAGAGAGCCUCUAUCCAGAGGACCUCAGCACCCCCUAGUAGGCCUCCUCCACCCAGAGCCACUGCAAGCCCCAGGCCCUCCUCAGGGAACAUACCUUCCAGCCCUACAGCCUCUGGAGGGGGUUCACCCACCAGCCCUAGGGCCUCCUUGGGGACUGGGACUGCAAGUCCUAGGACCUCCCUAGAGGUCUCUCCUAAUCCAGAACCACCAGAGAAGCCAGUAAGAACUCCUGAGGCCAAAGAAAAUGAAAACAUCCACAAUCAGAACCCUGAAGAACUUUGUACUUCCCCCACCUUAAUGACAUCUCAGGUUGCUUCAGAGCCUGGAGAGGCAAAGAAGAUGGAAGACAAGGAAAAGGAUAAUAAGCUUAUCUCAGCUAACUCCUCGGAGGGCCAAGACCAGCUUCAAGUCUCCAUGGUACCAGAAAACAACAACCUCACAGCACCUGAACCUCAAGAAGAGGUAUCCACAAGUGAAAAUCCACAACUCUGAAGAGAAACUACCAAGACUCCUCCUGCCCCAAACCUCGCCAGAGAAGCUCUUCAACCAGAGGGUAUAGGUCAGAGGGAUAUAAGAGCCAGCAUCCAUCCCUGGGUUCUCAGUAGGAAUGCUGGUGCUGUCUAAAGACCUGGCAUUAAUGGAGGCGGAGGAGCAGCCUUACGGGAGGGAUGGAGGGAGGCAGGCUGGGGAGAAGAGAACAUUAGACUCAGGGAAUAUUUAAUUCUGGUUUUAGCAUUAUUAGAAUAAGACUUUAUACAUUAACUAAAGUGGAGCUUUAAUCACUAUAAAAAGCAAAAGUAUCUAUAGACACAGACACUUGCCUAUACAGAGACAUAACCACACACACUCAGAGGAUAGUGAACAAAUCUGUCUUUGACUUACGACCCAUUUUGCAAGACUUAAAGCCGGAAGAACACAUUUUCAGAUUGUUAAAUAAAGUCUGAUUCUGACUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-878.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -930.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 555.41
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((.(((((((((((........(((((...(((((.((((((.((((.(((((((((((.....((((..((((((.(((.(((((((...))).))))))).))).((((((.(((.(((.(((((.((((.(((........))).))))..))))).(((((((.(..(((...((((.........))))......((....))..(((((.((.......)).)))))..(((..((((((((((((...........))))).)))))))....))).((((((((.(((....(((((.(((((((.....(.(((.(((((((((.(((((((((((..((....(((((.(((..((((........((((((.(......).)))))).......))))..))))))))....)).)))))..))).)))(((((((((((((((.((....(((...(((((...((((((....)))).)).)))))....)))...))..))))))).....)))))))).........(((.((((.....)))).)))...)))))))))))))...))))))).)))))..................(((((.((...)).))))).........(((((....)))))))))))))))).........)))..).))))))).((.(((((.(((...))).))))).)).))).))))))))).......(((((((....))))))))))))))....)))))))))))((((((((((.((((((((((((((((......(((((((((((((...))).))))).((((((..((((((((((...))))))((((((((.........))))))))((((((((((.(((((((((((......)))).)))))((((..((((.((((((((........((((((((((.....))).)))))))..((((....)))).)))).)))).(((((....)))))..(((((((((..(..........)..))))))(((.(.((.(((((..(((.((........)))))..))))).)).).))).((((((.......(((..............)))....))))))..)))))))..))))............(((((...))))).((.(((......))).)).....)).)))))))))).........))))))))))((((((...(((.((((((((.....(((((((.....((((.....)))).....))))))).....(((((...(((........(((((((.(((...(((((((((((.......(((........))).((.((((.(((((...(((.((.....)))))...))))).)))).)).............)))....)))))))).)))))))))).........((.((((.((((((......)))))))))).))...))).)))))....)))))..)))))).....))))))...))))).......(((((((.(.....).)))))))))))))))))).))))).(((.(((.((......)).))))))..........))))))))))..........)))))))))).))))).))))).........))))...))))....)))))))))))))(((((((((((((....(((((((.((((((...(((((((.....))))))).))))......((((...))))........((.((.((..(((.....)))..)).)).))............(((..(((((....)))))..)))......(((....(((((((((((...(((.....))).((((....((((((((..((((..............))))...(((((.(((((((.....))).((((((((((((...)))))))).))))((((...))))(((((.....))))).(((.((((.................)))).)))........)))).)))))........................((((....))))....((((((.(((((..(..(((..((.(.(((((((((.......))))).)))).))))))..)..)))))))))))...((((.....((((......))))...)))).)))))))).......))))...(((((((((((.((((..........((((...(.(((((..((((..((((((.(........(((......)))..(((((..(((.........((.......)).........)))..))))).).)))))).....))))...)))))).))))......((.((((((((((....((((....))))..)).)))))))).))(((....))))))).))).)))))))))))))))..))))...))).)))))))))...))..)))))))))))........(((((.(((((...(((((((((((((((((((...............((((((.........))))))...(((((...........)))))..((((.(((........))).)))).......((((((((........(((..((....))..)))........)))))))).(((.(((......))).)))..)))))))))))..................))))))))...))))).)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((((((((.(((((((((((........(((((...(((((.((((((.(((({(((((((((({,{...{(((..((((((.(((.(((((((...))),})))))).))).{(((((.(((.(((.{((((.((((.(((........))).))))..)}}}}.(((((((.{..(((...{{{{.........)))}......((....))..(((((.((.......)).)))))..{{{..((((((((((((..,.....,..))))).)))))))....}||.(((((({{{(({....(((((.(((((((.....(.(((.(((((((((.(({((((((((..((,{..(((((,(,({{((((..,,,...({{{((.(,.,.,.),)))}}}..},)),)))).))))))))),...}}.))))}.,}}},}}}(((((((((((((((.{{....(((...(((((...((((((....)))).)).)))))....)))...}}..))))))).....))))))))...,,|{{.,||.,,,|....,))}},}}},,,))))))))))))}...))))))).)))))..,,{,,,,.........,{(({.({...}}.}}}}},,},..}},(((({....)))))))))))))))).,,......)))..}.))))))).{(.{((((.(((...))).))))}.)).))).))))))))).......(((((((....)))))))}}}}}}}...}))}))))))))}{{{{((((({((((((((((((((((...,..(((((((((((({...})).))))).((((((..{((({{{{((,,.,}}}}}((((((((,,......,))))))))((((((((((.({(((((((((......)))).)))))((((..((({.((((((((........((((((((((.....))).)))))))..((((....)))).)))),,))).(((((....))))).,(((((((((..{..........}..))))))(((.(.,({(((((..(((.((........)))))..))))).)).,}))).((((((.......(((..............)))....))))))..)))))))..)))),{{{{{{.{{..,,,,)}.})}}})}|{.(((......))).}}.....}).)))))))))),}}},....))))))))))((((((.,.(((.((((((((.....(((((((.....((((,...,)))).....))))))).....(((((...{,,........(((((((.(((...(((((((((((........,{........}||.((.((({.(((((...(((.((.....)))))...))))).}))).))...,|,..,.,..)))....)))))))).))))))))))........,{{.((((.((((((......)))))))))).)}...})}.)))))....)))))..}))))).....))))))...))))).......(((((((.(.....).)))))))))))))))))).))))).{{.,(((.((......)).))))}},,,,......}}))))},})},}}},,...)))))))))).))))).))))).........)))}..,))))....))))))))))))|(((((((((((((.,..(((((((.{{{(((,,,(((((((,...,))))))).}}}}......||||,,.}}}}.,,.{{,,({,{,.({.,({{.,...))).,)),)),},.........,..(((..(((((....)))))..)))....,{(((..{{(((((((((((...,,,.,,..,|}.{{{{....((((((((..{(((........,|,,..,.|,...(((((.(((((((,....))).{{{{((((((((...)))))))).||||((((...))))||||({{{{{,,,,)}|||}((((.................)))).}}}........)))).)))))....,....{{.....,,......{(((....))))....((((((.(((((..{..(((..((.(.(((((((((.......)))))}}))).,))}))..)..)))))))))))...((((.....((((......))))...)))).))))))))..,....))))...(((((((({((.((((..........{{{{...(.{{{{{.{((((..,,,|||}}........(((......)))..(((({..{||.........,{..,,{{,||{,,.....,|||..,}|||...}}))}}.....))))...,}))}),)))),.....((.(((((((({{.,..((({....})))..))}}))))))).))(((....))))))).))}.}))))))))))))))..)))),}}))).))))))))).,.))..))))))))))),.......{{(((,(((((,..{,,,,,,|||||||||{{,.....{{{(({{.{{{((((({...,,,,,,{{{{({{.{((({...........,}}||,.,{((.(((.,,,....}}}.}}})},,},,.((((((({........{{(..({...,}}..)))........)))))))).,,,.,{,....,,))).,,}..})))))})))),{,....,}}))).,..,))}}})))}}}))),)})))))...
Back