Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001295.3
Sequence Length
2646 nt
GC Content
0.4630
AGACUUCACGGACAAAGUCCCUUGGAACCAGAGAGAAGCCGGGAUGGAAACUCCAAACACCACAGAGGACUAUGACACGACCACAGAGUUUGACUAUGGGGAUGCAACUCCGUGCCAGAAGGUGAACGAGAGGGCCUUUGGGGCCCAACUGCUGCCCCCUCUGUACUCCUUGGUAUUUGUCAUUGGCCUGGUUGGAAACAUCCUGGUGGUCCUGGUCCUUGUGCAAUACAAGAGGCUAAAAAACAUGACCAGCAUCUACCUCCUGAACCUGGCCAUUUCUGACCUGCUCUUCCUGUUCACGCUUCCCUUCUGGAUCGACUACAAGUUGAAGGAUGACUGGGUUUUUGGUGAUGCCAUGUGUAAGAUCCUCUCUGGGUUUUAUUACACAGGCUUGUACAGCGAGAUCUUUUUCAUCAUCCUGCUGACGAUUGACAGGUACCUGGCCAUCGUCCACGCCGUGUUUGCCUUGCGGGCACGGACCGUCACUUUUGGUGUCAUCACCAGCAUCAUCAUUUGGGCCCUGGCCAUCUUGGCUUCCAUGCCAGGCUUAUACUUUUCCAAGACCCAAUGGGAAUUCACUCACCACACCUGCAGCCUUCACUUUCCUCACGAAAGCCUACGAGAGUGGAAGCUGUUUCAGGCUCUGAAACUGAACCUCUUUGGGCUGGUAUUGCCUUUGUUGGUCAUGAUCAUCUGCUACACAGGGAUUAUAAAGAUUCUGCUAAGACGACCAAAUGAGAAGAAAUCCAAAGCUGUCCGUUUGAUUUUUGUCAUCAUGAUCAUCUUUUUUCUCUUUUGGACCCCCUACAAUUUGACUAUACUUAUUUCUGUUUUCCAAGACUUCCUGUUCACCCAUGAGUGUGAGCAGAGCAGACAUUUGGACCUGGCUGUGCAAGUGACGGAGGUGAUCGCCUACACGCACUGCUGUGUCAACCCAGUGAUCUACGCCUUCGUUGGUGAGAGGUUCCGGAAGUACCUGCGGCAGUUGUUCCACAGGCGUGUGGCUGUGCACCUGGUUAAAUGGCUCCCCUUCCUCUCCGUGGACAGGCUGGAGAGGGUCAGCUCCACAUCUCCCUCCACAGGGGAGCAUGAACUCUCUGCUGGGUUCUGACUCAGACCAUAGGAGGCCAACCCAAAAUAAGCAGGCGUGACCUGCCAGGCACACUGAGCCAGCAGCCUGGCUCUCCCAGCCAGGUUCUGACUCUUGGCACAGCAUGGAGUCACAGCCACUUGGGAUAGAGAGGGAAUGUAAUGGUGGCCUGGGGCUUCUGAGGCUUCUGGGGCUUCAGUCUUUUCCAUGAACUUCUCCCCUGGUAGAAAGAAGAUGAAUGAGCAAAACCAAAUAUUCCAGAGACUGGGACUAAGUGUACCAGAGAAGGGCUUGGACUCAAGCAAGAUUUCAGAUUUGUGACCAUUAGCAUUUGUCAACAAAGUCACCCACUUCCCACUAUUGCUUGCACAAACCAAUUAAACCCAGUAGUGGUGACUGUGGGCUCCAUUCAAAGUGAGCUCCUAAGCCAUGGGAGACACUGAUGUAUGAGGAAUUUCUGUUCUUCCAUCACCUCCCCCCCCCCGCCACCCUCCCACUGCCAAAGAACUUGGAAAUAGUGAUUUCCACAGUGACUCCACUCUGAGUCCCAGAGCCAAUCAGUAGCCAGCAUCUGCCUCCCCUUCACUCCCACCGCAGGAUUUGGGCUCUUGGAAUCCUGGGGAACAUAGAACUCAUGACGGAAGAGUUGAGACCUAACGAGAAAUAGAAAUGGGGAACUACUGCUGGCAGUGGAACUAAGAAAGCCCUUAGGAAGAAUUUUUAUAUCCACUAAAAUCAAACAAUUCAGGGAGUGGGCUAAGCACGGGCCAUAUGAAUAACAUGGUGUGCUUCUUAAAAUAGCCAUAAAGGGGAGGGACUCAUCAUUUCCAUUUACCCUUCUUUUCUGACUAUUUUUCAGAAUCUCUCUUCUUUUCAAGUUGGGUGAUAUGUUGGUAGAUUCUAAUGGCUUUAUUGCAGCGAUUAAUAACAGGCAAAAGGAAGCAGGGUUGGUUUCCCUUCUUUUUGUUCUUCAUCUAAGCCUUCUGGUUUUAUGGGUCAGAGUUCCGACUGCCAUCUUGGACUUGUCAGCAAAAAAAAAAAAUAAUAAUAAUAAUAAGGCCUGCUGUGUAAGCUGACAGUAUUUGUAGCUGAUAGGGGGUUGGGAGGAAAGUGUCUACUAGGAGGGUGGGGUGAGAUUCUGUGUUGAUGUAGGAGGCCGAGAAGGCCCUUAACUCAAAGUAGCUUAUUUAUCCAAAAUGUUCUGGAUGCAUCAUCUCCAACCAAGGACCCCUUAUUUAUCAUGCCUUUGUUCUCUUUUCCCUCAGAUGUAUAUUUCUUUAAAAAUAAUUUUCCUAAUAACAAAACUUAUUUCUAAAACAGCUUAAAAAUUCAAAGAAAAACCCCAAACACUGACAUUACCUACACUUCCACUACCCAAAGACAAAAUGUGCCCACUGUGUGCUUUUGAGUGUAUUUUCUUUUAGUUUGUUUUUUGUUGGGUGCAUAUUUAUGAUAAUAACAAUGAUGGACUUCAAUUGUACUCACUGUUCUAUUGUUGGUUUUAAUUAGCAGCAAGUUGUGAUCACUUUCCCAGGUGAAUAAAUCAUUUCAAAGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-804.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -853.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 744.23
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((((...))))..((((((.((.(((..(((((((((.....((((...((((....((.((((((((..((((..((((...((...((((..(((..((((((((....)))..))).))((((((...))))))...)))...))))...))))))..))))...))))).)))))))))))))..)))))))))(((((((((.((((((...))))))((((((......(((.((((..((........))..)))).))).(((.((((..(((((((((..((((((.((((((...((((((...))))))(((((((..(((.(((((.(((((((.((((((((((((.....)))))...))))))))))..)).)).))))).))).....)))))))((((((((............((((((..(((((..((((((((((...))))))))))..........((((((....))))))..........)))))..)))))).((((((......))))))..........(((((((..((.(.((((((((((((.(((.((((((((.(((((((((...............))))))))).)))(((((((...)))))))........((((((.((.....((((((..(((((((((((.((((.....))))))))))......((((((.......(((((.((((((((......((.((..(((.((((....))))..)))..)).)))))))))).)))))...........................(((........)))....((((((((........))))))))))))))....((((.(((((...((...((((..(((((..((((.((((((((((((((((....((.(.(((((.((((......))))..))))).)))....))..))))))))..........))))))))).)..))))).))))....)).......(((((((((......)).)))))))))))).)))).....((((....))))(((((.((((((......)))))))).))).)))))..)))))))).))))))....))))).)))..((((((((......(((((((....)))))))((((((...((((.(((((((..((...))..))))))).))))..))))))..((((((.......((((.((.((((((((((.((....)).)))))))))).))...))))...)))))).)))))))).....(((((((.((((((((................((((.((.....)).))))(((((((((((....))))).........((((((((((...........))).)).))))).(((((.(((((((((((.....................))))))))).))..)))))...........(((.(((....))))))(((((....(((((...(((((((....)))))))))))).))))).......((((((((((...((((.....((((((((((....))))))).)))(((((......)))))..(((((((...(((.((((((((.(.((((((((((((((((.((.((((((((.(.....).)))))))).)).......(((((.........)))))....((((.(........)...))))...((((((....))))))..(((((......)))))...(((((......................))))).)))))))((((((((((..(((((.........))))))))))........)))))...))))))))).)..............((((((..(((((((((.......))))))..............)))..)))))).))))))))..)))....)))))))...................))))...)))....))).))))...)))))))))))))))))))))(((((....)))))..)))))..))))))).).))...))))))).))))))))...........................(((((.((((...(((((.((.....))))))).)))).))))))))))).))))))..)).)))))))..)))).))).......((((..((((.((((.....))))))))..))))..))))))...((((((........))))))...........))).))))))......((((((((....(((.(((.........(((........)))(((.((((((((((.........)))).)))))).)))(((((.....(((((.(((((((((((.((((.....((((......(((......................)))......))))...)))).).)).)))))))).))))).....)))))))).)))....))))))))..(((((((......)).))))).))).))))))))((((((.(.......).))))))...))))((((((....))))))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....({{{((((...))))..{(((({{((.(((..(((((((((.....((((...(((,...{((.({((((((..((((..((((...({...((((..(((.{((((((((....)))..))),),((((((...))))))...)))..})))}...)}))))..))))...)))))},)}))))))))))..)))))))))(((({((((,((((((...}))))){{{{{{......(((.((((..((........))..)))).))}.{((.((((,{(((((((((..((((((.((((((,..((((((...)))))){((((((.,(((,(((((.(({,(((.((((((((((((.....)))))}..,)))))))))..,}.)).))))).)),...,,))))))}((((((((.....,{,....{(((((..(((((,{((((((((((...))))))))))..,},.....,(((((....)))))}..........}))))..)))))}.((((((......))))))..........{((((({..((.{.((((((((((({.(((.((((((((.(((((((((.........,.....))))))))).)))({(((((...}))))}).,,..,..{{{(((.{(|....{(((((..((((({(((((,((((,....|||||}}}}}..,,..((({{{.,,....(((((.((((((({.....{((.((..(((.((((....))))..)))..)).)))))))))).)))))..............,............{{{,,......})}....((((((((.,....}.)))))))))))))),||||||{||||{{,}}||},}||{{.,(((((..{({(.(((((((((((((({|..,{{{.{.{|(((.((((......)))),,)}}}},,}}..},}}.,)))))))),,....,,,.))))))))),),.))))),))}}...,||{{{{{,.{{{{{{{{{||,..,|,,))}}|}}}}}}}.,}}.,.,||{{{|....}))))))},.((((((......))))))|}|,}}})))))..))))))}}.))))},....))))).))}.,{{{{((((......(((((((...,}))))}}{{{{||,,,|||{.(((((((..((...))..))))))),|}||,,||||||..(((((({,.....{{((,((,{{(((({{{(.({,,,,|}.}})))))))),||...|}}},..}|||}}.}})))}}).....{{{((({.((({{{,........{{((({...})))}},....,}}.}}}|{||||{(((((,,..|}}}}..,...,,.{{{{{{||{({({{{{.,{{{|||{{||,,|||{(((((,({(((((((((..,..................))))))))).)},,}}|||{{,,,,,....}}))))})).,)),}..(((((....(((((...(((((((....)))))))))))).))))).,,,|,.|||,||,,((((((,((.....((((((((((....))))))).))){{{{{..,{{{|}}}}.}}}|}.....,,,,.(((((((...,..((((({{{.,{,...((.((((((((.(,...,).)))))))).))....{{{..((({..{{....,.))))))..}}}..........)},..))))).,,,.)))))))((((((.,(((({{..,,|,,,)}..,..}}))}}..)))))).............,..)),)))))),.{(((((..(((((.{.....,.))))))))))|,,.{{{{{{{.{{..{(((((((((..................)))))))}}|,||.}}}}}}},,)))},,,}}}}}..,,,,))),,))}))}}.)))))))}}}}.}||||}|{{,,.,{{,,,,.,,,,......,||||{{|{{{{,.{||...,..,))))))))))))))}}}}}}}}{((((....))))}..)))))..))))))).).))...))))))).))))))))...........................,((((.((((...(((({{(({...,))))))).)))).))))})))))).})))))..)).})))))),.))}}.))}..,,,..((((.,((((.((((.....)))))))).,))))..)))}}}...{(((((........)))))).,.....,,..})),,)))))...,,.{{{{((((....(({.{{{.........{{{.,......},},{{.{{{{{,.,,,..,,,,,,.,|||.}}}}},.}}}{{{{{.....(((((.((((((((,,..,{,{,,{,.{,,.....{((((,..,,{........,.,.....))}......)))))..}}))})})),)))))))).))))),,,,,)))))))).}}}....)))))})),,{((((((......)),,)))).))).}))))))}{(((((,{.......),)))))},..)))}((((({....})))))..................
Back