Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001302123.2

Sequence Length

1475 nt

GC Content

0.3431

GUUCAGCAUUUCUACUCCUUCCAAGAAGAGCAGCAAAGCUGAAGUAGCAGCAGCAGCACCAGCAGCAACAGCAAAAAACAAACAUGAGUGUGAAGGGCAUGGCUAUAGCCUUGGCUGUGAUAUUGUGUGCUACAGUUGUUCAAGGCUUCCCCAUGUUCAAAAGAGGACGCUGUCUUUGCAUAGGCCCUGGGGUAAAAGCAGUGAAAGUGGCAGAUAUUGAGAAAGCCUCCAUAAUGUACCCAAGUAACAACUGUGACAAAAUAGAAGUGAUUAUUACCCUGAAAGAAAAUAAAGGACAACGAUGCCUAAAUCCCAAAUCGAAGCAAGCAAGGCUUAUAAUCAAAUUGAAAGAAAGAAUUUUUAAAAAUAUCAAAACAUAUGAAGUCCUGGAAAAGAGCAUCUGAAAAACCUAGAACAAGUUUAACUGUGACUACUGAAAUGACAAGAAUUCUACAGUAGGAAACUGAGACUUUUCUAUGGUUUUGUGACUUUCAACUUUUGUACAGUUAUGUGAAGGAUGAAAGGUGGGUGAAAGGACCAAAAACAGAAAUACAGUCUUCCUGAAUGAAUGACAAUCAGAAUUCCACUGCCCAAAGGAGUCCAACAAUUAAAUGGAUUUCUAGGAAAAGCUACCUUAAGAAAGGCUGGUUACCAUCGGAGUUUACAAAGUGCUUUCACGUUCUUACUUGUUGCAUUAUACAUUCAUGCAUUUCUAGGCUAGAGAACCUUCUAGAUUUGAUGCUUACAACUAUUCUGUUGUGACUAUGAGAACAUUUCUGUCUCUAGAAGUCAUCUGUCUGUAUUGAUCUUUAUGCUAUAUUACUAUCUGUGGUUACGGUGGAGACAUUGACAUUAUUACUGGAGUCAAGCCCUUAUAAGUCAAAAGCAUCUAUGUGUCGUAAAACAUUCCUCAAACAUUUUUUCAUGCAAAUACACACUUCUUUCCCCAAACAUCAUGUAGCACAUCAAUAUGUAGGGAGACAUUCUUAUGCAUCAUUUGGUUUGUUUUAUAACCAAUUCAUUAAAUGUAAUUCAUAAAAUGUACUAUGAAAAAAAUUAUACGCUAUGGGAUACUGGCAAAAGUGCACAUAUUUCAUAACCAAAUUAGUAGCACCAGUCUUAAUUUGAUGUUUUUCAACUUUUAUUCAUUGAGAUGUUUUGAAGCAAUUAGGAUAUGUGUGUUUACUGUACUUUUUGUUUUGAUCCGUUUGUAUAAAUGAUAGCAAUAUCUUGGACACAUCUGAAAUACAAAAUGUUUUUGUCUACCAAAGAAAAAUGUUGAAAAAUAAGCAAAUGUAUACCUAGCAAUCACUUUUACUUUUUGUAAUUCUGUCUCUUAGAAAAAUACAUAAUCUAAUCAAUUUCUUUGUUCAUGCCUAUAUACUGUAAAAUUUAGGUAUACUCAAGACUAGUUUAAAGAAUCAAAGUCAUUUUUUUCUCUAAUAAACUACCACAACCUUUCUUUUUUAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-312.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -341.78

Frequency: 0.0000

Diversity: 319.79

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((.(((((.(((.(((...)))))).)).)))))))))...((.(..((.((....)).))..).))............((((...((((((((((((((......))))))))((((((((((((((((.((((((..(((((((((.(((.....((((((...)))))).....)))..)))))...))))..)))..((.((((.(((.(((.....))).))).(((((....)).))).)))).)).....(((((((..((((..(.((((((((.....((((...((((.............))))((((.......)))).........((((((........)))))).....................(((((((((((((......(((((((((((.((((((....((..((((((.(((.......)))...))))))...))..))))))))))).))))))....((((((.(((((..(((....)))))))).))))))....(((((((.((................((((((......))).))).....(((((((.........(((((((((.........))))))))).((...(((((((((....)))).))))).))...))))))).....)).)))))))))))))......(((((.........))))).)))))))((((((....))))))....((((((((((((......)))))(((((((((........((.((((((((((((..(((((.(((((........((((((........))))))..))))).))))).))))....)).)))))).))....))))).))))..))))))).((((........))))))))......)))))))).)..))))..)))))))........))).).))))))))).)))))).((((...(((((....(((.....((((((........))))))..............((((((........)))))).............(((((((((.(((((....))).)))))))))))..((((((((..((....)).)))))))).(((((((((((.(((.(((.((((((((..(((((((((..((.(((.(((....)))))).))..)))))))))..)))))........((((....)))).((((((.....((((((.....)))))))))))).))).)))))).))))))))))).))))))))...))))..........((((.....))))(((((.....))))).......................((((...(((((((.((........)).)))))))...))))..(((((((.((((..(((....)))..))))....)))))))......))))))...))))......

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((((.((,((.(({,(((...)))))).)).)),))))))...((.{..((.((....)).))..,.))............,{{{,,,((((((((((((((......))))))))((((((((((((((({.((((((..(((((((((.(({.....((((((...)))))).....)))..)))))...))))..))}..((.((((.(((.(((.....))).}}}.||{{{....}}..},.)))).)).....(((((((..((((..{.((((((((.....((((...((((,,...........,},}{(((.......)))).........{{{{{({......,))))},.....{,,.......}},...(((((((({((((.,,...(((((((((((.((((((....((..((((((.{{{.......,})...))))))...})..))))))))))).))))))..,,((((((.(((({.,(((....)))))))).))))))....(((((((.((........,.......{{{|{{{{{,.{|,,.,,),.}}}|((((((.....{,..(((((((((.........))))))))).}}...(((((((((....)))).)))))..,...))))))}.....)).)))))))})})},......{((((.,.....,.))))},)))))))((((({....})))))....((((((((((((......)))))(((((((((..,.....((.((((((((((((..(((((.(((((........((((((........))))))..))))).))))).)))).,,.,,.)))))).)).}..)))))}}))),.))))))).|{||}}......}}},))))......)))))))).)..))))..)))))))........))).,.))))))))).)))))){((((({.,,,||}}}}|{{,,.,.((((((........))))))........,|,,..((((((........)))))}.....||{{{,{.{((((((({.,((((,,,,|||.,,}}}}}}}}}..{{{{{{((,,((,,,,||{|||||}}}.(((((({{(((,(((,,{{.{|||||{|,.{{|||||||,,||,||{,|{|,,..)))))),)),.)))))}}}),,)))}),,,,,,..((((....}))).((((((.....{{{{{{.....)))))))))))}.}}|,}}}}},.|||}}}}}}}},}}},||||{,.,||||,........{(({....,}}|,{{{||....,)))}}...}}}}..............||||||...(((((((.{{........}}.)))))))...}))},.(((((((.((({..(((,...,)),,))}),,..)))))))......))))))...,,,.......