Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001297653.2
Sequence Length
3725 nt
GC Content
0.6118
GCUCCUCUCCCCGGAACAGGCCCCCGACAGCUGCUCUCGGGAGCCGCCUCCCGACACCCGAGCCCCGCCGGCGCCUCCCGCUCCCGGCUCCCGGCUCCUGGCUCCCUCCGCCUCCCCCGCCCCUCGCCCCGCCGCCGAAGAGGCCCCGCUCCCGGGUCGGACGCCUGGGUCUGCCGGGAAGAGCGAUGAGAGAGAUGCUGCCCCCACCCCCUUAGGCCCGAGGGAUCAGGAGCUAUGGGACCAGAGGCCCUGUCAUCUUUACUGCUGCUGCUCUUGGUGGCAAGUGGAGAUGCUGACAUGAAGGGACAUUUUGAUCCUGCCAAGUGCCGCUAUGCCCUGGGCAUGCAGGACCGGACCAUCCCAGACAGUGACAUCUCUGCUUCCAGCUCCUGGUCAGAUUCCACUGCCGCCCGCCACAGCAGGUUGGAGAGCAGUGACGGGGAUGGGGCCUGGUGCCCCGCAGGGUCGGUGUUUCCCAAGGAGGAGGAGUACUUGCAGGUGGAUCUACAACGACUGCACCUGGUGGCUCUGGUGGGCACCCAGGGACGGCAUGCCGGGGGCCUGGGCAAGGAGUUCUCCCGGAGCUACCGGCUGCGUUACUCCCGGGAUGGUCGCCGCUGGAUGGGCUGGAAGGACCGCUGGGGUCAGGAGGUGAUCUCAGGCAAUGAGGACCCUGAGGGAGUGGUGCUGAAGGACCUUGGGCCCCCCAUGGUUGCCCGACUGGUUCGCUUCUACCCCCGGGCUGACCGGGUCAUGAGCGUCUGUCUGCGGGUAGAGCUCUAUGGCUGCCUCUGGAGGGAUGGACUCCUGUCUUACACCGCCCCUGUGGGGCAGACAAUGUAUUUAUCUGAGGCCGUGUACCUCAACGACUCCACCUAUGACGGACAUACCGUGGGCGGACUGCAGUAUGGGGGUCUGGGCCAGCUGGCAGAUGGUGUGGUGGGGCUGGAUGACUUUAGGAAGAGUCAGGAGCUGCGGGUCUGGCCAGGCUAUGACUAUGUGGGAUGGAGCAACCACAGCUUCUCCAGUGGCUAUGUGGAGAUGGAGUUUGAGUUUGACCGGCUGAGGGCCUUCCAGGCUAUGCAGGUCCACUGUAACAACAUGCACACGCUGGGAGCCCGUCUGCCUGGCGGGGUGGAAUGUCGCUUCCGGCGUGGCCCUGCCAUGGCCUGGGAGGGGGAGCCCAUGCGCCACAACCUAGGGGGCAACCUGGGGGACCCCAGAGCCCGGGCUGUCUCAGUGCCCCUUGGCGGCCGUGUGGCUCGCUUUCUGCAGUGCCGCUUCCUCUUUGCGGGGCCCUGGUUACUCUUCAGCGAAAUCUCCUUCAUCUCUGAUGUGGUGAACAAUUCCUCUCCGGCACUGGGAGGCACCUUCCCGCCAGCCCCCUGGUGGCCGCCUGGCCCACCUCCCACCAACUUCAGCAGCUUGGAGCUGGAGCCCAGAGGCCAGCAGCCCGUGGCCAAGGCCGAGGGGAGCCCGACCGCCAUCCUCAUCGGCUGCCUGGUGGCCAUCAUCCUGCUCCUGCUGCUCAUCAUUGCCCUCAUGCUCUGGCGGCUGCACUGGCGCAGGCUCCUCAGCAAGGCUGAACGGAGGGUGUUGGAAGAGGAGCUGACGGUUCACCUCUCUGUCCCUGGGGACACUAUCCUCAUCAACAACCGCCCAGGUCCUAGAGAGCCACCCCCGUACCAGGAGCCCCGGCCUCGUGGGAAUCCGCCCCACUCCGCUCCCUGUGUCCCCAAUGGCUCUGCCUACAGUGGGGACUAUAUGGAGCCUGAGAAGCCAGGCGCCCCGCUUCUGCCCCCACCUCCCCAGAACAGCGUCCCCCAUUAUGCCGAGGCUGACAUUGUUACCCUGCAGGGCGUCACCGGGGGCAACACCUAUGCUGUGCCUGCACUGCCCCCAGGGGCAGUCGGGGAUGGGCCCCCCAGAGUGGAUUUCCCUCGAUCUCGACUCCGCUUCAAGGAGAAGCUUGGCGAGGGCCAGUUUGGGGAGGUGCACCUGUGUGAGGUCGACAGCCCUCAAGAUCUGGUUAGUCUUGAUUUCCCCCUUAAUGUGCGUAAGGGACACCCUUUGCUGGUAGCUGUCAAGAUCUUACGGCCAGAUGCCACCAAGAAUGCCAGGAAUGAUUUCCUGAAAGAGGUGAAGAUCAUGUCGAGGCUCAAGGACCCAAACAUCAUUCGGCUGCUGGGCGUGUGUGUGCAGGACGACCCCCUCUGCAUGAUUACUGACUACAUGGAGAACGGCGACCUCAACCAGUUCCUCAGUGCCCACCAGCUGGAGGACAAGGCAGCCGAGGGGGCCCCUGGGGACGGGCAGGCUGCGCAGGGGCCCACCAUCAGCUACCCAAUGCUGCUGCAUGUGGCAGCCCAGAUCGCCUCCGGCAUGCGCUAUCUGGCCACACUCAACUUUGUACAUCGGGACCUGGCCACGCGGAACUGCCUAGUUGGGGAAAAUUUCACCAUCAAAAUCGCAGACUUUGGCAUGAGCCGGAACCUCUAUGCUGGGGACUAUUACCGUGUGCAGGGCCGGGCAGUGCUGCCCAUCCGCUGGAUGGCCUGGGAGUGCAUCCUCAUGGGGAAGUUCACGACUGCGAGUGACGUGUGGGCCUUUGGUGUGACCCUGUGGGAGGUGCUGAUGCUCUGUAGGGCCCAGCCCUUUGGGCAGCUCACCGACGAGCAGGUCAUCGAGAACGCGGGGGAGUUCUUCCGGGACCAGGGCCGGCAGGUGUACCUGUCCCGGCCGCCUGCCUGCCCGCAGGGCCUAUAUGAGCUGAUGCUUCGGUGCUGGAGCCGGGAGUCUGAGCAGCGACCACCCUUUUCCCAGCUGCAUCGGUUCCUGGCAGAGGAUGCACUCAACACGGUGUGAAUCACACAUCCAGCUGCCCCUCCCUCAGGGAGCGAUCCAGGGGAAGCCAGUGACACUAAAACAAGAGGACACAAUGGCACCUCUGCCCUUCCCCUCCCGACAGCCCAUCACCUCUAAUAGAGGCAGUGAGACUGCAGGUGGGCUGGGCCCACCCAGGGAGCUGAUGCCCCUUCUCCCCUUCCUGGACACACUCUCAUGUCCCCUUCCUGUUCUUCCUUCCUAGAAGCCCCUGUCGCCCACCCAGCUGGUCCUGUGGAUGGGAUCCUCUCCACCCUCCUCUAGCCAUCCCUUGGGGAAGGGUGGGGAGAAAUAUAGGAUAGACACUGGACAUGGCCCAUUGGAGCACCUGGGCCCCACUGGACAACACUGAUUCCUGGAGAGGUGGCUGCGCCCCCAGCUUCUCUCUCCCUGUCACACACUGGACCCCACUGGCUGAGAAUCUGGGGGUGAGGAGGACAAGAAGGAGAGGAAAAUGUUUCCUUGUGCCUGCUCCUGUACUUGUCCUCAGCUUGGGCUUCUUCCUCCUCCAUCACCUGAAACACUGGACCUGGGGGUAGCCCCGCCCCAGCCCUCAGUCACCCCCACUUCCCACUUGCAGUCUUGUAGCUAGAACUUCUCUAAGCCUAUACGUUUCUGUGGAGUAAAUAUUGGGAUUGGGGGGAAAGAGGGAGCAACGGCCCAUAGCCUUGGGGUUGGACAUCUCUAGUGUAGCUGCCACAUUGAUUUUUCUAUAAUCACUUGGGGUUUGUACAUUUUUGGGGGGAGAGACACAGAUUUUUACACUAAUAUAUGGACCUAGCUUGAGGCAAUUUUAAUCCCCUGCACUAGGCAGGUAAUAAUAAAGGUUGAGUUUUCCACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1653.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1710.56
Frequency: 0.0000
Diversity: 793.30
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((((((((((((((...(((((((..(((((((....))))))).....(((((..(((((.(((..........)))..)))))....))))).((((((((.(((.(((((..((.(((.(.(((..(((......))).)))).)))..))..)))...)).))).)).)))..)))((((((((((.(((((...((((......))))(((((((((((..((((.((((((.(((((((((((((((((((((......)))))).)))))))))...........((((...((((.((((((...(((((.(........)))))))))))).))))...)))).))))).)...)))))).)))))))))))))))......(((((((.((.(((......))).)).).))))))..((((.((((((....((((((.((((..(((((((((....((((((((((......((((((.(((......)).).))))))..(((...(((((.(((((.((((..(((.(((((.((((((((..((.....))))))).))).)))))))).....))))))).)).))))))))...((((..((((((((....((((.(((((((((((((..(((........(((...))).(.((((((((.((....((((((((...((((.(((.(.((.((((.(.....(((((.(((((.(((((((.(((((.((.....(((((((.(((.....((.(((((((((.((...((((....))))....))((((((((((((..((((((((.......(((((.......))))).......(((((....(((.((((..(((((.((((.((.((.((((((..((((......((((((....((((((((((....(((((((....)))))))(((.((((((((((((..(((((....((..((.((.(.((((....((..(.((((((.........)))))).)..))....)))).))).))..))))))).))))))).))))).)))..((((......))))((((((((((((.(((((((((....)))))).)))..))))))))))))))))))))))((((((((((((.(((((((((.(((.....((((((((((..((((((.(.(((.......))).).)))))))))))))))).))))))).))))).)))))).))).)))...........((((((((((((((.(((.((((.((...........)).))))...(((((((..((((((((((((((((((.(((............))))))(((((((((((.(((..............(((((((........)))))))......(((((........)))))..(((((((((((((......))..))))).))))))))).))))))))))).(((((.(((((.((.(.(((..((......))..))).))).)))..)).)))))(((((((((...)))))..)))))))))))).)))))))......)))))))((((((..((((((.......................))))))...))))))(((...(((......)).)....)))...(((((.......)))))...(((((.((((((((((..(((...))).....))))))).))).)))))..))).))))))).))))))).))))))))))..))))))..)).))))))))))))))))))))).)))))))))).)))))))))).))..)))))))))...))...))).)))))))(((((((....)))))))((((..((.((((((((((.(((....((((((.((.(..((((.......))))..)...))))))))))).))))))).))).)))))).((((((((((((((..(((((((.......))))))).....((((((.......))))))....((......))..))))))..))))))))(((.....)))...........((((((....))))))...((.((((...)))).)))).)))))..))))).....((.((((((((.((((((((((.((..(((.((.((...(((.((((...........)))).)))..)))).)))..))))......)).)))))).)))))))).))...)))))))..))))).....).)))).))).))).)).)))))))))))).))))).))))..((((((.....))))))))).)))))))))))((((.(((((.(((((((..........(((((((.(((...(((((((.((.(((((((....((((((.........)).))))....))))..))).)).)).)))))..((((......)))).......))))))))))))))))).)))))))))(((((...)))))...((((((((..(((....(((((...((((........)))).(.(((((((...(((((..(((((.((((((.((....((((((((((.(((.((((...)))).((((......)))).((((.((((((((.(....).)))))..))))))).((((.((((((((..((......)).)))))))).))))...))))))))).))))....))...(((((((((((((((((.(((((((((................))))).)))))))))))).(((......)))......(((((...))))).)))))).))))))))).))))).)))..))((((((((...(((.(.((........))).)))...((((....)))))))))))).....(((((((((..((((...))))(((((...))))).)))))))))))))))).)((((.((....))))))..))))).....)))..)))))))))).)))).....))))))))..))))(((((((..(((((((.((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((.((......)).)))).))))))))))).....((((((((....((..((.((((((..((....))))))))....))..))...)))..)))))((((((.(((((......))))).).))))))))))).))))..))))).....))))).......)))))))..(((((((((.((((((((...(........)...))).)))))...))))))))).))..))))))))))))))))).......)))))))))..))))))))))))))))))))..(((((..((.((((((..((((((((((((...((((((((((.....))).)))...))))...)))).)))).......)))).))))))))..)))))......(((.....))).))))).))).)))))))...)))))))......(((((.......)))))...))))))))).....))))))))))).))......................((((...(((((((.......(((....(((((.....)))))...)))......))))))).))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{({((((((((((((((((((((.{.(((((((.{(((((((....))))))}.....(((((..(((((.(((....,,..,,))).,||))),,..|||}}.{{{{(({(.,{{.(({,{..((.,.{.,|{{|..|,}}},{{{,,,.}))).})),.)),.)))...))}))).,),)))..)))((((((((({.(((((..,((({.,,...}}}}((((((((((,.,((((.((((((.{((((((((((((((((((((,.....))))))}}))))))))...........((((...((((.((((((...(((((.{........}))))))))))).))))...)))).))))).)...)))))).)))))))))))))))......(((((((.((.(((......))).)).).))))))..((((.((((((....((((((.((((..(((((((((....((((((((({......((((((.{((......)).).)))))),.||{,,,(((((.(((((.((((..(((.(((((.((((((((..,({...,}}))))).))).)))))))).....))))))).)).)))))}}}},.{(((..((((((((.{..((((.({((((((((((({{(({........,||||,|{{,(((({(({,..((,(((((((((((,,.,||{,||||||,,||||||{,,||,|,|||(({{{{.|||||((.(({((,((,,.,,(((((((.(((.....((.(((((((((.((,,,(({{..,,))))....}|((((((((((((..((((((((.......(((((.......))))).......(((((....(((.((((..(((((.((((.((.((.((((((..((((...,..((((((,((((,(((((((({,,.(((((((....))))))),{|||,{.((((..((((((((........{((((...,......)))))(((((.((((((,(....,(((((.((((({.{{(,,{.,,,.((({((({((((((((((((((((((.,,..{((,....,.,||,{(((((((((((.(((((((((....))))))},))..))))))))))))),))))},))))))))))))){.(((((((((.(((.....((((((((((..((((((.(.(((.......))).).)))))))))))))))).))))))).))))).},,,,.}},{{,((((.........)})),)},,|||,.,,,)}}}))).....}}}.{{((((.,....}.)))))}.}}}}}}})})))|)))))))))))......(((((((....)))))))..)))))))).,}}}}}}}}},.....((((((..(((((.(((.....,.(((((,({{,{..,(((...{|||(((((({((......))..))))).)))))))))})}))))).,..))).))))).)))))),,|||..||}.....}},.,|||(||.{{.,,{{{}||(((((((((((...))))}((((.(((((||.....{{((,(({.((((,...,,,,,(({.,,((((({.....}}}}}}...}}}}})},,))),}})),,,,}).}))))))))..,||||||},}||},..{{{{{...,,,,))))).,,|||{{.{{{(((((((..(((...))).....))))))).}}}.)))))|||....}})))))))),}))}})))))))))..))))))..)).))))))))))))))))))))).)))))))))).))))))))))))...)))))))))...}}...))).))))))){((((((....))))))}{{((,.((.((((((((((.(((....((((((.,{.(..((((.......))))..)...}}))))))))).))))))).))).)))))}.((((((((((((((,,(((((({,,....,))))))).....,,,,,,....,.{||||||...,|}}}}}}.))..))))))..))))))))||{.,,,,)))...........((((((....))))))..,||,||||...)))),)))},)))))..)}))).....{{.{(((((((.(((((({{,{,{{({(((.{{.{{...{{{.((((..........,)))).))}..))}}.}}},..}),}},},,)),}))))).)))))))),)}...|)}|)))|,|||||{{{{{|.|.,|{|,,..,))}).))))))))).)).}},|||,|,..,{((,,,.})}}}})))})))})))))))))))((((.(((((.(((((((..........{((((((.(((...(((((((.((.(((((((....{((((({....,}}.)),.)}}....))))..))).)).)).)))))..((((......)))).......))))))))))))))))).)))))))))(((((...))))),..((((((((..(((....(((((.,.((((........)))),{.(((((((..,(({((..(((((.((((((.((....((((((((((((((.((((...)))).((((......)))).((((.{{((((((.{....}.))))),.}}})))).((((.((((((((..((......)).)))))))).))))...))))))))).))))....))...(((((((((((((((((.(((((((((................))))).)))))))))))).(((......)))......(((((...))))).)))))).))))))))).))))).))}..)){(((((((...(((.{.((......,,}}}.)))...((({....)))))))))))}.....(((((((((..((((...))))(((((...))))).)))))))))))))))).,((((.((....))))))..))))).....)))..))))))))}).))))..,..))))))))..)))|(((((((..{((((((.((((((((((((((((((((((...(((((((((((((((.((......)).)))),})))))))))).....{((((,{{....((..((.((((((..((....))))))))....))..))...}},..))))|((((((.(((((......))))),)))))))))}))).))))..))))).....))))).......)))))))}.(((((((((.((((((((,,.,...,,,},,...))).)))))...))))))))).}}..))))))))))))))))).......)))))))))..))))))))))))))))))))..(((((..((.((((((..((((((((((((...((((((((((.....))),,)).,,))})...)))),})),......})))).))))))))..)))))......||{,....))).))))).})).))))))).}.)))))))......(((((.......)))))...))))))))).....)))))))))))}).,.....................{(((,,,{(((({,,{(....,......(((((.....)))))..,,.,.,..,}))))))).)))}...
Back