Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001291391.1
Sequence Length
1546 nt
GC Content
0.4968
GUUUUCACUUGGUCGGAAUGGGGAGAGUGUGCAAGAGAUCGCUGCGGGACAGGUUCCUAGAGAUCGCUCCGGGACGGUCGUGACGGCCCCCGAGGGACAUGAGAGAAGAGGAGCGGCGCUCAGGUUAUUCCAGGAUCUUUGGAGACCCGAGGAAAGCCGUGUUGACCAAAAGCAAGACAAAUGACUCACAGAGAAAAAAGAUGGCAGAACCAAGGGCAACUAAAGCCGUCAGGUUCUGAACAGCUGGUAGAUGGGCUGGCUUACUGAAGGACAUGAUUCAGACUGUCCCGGACCCAGCAGCUCAUAUCAAGGAAGCCUUAUCAGUUGUGAGUGAGGACCAGUCGUUGUUUGAGUGUGCCUACGGAACGCCACACCUGGCUAAGACAGAGAUGACCGCGUCCUCCUCCAGCGACUAUGGACAGACUUCCAAGAUGAGCCCACGCGUCCCUCAGCAGGAUUGGCUGUCUCAACCCCCAGCCAGGGUCACCAUCAAAAUGGAAUGUAACCCUAGCCAGGUGAAUGGCUCAAGGAACUCUCCUGAUGAAUGCAGUGUGGCCAAAGGCGGGAAGAUGGUGGGCAGCCCAGACACCGUUGGGAUGAACUACGGCAGCUACAUGGAGGAGAAGCACAUGCCACCCCCAAACAUGACCACGAACGAGCGCAGAGUUAUCGUGCCAGCAGAUCCUACGCUAUGGAGUACAGACCAUGUGCGGCAGUGGCUGGAGUGGGCGGUGAAAGAAUAUGGCCUUCCAGACGUCAACAUCUUGUUAUUCCAGAACAUCGAUGGGAAGGAACUGUGCAAGAUGACCAAGGACGACUUCCAGAGGCUCACCCCCAGCUACAACGCCGACAUCCUUCUCUCACAUCUCCACUACCUCAGAGAGACUCCUCUUCCACAUUUGACUUCAGAUGAUGUUGAUAAAGCCUUACAAAACUCUCCACGGUUAAUGCAUGCUAGAAACACAGGGGGUGCAGCUUUUAUUUUCCCAAAUACUUCAGUAUAUCCUGAAGCUACGCAAAGAAUUACAACUAGGCCAGGUACGAAAACACCCCUGUGUGAUCUCUUCAUUGAGAGACAUCCCAGAUGUCCUGCUGAGAUCCGUGCCCUAAGUCACGUGAUACAAAGAGAGCUGAUCCCGGAGCUGAAGCCAGUCCCAGACAGUCUUAUUCUGCCUCUGUUGAUUUGGAGACUAAAUCCACUCAAACCAUUUCAUUCAAAGACCACACUAAAGGAAUUAAGAGCAGAUUAGCCCUUUAACUAGCUUUUCAGAAAGACAGAUGGGCAAAGAAGGCAUCCUGGAUGCCUGGCAGUUAGGAAUAGGCCGACUUUUGAACUAACAGAAGGAUCUGUCCCUCCUCGGGGGAAGAGCACAAAACAAGGACACUCCCCAGAUUCACAGUGACCGAUUAUCAGUAUGUCACAAGAAGCCAGUCUUGCAGAGCAGAAGCAUGCAACCAGUAGUAUUUACAUCUGAAUCUUACUGCCUGUCCUCCAAAUGAUUUAAUUAGGUAAUAAAUUUACAUGCCAUUCAUGCAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-458.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -488.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 511.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((.((((..(((..(((((((((.((.(((.((((.(((.((((....))))))).))))....((((..(((((...))))))))).((((..(((((((((.((.(((((((((.((((..(((((.....))))))))).)))....((((((((.....................(((...)))...........(((((((.(.(((.......))).)..)))))))....(((((....((((...((...(((((........)))))...))))))...))))).((((((.....(((((.(((((.(((((((((.(((((((.((((((.((((..(..(((...((.........)).)))..)..)))))))))).).)))))))))..)))))))))...)).)))))...)))))).....((((((...(..(..(.((((((((..((((((.(((..(((((((((((....(((..((...((((((((......)))))..))).))..))))))))........))))))...)))))).....))))))))))).)..)..)...))))))))).))))).......(((.((.(..((....))..))))))........(((((...(((.....))).)))))(((((........((((((((........))))).)))......)))))((((((.(((((.........(((((..((.((((..((((((((..((((....((....))....))))....))))))))......)))).))....)))))))))))))).))....))))).).)))))))))))..))))..........(((((....)))))...((((((....))))))..(((.....)))))).))..)))))))..(((...((((((((....(((((((((((((.((((..(((((........((((((......))))))........))))).......))))...)))).......)))))))))..((((......))))((((((...))))))(((((..((((((((........)))).))).....((.(((((((..(((.((((..(((((..((((...(((((....((((((((((..(((((((((((((((..(((.....(((((...................)))))...)))..))))...........))).))))))))..))))))..))))...)))))...))))....))))).(((((....(((....))).....)))))....(((((((((((((...))))))..............(((...))).))))))).))))..)))...)))))).).)).(((((......))))))..))))).)))))))))))(((((.(((((....))))).))))).))..))).)))).)))........((((...........))))...................
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{{{.((((..(((,{(((({(((({({{,,{.((((,(((,((((,.,{|||||,|,|}}}.|}}{|||,,{((((,,.})}||||||{((({..{((((({,{,(({((((((({(.((({..((((({.,{|||||}}}})|}})|...{{{((.(({.......,}}}.}}......{{{...}}}........||,(((((((.,.(((.......))).|..))))))|,,,{((((((,({{(((((((({,.{{{,,{{,{,.,.}}}||.{||||},(({{,|,,|.(((((,.,{..(((((,({{,{,((((({(((.(((((((.((((((.((((..(..(((...({.....,...,,.)))..)..)))))))))).).)))))))))..)))))),,)}..,}.)))))..}))))))....,,||||({(((({((,{,((((((({{.{(((((.(((..(((((((((((....(((..((...((((((((......)))))..))).))..))))))))........))))))...)))))).....))))))))))).,....,,}||||||||..,,,,||||||,...{((,((,(.,((...,|}..|||||,..,,,}..{{{{{...{{(.,.,.})).)))))|||||...,,,..,{{{,{||,{,..,..,,}))|}}|||.{{{||{||.{((((,((({{........,(((({..{(.((((..((((((((..((((....(,....})....))))....))))))))......)))).}},...)))))))))}}))))))}}..})))).).)}}}||||||,..,,,},.........|||||....))))}.,,((((((....)))))).,|,,.....,||,,,.},..}}}})}}..|||,..,|{{||||....((((((((((({|.||||.,,{{{|,.......((((((......)))))).,..,,..||.,,.....,,,|))..,}},,.....,,))))))))),.((((,,....))))|{||||,,,)}})))}}}}}}))(((((((,.....}.)))).))).....{{{{|{||.{{.,{||||{{..,.)}))})}.)}}))))}}..(((({{((((({(({{((({..,,,..)),}.,,.......,,,.......,.{,........))..,..|}}|||}},|,||||,}}.,||}}|||}}}}}),,},,})},))}}.....{{||{{|,,,))}))))|||.,,,,,...,,,)))..{(((((......)))))),|}))))|||||.,,}||||,.,.,,.|.......|,,,.}))))),}},},...(((((..{{....,)}..))))),,|{..,,.,))}})||,,||}},,))})))},,|(((((.(((({....))))).))))))}},,))).})}}.})}........,{{{,.....}},}.||}}..,}..}},..........
Back