Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001290230.2

Sequence Length

2060 nt

GC Content

0.4743

AUUGUUUCAAGUUGGCCAAAUUGACAAGAGCGAGAGGUAUACUGCGUUCCAUCCCGACCCGGGGCCACGGUACUGGGCCCUGUUUCCCCCUCCUCGGCCCCCGAGAGCCAGGGUCCGCCUUCUGCAGGGUUCCCAGGCCCCCGCUCCAGGGCCGGGCUGACCCGACUCGCUGGCGCUUCAUGGAGAACUUCCAAAAGGUGGAAAAGAUCGGAGAGGGCACGUACGGAGUUGUGUACAAAGCCAGAAACAAGUUGACGGGAGAGGUGGUGGCGCUUAAGAAAAUCCGCCUGGACACGCUGCUGGAUGUCAUUCACACAGAAAAUAAACUCUACCUGGUUUUUGAAUUUCUGCACCAAGAUCUCAAGAAAUUCAUGGAUGCCUCUGCUCUCACUGGCAUUCCUCUUCCCCUCAUCAAGAGCUAUCUGUUCCAGCUGCUCCAGGGCCUAGCUUUCUGCCAUUCUCAUCGGGUCCUCCACCGAGACCUUAAACCUCAGAAUCUGCUUAUUAACACAGAGGGGGCCAUCAAGCUAGCAGACUUUGGACUAGCCAGAGCUUUUGGAGUCCCUGUUCGUACUUACACCCAUGAGGUGACUCGCCGGGCCCUAUUCCCUGGAGAUUCUGAGAUUGACCAGCUCUUCCGGAUCUUUCGGACUCUGGGGACCCCAGAUGAGGUGGUGUGGCCAGGAGUUACUUCUAUGCCUGAUUACAAGCCAAGUUUCCCCAAGUGGGCCCGGCAAGAUUUUAGUAAAGUUGUACCUCCCCUGGAUGAAGAUGGACGGAGCUUGUUAUCGCAAAUGCUGCACUACGACCCUAACAAGCGGAUUUCGGCCAAGGCAGCCCUGGCUCACCCUUUCUUCCAGGAUGUGACCAAGCCAGUACCCCAUCUUCGACUCUGAUAGCCUUCUUGAAGCCCCCAGCCCUAAUCUCACCCUCUCCUCCAGUGUGGGCUUGACCAGGCUUGGCCUUGGGCUAUUUGGACUCAGGUGGGCCCUCUGAACUUGCCUUAAACACUCACCUUCUAGUCUUGGCCAGCCAACUCUGGGAAUACAGGGGUGAAAGGGGGGAACCAGUGAAAAUGAAAGGAAGUUUCAGUAUUAGAUGCACUUAAGUUAGCCUCCACCACCCUUUCCCCCUUCUCUUAGUUAUUGCUGAAGAGGGUUGGUAUAAAAAUAAUUUUAAAAAAGCCUUCCUACACGUUAGAUUUGCCGUACCAAUCUCUGAAUGCCCCAUAAUUAUUAUUUCCAGUGUUUGGGAUGACCAGGAUCCCAAGCCUCCUGCUGCCACAAUGUUUAUAAAGGCCAAAUGAUAGCGGGGGCUAAGUUGGUGCUUUUGAGAACCAAGUAAAACAAAACCACUGGGAGGAGUCUAUUUUAAAGAAUUCGGUUGAAAAAAUAGAUCCAAUCAGUUUAUACCCUAGUUAGUGUUUUGCCUCACCUAAUAGGCUGGGAGACUGAAGACUCAGCCCGGGUGGGGCUGCAGAAAAAUGAUUGGCCCCAGUCCCCUUGUUUGUCCCUUCUACAGGCAUGAGGAAUCUGGGAGGCCCUGAGACAGGGAUUGUGCUUCAUUCCAAUCUAUUGCUUCACCAUGGCCUUAUGAGGCAGGUGAGAGAUGUUUGAAUUUUUCUCUUCCUUUUAGUAUUCUUAGUUGUUCAGUUGCCAAGGAUCCCUGAUCCCAUUUUCCUCUGACGUCCACCUCCUACCCCAUAGGAGUUAGAAGUUAGGGUUUAGGCAUCAUUUUGAGAAUGCUGACACUUUUUCAGGGCUGUGAUUGAGUGAGGGCAUGGGUAAAAAUAUUUCUUUAAAAGAAGGAUGAACAAUUAUAUUUAUAUUUCAGGUUAUAUCCAAUAGUAGAGUUGGCUUUUUUUUUUUUUUUUUGGUCAUAGUGGGUGGAUUUGUUGCCAUGUGCACCUUGGGGUUUUGUAAUGACAGUGCUAAAAAAAAAAAGCAUUUUUUUUUUAUGAUUUGUCUCUGUCACCCUUGUCCUUGAGUGCUCUUGCUAUUAACGUUAUUUGUAAUUUAGUUUGUAGCUCAUUAAAAAAAUGUGCCUAGUUUUAUAGUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-645.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -683.39

Frequency: 0.0000

Diversity: 418.87

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.............(((((.........(((((..((.....)).)))))((.((((.((((((((...(((.(((((((((((..(((.(((.((((...)))))))...)))..........))))))..))))))))...))))).))).)))).))..((((.((.....(((((..((((.....))))..))))).....)))))).((((((((.((.(((...(((((((..((....((((((((.((((((((((((((((((((((((...(((..((((((...((.((((((..........(((((....(((((......))))).(((((((((..............))))))))).(((((((..((....))..)))))))(((((.........)))))...))))))))))).))))))))((..((((((((..((((.((((.((.((((((...(((.........)))....((((..........))))((((((..((((((((.((((((((((.....))))))......((((((((....((......)).....))).)))))(((((((((..((....(((((((.((.(.(((((((.(((.((((((...)))))).((((((...)))))).))).))))..(((..((((....))))..)))......))).))))))))))..))..)))))))))..((((((...))))))...((......))..((((((((((.(.(((((...(((((...(((((....(((.((........))...)))......)))))(((((.............))))).))))).)))))).))...))))))))...)))).))))....)))).))))))..........(((((((....(((((.((.((((...(.((((...)))).)(((((...(((((.(((((((......................)))))))...)))))))))))))).)).)))))......)))))))...)))))).)).)))).))))..))))))))...))....)))...)))))))..)))...)))).))))))))((((((.(((((....))))))))))).(((..((((((.((....(((((((((..(((((...(((((.(((......)))..)))))(((((((((((((((..(((((((((..((((((.......))))))((((.(((((((.((....((((....))))....)).))))))))))).(.(((((.((....)).))))).)..........)))))))))..(((((((((...((......))...)))))))))(((((((.............((..(((...(((((((((....(((((((..........))))))).))))))))).)))..))..))))))).((((((((.(.(((((((.......))))))).).)))..))))).((((((((((.(((((.((.....)).)))...........(((((...((((....)))).)))))((((............))))......(((((((((((((.........((((..(((((...))))).......(((((((.((...((((((.....))))))...)).)))))))....)))).....)))))))))))))..)).))))))))))))))))..))).))))))............(((((...)))))((((((((....(((....))).....))).)))))....)))).)..)))))))))...)).)))))).)))......)).))))))))))..)))))))...(((((........(((((..((((((((((((....))))))))))).)..)))))......)))))..))).)).))))))))(((((.(((...............))).)))))............)).)))...............

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,{{{...,{.,.((({,.........(((((..((.....)).)))))((.((((.((((((((...(({.(((((((((((..(((.(({{((((...)))))})...)))..........))))))..)))))}})...))))).))).)))).))..((((.((.....(((((..((((,...,))))..))))).....)))))).((((((((.((.(((...(((((((..((....((((((((.(((((((((((((((({(((((((...(((.,((((((...((.((((((..........(((((....{((({......))))}.(((((((((..............))))))))).(((((((..((....))..))))))){(({{.........}))))...))))))))))).))))))))||..((((((((..((((.((((.((.((((((.,.(((.........)))....((((..........))))((((((..((((((((.((({((((((.....))))))....,{(((((((({{,,({.,,,.{|.{{{.{|||{||||,(((((((((.,({....(((((((,{{.,..,,((((.(((.((((({...)))))).((((((...)))))).))).)))),{(({{{((,{,....,,,,,,))}}.,,,)}.,}),})))))),,})},)))))))))..|,{{{,...,}}}},.}})}}}...})).}||||||||||}|.(((((,,,(((({...{{{{{....{||.{{|,,,,}),)),,,))),,....))})){((((,,,,,........}}))).})))).}})))),),...}}}}}}}},..)))).})))....)))).))))))..........(((((({....(((((.((,({{{...||{(((..,|||,.|(((((...((({{.(((((((......,...............)))))))..,)))))})))))))).)).)))))......)))))))..,)))))}.)).)))).))))..))))))))...|,....)))...)))))))..}},.}}))))}}}))))))((((((.(((((....))))))))))).{{(..((((((.{{....(((((((((..(((((...,{{{{,(((,,....||}.,}|}},(((((((((,{{{{{...((((((((.,((((((.......))))))((((.(((((((.((....((({....})))....)).))))))))))).(.(((((.({....}).))))).)..........)))))))){{,{((((((((...,,.,....}}...)))))))))||,,{{{.,,...,,.{{,,{{{,{{(,..(((((((((....(((((((..........))))))).))))))))).,})}}}...))))))).((((((((.(.(((((((.......))))))).).))}..))))).{(((((((((.(((((,((.....}}.}})}}}},...{{{{(({{...{{{{...,))))|||,|(((((..........,.))))},,,,.(((((((((((((..,....,.((((..(((((...))))).......(((((((.((...((((((.....))))))...)).)))))))....)))).,,..)))))))))))))..)).)))))))))))))))),.))).)))))).}}|,.......(((((...,))))((((((({....{,,....,},.....))).}))))....)))).)..)))))))))...},.)))))).})}......)).))))))))))..)))))))...(((((...,,,..(((((,.,(((((((((((....})))))))))).,,.)))))..}}.,)))))..))).)).))))))))(((((.(((...,,....,,,...))).)))))............)).))).,.,,..,,,},...