Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001301820.1
Sequence Length
3664 nt
GC Content
0.6657
AUGCCAGCUCCUGAGCUCACGAGCACGUCCAGAGCGGAGGACACUCGGGACACCGGGGUCCAGCUCCGGAAACGGAAAAUUCCACAAGCCCGUCACUCUAGGAAGCGGCAGCGAACGUUCUCGGUAGGUUUAACCCUCUUCUUCCUCUGACCGAGCGAGGGCUCCCCGUCUGCGGCGCGGUCAGGACCCCGCACUUUCGGCCCGGCUCGGGGUUCUCGGAGUCCGUCCCAAGGCCGGGCCGCACCACCGCUGGGGGGCAGCGAAGCGAGCCUAGAGGAGAAAAGGCGGUCCCCGCCGAGUGCACGCCGGGGGCGGGGCACGGCACGAAGGCUCCGUGGUCGGACUUCUGGGCUGUUCGGAGGCCCUGGCCCACCUGGAGGGCCCUGGAAGAGUUUCCAGCGCUUCCCGAGGUAGGCGUGAGAAGCUCGACGCGGACCACAUCUCCCUCAUGCACCGCCCGCACGUCCCAGGAUGCGCUGCGAUUAAGUUCCGCUCCCUGGGAUCAGCGGCGAGAAGCGGGGCGGAGUCUGAGGCCCGAGCCAAGAUGGCGGCUGCGAAGCCAACCCUCACGGACUCGCUCUCGUUCUGCCUCGCGCAGCUCGCGGCGGCGGCCGGGGAGGCUCUGGGUGGGGAAAAGGACCCAGCGACCAACGAGACACCCCUGAGCCGCGCGCUCCUAGCCCUCCGCACGCGCCACAUCAAGGCAGCGGGGGGAAUCGAGCGCUUCCGGGCACGCGGCGGGCUCCGCCCCCUACUCGCGCUGCUACGGCGAGCGGCUGCAGCGGGUUCCGCCCCGUCCCAGGCAGGCCCCGGCUCCGCCCCCUCGUCGGCCGCGUCGGGAGCUUCUAGCCCCGCCCCCGCGUCGGGCCCCGCCCCCUCCGCUGUGUCGUCGUCUAGUCCUACGCCGCCAGUGCGCCUGCGCAAGACGCUGGACUUGGCGCUCAGCAUCCUAGCCGAUUGCUGUACGGAAGGGGCGUGCCGGACCGAAGUGCGCAGACUCGGAGGCAUACUCCCUUUGGUGACCAUUCUUCAGUGCAUGAAGACAGACAGCAUCCAGAACCGAACGGCCCGUGCCCUGGGGAACUUAGCCAUGGAACCUGAGAGCUGUGGGGACAUCCACUGUGCUGGUGCUGUUCCCCUGCUUGUGGAGAGCCUGACAGCCUGCCAGGACUCGCAGUGCCUACAGAGCGUGGUGCGUGCCCUCCGUAACCUGGCAGACUCACCCCAGCACCGCCUGGCCUUGGCACAGCAGGGAGCAGUGCGUCCGCUGGCCGAGCUCCUGGCCACUGCCCCAGAUGCUGCACUGACCUUAGCCCUCGUCCGUGCCCUCCUGGAACUCAGCCGAGGCUGCUCCCGGGCCUGUGCUGAGCAGCUAAGUCUGGGUGGGGGAUUGGGCCCACUCGUCAGCCUGGCUUCCCACCCCAAGCGGGCAGUACGCGAGGGAACCAUUCUGAUCCUCGCCAACCUGUGUGCCCAGGGCCUGAUUCGGCCUGCACUGGGCAAUGCUGGUGGCGUGGAGGUGCUGGUAGAUGAGCUCCGGCAGCGCCGGGAUCCUAAUGGAGCUAGCCCAACCUCCCAGCAGCCCCUGGUGCGGGCUGUGUGCCUCCUAUGUCGUGAGGCCAUCAACCGGGCCCGACUGCGGGAUGCUGGUGGCUUGGAUCUACUGAUGGGCCUGCUGCGGGACCCUCGUGCAAGCGCAUGGCACCCUCGUAUUGUGGCUGCCCUUGUGGGGUUUCUGUAUGACACUGGGGCCCUGGGCCGGCUGCAGGCUCUGGGACUUGUGCCUCUCCUGGCUGGGCAGCUGUGUGGUGAGGCUGGUGAGGAGGAAGAAGAGGGAAGAGAAGCUGCUUCCUGGGACUUUCCUGAGGAGAGGACCCCUGAGCGGGCACAGGGUGGAAGCUUCCGGAGCCUCAGGUCGUGGCUGAUCUCCGAGGGCUAUGCCACAGGCCCUGAUGACAUCUCCCCCGACUGGUCUCCUGAGCAGUGUCCGCCGGAGCCCAUGGAGCCGGCCAGCCCCGCCCCGACCCCGACCUCGCUGCGGGCACCACGCACCCAACGCACUCCGGGCCGCAGCCCCGCCGCCGCCAUCGAGGAGCCUUGGGGACGCGAAGGGCCAGCCCUGCUGCUGCUGUCGCGCUUUUCCCAGGCCCCUGACCCAAGUGGGGCACUUGUGACCGGCCCGGCGCUGUACGGCCUGCUGACCUAUGUGACCGGCGCACCGGGCCCGCCCAGCCCACGUGCACUGCGCAUUCUGUCACGCCUCACCUGCAACCCUGCCUGCCUCGAGGCCUUCGUGCGCAGCUAUGGCGCGGCGCUGCUGCGGGCCUGGCUGGUGCUGGGGGUGGCGCCUGACGAUUGGCCGGCACCACGUGCCCGGCCCACUCUCCACAGCCGGCACCGAGAGCUGGGGGAGAGGCUACUGCAGAACCUGACGGUUCAGGCUGAGUCGCCCUUUGGGGUUGGGGCCCUGACGCACCUGCUGCUCUCUGGGAGCCCUGAGGACCGAGUGGCCUGCGCGCUGACCCUGCCCUUCAUCUGCCGGAAGCCCUCUCUGUGGCGCCGGCUGCUUCUGGAGCAGGGUGGUCUCCGGCUCCUCCUUGCGGCGCUGACCCGGCCGGCCCCACACCCGCUCUUCCUCUUCUUUGCCGCGGACUCCCUUUCCUGCCUCCAAGACCUGGUGUCUCCCACUGUGAGCCCAGCUGUCCCACAGGCAGUCCCCAUGGACCUAGACUCACCUUCCCCUUGCCUCUAUGAACCUCUGCUGGGCCCAGCCCCUGUCCCAGCUCCCGACCUGCACUUCCUGCUGGACUCAGGCCUCCAGCUCCCUGCCCAGCGAGCGGCCUCAGCCACCGCCUCCCCUUUCUUCCGGGCCCUGCUGUCAGGCAGCUUUGCAGAAGCCCAGAUGGACCUGGUGCCCCUGCGAGGUCUGUCGCCUGGUGCAGCCUGGCCUGUCCUGCAUCAUUUGCAUGGUUGUCGGGGGUGUGGGGCUGCCCUGGGGCCCGUGCCCCCACCAGGCCAGCCCCUGCUGGGUUCAGAGGCCGAGGAGGCACUGGAGGCUGCUGGCCGUUUCCUACUGCCUGGGCUGGAGGAGGAGCUGGAAGAGGCCGUGGGCCGCAUCCACCUGGGACCCCAGGGUGGCCCGGAGUCAGUGGGUGAGGUGUUCCGCCUGGGCCGGCCCCGGCUGGCUGCCCACUGUGCCCGCUGGACACUGGGGUCAGAGCAGUGCCCGAGGAAGCGGGGUCUGGCCCUGGUGGGGCUUGUGGAGGCAGCAGGUGAAGAGGCAGGGCCCCUGACGGAGGCUUUGCUGGCUGUGGUGAUGGGGAUUGAGUUGGGGGCAAGGGUCCCUGCCUAGACUGUUGACGUCCCCUGGGAAGGGGACCCAAGGAUGAAUUGGCUGUGAAGGAUCCUCCCUGAGACUGGCAAGGGAGGAGGCUGAGCAGAAGGAGUCAUCAUGGAGGAGCGGUGAGAACAUGGAACCGGACUCCAAGAUGACGAUCUAAAGACCCGGGAGCGAGAAGCCAAGGCCAGGUUCUGGGUGUAGGGCCCAGAGAAGCAGAACAGCCCAGAGCCCCAGGUGCCUGGCCUGGCCUAGACCUCUGGAAUUGAGAUUAAACAAUUUGGAGUUGGAUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1792.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1848.82
Frequency: 0.0000
Diversity: 1047.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((((...((((.((........(((.(((.(((.(((((((....(((((((...)))))))...(((((..((((((..((((((((....((((((((((........(((((...........(((((((((((((((.(((.(((.....(((((((.(.((.((.(((((((((....((((...((((((((((..(((....(((...))).)))..))))))))))..((((.((.((((((((((...((.(((.(((.(((.....(((((...)))))((..((((((.(((((((((((.((((.((..(((((((....)))).(((((((((.(((((.(((....)))...))))).))))).))))(((((((..((((((((...)).))))))..)))))))(((((((.((((...................(((..((((((((..(((..((......))..)))..))))))))..)))(((((..(((((((((((..(((((..((((((..((.((.((((....))))..)).))..)).)))).))))))))))))))))....)))))(((((.((((((((..((.((((((((((....((.........))..((.((.(((((((((((((((((((....((((((((....(((.......))).))))))))....))))))..((((((((((((.((((...)))).....))))).)))).)))...)))))).))).))))))))))))).)))))))...))))))))))))).....)).)))))))))(((.(((...)))))))))..)).)))).)))))))))))...)).))))..)).....(((((.((((((((((((((....))..).))))))...)))))..(((((((......)).)))))(((.(((((((.(((((...((((.((......)))))).))))).).)))))).))).....((((((.....))))))...(((((.(((((..(((...(((..((.((....)).))...))).)))...))).))))))).))))).))).))).))).)))))))))))).))..))))((((((((.(((((.((((((.(((.((((((.((((((((..((((..((((...........))))....))))...)).((((((((.((((((..(((((((.((((((.(((.(((.....)))....))))))))))))...))))((((.(((..........))).))))((....))..((((((..(((((.......)))))..))))))..)))))).))))))))((((((((((..........))))))..))))((((((...((((((((((((((((..(((((..(((((..((((.((.((((.(((((((((((...((((((((((((((....((((.(((.(.((.((.((((((........((((((...)))))).(((....)))))))))))..)).)))).)))).))))))))))))))((.((((((......).))))))).....)))))))...)).)).)))).))))))..)))))....)))))((((((((((.((...)).))))...))).))).)))))))...)).)))))))...)))))).)))))).).)))))))).))).))).))))))))))))).......))))...))))))))).)).)).))).)).)))))))))..)))))))))))))))..)))))))))))))))((..((((((...))))))..))..))).))))).....))))))..)))))...((((((((((.((..(((.((..((((((........))))))...)).)))..)).)))).((.((((((((((((....(((((..((...))..)))))(((....(((((((((((((..(((...(((((.((((.(.((((..(((((((((((((((((..((((((.(((((.((((.((((.((((((((((..(((((((...))))..))).)))))...))))))))).)))..(((....)))((((.((((..((((((((.((.((.(((.(.((........))).))))))).))))).)))..))...)).)))).((((((((...(....(((((....(((........)))...))))))...))))))))).)))))))))))..))))).)))))))..)))))))))))))).))))).)))..(((((((((...))).))))))..((((((.(((((........).)))))))))).(((.(((.(((..(((((....))))))))))).)))..))))))))))))).)))........)))))))...))))))))))))).))))))).))).))).)))(((((((((.......(((((..((((.....).))).))))).......)).)))))))(((((((((.((.((((((.((((..(((((.....(((((.((...((((.(((((.((...(((((((.((......((((((((....(((((.(((((((.((...((((((.((((((.....))))))..(((.((.((.((((((..(((((.(..((((((.(((.....(((..((((((...(((.(.((((((((...((((....(((....)))..))))((((((((.((..((..((.((((((((.(((((.((((((((.(.......((((((..((((((((((((((((((((..((((((......)))).))..)))))))).))...)))))..)))))..))))))...((((.....))))((((....(((((((((((.((......)).)))))))))))))))(((((((((.....)))))....))))).))))))...)).)))))..)))))))).))...))..)))))))))).)))))))).).)))...))))))))).((((((((....))).)))))(((((.((((((((((..((((..(.(((..(((((....)))))))).)..))))..))))))).))).))))).))).)).)).))..).)))))..)))))))))).)))..))))))))))))))).)))))...))))))))(((((....)).)))......))))))))))).)))))..)))))))))))..)))))..))))............(((((((....))))))).)))))).)).))))((((..((..((((((((..........))))))))..))..)))).(((.((((((.(((((...((((...........))))..))))).))))))..)))..))))))).)))).....((((.((((((((((((((.((.((((................))))...)))))))).))))))))))))((((....))))(((((........))))).)))))))).....................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((((((,,.((({,,{}}}.,,,.(((.(((.(((.(((((((....(((((((...)))))))...(((((..((((((..(((((({{..,,((((((((((,.(,,.,....|},.,..,,,...(((((((((((((((.((({,(({.{{{|(((({({({((,{{,|||{{{|||||||||.....((((((((((..(((....(((...))).)))..)))))))))){,(((({(({({{{{{|||||.{((.{(((((((((((....(((((,,,|||||((,,((((((.(((((((((((.((((.((..((({{((,,,,|}|}{{{{,(((({.,,{((.{{(|..,|||..{||||}{|||}|,||||{{{{{||,,|(((({{{...)).})))))..))))})}(((((((.{{,,..........,{{.,{{{.(((..((((((((..(((..((......))..)))..))))))))..)))||(((.,(,((((((((({({(,(({{(({(((..{{.((,((((....))))..,|,,,..)).}}|)|}|}||},||||}}}}}|,,,},))}||||({((((((((..(({(((((((((,....,,.}}},.,..}}..,|}|,},,|||||,|||||((((((....((((((((....(((.......))).))))))))....))))))..{{({{|{{{{{{|{{||,}}))))}},.,}}))),))},.)))}}.))))}),))).)))}))})))))),))))))}.}}))}})))))))))},...}),))))))))){{{.|||,,.,)))))))),,)).)))},||}}}|||||}.,,|}.|}||,{}|({{,{({{{,.{({{{({{{{{{{...,}}}..}.}))})}||||)))}|.((((({,......}},|))||{((.(((((((.(((((...(((,,((......)))))).))))).),)))))).))}.....((((((.....))))))..,{|||||,{{{{..{,,...|||.,({(({({{{({..|{{{{,|.|||...}}}|},||}||||||.},}}},},},|})})})})))}}|||.}}..}}))((((((((.(((((.((((((.({(.((((((,(((((({,||((((|{{{|,...,,....,,))))}...}}},.,.)},||{{{{((.((((((.((((,(((.(({{{||,||}||||||||}},..,,)))}},}))}||,|,}}}}((((.(((..........))).))))((..,,))..{{||||.,{||||},,,,,,))))),,)))))),.)))}})}))}))})|(||{,,||||,,.,,,...,)}))})}}))}}((((((...((((((((((((((((..(((({..(((((..(((,,((.((((.(((((((((((...{(((((((((((((|..{(((({,{{.{,{{,((,((((((........{(((((...)))))}.(((....)))))))))}}.}))}})))}))}}|)}}))))))))))}{(.((((((......).)))))}}.....)))))))..,)).)).)))).))))))..)))))....)))})(((((({(({,{{..,)),)))}.,,))),))}.)))))))...)),}))))))...)))))).}))))).).)))))))).)))})}).))))))))))))))))},,.,,))}}})))},|))),)).))},.}}))})}}}))))).,)))))))))))))))..,,,..))))))))))|(|.((((((...))))))..}}..})}}))))).....))))))..)))))...((((((((((.((..(((.((..((((((........))))))...)).)))..)).)))).((.(((((((((((({,..(((((..((...))..))))){{{....(((((((((((((..(((...(((((.((((.(.((((..(((((((((((((((((..(((((,,(((((.,(((.((({,((((((((((,.(({((((...}}})}}))).)))))...))))))))).)))..(((....)))((((.{({(..,(((((((.((.((.(((.,.((........))).))))))).))))))),),.}},,.)),)))).((((((((...(....(((((....(((........)))...)))))...,)))))))),.)))))))))))..)))))))})))))..)))))))))))))).))))).)))..(((((((((...))))))))))..((((((.(((((........).)))))))))).(((.(((.(((..(((({....))))))))))).)))..))))))))))))).,,}..,.....)))))))...))))))))))))).))))))).))).))).)))(((((((((.......(((((..((((.....).))).))))).......)).))))))){{{((((,((((((((...{(((,,.,...,,}}}}(((((.((...((((.(((((.{{..,(((((((.({,.....((((((((....(((((.((((((({((...((((((.((((((.....)))))){{(((.((.{(.((((((..(((((.{..((((((.((,.,,,,{((.,((((((,..{((.{.((((((((...((((....(((....)))..))))((((((((,({..((..((.((((((((.(((((.((((((((.,...{{{{,((((({.(({{((((((((((((((((..((((((......)))).))..)))))))).))...))))),.|}|}|{{||||||.((((((.....)))).))..|,.{|{((({{((({((,....||||}}},,)))))),,})))|)))|||}.}}.)))))}.))))..}.))))))...)).)))))..)))))))).)}...))..)))))))))).)))))))).).))),..))))))|}}.((((((((....))))))))){((((.((((((((((,.((((..{.(((..(((((....})))}))).}..))))..)))))))}}}).)))))}))).}).)).))..}.)))))..)))))))))),))).)))))))))))))))).)))))...))))))))(((((....)).)))......))))))))))).)))))..)))))))))))..((((((((.(((((,,.......||,..}))))..))))))))...(((((.{{..((((..((..((((((((..........))))))))..))..))))..,,..)))))..)))))))),),)}},.,..,,..|||{.,||},(({(,...})))..,,..}}}||}}}..,..(((,{(((((((({(((((.((.((((................))))...)))))))).)))))))))))){{{{..,,)))){{{{{........))))),)))))))).....................................
Back