Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001305624.1
Sequence Length
1377 nt
GC Content
0.3943
GAGGGGAGGGGGUUGGCCGGGACUCGUUUGCGAUGUUCCGUUAUCUGGAUGCGGCGGAGGGAUCUGGCGGAGGGAGGUGUUUAUGAGGCGCUGGGGGCGGAGGAGGCGAAUUAGUCCGAGUGGAGAGAGCGAGCUGAGUGGUUGUGUGGUCGCGUCUCGGAAACCGGUAGCGCUUGCAGCAUGGUUAGCUUUGUACAUAGCAUCUCACUUUGCACAACAACCCUGCAAGGCUGACCAACUGACUGAAGAGCAGAUUGCAGAAUUCAAAGAAGCUUUUUCACUAUUUGACAAAGAUGGUGAUGGAACUAUAACAACAAAGGAAUUGGGAACUGUAAUGAGAUCUCUUGGGCAGAAUCCCACAGAAGCAGAGUUACAGGACAUGAUUAAUGAAGUAGAUGCUGAUGGUAAUGGCACAAUUGACUUCCCUGAAUUUCUGACAAUGAUGGCAAGAAAAAUGAAAGACACAGACAGUGAAGAAGAAAUUAGAGAAGCAUUCCGUGUGUUUGAUAAGGAUGGCAAUGGCUAUAUUAGUGCUGCAGAACUUCGCCAUGUGAUGACAAACCUUGGAGAGAAGUUAACAGAUGAAGAAGUUGAUGAAAUGAUCAGGGAAGCAGAUAUUGAUGGUGAUGGUCAAGUAAACUAUGAAGAGUUUGUACAAAUGAUGACAGCAAAGUGAAGACCUUGUACAGAAUGUGUUAAAUUUCUUGUACAAAAUUGUUUAUUUGCCUUUUCUUUGUUUGUAACUUAUCUGUAAAAGGUUUCUCCCUACUGUCAAAAAAAUAUGCAUGUAUAGUAAUUAGGACUUCAUUCCUCCAUGUUUUCUUCCCUUAUCUUACUGUCAUUGUCCUAAAACCUUAUUUUAGAAAAUUGAUCAAGUAACAUGUUGCAUGUGGCUUACUCUGGAUAUAUCUAAGCCCUUCUGCACAUCUAAACUUAGAUGGAGUUGGUCAAAUGAGGGAACAUCUGGGUUAUGCCUUUUUUAAAGUAGUUUUCUUUAGGAACUGUCAGCAUGUUGUUGUUGAAGUGUGGAGUUGUAACUCUGCGUGGACUAUGGACAGUCAACAAUAUGUACUUAAAAGUUGCACUAUUGCAAAACGGGUGUAUUAUCCAGGUACUCGUACACUAUUUUUUUGUACUGCUGGUCCUGUACCAGAAACAUUUUCUUUUAUUGUUACUUGCUUUUUAAACUUUGUUUAGCCACUUAAAAUCUGCUUAUGGCACAAUUUGCCUCAAAAUCCAUUCCAAGUUGUAUAUUUGUUUUCCAAUAAAAAAAUUACAAUUUACCCAAUGGUUGCUCUGCAUCUGAGUCAUUUAACUGUUGAAGUCUAAUAAUUUUGAAAAUAAAAUAUGGCAUUGGUUUCUGCUUGGUAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-358.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -385.58
Frequency: 0.0000
Diversity: 345.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((..((((((((((((((((....))).))))).....(((....))).(.((((...((((((((.((((((((((((((((((((.(((((.....((........((((((((((....((((.(.....).))))....)).)).))))))..)).....))))).)))).......))))))))...)))))))).)))))).))....)))).)..))))))))..)).......((((((((((((((.....((((((((((.(((((((((.....))))))))).)))....((((((.(((((((.(((((.((((..((((....)))).))))..))))).....(((((((((((..((((..(((((((.....(((((((((((...((((.((((.(.((((((.(......(((((((((((.((((.((..((((((((..((.(((((((....(((((.....((((..(((((.((((((((((((.(((.((((......(((........)))..))))))).))((.(((((((..(((.((((((.(((((((((((((((((......)))))....(((((((..((((((..((..((((.(((..........(((((((((....(.((......)).).....)))))))))..........)))))))..))..)))))))))))))..)))))))))))))))))).)))....))))))).)))))..)))))))...))))).))))....)))))....)))))))..))..)))))..)))..)).)))).)))))))))))((((((.....))))))....((((((((.(.(((((...)))))((((((.............))))))........((((((....)))))).).)))))))).).))))))....).)))).))))..((((((((.......)))))))))))))))))))....))))))).)))).....)))))))))))((.((((......)))).)).....((((((......((((((.((....))..))))))......))))))..(((((.........)))))..(((((.....))))).......))))))).))))))...)))))))....)))))............)))))))))..((((.....))))............(((((((((((.(((((((((.......(((((((.........((((((((((((.......)))).....))))))))........))))))))))))))))))))))).))))...)).)))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((.(((((,{{{{{((((((((({(,,,,|}}.}||||({{.,{({{.{,({,((,(({,,||{|{|{,{{.{||{|{{{{,{{{{||||||,{{||||||..{||},,,.,}|||(((({(({{{,((((,{{,,,,|{||||{{,{||{|,.}||||,..))}}..}))}||.||||,,{{{{{||||||||...,|||,,,,.,,,))).,,....,,,)))}})))))))))..)}.}}}..||||{|||||||{|.,,..{{{{(({{({.(((((((((.....))))))))).}))....((((((.(((((((.(((((.((((..{(((....)))}.))))..))))).....((((((((((((.,(((..(((((((...{.(((((((((((...((((.(((({(.((((((.{......(((((((((((.((((.{{..((((((((..((.(((((((....(((((.....((((..(((((.((((((((((((.((,,((((......(((........)))..))))))).))((.(((((((,.(((.{((((,{((((((((((({{((((....,.|||||....((((((.{{,(((((..{...,,,,,,,|}}}}.}}..)))))}.,...,,.,.,..(((({{((({.{..((((((((((..{....,..)))}}))))))..,}.)))))))))..})))))))))))))))),.))).}..))))))).)))))..))))))}...))))).))))....)))))....)))))))..))..)))))}.}))..}}.)))).)))))))))))((((((.....))))))....((((((((.(..,....{(({.|.((((({....,,,....,,))))))....}))}((((((....)))))).).)))))))).}.))))))..,,..)))).))))..((((((((.......))))))))))))))))))).}..))))))).,)))}...))))))))))))({.((((......)))).}).....((((({.....,((((,{..|},,..,.,||||}}......})))))..(((({.........)))))..(((((.....))))).......))))))).))))))...)))))))..},}}})},,,}}}.}},..,,)))))))..|||,,,,,,))))}}....}}},}}|{(((((((({.(((((((({.......{{{{{||,,,|,,...((((((((((((.......)))).....))))))))..,,....}}})))}))}))))))))))))).}}}},}))).)))...........
Back