Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001291807.3

Sequence Length

2621 nt

GC Content

0.3899

GUCCUGGCUUCAGCUUCCAACUACAAAGACAGACUUGGUCCUUUUCAACGGUUUUCACAGAUCCAGUGACCCACGCUCUGAAGACAGAAUUAGCUAACUUUCAAAAACAUCUGGAAAAAUGAAGACUUGGGUAAAAAUCGUAUUUGGAGUUGCCACCUCUGCUGUGCUUGCCUUAUUGGUGAUGUGCAUUGUCUUACGCCCUUCAAGAGUUCAUAACUCUGAAGAAAAUACAAUGAGAGCACUCACACUGAAGGAUAUUUUAAAUGGAACAUUUUCUUAUAAAACAUUUUUUCCAAACUGGAUUUCAGGACAAGAAUAUCUUCAUCAAUCUGCAGAUAACAAUAUAGUACUUUAUAAUAUUGAAACAGGACAAUCAUAUACCAUUUUGAGUAAUAGAACCAUGCUUUGGAGAUACUCUUACACAGCAACAUAUUACAUCUAUGACCUUAGCAAUGGAGAAUUUGUAAGAGGAAAUGAGCUUCCUCGUCCAAUUCAGUAUUUAUGCUGGUCGCCUGUUGGGAGUAAAUUAGCAUAUGUCUAUCAAAACAAUAUCUAUUUGAAACAAAGACCAGGAGAUCCACCUUUUCAAAUAACAUUUAAUGGAAGAGAAAAUAAAAUAUUUAAUGGAAUCCCAGACUGGGUUUAUGAAGAGGAAAUGCUUGCUACAAAAUAUGCUCUCUGGUGGUCUCCUAAUGGAAAAUUUUUGGCAUAUGCGGAAUUUAAUGAUACGGAUAUACCAGUUAUUGCCUAUUCCUAUUAUGGCGAUGAACAAUAUCCUAGAACAAUAAAUAUUCCAUACCCAAAGGCUGGAGCUAAGAAUCCCGUUGUUCGGAUAUUUAUUAUCGAUACCACUUACCCUGCGUAUGUAGGUCCCCAGGAAGUGCCUGUUCCAGCAAUGAUAGCCUCAAGUGAUUAUUAUUUCAGUUGGCUCACGUGGGUUACUGAUGAACGAGUAUGUUUGCAGUGGCUAAAAAGAGUCCAGAAUGUUUCGGUCCUGUCUAUAUGUGACUUCAGGGAAGACUGGCAGACAUGGGAUUGUCCAAAGACCCAGGAGCAUAUAGAAGAAAGCAGAACUGGAUGGGCUGGUGGAUUCUUUGUUUCAACACCAGUUUUCAGCUAUGAUGCCAUUUCGUACUACAAAAUAUUUAGUGACAAGGAUGGCUACAAACAUAUUCACUAUAUCAAAGACACUGUGGAAAAUGCUAUUCAAAUUACAAGUGGCAAGUGGGAGGCCAUAAAUAUAUUCAGAGUAACACAGGAUUCACUGUUUUAUUCUAGCAAUGAAUUUGAAGAAUACCCUGGAAGAAGAAACAUCUACAGAAUUAGCAUUGGAAGCUAUCCUCCAAGCAAGAAGUGUGUUACUUGCCAUCUAAGGAAAGAAAGGUGCCAAUAUUACACAGCAAGUUUCAGCGACUACGCCAAGUACUAUGCACUUGUCUGCUACGGCCCAGGCAUCCCCAUUUCCACCCUUCAUGAUGGACGCACUGAUCAAGAAAUUAAAAUCCUGGAAGAAAACAAGGAAUUGGAAAAUGCUUUGAAAAAUAUCCAGCUGCCUAAAGAGGAAAUUAAGAAACUUGAAGUAGAUGAAAUUACUUUAUGGUACAAGAUGAUUCUUCCUCCUCAAUUUGACAGAUCAAAGAAGUAUCCCUUGCUAAUUCAAGUGUAUGGUGGUCCCUGCAGUCAGAGUGUAAGGUCUGUAUUUGCUGUUAAUUGGAUAUCUUAUCUUGCAAGUAAGGAAGGGAUGGUCAUUGCCUUGGUGGAUGGUCGAGGAACAGCUUUCCAAGGUGACAAACUCCUCUAUGCAGUGUAUCGAAAGCUGGGUGUUUAUGAAGUUGAAGACCAGAUUACAGCUGUCAGAAAAUUCAUAGAAAUGGGUUUCAUUGAUGAAAAAAGAAUAGCCAUAUGGGGCUGGUCCUAUGGAGGAUACGUUUCAUCACUGGCCCUUGCAUCUGGAACUGGUCUUUUCAAAUGUGGUAUAGCAGUGGCUCCAGUCUCCAGCUGGGAAUAUUACGCGUCUGUCUACACAGAGAGAUUCAUGGGUCUCCCAACAAAGGAUGAUAAUCUUGAGCACUAUAAGAAUUCAACUGUGAUGGCAAGAGCAGAAUAUUUCAGAAAUGUAGACUAUCUUCUCAUCCACGGAACAGCAGAUGAUAAUGUGCACUUUCAAAACUCAGCACAGAUUGCUAAAGCUCUGGUUAAUGCACAAGUGGAUUUCCAGGCAAUGUGGUACUCUGACCAGAACCACGGCUUAUCCGGCCUGUCCACGAACCACUUAUACACCCACAUGACCCACUUCCUAAAGCAGUGUUUCUCUUUGUCAGACUAAAAACGAUGCAGAUGCAAGCCUGUAUCAGAAUCUGAAAACCUUAUAUAAACCCCUCAGACAGUUUGCUUAUUUUAUUUUUUAUGUUGUAAAAUGCUAGUAUAAACAAACAAAUUAAUGUUGUUCUAAAGGCUGUUAAAAAAAAGAUGAGGACUCAGAAGUUCAAGCUAAAUAUUGUUUACAUUUUCUGGUACUCUGUGAAAGAAGAGAAAAGGGAGUCAUGCAUUUUGCUUUGGACACAGUGUUUUAUCACCUGUUCAUUUGAAGAAAAAUAAUAAAGUCAGAAGUUCAAGUGCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-656.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -710.74

Frequency: 0.0000

Diversity: 579.18

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......((((.((((((..(((.........(((((...(((((((.....((((((((((..((((((((((((.((((....))))...((((((((.............((((.(((((..((((((((....(((((..((((((..(.(((...(((((((..........(((((.((((.((((((((.....(((((.(((((...)))))))))).........((((....))))..(((((((((.(((((...((((....))))..))))).))))..((((...)))).)))))........(((((.((......)).))))).((((((.(((...))).))))))....)))))))))))))))))....(((((......(((.....)))...)))))...)))))))...............((((..(((((((..(((((.(...((((((......))))))..).)))))..)))...)))))))).((((..((((........((((((((....(((((.....((((((.............((((((.(((((...........((((.((((...............)))).))))((((((......))))))....(((((..(((.((......)).)))..))))))))))))))))))))))....)))))))))))))(((((.(((((((..((.....)).)))))))...))))).....(((((((((..(((((((..(((((((....((((....((((.....))).)....))))...))))))))))))))..))))))...))).....(((((....)))))))))))))..))).)..))))))..))))).))).)))))..))))).))))))))))))..))))))))))))......(((((((((((..((((((.......((((((..(((((...((...(((((((((..((...(((....((....((((......))))...)).)))))..))))))))).)))))))...))))))(((((((((...............)))))))))..))))))...(((((((..(((((.........)))))....)))))))..))))))))))).......((((((((((((((((..............((.((((((...((((((((((..........((((((((.(((((((((((.((((.......)))).)))))))........((.((((((((((....((((((......((.(((((........)))))))..((((((((((.(((((((((...(((((....((((((.........((((((((....(((..(((.....)))...)))))))).)))..........))))))....))))).........(((((((((..(((((...(((((......(((((......(((((.(((....))).))))).......))))).........(((((....(((((((((((((((........))))))).))).........)))))..))))))))))....)))))......((((((((.((.(((((((.(((.((((.(((..(((((((((.(....).)))).....))))).....))))))).)))))))..))).)).))))))))((((((((..((.((.((....(((((.(((..(((((.((((.(((.....((((((.(((...((((.((((((((.((((......)))).)))......))))).)).))..)))))))))...((((..((.((((((((......(((((......)))))(((((....)))))...)))))))).))))))))))))))))))))).)))))....)).)).))..))))))))((((((.....))))))........)))))))))...((((...(((((((((..(((.......(((((....))))))))..))))..)))))...)))))))))))))))))...)))))).....))))))...))))))..)))).))....(((.((....)).))).............((((.....))))...((.((((..(((.((....)).))).))))))..)))).))))))))((........)).......))))).)))))...)))))).))................))))....))))))....))))))(((((........(((((((........)))))))....)))))................((((((((((((((((((((((((..........))))))))..)))...(((((.((......)))))))....))))))))..........)))))((.((((((...((((........))))....))))))))..))))))))))....))))))))))))..(((...)))..((((((..(((......))).))))))..................)))..)))))).))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....,((((.((((((..(((..,,,,.{{(((({..,(((((((.....((((((((((..((((((((((((.((((....))))...(((((((,............{((((.(((((..((((((((....(((((..((((((..{.{{{.,,(((((((.,{{{{..,.(((({{((((.((((((({.....((((,{(((((...)))))))))).........{(((....))))...{((((((({((((,..{((({....,},,..,,,,,.,,,,.,||||..,||},..}))}....,}}}|||||}||......,}.,))},.((((((.(({...})).))))))....}))))))))))))))))....|{||||,,...{{{..,,.}||{{,,,,)),..)))))))...............((((..(((((((..(((((,(...((((((......))))))...})))))..)}),..)))))))){(((,,{(((,........(((((((({..,{(((......,,,,||}},........,,((((((.((((({((((...,..,,.,..,}}}}}},,.,,,,....,,,},.,,,(({.(((,...,)))))).,..(((({..{{{.{{......,,.}}}.,)))))))))))))))),,})),....}}}})))))))))((((({((,((,{..((({({....,{{{{{{{{.|,,,.......))}|||||...||||||..,,,||,|},..||||}...}|}},})}},||{,....,.,},}.||,||}}}||||,,..,))))}..,},},....(((((....))))),,,,|||},.}}},),}))))))..))))).))).)))))..))))).))))))))))))..))))))))))))......(((((((((((..{(((((..,...,((((({..{((((,,,(,,{,(((((((((..((,,.(((.....{(({{(,{,.....,))}),,....)))}),.))))))))).)},}))),.,)))))},{(((((((,,.............))))))))},.))))}),..(((((((.,(((((.........))))).,..)))))))..))))))))))).......{(((((((((((((((...,..........,,.((((((...((((((((((..........,.(((((((.((((......)))).))))))}{|{|{||,,|{{({{,....{(,((((((((((....((((((......((.(((((........)))))))..((((((((((.(((((((((..,(((({....((((((.........{{((((((....(((,.{,|,,...)}},,.})}}}})),|||,....|,..,))))}}....}||||....,,,.,((({({{{{..|.,|,,.},........(((((........),}))).,},,,.,,,{{{({,..((((((((((((..,....(((((....,....{({(((((((,......,))))))).)}}..,,{,...,)))),,))}|}..(((((....)))))....,(((((((.((.{((((((.(((.(((,{(((..(((((((((.{....}.)))).....))))).....))))))).))))))).,}}}.)).)))))))|{{((((((..(((.(((,.((({.(({{.....}}))..,.))))....))).))).)))))).}}},..)))))))))))).}}))}}.(((((((((.(..(((.(({,{(..,,{{{,,....,,|||||,((.((((((({......{((((......))))}(((({....}))))...)))))))).))))))},))).)))..}))))))))),},...{{|||{|||{..,,))|(((((.....))))),.,}}}}}}}}||||}||,..{{||,.}|||{{.{{({.{{|,,.....{((((....))))))}),,)),,..}}})),..))}}))))))))))))}..,)))))).....))))))...))))))..)))).))....(((.((....)).)))..,}}},,,..,,||{{...,,))))...((.((((..(((.({....}).))).))))))..,(((((.{({|....)),)))))||.....,,))))).)))))...)))))).,,........,}......))))....))))))},..,}})))(((((.,......(((((((........))))))).,..)))))................((((((((((((((({((((((((..........))))))))..})),..((({{{((......)))))))....,)))))))..........))))){{.((((((...((((........))))....)))))))}..))))))))))....)))))))))))).}},,||||,{{{(((({(,,(((......))).)))}},,||,}}}..}},,.....)))..)))))).}))},,..