Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001294348.2
Sequence Length
3818 nt
GC Content
0.3730
GCUUCCUUCUCUGGGCAGCAGCUCUGUAAGAAGGAAUGUCAGCUUUUACAUAACGUUCCUUUCCGCUUUUGACACACUGUGUGAGGGUCCAUCUUCUUCUGAUCACAGAUGGAGUGGAAUGGCUUGAAGAUGAUAAUUAGCACCAUGGAGCCUCAGGUGUCAAAUGGUCCGACAUCCAAUACAAGCAAUGGACCCUCCAGCAACAACAGAAACUGUCCUUCUCCCAUGCAAACAGGGGCAACCACAGAUGACAGCAAAACCAACCUCAUCGUCAACUAUUUACCCCAGAAUAUGACCCAAGAAGAAUUCAGGAGUCUCUUCGGGAGCAUUGGUGAAAUAGAAUCCUGCAAACUUGUGAGAGACAAAAUUACAGGACAGAGUUUAGGGUAUGGAUUUGUUAACUAUAUUGAUCCAAAGGAUGCAGAGAAAGCCAUCAACACUUUAAAUGGACUCAGACUCCAGACCAAAACCAUAAAGGUCUCAUAUGCCCGUCCGAGCUCUGCCUCAAUCAGGGAUGCUAACCUCUAUGUUAGCGGCCUUCCCAAAACCAUGACCCAGAAGGAACUGGAGCAACUUUUCUCGCAAUACGGCCGUAUCAUCACCUCACGAAUCCUGGUUGAUCAAGUCACAGGAGUGUCCAGAGGGGUGGGAUUCAUCCGCUUUGAUAAGAGGAUUGAGGCAGAAGAAGCCAUCAAAGGGCUGAAUGGCCAGAAGCCCAGCGGUGCUACGGAACCGAUUACUGUGAAGUUUGCCAACAACCCCAGCCAGAAGUCCAGCCAGGCCCUGCUCUCCCAGCUCUACCAGUCCCCCAACCGGCGCUACCCAGGUCCACUUCACCACCAGGCUCAGAGGUUCAGGCUGGACAAUUUGCUUAAUAUGGCCUAUGGCGUAAAGAGGUUCUCCCCAAUUACCAUUGAUGGAAUGACAAGCCUUGUGGGAAUGAACAUCCCUGGUCACACAGGAACUGGGUGGUGCAUCUUUGUCUACAACCUGUCCCCCGAUUCCGAUGAGAGUGUCCUCUGGCAGCUCUUUGGCCCCUUUGGAGCAGUGAACAACGUAAAGGUGAUUCGUGACUUCAACACCAACAAGUGCAAGGGAUUCGGCUUUGUCACCAUGACCAACUAUGAUGAGGCGGCCAUGGCCAUCGCCAGCCUCAACGGGUACCGCCUGGGAGACAGAGUGUUGCAAGUUUCCUUUAAAACCAACAAAGCCCACAAGUCCUGAAUUUCCCAUUCUUACUUACUAAAAUAUAUAUAGAAAUAUAUACGAACAAAACACACGCGCGCACACACACACAUACACGAAAGAGAGAGAAACAAACUUUUCAAGGCUUAUAUUCAACCAUGGACUUUAUAAGCCAGUGUUGCCUAAGUAUUAAAACAUUGGAUUAUCCUGAGGUGUACCAGGAAAGGAUUUUAUAAUGCUUAGAAAAAAAGAAAAAAAAAAAACAAAAAAUACCUUUGAUGCAUUGAAUGUUCUUUCAUAGCUGUCGUUGUUGAAUAUAAUAUACAUAGAUAGCGAUGUGCAGGGAUUUUUACCCAGCCAGCUAACUUUACUACCUUCCUUGAAGGUGGAUCUUUUUAAGAUGACCAUUCGCUCAUUUGAAGAAGAAAAACAAAAAACAAAAAAAAUAAUAAAAAUAAAACAAUUUUUACAAAGUAAUGGGAUUCAAAGAAAGGAAAAAAAGAUUUUUCUUUUUUGUCAAAAUAUCGAUCCAAUCAGAUUGGUAAAAACCCCCACACAAAUUAAAGAGGAAUAAUAAAAAUUGCAAAAAUAAAAAAAAACUUUUGCAAAUUUUUUUAUUUUUCCUUCUUUCUUUUAUAUCAUGUGAACUAAAACAGUCUUCUGUUAGGGGAUGGGGGCAAGGGGGAUACCUGAUGACAUUAACAAUUUAAUAACAUUAACAUUGUUGCCAAAGAGGUGGUCUCUUUGCUGAAAAUGGGUUUCAAGAAAAAUCUAUUUUUAUAAAAUAUAAAGAAUUUUUACAAGAGAAUCUGGAUUUGAGAAAAAAAUAUUUUGACUGGCUAAUUUAGGGGAAAUUGACAACUUUGUCGCGUUCAUACUGCACUGGUAACUUUUUAGAGAUCAAGAUGUGUGUUUUAAACUGGAUUCGUAGACUGUUUUUUGAAGGAUGGGCUAUAAACAGAUGAUCUUCAUAUCUUUUCAUAGCAUGUAAUAAUAAUUAAAAAACAAUUAUUAAUUACUAGGGGAAAGGAGUGUUCGUUCUACCCAGGGUACCACAGUUCCCCACAGUCAAAACCCAAAAGCAAGGAGAUGAGUUGAAAGACAGUUUUUCUUUAAGUCAUCAGUAUGGGAUGUCAGCAGAACAAAAAUUAAAAAGAUUAAUUUUCCUUUUGAUCUAAAACUUCCUUAGUUUGAGCAGUAGGUGCUACAAAAUUAUUUACAUAUCUUAGUAUCAUAGUUAAAUGUAAUGUGUUUAGGAGAGGAAAACAAAAGAUACAUUUGCUUUAAAUUCAUUAAGAAAUUUUCAAAUUCACUUUGUAGCCCAUGCUGAUAGAAUUGGGCUGUGUUGGUACAUUUGAAACACUGUUUAUGUUGCUUGAAACACUUAUUUAUUUAAUCGCCGAUGUGAUGAUGCCUAUGGCCGAGAUCAAAUAUAGCUAGAUUGGCUAGACUACUUAUUUGUUUACUUAAACUAUGGGAAGAAGCAUAUUAUUGUGUCAUUCUGUUGUGUGUGUAUGUGUAUAUACAAUAUAAAUAUAUAUAUAUAAAGUUAUUUUUUCUUUGGGUUAAUUUAUUAUAAGUUGUAACACUUGGCUAGUUUUGUUUGUAUAUGUCUUAAAAUGUUUUCUUAUGAUAUUUAAGUGACAGUUAAAGAGGUAUCAAGGUAACUUGUGUAGAACUAUUCUUUGAUAUAUUGUCAUGUUUGUUGUGAAUAUUUUUUCUUACUGCACAGUAGAAAAAUAAAAACAACUGAGUCUUUAUUUUAAUGUAACUCAGAUUGGGGAAAACAAAACAGAGCUAAGGGAACAAAAUGACUGAGGGAGCACUCUCCCACGUCCAGUGCACUGAUCAUUUUAGUAUGUUUGUGCUUUGUACGGUUAUAUAUUUAAAACGAAAACAAAACAAAAAAAUACAAGGGUUCAUGCUCUUCCCUGGGUAAUAGAAACAGUUACUCGCUAUGCAUAAUCUAGUUGAUAGUUAAAUUUGCUAUUGCUUUUCUUGUCUUGUUAUAUAAAAUCUUUUCAAUACAAGUUUAGUCUUAAUGGUAAUAAAACGUUAUGGUUAUUUAUAACUUGUGCUUAUUUUGUGCAUUUUUUCCCAUGCUGAACCCACUAAGUGCAUGUAGACAGGACUGUUGUUUUCACACUGAAAAGGCAAACUUUGUAGUAGUCGUUGUAGUGGUAGACAGAUAACGAAUACCAAGGCUGCAUCAUAGACUCCUCCUUUAAAUUUUUUUUCUGUUUUUUUUUCCUCUUUUCGGUUUUGGAUAUAACACCAGAUUUCAGUUCAGAGAACACUCGUUCAACAUUCAGGGAAAGCUUUUUACGUCACCUGCUAUGAAUGAACGUAGUUUGCUGGCAAAGUUUUGAUGCAUUUGCUAAGCAUUAGUGGGAAAGGCAUGCCAAAAUCUUCUCUAUAAUGUGUUCAAUCUUGGGGGAAAAAAAAAGGAAAAAAAAUCUUAGGACCAGGCAGUUGUAUACUUUAGUUAUUAAUGAAUGACUUCAUGUUAAUCUUGCUAGUUUAGAUGAUUUCCAAGGGAAAGUAUUGUAAAUGUUUUUUUUUCAUAAUCUUGUUGUGUUUGAAUUAUUUGUACUUUAUCUGUCCAGACAAUAAAUGAAAGUGUGUAGAAUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-954.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1035.66
Frequency: 0.0000
Diversity: 1066.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((.....))).)))..........((((((((((.............))))))))))(((.(((((.((((((((..((((((((((((((.((((....)))).))))......(((((.(.(.((........)).).).)))))...((((((.........))))))...........))))))))))..)).........(((((((((((((((.((....))))).........(((((..............)))))((((..(((((......)))))))))...))))).....((((((((.....(.(((.((((((.....((((((.((....((((((((((.........(((.((((((((.(((((((((((.((.......)).)))))...(((..(.(((....((((...........)))).))).)..)))(((((...........)))))...))))))....)))))))))))......(((((((((((......)))))))....)))).......((..((((......))))..))...))))))))))....)).....((((.(((((((..(((((..((((...))))))))).)))...))))))))))))))((((.(((....))).))))((((((.......))).)))..(((((...........)))))..((((........))))((((((((((((((((((..........(((.............)))...(((.....))).....((((((........(((((((((((((.((.(((.((((.((((((((.(((...((..((((..(((((........(((...))))))))...))))..)).....))).))))...........)))).))))))))).))...((((......))))..))))))))))).....(((((((....((((((((.........(((((((((....)))).)))))..((((((((((((((.((((..((......))..)))))).))))))(((......)))....(((((.((((((((...((((......)))).(((((((((..........))).)))))).(((((...)))))((((((............))))))..........))))))))....)))))((((..((((((((((...........(((((((....)))))))..................(((.((((..................(((((......)))))..((((((((((((....))))...)))))))).)))))))((((((((((.((.(((......(((((.(.....))))))...))).)).))))))))))....................((((.......))))......((((......))))..((((((..(((............)))..))))))..((.((.(((.......))).))))..........((((((((...)))))))).(((((((.((((((........)))))).))))))).......................(((((((......)))))))..))).))))))))))).((((((((((((....)))))))))))).......((((((((......)))))))).....((((.((((((..(((((((((.((((((((((((((((............))))))))...)))))))).)))).)))))..)).......))))......(((((....))))).))))..))))))..)))))))).((((((((..((((((((((((...))))).)))))))......((.(.(((((((((((.....(((((((....((((((...((((((((...))))))))))))))......((((((((.(((((((.....((((((((((((((((...(((..(((..(((((....)))))..)))...)))...)))).......)))...)))))))))...)))))))))))))))...((((((..............(((((.((.(((((.......))))).)).)))))..((((((((((((.......))))))).)))))..((((((.(..((((((..........))))))..)..)))))))))))).)))))))..))))))))))).).))((((((...)))))).....))))))))....((((((((((((((............(((((((........)))))))....((((((((((((((((((((((.((((((((...((((.....(((((((.......(((((.(((((((((((................))))))).)))))))))....))))))).......))))....)))))))))).))))).......(((((.(((((...........))))).)))))((((......))))............(((((....)))))...(((...)))...((.(((((((((((((.....)))).)))..)))))).)).))))))))).))))))..(((((....)))))..))))))))(((((((((((((.((((...)))).))))))))))))).(((((((((((((.((...(((((((...)))))))...))(((((((.(((((((((......((((..(((((((.......)))))))..((((((((.......(((((((((......((.....))....)))))))))))))))))....(((((......(((((((.(((....)))))))))).....))))).((((...(((......)))))))))))......)))))))))..))))))))))).)))))))))..(((((....))))))))))).(((((((......((((((((((((((..(((((...(((.((....)).)))....)))))))))).......((((((....))))))....(((((((.......)))))))(((((.((.........))))))).....(((((((((((...(((((.(((................))).)))))...)))...))))))))......(((((((....))))))).(((((.......)))))........))))))))).......))))))))))))))))))))...((((((...))))))))))))))))))))))))((((((..((.....)).))))))..)))))).))).).....))))))))(((....(((((((((((.((((((((((((((.......(((((........))))).....((((...))))(((((((((.(((.((((((............)).))))..)))..)))))).)))....(((((((((......)).))))))).((((((..(((((...............)))))..))))))..........)))))))))))))))))))))))))...)))....))))))).........(((((((....)))))))..........((((..((((.....))))..))))(((.((((..(((...((..(((...((((((...))))))...)))..))...)))..)).)).)))..............)))))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((,(((.....})}.}}}.,,,,.....|(((((((((.............)))))))))|(((.((((,{((((((((,.((((((((((((((.((((....)))).))))......,(((((..{,((....,,.{|(((.({|,|||,},)))|||..,}}}}..,,}))).....}}}}}.)))))))))),.}){(((((((...{{((({{,,{..((((((...{((((.....,,,{{{{{,{(({.......(((((((((,,..,,,,,..{{{.{||.,.{{(((..(({...,},.}}.))}}.)))})).,({,{(((((....(((((((,,..{(((((,,,.,{,........{((.((((((({.(((((((((((.{{.......}|.)))))|..(((..(.(((...,((({...........}}||,}}}.}..)))(((((...........)))))...})))))....}}))))))})}..(((((((((((((((......)))))){{....,)}.....{((..((((.((((..,,((((.{{(((((..(((.(((.((((((((({((.((((,{(,.(((((..((((...))))))))).,}),..))))))))||.,{|,((|,(((||,,,}}.}}))||||||.,,.,,.})).}},..(((,({..{(({.,,,,||||{{((((,{..,,,.}}))..,,}}},|..|}}|}}}}.,,.,}},{((,{{,.((((((((.(({(({(,,.....{{{,.....{((.{,......}|.|||.,||.{||........||,,.,))||}}).))}},.))))))))..}}|)}}..})))))))))}.))).,,))))))))))),{.,,,,|{,,}}.}}},.,.....,)))).)))).)))...}))))))}}..,...||{{,|{||,||.||{...,((....}},..}}}}}}}}).})))..,|{{{{|||{,...))},,}))}}|||,.,,.{((((({{.{(((..((......))..)))))).)))))},.},.}}})))},..}))))))....,,.)))))}}}.......}))))))))(((((((((,((((|,..{,(((..(((((...))))).))).,.((((((,.(((((......,,,,(((((((.((((({....,,{(((,..((((((.{{,,,,........{{(((({....})))))|,{,,,{,,,{{,,,{,,,(((,((,,..............,.{,((({,......)))))..((((((((((({....})))...)))))))).)))))))((((((((((.{{.{{{.,.,,.(((((.{.....}))))).,.))).}}.))))))))))....................,,,,......,}}}|.,||,.|{{{,||||||}|{,.((((((..(((.........,..)))..))))))..}|||{,(|{,......|||,|||{,.........((((((((...)))))))).(((((((.((((((.,....}.)))))).))))))).......................(((((((......)))))))..}}}}}}}}}}}|}},.(((((((((((,....}))))))))))),,,,...((((((((......)))))))}....{(((((..{,,,..(((((((((.((((((((((((((((............))))))))...)))))))).))))}}))))..|||,,....}}}),.,,..{((((....))))),},),.)))))){{{((({{.{{{((,.{{,{..{(((((((((((...))))).))))))},,....|}}}},|||||||||({{{{{(((((((....,.|}}}))}||||||,,...,,},,}|},|}|||.,..,.||||||{|.||||{{{.....{||||||||||}}||,....,|}}{{|..,((((....))))},,)))...}})},.,)))}.||,,,}}).,.)}}})}))),,,))))}}}}}})})))}}.((((((..............(((((.((.(((((.......})))).)).)))))..((((((((((((.......)))))))},))))..((((((.,,.((({{{.,..,.....}))})},.}..)))))))))))).,,}}||,..,},}})),||{((.((((((((.......))))))).)))))}}.}}}|}}.|}}}}{{{{{..{{((((({.....|}}})}}}..}}))),,||.,{{{{.,,,.}||||.,,(((((((.((((((((...((((..,,.(((((((.....,,{((((,((({{{(((((..........,,},..}}}))))))))))}}}}....))))))).,,....})))....)))))))))).)))))...,,..)))))).)))))))...|,,}||{{,...,,..})}.))))).})))))).........{({{{....))))))}})}),)))))))........,.{(((((((((((((((.,....,{.((((((.((...{((..((((((,,((((((,.((((((..{{.((((,((((((((((({(((((....}}}}.))))))))))))}.(((((((((((((.,{...(((((((...)))))))...),(((((((.(((((((((......{(({,.(((((((.......)))))}),.(((((((({{{{{{,(({{((((,...}}}|......}}...}))))))),,,}))))))....{((((...{{{((((((,{(((....))))))))))}}...))))|(((((...(({......)}}))))))}),.....)))))))))..))))))))))).)))))))))..(((((....))))).(((.(((.((((.{{.(((......))),}.)))).})).)))(((.{{....}}.}}}....,},.}))).}}..)))))).,)}..))))))))))),,)}}...)))))))).}}...,))).)).))))))))))},},{{{....(((((((((((...(((((.(((..,..........,..))).)))))...)))...))))))))...,}}(((((({....})))))).||||{,,..,,,))|||{........})))}}..))).})...)))))).}))}))}})))))))|,,,,,{{{|,|||{||,.,||}}.}))),}||{{{{|,|||...{{({{{{{|||{,||||,,{|,,,({{{.{{((((..((((....(((((((((((.{(((((((((((((....((,,(((({{{{{...,,,|,..,,.{{{{.,,))|}(((((((((.(((.(((({,..,.........}}.))))..)))..)))))).))).{(((((((((((......)).))))))},))|{((..(((({,({..,.......}))))))..))})))))))}},}..)))))))))))))})))))))))))...))))...{(((|,,.,,.{,...(((((((....)))))))...,}},,,.,|}))}})}}}}}))),,{,||..,)}|||{{{{..,{{{|{.,,{,,...(({{{{...))))))...)}}.}))}}))}},})))))))).,.,},.....,,..)))))))))))))),
Back