Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001302753.2
Sequence Length
1722 nt
GC Content
0.5087
AGUGGUCCUGCCGCCUGGUCUCACCUCGCUAUGGUUCGUCUGCCUCUGCAGUGCGUCCUCUGGGGCUGCUUGCUGACCGCUGUCCAUCCAGAACCACCCACUGCAUGCAGAGAAAAACAGUACCUAAUAAACAGUCAGUGCUGUUCUUUGUGCCAGCCAGGACAGAAACUGGUGAGUGACUGCACAGAGUUCACUGAAACGGAAUGCCUUCCUUGCGGUGAAAGCGAAUUCCUAGACACCUGGAACAGAGAGACACACUGCCACCAGCACAAAUACUGCGACCCCAACCUAGGGCUUCGGGUCCAGCAGAAGGGCACCUCAGAAACAGACACCAUCUGCACCUGUGAAGAAGGCUGGCACUGUACGAGUGAGGCCUGUGAGAGCUGUGUCCUGCACCGCUCAUGCUCGCCCGGCUUUGGGGUCAAGCAGAUUGCUACAGGGGUUUCUGAUACCAUCUGCGAGCCCUGCCCAGUCGGCUUCUUCUCCAAUGUGUCAUCUGCUUUCGAAAAAUGUCACCCUUGGACAAGCUGUGAGACCAAAGACCUGGUUGUGCAACAGGCAGGCACAAACAAGACUGAUGUUGUCUGUGGUGAGUCCUGGACAAUGGGCCCUGGAGAAAGCCUAGGAAGGUCCCCAGGAUCGGCUGAGAGCCCUGGUGGUGAUCCCCAUCAUCUUCGGGAUCCUGUUUGCCAUCCUCUUGGUGCUGGUCUUUAUCAAAAAGGUGGCCAAGAAGCCAACCAAUAAGGCCCCCCACCCCAAGCAGGAACCCCAGGAGAUCAAUUUUCCCGACGAUCUUCCUGGCUCCAACACUGCUGCUCCAGUGCAGGAGACUUUACAUGGAUGCCAACCGGUCACCCAGGAGGAUGGCAAAGAGAGUCGCAUCUCAGUGCAGGAGAGACAGUGAGGCUGCACCCACCCAGGAGUGUGGCCACGUGGGCAAACAGGCAGUUGGCCAGAGAGCCUGGUGCUGCUGCUGCUGUGGCGUGAGGGUGAGGGGCUGGCACUGACUGGGCAUAGCUCCCCGCUUCUGCCUGCACCCCUGCAGUUUGAGACAGGAGACCUGGCACUGGAUGCAGAAACAGUUCACCUUGAAGAACCUCUCACUUCACCCUGGAGCCCAUCCAGUCUCCCAACUUGUAUUAAAGACAGAGGCAGAAGUUUGGUGGUGGUGGUGUUGGGGUAUGGUUUAGUAAUAUCCACCAGACCUUCCGAUCCAGCAGUUUGGUGCCCAGAGAGGCAUCAUGGUGGCUUCCCUGCGCCCAGGAAGCCAUAUACACAGAUGCCCAUUGCAGCAUUGUUUGUGAUAGUGAACAACUGGAAGCUGCUUAACUGUCCAUCAGCAGGAGACUGGCUAAAUAAAAUUAGAAUAUAUUUAUACAACAGAAUCUCAAAAACACUGUUGAGUAAGGAAAAAAAGGCAUGCUGCUGAAUGAUGGGUAUGGAACUUUUUAAAAAAGUACAUGCUUUUAUGUAUGUAUAUUGCCUAUGGAUAUAUGUAUAAAUACAAUAUGCAUCAUAUAUUGAUAUAACAAGGGUUCUGGAAGGGUACACAGAAAACCCACAGCUCGAAGAGUGGUGACGUCUGGGGUGGGGAAGAAGGGUCUGGGGGAGGGUUGGUUAAAGGGAGAUUUGGCUUUCCCAUAAUGCUUCAUCAUUUUUCCCAAAAGGAGAGUGAAUUCACAUAAUGCUUAUGUAAUUAAAAAAUCAUCAAACAUGUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-596.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -630.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 463.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((....((((...((((((.((((((.((((((((...((((((((((((.((((((((((((.((.........)).)))).............(((((((.(((((((...(((((((..............))))))))))))))....(((((........))))).(((((((......)).))))).....((((....)))).)))))))........((((.((....))))))))))).))).))))))....((((...((.((((((((((((....((((..(((((...(((((.((..................)).))))))))))......(((((..((((.....)))).)))))(((.((((.((((...)))).)))).)))..))))....))))))))..))))))))))..))))))...))).)))))..)))((((((.(((((.(..(((((((((((..((((((((.((((((((....((((.......)))).(((((...........((((.((((...)))).))))((((.((((........)))).))))((..(((((((.....(((((((((.......))))...))))))))))))..))(.((((((((.((...((((((..........))))))((.(((((((((((((((((((((((...((((.....(((((....(..(((.........)))..))))))((.....))....((((((((((............)))).))))))((((..(((((......)))))..))))..........))))...))))).)).)))))))))))))))).))(((((..((((..(((..((..((((((..((((((((((.....)).))))))))..(((((((....((((((..(((((.....)))))))))))(((((((.((((.((((((..(((((((((.((....)))).)))))))((((((((((((.......(((((((.((((((((.((.(((...(((....)))...))).)).)))(((((.........)))))...((((.....)))))))))..))).))))..........))))))))))..))...(((((((((((.............))))).)))))).)))))))).))))))))).(((((((......)))))))..(((((((((.((....))))))))))).........))))))).(((((.((..((((........))))...)).)))))...))))))..)).))).)))).)))))..................(((((.((((((.............)))))).))))).....(((((((((.((((...(((.((((.....)))).)))....))))))))))))).((((((((((((.......)))))))))))).((((((((((.....))))))).))).)).)))))))).)..((((.........)))))))))))).)))))))))))).).....))))))))))).).)))))..))))))......)))))))))))))....)))).........(((((((((......)))))))))....((((((...))))))............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((,...|||(|,.((((((.((((((.((((((((...((((((((((((.(((((((((({(,({.,{......}}.))}}...}}}.......{{{{{{|.{|||{{{..,(((((((..............))))))))|||||||{,,(((((........))))).{{{{{{{,,,,,,))||||||{..,.((({....}))),},)))))},......,(((.{(....))))),))))).))).)))))}....((((...{(.((((((((((((....((((..(((((...(((((.((..............,...)).)))))))))).,....(((((..((((.....)))).)))))(((.((((.((((...)))).)))).)))..)))).,..))))))))..)))))))))).,))))))...))).)))))..))){(((((.(((((.(..(((((((((((..(((((({(,(((((((,....((((.......)))),((((((.{{{{{....,,||}||{{...||||,|||}|{{{.,{,,,,,,,.,,}}))))))(((({(((((((.....(((((((((.,....,)))),..}))))))))))).{{{({((({|{((((,((((({....)))))).}}))|{{.((.(((((((((((((((((((((((...,.,......((((((......))),,)).....({|..,||,.,{,.....|}....((((((((((............))))}}))))){{{{..{{(({,.....}}}})..))))........,}),.)}}.))))).))})))))))))))))))).)).}||(((((.(((((((((.....{{,{,.((((((((((.....)).)))))))).|,||{(({..,,((((((..(((((.....)))))))))))}}}})}||((((.(((((((.(((((((((.({....)})).))))))).)))))))))),|},..{(((|.......}.)))}.,.)))}})))))))))).,.....((((........))))}))))}}}})}}}((({.((((.(((((...(((...((((((({{.,,(({{(((({..,,{((,{(({((,(((,({(((({{{........,)))})),))),)))..))},,}}},}|{{{({(((((,.....||||||,,,((((((((({((....)))))))))))...,,|||||||}|,,,{{{((|{{,,{|||,.,,,,..})}}}}},,.}))))},..}}}}}{,{{{|(((,{|,|||,(({,......,}},......{((((.((((((.............)))))).))))}.......})}}|}}))})}}..})}}}|||||,,,|||{{,....,,}||{|||||,..,,,|}||||||,{||}}|{||.({{{{{{||||..,.}}}))))))),)))}.))))))))}...)))..))))).)))).,.)))......)))))))))}}))))))))))).).....))))))))))).).)))))}.)))))}......})))))))},)))....))}}...,.....(((((((((,.....))))))))),,,.((((({...,))))),,,.........................
Back